build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   3
   4
   5 buildscript {
   6   dependencies {
   7     //classpath files("$gradlePluginsDir/gradle-macappbundle-2.3.0-patched-2.3.0.jar")
   8   }
   9 }
  10
  11 plugins {
  12   id 'java'
  13   id 'application'
  14   id 'com.github.johnrengelman.shadow' version '4.0.3'
  15   id 'com.install4j.gradle' version '7.0.9'
  16 }
  17
  18 repositories {
  19   jcenter()
  20   mavenCentral()
  21   flatDir {
  22     dirs gradlePluginsDir
  23   }
  24 }
  25
  26 mainClassName = launcherClass
  27
  28 sourceSets {
  29
  30   main {
  31     java {
  32       srcDirs "$jalviewDir/$sourceDir"
  33       outputDir = file("$jalviewDir/$classesDir")
  34     }
  35
  36     resources {
  37       srcDirs "$jalviewDir/$resourceDir"
  38       srcDirs "$jalviewDir/$libDir"
  39     }
  40
  41     jar.destinationDir = file("$jalviewDir/$packageDir")
  42
  43     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
  44     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
  45     if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
  46       print("ADDING J11LIBS TO CLASSPATH")
  47       compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$j11libDir", include: ["*.jar"])
  48     }
  49
  50     runtimeClasspath = compileClasspath
  51   }
  52
  53   test {
  54     java {
  55       srcDirs "$jalviewDir/$testSourceDir"
  56       outputDir = file("$jalviewDir/$testOutputDir")
  57     }
  58
  59     resources {
  60       srcDirs = sourceSets.main.resources.srcDirs
  61     }
  62
  63     compileClasspath = sourceSets.main.compileClasspath
  64     compileClasspath += files( sourceSets.test.java.outputDir )
  65     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$utilsDir", include: ["**/*.jar"])
  66
  67     runtimeClasspath = compileClasspath
  68   }
  69
  70   modules {
  71     compileClasspath = fileTree(dir: "$jalviewDir/$j11libDir", include: ["*.jar"])
  72
  73     runtimeClasspath = compileClasspath
  74   }
  75
  76 }
  77
  78 compileJava {
  79
  80   doFirst {
  81     if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
  82       sourceCompatibility = 1.8
  83       targetCompatibility = 1.8
  84     } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
  85       sourceCompatibility = 11
  86       targetCompatibility = 11
  87
  88       options.compilerArgs = [
  89         '--module-path', sourceSets.modules.compileClasspath.asPath,
  90         '--add-modules', j11modules
  91       ]
  92     }
  93     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
  94   }
  95
  96 }
  97
  98 clean {
  99   delete sourceSets.main.java.outputDir
 100 }
 101
 102 cleanTest {
 103   delete sourceSets.test.java.outputDir
 104 }
 105
 106 def getDate(format) {
 107   def date = new Date()
 108   //return date.format("dd MMMM yyyy")
 109   return date.format(format)
 110 }
 111
 112 def getGitHash() {
 113   def stdout = new ByteArrayOutputStream()
 114   exec {
 115     commandLine "git", "rev-parse", "--short", "HEAD"
 116     standardOutput = stdout
 117     workingDir = jalviewDir
 118   }
 119   return stdout.toString().trim()
 120 }
 121
 122 def getGitBranch() {
 123   def stdout = new ByteArrayOutputStream()
 124   exec {
 125     commandLine "git", "rev-parse", "--abbrev-ref", "HEAD"
 126     standardOutput = stdout
 127     workingDir = jalviewDir
 128   }
 129   return stdout.toString().trim()
 130 }
 131
