build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   3 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.*
   4 import groovy.transform.ExternalizeMethods
   5 import org.eclipse.osgi.*
   6
   7 /*
   8 buildscript {
   9   repositories {
  10     repos
  11     mavenCentral()
  12     jcenter()
  13   }
  14   dependencies {
  15     //eclipseDeps.each { compile "p2:${it}:+" }
  16     //classpath 'org.eclipse.platform:org.eclipse.osgi:3.15.0'
  17     //compile group: 'org.eclipse.platform', name: 'org.eclipse.osgi', version: '3.15.0'
  18     //classpath 'biz.aQute.bnd:biz.aQute.bnd.gradle:4.4.0'
  19   }
  20 }
  21 */
  22
  23 plugins {
  24   id 'java'
  25   id 'application'
  26   id 'eclipse'
  27   id 'com.diffplug.gradle.oomph.ide' version '3.18.1'
  28   id 'com.diffplug.gradle.equinoxlaunch' version '3.18.1'
  29
  30   id 'com.diffplug.gradle.spotless' version '3.24.2'
  31
  32   //id 'com.diffplug.gradle.p2.asmaven' version '3.18.1'
  33
  34   //id 'org.eclipse.osgi' version '3.15.0'
  35   //id 'osgi'
  36 }
  37
  38
  39 /*
  40 def eclipseDeps = [
  41     // The dependencies we actually use
  42     'org.eclipse.jdt.core',
  43     'org.eclipse.text',
  44
  45     // Their transitives
  46     'org.eclipse.core.contenttype',
  47     'org.eclipse.core.jobs',
  48     'org.eclipse.core.runtime',
  49     'org.eclipse.core.resources',
  50     'org.eclipse.equinox.common',
  51     'org.eclipse.equinox.preferences',
  52     //'org.eclipse.osgi'
  53 ]
  54 */
  55
  56 /*
  57 p2AsMaven {
  58   group 'p2', {
  59     repoEclipse goomph_eclipse_version
  60     eclipseDeps.each { p2.addIU(it) }
  61     eclipseDeps.each { p2.addIU(it + '.source') }
  62   }
  63 }
  64 */
  65
  66
  67 /*
  68 dependencies {
  69   //eclipseDeps.each { compile "p2:${it}:+" }
  70   //implementation 'org.eclipse.platform:org.eclipse.osgi:3.15.0'
  71   //compile 'org.eclipse.platform:org.eclipse.osgi:3.15.0'
  72   //classpath 'biz.aQute.bnd:biz.aQute.bnd.gradle:4.4.0'
  73 }
  74 */
  75
  76
  77 spotless {
  78   java {
  79     eclipse(spotless_eclipse_version).configFile eclipse_extra_jdt_prefs_file
  80   }
  81 }
  82
  83
  84 repositories {
  85   jcenter()
  86   mavenCentral()
  87   flatDir {
  88     dirs gradlePluginsDir
  89   }
  90 }
  91
  92 mainClassName = launcherClass
  93 def classes = "$jalviewDir/$classesDir"
  94
  95 // configure classpath/args for j8/j11 compilation
  96
  97 def jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  98 def libDir
  99 def libDistDir
 100 def compile_source_compatibility
 101 def compile_target_compatibility
 102
 103 ext {
 104   buildProperties = jalviewDir + "/" + classesDir +"/" + buildPropertiesFile
 105
 106   gitHash = ""
 107   gitBranch = ""
 108
 109   jalviewjsServer = ""
 110 }
 111
 112 def JAVA_INTEGER_VERSION
 113 //def additional_compiler_args = []
 114 // this property is for the Java library used in eclipse
 115 def eclipse_java_runtime_name
 116 if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
 117   JAVA_INTEGER_VERSION = "8"
 118   //libDir = j8libDir
 119   libDir = j11libDir
 120   libDistDir = j8libDir
 121   compile_source_compatibility = 1.8
 122   compile_target_compatibility = 1.8
 123   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-1.8"
 124 } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
 125   JAVA_INTEGER_VERSION = "11"
 126   libDir = j11libDir
 127   libDistDir = j11libDir
 128   compile_source_compatibility = 11
 129   compile_target_compatibility = 11
 130   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
 131   /* compile without modules -- using classpath libraries
 132   additional_compiler_args += [
 133   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
 134   '--add-modules', j11modules
 135   ]
 136   */
 137 } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
 138   JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
 139   libDir = j11libDir
 140   libDistDir = j11libDir
 141   compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
 142   compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
 143   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
 144   /* compile without modules -- using classpath libraries
 145   additional_compiler_args += [
 146   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
 147   '--add-modules', j11modules
 148   ]
 149   */
 150 } else {
 151   throw new GradleException("JAVA_VERSION=$JAVA_VERSION not currently supported by Jalview")
 152 }
 153
 154 sourceSets {
 155
 156   main {
 157     java {
 158       srcDirs "$jalviewDir/$sourceDir"
 159       outputDir = file("$classes")
 160     }
 161
 162     resources {
 163       srcDirs "$jalviewDir/$resourceDir"
 164     }
 165
 166     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
 167     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
 168
 169     runtimeClasspath = compileClasspath
 170   }
 171
 172 }
 173
 174 eclipse {
 175   project {
 176     name = eclipse_project_name
 177
 178     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 179     'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 180
