build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 //import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceRegexp
   3 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   4 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.*
   5
   6
   7 import groovy.transform.ExternalizeMethods
   8
   9 buildscript {
  10   dependencies {
  11     classpath 'org.openclover:clover:4.3.1'
  12     classpath 'org.apache.commons:commons-compress:1.18'
  13   }
  14 }
  15
  16 plugins {
  17   id 'java'
  18   id 'application'
  19   id 'eclipse'
  20   id 'com.github.johnrengelman.shadow' version '4.0.3'
  21   id 'com.install4j.gradle' version '7.0.9'
  22 }
  23
  24 repositories {
  25   jcenter()
  26   mavenCentral()
  27   mavenLocal()
  28   flatDir {
  29     dirs gradlePluginsDir
  30   }
  31 }
  32
  33 mainClassName = launcherClass
  34 def cloverInstrDir = file("$buildDir/$cloverSourcesInstrDir")
  35 def classes = "$jalviewDir/$classesDir"
  36
  37 if (clover.equals("true")) {
  38   use_clover = true
  39   classes = "$buildDir/$cloverClassesDir"
  40 } else {
  41   use_clover = false
  42   classes = "$jalviewDir/$classesDir"
  43 }
  44
  45 // configure classpath/args for j8/j11 compilation
  46
  47 def jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  48 def libDir
  49 def libDistDir
  50 def compile_source_compatibility
  51 def compile_target_compatibility
  52
  53 ext {
  54   // where the getdown channel will be built.
  55   // TODO: consider allowing this expression to  be overridden by -P arg
  56   getdownWebsiteDir = jalviewDir + '/' + getdown_website_dir + '/' + JAVA_VERSION
  57   getdownAppDir = getdownWebsiteDir + '/' + getdown_app_dir
  58   //getdownJ11libDir = getdownWebsiteDir + '/' + getdown_j11lib_dir
  59   getdownResourceDir = getdownWebsiteDir + '/' + getdown_resource_dir
  60   getdownLauncher = jalviewDir + '/' + getdown_launcher
  61   getdownFilesDir = jalviewDir + '/' + getdown_files_dir + '/' + JAVA_VERSION + '/'
  62   getdown_app_base = getdown_channel_base+"/"+getdown_channel_name+"/"+JAVA_VERSION+"/"
  63   modules_compileClasspath = fileTree(dir: "$jalviewDir/$j11modDir", include: ["*.jar"])
  64   modules_runtimeClasspath = modules_compileClasspath
  65   gitHash = ""
  66   gitBranch = ""
  67 }
  68
  69 def JAVA_INTEGER_VERSION
  70 def additional_compiler_args = []
  71 // these are getdown.txt properties defined dependent on the JAVA_VERSION
  72 def getdown_alt_java_min_version
  73 // this property is assigned below and expanded to multiple lines in the getdown task
  74 def getdown_alt_multi_java_location
  75 // this property is for the Java library used in eclipse
  76 def eclipse_java_runtime_name
  77 if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
  78   JAVA_INTEGER_VERSION = "8"
  79   //libDir = j8libDir
  80   libDir = j11libDir
  81   libDistDir = j8libDir
  82   compile_source_compatibility = 1.8
  83   compile_target_compatibility = 1.8
  84   getdown_alt_java_min_version = getdown_alt_java8_min_version
  85   getdown_alt_multi_java_location = getdown_alt_java8_txt_multi_java_location
  86   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-1.8"
  87 } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
  88   JAVA_INTEGER_VERSION = "11"
  89   libDir = j11libDir
  90   libDistDir = j11libDir
  91   compile_source_compatibility = 11
  92   compile_target_compatibility = 11
  93   getdown_alt_java_min_version = getdown_alt_java11_min_version
  94   getdown_alt_multi_java_location = getdown_alt_java11_txt_multi_java_location
  95   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
  96   additional_compiler_args += [
  97     '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
  98     '--add-modules', j11modules
  99   ]
 100 } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
 101   JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
 102   libDir = j11libDir
 103   libDistDir = j11libDir
 104   compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
 105   compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
 106   getdown_alt_java_min_version = getdown_alt_java11_min_version
 107   getdown_alt_multi_java_location = getdown_alt_java11_txt_multi_java_location
 108   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
 109   additional_compiler_args += [
 110     '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
 111     '--add-modules', j11modules
 112   ]
 113 } else {
 114   throw new GradleException("JAVA_VERSION=$JAVA_VERSION not currently supported by Jalview")
 115 }
 116
 117 sourceSets {
 118
 119   main {
 120     java {
 121       srcDirs "$jalviewDir/$sourceDir"
 122       outputDir = file("$classes")
 123     }
 124
 125     resources {
 126       srcDirs "$jalviewDir/$resourceDir"
 127     }
 128
 129     jar.destinationDir = file("$jalviewDir/$packageDir")
 130
 131     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
 132     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
 133
 134     runtimeClasspath = compileClasspath
 135   }
 136   clover {
 137     java {
 138       srcDirs = [ cloverInstrDir ]
 139       outputDir = file("${buildDir}/${cloverClassesDir}")
 140     }
 141
 142     resources {
 143       srcDirs = sourceSets.main.resources.srcDirs
 144     }
 145     compileClasspath = configurations.cloverRuntime + files( sourceSets.clover.java.outputDir )
 146     compileClasspath += files(sourceSets.main.java.outputDir)
 147     compileClasspath += sourceSets.main.compileClasspath