 132 task createBuildProperties(type: WriteProperties) {
 133   inputs.dir("$jalviewDir/$sourceDir")
 134   inputs.dir("$jalviewDir/$resourceDir")
 135   outputFile "$jalviewDir/$classesDir/$buildPropertiesFile"
 136   /* taking time/date specific comment out to allow better incremental builds */
 137   //comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd HH:mm:ss")
 138   comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd")
 139   property "BUILD_DATE", getDate("dd MMMM yyyy")
 140   property "VERSION", JALVIEW_VERSION
 141   property "INSTALLATION", INSTALLATION+" git-commit:"+getGitHash()+" ["+getGitBranch()+"]"
 142   outputs.file(outputFile)
 143   outputs.dir("$jalviewDir/$classesDir")
 144 }
 145
 146 task syncDocs(type: Sync) {
 147   def syncDir = "$jalviewDir/$classesDir/$docDir"
 148   from fileTree("$jalviewDir/$docDir")
 149   into syncDir
 150
 151 }
 152
 153 def helpFile = "$jalviewDir/$classesDir/$helpDir/help.jhm"
 154 task syncHelp(type: Sync) {
 155   inputs.files("$jalviewDir/$helpDir")
 156   outputs.files(helpFile)
 157
 158   def syncDir = "$jalviewDir/$classesDir/$helpDir"
 159   from fileTree("$jalviewDir/$helpDir")
 160   into syncDir
 161 }
 162
 163 task copyHelp(type: Copy) {
 164   def inputDir = "$jalviewDir/$helpDir"
 165   def outputDir = "$jalviewDir/$classesDir/$helpDir"
 166   from inputDir
 167   into outputDir
 168   filter(ReplaceTokens, beginToken: '$$', endToken: '$$', tokens: ['Version-Rel': "USING_FILTER"])
 169   inputs.dir(inputDir)
 170   outputs.files(helpFile)
 171   outputs.dir(outputDir)
 172 }
 173
 174 task syncLib(type: Sync) {
 175   def syncDir = "$jalviewDir/$classesDir/$libDir"
 176   from fileTree("$jalviewDir/$libDir")
 177   into syncDir
 178 }
 179
 180 task syncResources(type: Sync) {
 181   from "$jalviewDir/$resourceDir"
 182   include "**/*.*"
 183   exclude "install4j"
 184   into "$jalviewDir/$classesDir"
 185   preserve {
 186     include "**"
 187   }
 188 }
 189
 190 task prepare {
 191   dependsOn syncResources
 192   dependsOn syncDocs
 193   dependsOn copyHelp
 194 }
 195
 196 //testReportDirName = "test-reports" // note that test workingDir will be $jalviewDir
 197 test {
 198   dependsOn prepare
 199   dependsOn compileJava
 200   useTestNG {
 201     includeGroups testngGroups
 202   }
 203   workingDir = jalviewDir
 204   //systemProperties 'clover.jar' System.properties.clover.jar
 205 }
 206
 207 task buildIndices(type: JavaExec) {
 208   dependsOn copyHelp
 209   classpath = sourceSets.main.compileClasspath
 210   main = "com.sun.java.help.search.Indexer"
 211   workingDir = "$jalviewDir/$classesDir/$helpDir"
 212   def argDir = "html"
 213   args = [ argDir ]
 214   inputs.dir("$workingDir/$argDir")
 215
 216   outputs.dir("$jalviewDir/$classesDir/doc")
 217   outputs.dir("$jalviewDir/$classesDir/help")
 218   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/DOCS")
 219   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/DOCS.TAB")
 220   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/OFFSETS")
 221   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/POSITIONS")
 222   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/SCHEMA")
 223   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/TMAP")
 224 }
 225
 226 task compileLinkCheck(type: JavaCompile) {
 227   options.fork = true
 228   classpath = files("$jalviewDir/$utilsDir")
 229   destinationDir = file("$jalviewDir/$utilsDir")
 230   source = fileTree(dir: "$jalviewDir/$utilsDir", include: ["HelpLinksChecker.java", "BufferedLineReader.java"])