 181     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 182     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 183   }
 184
 185   classpath {
 186     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 187     def removeThese = []
 188     configurations.each{ if (it.isCanBeResolved()) {
 189         removeThese += it
 190       }
 191     }
 192
 193     minusConfigurations += removeThese
 194     plusConfigurations = [ ]
 195     file {
 196
 197       whenMerged { cp ->
 198         def removeTheseToo = []
 199         HashMap<String, Boolean> addedSrcPath = new HashMap<>();
 200         cp.entries.each { entry ->
 201           if (entry.kind == 'src') {
 202             if (addedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == "src" || entry.path == "test")) {
 203               removeTheseToo += entry
 204             } else {
 205               addedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 206             }
 207           }
 208         }
 209         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 210
 211         cp.entries += new Output(eclipse_bin_dir+"/main")
 212         cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 213         cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 214
 215         HashMap<String, Boolean> addedLibPath = new HashMap<>();
 216
 217         // changing from sourcesets.main.classpath to specific Java version lib
 218         //sourceSets.main.compileClasspath.each{
 219         fileTree("$jalviewDir/$libDistDir").include("**/*.jar").include("*.jar").each {
 220           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 221           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 222             // don't add dirs to classpath
 223             return
 224           }
 225           def itPath = it.toString()
 226           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 227             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 228           }
 229           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 230             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 231           } else {
 232             //println("Adding entry "+itPath)
 233             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 234             addedLibPath.put(itPath, true)
 235           }
 236         }
 237       } // whenMerged
 238
 239     } // file
 240
 241     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 242   } // classpath
 243
 244   jdt {
 245     // for the IDE, use java 11 compatibility
 246     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 247     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 248     javaRuntimeName = eclipse_java_runtime_name
 249
 250     /*
 251     file {
 252     withProperties { props ->
 253     def jalview_prefs = new Properties()
 254     def ins = new FileInputStream(jalviewDirAbsolutePath+"/"+eclipse_extra_jdt_prefs_file)
 255     jalview_prefs.load(ins)
 256     ins.close()
 257     jalview_prefs.forEach { t, v ->
 258     if (props.getAt(t) == null) {
 259     props.putAt(t, v)
 260     }
 261     }
 262     }
 263     }
 264      */
 265   } // jdt
 266
 267   //synchronizationTasks eclipseClasspath
 268   //autoBuildTasks eclipseClasspath
 269 } // eclipse
 270
 271 /*
 272 compileJava {
 273
 274   doFirst {
 275     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 276     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 277     //options.compilerArgs = additional_compiler_args
 278     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 279   }
 280
 281 }
 282
 283 clean {
 284   delete sourceSets.main.java.outputDir
 285 }
 286 */
 287
 288
 289
 290
 291
 292
 293
 294
 295
 296
 297
 298 oomphIde {
 299   repoEclipse goomph_eclipse_version
 300   jdt {
 301     /*
 302     installedJre {
 303       //markDefault = true
 304       //executionEnvironments = [ eclipse.jdt.javaRuntimeName ]
 305     }
 306     */
 307     //compilerComplianceLevel( JAVA_INTEGER_VERSION )
 308   }
 309   //repo 'http://download.eclipse.org/buildship/updates/e45/milestones/3.x/'
 310   repo goomph_repo_buildship
 311         feature goomph_feature_buildship
 312 }
 313
 314 equinoxLaunch {
 315   headlessAppSetup {
 316
 317     launchTask 'ideJalviewjsBuild', {
 318       //it.args = ["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", tempEclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ]
 319       it.args = ["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ]
 320     }
 321   }
 322 }
 323
 324 task ideCopyDropins (type: Copy) {
 325   dependsOn ideSetupP2
 326
 327   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir)
 328   def outputDir = oomphIde.ideDir + "/" + com.diffplug.gradle.FileMisc.macContentsEclipse() + "/dropins"
 329
 330   from inputFiles
 331   into outputDir
 332   def outputFiles = []
 333   rename { filename ->
 334     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 335     println("COPYING ${filename} to ${outputFiles}")
 336     null
 337   }
 338   outputs.files outputFiles
 339   inputs.files inputFiles
 340
 341 }
 342
 343 ide.dependsOn ideCopyDropins
