build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   3 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.*
   4 import groovy.transform.ExternalizeMethods
   5
   6
   7 plugins {
   8   id 'java'
   9   id 'application'
  10   id 'eclipse'
  11 }
  12
  13 repositories {
  14   jcenter()
  15   mavenCentral()
  16   mavenLocal()
  17   flatDir {
  18     dirs gradlePluginsDir
  19   }
  20 }
  21
  22 mainClassName = launcherClass
  23 def classes = "$jalviewDir/$classesDir"
  24
  25 // configure classpath/args for j8/j11 compilation
  26
  27 def jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  28 def libDir
  29 def libDistDir
  30 def compile_source_compatibility
  31 def compile_target_compatibility
  32
  33 ext {
  34   buildProperties = jalviewDir + "/" + classesDir +"/" + buildPropertiesFile
  35
  36   gitHash = ""
  37   gitBranch = ""
  38
  39   jalviewjsServer = ""
  40 }
  41
  42 def JAVA_INTEGER_VERSION
  43 //def additional_compiler_args = []
  44 // this property is for the Java library used in eclipse
  45 def eclipse_java_runtime_name
  46 if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
  47   JAVA_INTEGER_VERSION = "8"
  48   //libDir = j8libDir
  49   libDir = j11libDir
  50   libDistDir = j8libDir
  51   compile_source_compatibility = 1.8
  52   compile_target_compatibility = 1.8
  53   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-1.8"
  54 } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
  55   JAVA_INTEGER_VERSION = "11"
  56   libDir = j11libDir
  57   libDistDir = j11libDir
  58   compile_source_compatibility = 11
  59   compile_target_compatibility = 11
  60   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
  61   /* compile without modules -- using classpath libraries
  62   additional_compiler_args += [
  63   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
  64   '--add-modules', j11modules
  65   ]
  66   */
  67 } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
  68   JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
  69   libDir = j11libDir
  70   libDistDir = j11libDir
  71   compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
  72   compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
  73   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
  74   /* compile without modules -- using classpath libraries
  75   additional_compiler_args += [
  76   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
  77   '--add-modules', j11modules
  78   ]
  79   */
  80 } else {
  81   throw new GradleException("JAVA_VERSION=$JAVA_VERSION not currently supported by Jalview")
  82 }
  83
  84 sourceSets {
  85
  86   main {
  87     java {
  88       srcDirs "$jalviewDir/$sourceDir"
  89       outputDir = file("$classes")
  90     }
  91
  92     resources {
  93       srcDirs "$jalviewDir/$resourceDir"
  94     }
  95
  96     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
  97     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
  98
  99     runtimeClasspath = compileClasspath
 100   }
 101
 102 }
 103
 104 eclipse {
 105   project {
 106     name = eclipse_project_name
 107
 108     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 109     'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 110
 111     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 112     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 113   }
 114
 115   classpath {
 116     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 117     def removeThese = []
 118     configurations.each{ if (it.isCanBeResolved()) {
 119         removeThese += it
 120       }
 121     }
 122
 123     minusConfigurations += removeThese
 124     plusConfigurations = [ ]
 125     file {
 126
 127       whenMerged { cp ->
 128         def removeTheseToo = []
 129         HashMap<String, Boolean> addedSrcPath = new HashMap<>();
 130         cp.entries.each { entry ->
 131           if (entry.kind == 'src') {
 132             if (addedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == "src" || entry.path == "test")) {
 133               removeTheseToo += entry
 134             } else {
 135               addedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 136             }
 137           }
 138         }
 139         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 140
 141         cp.entries += new Output(eclipse_bin_dir+"/main")
 142         cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 143         cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 144
 145         HashMap<String, Boolean> addedLibPath = new HashMap<>();
 146
 147         // changing from sourcesets.main.classpath to specific Java version lib
 148         //sourceSets.main.compileClasspath.each{
 149         fileTree("$jalviewDir/$libDistDir").include("**/*.jar").include("*.jar").each {
 150           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 151           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 152             // don't add dirs to classpath
 153             return
 154           }
 155           def itPath = it.toString()
 156           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 157             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 158           }
 159           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 160             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 161           } else {
 162             //println("Adding entry "+itPath)
 163             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 164             addedLibPath.put(itPath, true)
 165           }
 166         }
 167       } // whenMerged
 168
 169     } // file
 170
 171     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 172   } // classpath
 173
 174   jdt {
 175     // for the IDE, use java 11 compatibility
 176     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 177     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 178     javaRuntimeName = eclipse_java_runtime_name