 231
 232   outputs.file("$jalviewDir/$utilsDir/HelpLinksChecker.class")
 233   outputs.file("$jalviewDir/$utilsDir/BufferedLineReader.class")
 234 }
 235
 236 task linkCheck(type: JavaExec) {
 237   dependsOn prepare, compileLinkCheck
 238   classpath = files("$jalviewDir/$utilsDir")
 239   main = "HelpLinksChecker"
 240   workingDir = "$jalviewDir"
 241   args = [ "$classesDir/$helpDir", "-nointernet" ]
 242
 243   doFirst {
 244     standardOutput new FileOutputStream("$jalviewDir/$utilsDir/HelpLinksChecker.out")
 245   }
 246
 247   outputs.file("$jalviewDir/$utilsDir/HelpLinksChecker.out")
 248 }
 249
 250 task cleanPackageDir(type: Delete) {
 251   delete fileTree("$jalviewDir/$packageDir").include("*.jar")
 252 }
 253
 254 jar {
 255   dependsOn linkCheck
 256   dependsOn buildIndices
 257   dependsOn createBuildProperties
 258
 259   manifest {
 260     attributes "Main-Class": mainClass,
 261     "Permissions": "all-permissions",
 262     "Application-Name": "Jalview Desktop",
 263     "Codebase": application_codebase
 264   }
 265
 266   destinationDir = file("$jalviewDir/$packageDir")
 267   archiveName = rootProject.name+".jar"
 268
 269   exclude "cache*/**"
 270   exclude "*.jar"
 271   exclude "*.jar.*"
 272   exclude "**/*.jar"
 273   exclude "**/*.jar.*"
 274
 275   inputs.dir("$jalviewDir/$classesDir")
 276   outputs.file("$jalviewDir/$packageDir/$archiveName")
 277 }
 278
 279 task copyJars(type: Copy) {
 280   from fileTree("$jalviewDir/$classesDir").include("**/*.jar").include("*.jar").files
 281   into "$jalviewDir/$packageDir"
 282 }
 283
 284 // doing a Sync instead of Copy as Copy doesn't deal with "outputs" very well
 285 task syncJars(type: Sync) {
 286   from fileTree("$jalviewDir/$libDir").include("**/*.jar").include("*.jar").files
 287   into "$jalviewDir/$packageDir"
 288   preserve {
 289     include jar.archiveName
 290   }
 291 }
 292
 293 task makeDist {
 294   // order of "cleanPackageDir", "copyJars", "jar" important!
 295   jar.mustRunAfter cleanPackageDir
 296   syncJars.mustRunAfter cleanPackageDir
 297   dependsOn cleanPackageDir
 298   dependsOn syncJars
 299   dependsOn jar
 300   outputs.dir("$jalviewDir/$packageDir")
 301 }
 302
 303 task cleanDist {
 304   dependsOn cleanPackageDir
 305   dependsOn cleanTest
 306   dependsOn clean
 307 }
 308
 309 shadowJar {
 310   dependsOn makeDist
 311   if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
 312     from ("$jalviewDir/$j11libDir") {
 313       include("*.jar")
 314     }
 315   }
 316   mainClassName = shadowJarMainClass
 317   mergeServiceFiles()
 318   classifier = "all"
 319   minimize()
 320 }
 321
 322 ext {
 323   getdownWebsiteDir = jalviewDir + '/' + getdown_website_dir
 324   getdownAppDir = getdownWebsiteDir + '/' + getdown_app_dir
 325   getdownJ11libDir = getdownWebsiteDir + '/' + getdown_j11lib_dir
 326   getdownResourceDir = getdownWebsiteDir + '/' + getdown_resource_dir
 327   getdownLauncher = jalviewDir + '/' + getdown_launcher
 328   getdownFilesDir = jalviewDir + '/' + getdown_files_dir
 329 }
 330
 331 task getdownWebsite() {
 332   dependsOn makeDist
 333   def getdownWebsiteResourceFilenames = []
 334   def getdownTextString = ""
 335   def getdownResourceDir = project.ext.getdownResourceDir
 336   def getdownAppDir = project.ext.getdownAppDir
 337   def getdownResourceFilenames = []
 338   doFirst {
 339     // go through properties looking for getdown_txt_...