 344 ideJalviewjsBuild.dependsOn ideSetupWorkspace
 345 ideJalviewjsBuild.dependsOn ideCopyDropins
 346
 347
 348
 349
 350
 351
 352
 353
 354
 355
 356
 357
 358
 359
 360 def tempEclipseWorkspace = ""
 361
 362 task jalviewjsSetTempEclipseWorkspace {
 363   tempEclipseWorkspace = file(jalviewjs_eclipse_workspace)
 364   if (!tempEclipseWorkspace.exists()) {
 365     tempEclipseWorkspace = File.createTempDir()
 366     tempEclipseWorkspace.deleteOnExit()
 367   }
 368   println("ECLIPSE WORKSPACE: "+tempEclipseWorkspace.getPath())
 369 }
 370
 371 task jalviewjsUnzipFiles {
 372   def zipFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_libjs_dir).include("*.zip")
 373   zipFiles += jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_swingjs_zip
 374
 375   doLast {
 376     zipFiles.each { file_zip ->
 377       copy {
 378         from zipTree(file_zip)
 379         into jalviewjs_site_dir
 380       }
 381     }
 382   }
 383
 384   inputs.files zipFiles
 385   outputs.dir jalviewjs_site_dir
 386 }
 387
 388 def eclipseBinary
 389 def eclipseDropinsDir
 390 def eclipsePluginsDir
 391 task jalviewjsEclipsePaths {
 392   def eclipseRoot = jalviewjs_eclipse_root
 393   if (eclipseRoot.startsWith("~")) {
 394     eclipseRoot = System.getProperty("user.home") + eclipseRoot.substring(1)
 395   }
 396         if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
 397     eclipseRoot += "/Eclipse.app"
 398                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/Contents/Eclipse/dropins"
 399                 eclipsePluginsDir = eclipseRoot+"/Contents/Eclipse/plugins"
 400                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/Contents/MacOS/eclipse"
 401         } else if (OperatingSystem.current().isWindows()) { // check these paths!!
 402                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 403                 eclipsePluginsDir = eclipseRoot+"/plugins"
 404                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 405         } else { // linux or unix
 406                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 407                 eclipsePluginsDir = eclipseRoot+"/plugins"
 408                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 409         }
 410   println("ECLIPSE ROOT: "+eclipseRoot)
 411 }
 412
 413 task jalviewjsEclipseCopyDropins (type: Copy) {
 414   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 415   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir)
 416   def outputDir = eclipseDropinsDir
 417
 418   from inputFiles
 419   into outputDir
 420   def outputFiles = []
 421   rename { filename ->
 422     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 423     null
 424   }
 425   outputs.files outputFiles
 426   inputs.files inputFiles
 427 }
 428
 429 task jalviewjsEclipseCopyPlugins (type: Copy) {
 430   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 431   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_plugins_dir)
 432   def outputDir = eclipsePluginsDir
 433
 434   from inputFiles
 435   into outputDir
 436   def outputFiles = []
 437   rename { filename ->
 438     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 439     null
 440   }
 441   outputs.files outputFiles
 442   inputs.files inputFiles
 443 }
 444
 445 task jalviewjsEclipseSetup {
 446   dependsOn jalviewjsEclipseCopyDropins
 447   dependsOn jalviewjsEclipseCopyPlugins
 448   dependsOn jalviewjsSetTempEclipseWorkspace
 449 }
 450
 451
 452 task jalviewjsCreateJ2sSettings(type: WriteProperties) {
 453   outputFile (jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings)
 454   def props = project.properties.sort { it.key }
 455   props.each { prop, val ->
 456     if (prop.startsWith("j2s.") && val != null) {
 457       property(prop,val)
 458     }
 459   }
 460   outputs.file(outputFile)
 461 }
 462
 463 task jalviewjsCopyResources (type: Copy) {
 464   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_resource_dir)
 465   def outputDir = jalviewjs_site_dir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir
 466
 467   from inputFiles
 468   into outputDir
 469   def outputFiles = []
 470   rename { filename ->
 471     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 472     null
 473   }
 474   outputs.files outputFiles
 475   inputs.files inputFiles
 476 }
 477
 478 task jalviewjsCopySiteResources (type: Copy) {
 479   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_site_resource_dir)
 480   def outputDir = jalviewjs_site_dir
 481
 482   from inputFiles
 483   into outputDir
 484   def outputFiles = []
 485   rename { filename ->
 486     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 487     null
 488   }
 489   outputs.files outputFiles
 490   inputs.files inputFiles
 491 }
 492
 493 task cleanJalviewjs {
 494   /*
 495   delete jalviewDir+"/"+jalviewjs_site_dir
 496   delete jalviewDir+"/"+eclipse_bin_dir
 497   delete file(tempEclipseWorkspace.getAbsolutePath()+"/.metadata")
 498   delete jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings
 499   */
 500 }
 501
 502 task jalviewjsProjectImport(type: Exec) {
 503   // work out how to do this!