 179
 180     /*
 181     file {
 182     withProperties { props ->
 183     def jalview_prefs = new Properties()
 184     def ins = new FileInputStream(jalviewDirAbsolutePath+"/"+eclipse_extra_jdt_prefs_file)
 185     jalview_prefs.load(ins)
 186     ins.close()
 187     jalview_prefs.forEach { t, v ->
 188     if (props.getAt(t) == null) {
 189     props.putAt(t, v)
 190     }
 191     }
 192     }
 193     }
 194      */
 195   } // jdt
 196
 197   //synchronizationTasks eclipseClasspath
 198   //autoBuildTasks eclipseClasspath
 199 } // eclipse
 200
 201 /*
 202 compileJava {
 203
 204   doFirst {
 205     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 206     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 207     //options.compilerArgs = additional_compiler_args
 208     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 209   }
 210
 211 }
 212
 213 clean {
 214   delete sourceSets.main.java.outputDir
 215 }
 216 */
 217
 218 task jalviewjsUnzipFiles {
 219   def zipFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_libjs_dir).include("*.zip")
 220   zipFiles += jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_swingjs_zip
 221
 222   doLast {
 223     zipFiles.each { file_zip ->
 224       copy {
 225         from zipTree(file_zip)
 226         into jalviewjs_site_dir
 227       }
 228     }
 229   }
 230
 231   inputs.files zipFiles
 232   outputs.dir jalviewjs_site_dir
 233 }
 234
 235 def eclipseBinary
 236 def eclipseDropinsDir
 237 def eclipsePluginsDir
 238 task jalviewjsEclipsePaths {
 239   def eclipseRoot = jalviewjs_eclipse_root
 240   if (eclipseRoot.startsWith("~")) {
 241     eclipseRoot = System.getProperty("user.home") + eclipseRoot.substring(1)
 242   }
 243         if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
 244     eclipseRoot += "/Eclipse.app"
 245                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/Contents/Eclipse/dropins"
 246                 eclipsePluginsDir = eclipseRoot+"/Contents/Eclipse/plugins"
 247                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/Contents/MacOS/eclipse"
 248         } else if (OperatingSystem.current().isWindows()) { // check these paths!!
 249                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 250                 eclipsePluginsDir = eclipseRoot+"/plugins"
 251                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 252         } else { // linux or unix
 253                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 254                 eclipsePluginsDir = eclipseRoot+"/plugins"
 255                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 256         }
 257   println("ECLIPSE ROOT: "+eclipseRoot)
 258 }
 259
 260 task jalviewjsEclipseCopyDropins (type: Copy) {
 261   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 262   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir)
 263   def outputDir = eclipseDropinsDir
 264
 265   from inputFiles
 266   into outputDir
 267   def outputFiles = []
 268   rename { filename ->
 269     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 270     null
 271   }
 272   outputs.files outputFiles
 273   inputs.files inputFiles
 274 }
 275
 276 task jalviewjsEclipseCopyPlugins (type: Copy) {
 277   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 278   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_plugins_dir)
 279   def outputDir = eclipsePluginsDir
 280
 281   from inputFiles
 282   into outputDir
 283   def outputFiles = []
 284   rename { filename ->
 285     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 286     null
 287   }
 288   outputs.files outputFiles
 289   inputs.files inputFiles
 290 }
 291
 292 def tempEclipseWorkspace = ""
 293
 294 task jalviewjsSetTempEclipseWorkspace {
 295   tempEclipseWorkspace = file(jalviewjs_eclipse_workspace)
 296   if (!tempEclipseWorkspace.exists()) {
 297     tempEclipseWorkspace = File.createTempDir()
 298     tempEclipseWorkspace.deleteOnExit()
 299   }
 300   println("ECLIPSE WORKSPACE: "+tempEclipseWorkspace.getPath())
 301 }
 302
 303 task jalviewjsEclipseSetup {
 304   dependsOn jalviewjsEclipseCopyDropins
 305   dependsOn jalviewjsEclipseCopyPlugins
 306   dependsOn jalviewjsSetTempEclipseWorkspace
 307 }
 308
 309
 310 task jalviewjsCreateJ2sSettings(type: WriteProperties) {
 311   outputFile (jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings)
 312   def props = project.properties.sort { it.key }
 313   props.each { prop, val ->
 314     if (prop.startsWith("j2s.") && val != null) {
 315       property(prop,val)
 316     }
 317   }
 318   outputs.file(outputFile)
 319 }
 320
 321 task jalviewjsCopyResources (type: Copy) {
 322   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_resource_dir)
 323   def outputDir = jalviewjs_site_dir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir
 324
 325   from inputFiles
 326   into outputDir
 327   def outputFiles = []
 328   rename { filename ->
 329     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 330     null
 331   }
 332   outputs.files outputFiles
 333   inputs.files inputFiles
 334 }
 335
 336 task jalviewjsCopySiteResources (type: Copy) {
 337   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_site_resource_dir)
 338   def outputDir = jalviewjs_site_dir
 339
 340   from inputFiles
 341   into outputDir
 342   def outputFiles = []
 343   rename { filename ->
 344     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 345     null
 346   }
 347   outputs.files outputFiles
 348   inputs.files inputFiles
 349 }
 350
 351 task cleanJalviewjs {
 352   /*
 353   delete jalviewDir+"/"+jalviewjs_site_dir
 354   delete jalviewDir+"/"+eclipse_bin_dir
 355   delete file(tempEclipseWorkspace.getAbsolutePath()+"/.metadata")
 356   delete jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings
 357   */
 358 }
 359
 360 task jalviewjsProjectImport(type: Exec) {
 361   // work out how to do this!