 340     def props = project.properties.sort { it.key }
 341     if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
 342       props.put("getdown_txt_java_min_version", getdown_alt_java11_min_version)
 343     } else {
 344       props.put("getdown_txt_java_min_version", getdown_alt_java8_min_version)
 345     }
 346     props.each{ prop, val ->
 347       if (prop.startsWith("getdown_txt_") && val != null) {
 348         if (prop.startsWith("getdown_txt_multi_")) {
 349           def key = prop.substring(18)
 350           val.split(",").each{ v ->
 351             def line = key + " = " + v + "\n"
 352             getdownTextString += line
 353           }
 354         } else {
 355           // file values rationalised
 356           if (val.indexOf('/') > -1) {
 357             def r = null
 358             if (val.indexOf('/') == 0) {
 359               // absolute path
 360               r = file(val)
 361             } else if (val.indexOf('/') > 0) {
 362               // relative path (relative to jalviewDir)
 363               r = file( jalviewDir + '/' + val )
 364             }
 365             if (r.exists()) {
 366               val = getdown_resource_dir + '/' + r.getName()
 367               getdownWebsiteResourceFilenames += val
 368               getdownResourceFilenames += r.getPath()
 369             }
 370           }
 371           def line = prop.substring(12) + " = " + val + "\n"
 372           getdownTextString += line
 373         }
 374       }
 375     }
 376
 377     getdownWebsiteResourceFilenames.each{ filename ->
 378       getdownTextString += "resource = "+filename+"\n"
 379     }
 380     getdownResourceFilenames.each{ filename ->
 381       copy {
 382         from filename
 383         into project.ext.getdownResourceDir
 384       }
 385     }
 386
 387     def codeFiles = []
 388     makeDist.outputs.files.each{ f ->
 389       if (f.isDirectory()) {
 390         def files = fileTree(dir: f, include: ["*"]).getFiles()
 391         codeFiles += files
 392       } else if (f.exists()) {
 393         codeFiles += f
 394       }
 395     }
 396     codeFiles.sort().each{f ->
 397       def line = "code = " + getdown_app_dir + '/' + f.getName() + "\n"
 398       getdownTextString += line
 399       copy {
 400         from f.getPath()
 401         into project.ext.getdownAppDir
 402       }
 403     }
 404
 405     if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
 406       def j11libFiles = fileTree(dir: "$jalviewDir/$j11libDir", include: ["*.jar"]).getFiles()
 407       j11libFiles.sort().each{f ->
 408         def line = "code = " + getdown_j11lib_dir + '/' + f.getName() + "\n"
 409         getdownTextString += line
 410         copy {
 411           from f.getPath()
 412           into project.ext.getdownJ11libDir
 413         }
 414       }
 415     }
 416
 417     getdownTextString += "code = " + file(getdownLauncher).getName() + "\n"
 418     getdownTextString += "class = " + mainClass + "\n"
 419
 420     def getdown_txt = file(project.ext.getdownWebsiteDir + "/getdown.txt")
 421     getdown_txt.write(getdownTextString)
 422
 423     copy {
 424       from getdown_txt
 425       into project.ext.getdownFilesDir
 426     }
 427
 428     copy {
 429       from getdownLauncher
 430       into project.ext.getdownWebsiteDir
 431     }
 432
 433     copy {
 434       from getdownLauncher
 435       into project.ext.getdownFilesDir
 436     }
 437
 438     copy {
 439       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.background_image')
 440       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.error_background')
 441       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.progress_image')
 442       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.icon')
 443       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.mac_dock_icon')
 444       into project.ext.getdownFilesDir + '/' + getdown_resource_dir
 445     }
 446   }
 447
 448   inputs.dir(jalviewDir + '/' + packageDir)
 449   outputs.dir(project.ext.getdownWebsiteDir)
 450   outputs.dir(project.ext.getdownFilesDir)
 451 }
 452
 453 task getdownDigest(type: JavaExec) {
 454   dependsOn getdownWebsite
 455   classpath = files(jalviewDir + '/' + getdown_core)
 456   main = "com.threerings.getdown.tools.Digester"
 457   args project.ext.getdownWebsiteDir
 458   outputs.file(project.ext.getdownWebsiteDir + '/' + "digest2.txt")
 459 }
 460
 461 task getdown() {
 462   dependsOn getdownDigest
 463 }
 464
 465 clean {
 466   delete project.ext.getdownWebsiteDir
 467   delete project.ext.getdownFilesDir
 468 }
 469
 470 install4j {
 471   def install4jHomeDir = "/opt/install4j"
 472   def hostname = "hostname".execute().text.trim()
 473   if (hostname.equals("jv-bamboo")) {
 474     install4jHomeDir = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/install4j"
 475   } else if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
 476     install4jHomeDir = '/Applications/install4j.app/Contents/Resources/app'
 477     if (! file(install4jHomeDir).exists()) {
 478       install4jHomeDir = System.getProperty("user.home")+install4jHomeDir
 479     }
 480   } else if (OperatingSystem.current().isLinux()) {
 481     install4jHomeDir = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/install4j"
 482   }
 483   installDir = file(install4jHomeDir)
 484 }
 485
 486 task installers(type: com.install4j.gradle.Install4jTask) {
 487   dependsOn getdown
 488   projectFile = "$jalviewDir/$install4jResourceDir/$install4jConf"
 489   variables = [majorVersion: version.substring(2, 11), build: 001]
 490   destination = "$jalviewDir/$install4jBuildDir"
 491   buildSelected = true
 492   inputs.dir(project.ext.getdownWebsiteDir)
 493   outputs.dir("$jalviewDir/$install4jBuildDir")
 494 }