 504   dependsOn eclipseProject
 505   dependsOn eclipseClasspath
 506   dependsOn eclipseJdt
 507   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 508   dependsOn jalviewjsEclipseSetup
 509   executable(eclipseBinary)
 510   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "com.seeq.eclipse.importprojects.headlessimport", "-data", tempEclipseWorkspace.getPath(), "-import", jalviewDirAbsolutePath])
 511
 512   def projdir = tempEclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview/org.eclipse.jdt.core/"
 513   inputs.file(jalviewDir+"/.project")
 514   outputs.dir(projdir)
 515 }
 516
 517 task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
 518   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
 519   dependsOn jalviewjsProjectImport
 520   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 521   executable(eclipseBinary)
 522   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", tempEclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ])
 523   inputs.dir(sourceDir)
 524   outputs.dir(eclipse_bin_dir+"/main")
 525   outputs.file(eclipse_bin_dir+"/main/jalview/bin/Jalview.class")
 526   outputs.dir(jalviewjs_site_dir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir)
 527 }
 528
 529 task jalviewjsBuildSite {
 530   dependsOn jalviewjsUnzipFiles
 531   dependsOn jalviewjsCopyResources
 532   dependsOn jalviewjsCopySiteResources
 533   dependsOn jalviewjsTranspile
 534 }
 535
 536 task jalviewjsSiteTar(type: Tar) {
 537   dependsOn jalviewjsBuildSite
 538   def outputFilename = "site.tar.gz"
 539   try {
 540     archiveFileName = outputFilename
 541   } catch (Exception e) {
 542     archiveName = outputFilename
 543   }
 544
 545   compression Compression.GZIP
 546
 547   from jalviewjs_site_dir
 548   into jalviewjs_site_dir // this is inside the tar file
 549
 550   inputs.dir(jalviewjs_site_dir)
 551 }
 552
 553 task jalviewjs {
 554   dependsOn jalviewjsBuildSite
 555 }
 556
 557 def jalviewjsServer = null
 558 task jalviewjsServerStart {
 559   doLast {
 560
 561     if (jalviewjsServer != null) {
 562       println("SERVER ALREADY RUNNING. Go to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle jalviewjsServerStop  to stop.")
 563     } else {
 564
 565       SimpleHttpFileServerFactory factory = new SimpleHttpFileServerFactory()
 566       def port = Integer.valueOf(jalviewjs_server_port)
 567       def start = port
 568       def running = false
 569       while(port < start+1000 && !running) {
 570         try {
 571           jalviewjsServer = factory.start(new File(jalviewDirAbsolutePath+"/"+jalviewjs_site_dir), port)
 572           running = true
 573           println("SERVER STARTED. Go to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle jalviewjsServerStop  to stop.")
 574           //println("Ctrl-c to stop.");java.lang.Thread.sleep(Integer.valueOf(jalviewjs_server_wait)*1000);
 575         } catch (Exception e) {
 576           port++;
 577         }
 578       }
 579
 580     }
 581
 582   }
 583
 584 }
 585
 586 /* server persists in gradle daemon but reference is not accessible across builds
 587 task jalviewjsServerStop {
 588   doLast {
 589
 590     if (jalviewjsServer != null) {
 591
 592       println("SERVER ON PORT "+jalviewjsServer.getPort()+" STOPPING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start again.")
 593       jalviewjsServer.stop()
 594
 595     } else {
 596       println("SERVER NOT RUNNING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start.")
 597     }
 598
 599   }
 600 }
 601 */