 362   dependsOn eclipseProject
 363   dependsOn eclipseClasspath
 364   dependsOn eclipseJdt
 365   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 366   dependsOn jalviewjsEclipseSetup
 367   executable(eclipseBinary)
 368   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "com.seeq.eclipse.importprojects.headlessimport", "-data", tempEclipseWorkspace.getPath(), "-import", jalviewDirAbsolutePath])
 369
 370   def projdir = tempEclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview/org.eclipse.jdt.core/"
 371   inputs.file(jalviewDir+"/.project")
 372   outputs.dir(projdir)
 373 }
 374
 375 task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
 376   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
 377   dependsOn jalviewjsProjectImport
 378   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 379   executable(eclipseBinary)
 380   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", tempEclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ])
 381   inputs.dir(sourceDir)
 382   outputs.dir(eclipse_bin_dir+"/main")
 383   outputs.file(eclipse_bin_dir+"/main/jalview/bin/Jalview.class")
 384   outputs.dir(jalviewjs_site_dir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir)
 385 }
 386
 387 task jalviewjsBuildSite {
 388   dependsOn jalviewjsUnzipFiles
 389   dependsOn jalviewjsCopyResources
 390   dependsOn jalviewjsCopySiteResources
 391   dependsOn jalviewjsTranspile
 392 }
 393
 394 task jalviewjsSiteTar(type: Tar) {
 395   dependsOn jalviewjsBuildSite
 396   def outputFilename = "site.tar.gz"
 397   try {
 398     archiveFileName = outputFilename
 399   } catch (Exception e) {
 400     archiveName = outputFilename
 401   }
 402
 403   compression Compression.GZIP
 404
 405   from jalviewjs_site_dir
 406   into jalviewjs_site_dir // this is inside the tar file
 407
 408   inputs.dir(jalviewjs_site_dir)
 409 }
 410
 411 task jalviewjs {
 412   dependsOn jalviewjsBuildSite
 413 }
 414
 415 def jalviewjsServer = null
 416 task jalviewjsServerStart {
 417   doLast {
 418
 419     if (jalviewjsServer != null) {
 420       println("SERVER ALREADY RUNNING. Go to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle jalviewjsServerStop  to stop.")
 421     } else {
 422
 423       SimpleHttpFileServerFactory factory = new SimpleHttpFileServerFactory()
 424       def port = Integer.valueOf(jalviewjs_server_port)
 425       def start = port
 426       def running = false
 427       while(port < start+1000 && !running) {
 428         try {
 429           jalviewjsServer = factory.start(new File(jalviewDirAbsolutePath+"/"+jalviewjs_site_dir), port)
 430           running = true
 431           println("SERVER STARTED. Go to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle jalviewjsServerStop  to stop.")
 432           //println("Ctrl-c to stop.");java.lang.Thread.sleep(Integer.valueOf(jalviewjs_server_wait)*1000);
 433         } catch (Exception e) {
 434           port++;
 435         }
 436       }
 437
 438     }
 439
 440   }
 441
 442 }
 443
 444 /* server persists in gradle daemon but reference is not accessible across builds
 445 task jalviewjsServerStop {
 446   doLast {
 447
 448     if (jalviewjsServer != null) {
 449
 450       println("SERVER ON PORT "+jalviewjsServer.getPort()+" STOPPING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start again.")
 451       jalviewjsServer.stop()
 452
 453     } else {
 454       println("SERVER NOT RUNNING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start.")
 455     }
 456
 457   }
 458 }
 459 */