 148     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$utilsDir", include: ["**/*.jar"])
 149     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
 150
 151     runtimeClasspath = compileClasspath
 152   }
 153
 154   test {
 155     java {
 156       srcDirs "$jalviewDir/$testSourceDir"
 157       outputDir = file("$jalviewDir/$testOutputDir")
 158     }
 159
 160     resources {
 161       srcDirs = sourceSets.main.resources.srcDirs
 162     }
 163
 164     compileClasspath = files( sourceSets.test.java.outputDir )
 165
 166     if (use_clover) {
 167       compileClasspath += sourceSets.clover.compileClasspath
 168     } else {
 169       compileClasspath += files(sourceSets.main.java.outputDir)
 170     }
 171
 172     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$utilsDir", include: ["**/*.jar"])
 173     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
 174
 175     runtimeClasspath = compileClasspath
 176   }
 177 }
 178
 179 // clover bits
 180 dependencies {
 181   if (use_clover) {
 182     cloverCompile 'org.openclover:clover:4.3.1'
 183     testCompile 'org.openclover:clover:4.3.1'
 184   }
 185 }
 186
 187 configurations {
 188   cloverRuntime
 189   cloverRuntime.extendsFrom cloverCompile
 190 }
 191
 192 eclipse {
 193   project {
 194     name = "Jalview with gradle build"
 195
 196     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 197         'org.eclipse.jdt.groovy.core.groovyNature',
 198         'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 199
 200     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 201     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 202   }
 203
 204   classpath {
 205     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 206     def removeThese = []
 207     configurations.each{ if (it.isCanBeResolved()) {
 208         removeThese += it
 209       }
 210     }
 211
 212     minusConfigurations += removeThese
 213     plusConfigurations = [ ]
 214     file {
 215
 216       whenMerged { cp ->
 217         def removeTheseToo = []
 218         HashMap<String, Boolean> addedSrcPath = new HashMap<>();
 219         cp.entries.each { entry ->
 220           if (entry.kind == 'src') {
 221             if (addedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == "src" || entry.path == "test")) {
 222               removeTheseToo += entry
 223             } else {
 224               addedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 225             }
 226           }
 227         }
 228         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 229
 230         print ("CP="+cp.inspect())
 231
 232         cp.entries += new Output("bin/main")
 233         cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 234         cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 235
 236         HashMap<String, Boolean> addedLibPath = new HashMap<>();
 237
 238         // changing from sourcesets.main.classpath to specific Java version lib
 239         //sourceSets.main.compileClasspath.each{
 240         fileTree("$jalviewDir/$libDistDir").include("**/*.jar").include("*.jar").each {
 241           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 242           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 243             // don't add dirs to classpath
 244             return
 245           }
 246           def itPath = it.toString()
 247           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 248             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 249           }
 250           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 251             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 252           } else {
 253             //println("Adding entry "+itPath)
 254             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 255             addedLibPath.put(itPath, true)
 256           }
 257         }
 258
 259         // changing from sourcesets.main.classpath to specific Java version lib
 260         //sourceSets.test.compileClasspath.each{
 261         fileTree(dir: "$jalviewDir/$utilsDir", include: ["**/*.jar"]).each {
 262           //if ((it.isDirectory() || ! it.exists()) && ! (it.equals(sourceSets.main.java.outputDir))) {
 263           //no longer want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 264           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 265             // don't add dirs to classpath
 266             return false // groovy "break" in .each loop
 267           }
 268           def itPath = it.toString()
 269           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 270             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 271           }
 272           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 273             // don't duplicate
 274           } else {
 275             def lib = new Library(fileReference(itPath))
 276             // this doesn't work... yet.  Adding test=true attribute using withXml below
 277             //def attrs = new Node(null, 'attributes', ["test":"true"])
 278             //lib.appendNode(attrs) //
 279             cp.entries += lib
 280             addedLibPath.put(itPath, true)
 281           }
 282         }
 283       }
 284
 285       // withXml changes ignored by buildship, these add the "test=true" attribute
 286       withXml {
 287         def node = it.asNode()
 288
 289         def srcTestAttributes
 290         node.children().each{ cpe ->
 291           def attributes = cpe.attributes()
 292           if (attributes.get("kind") == "src" && attributes.get("path") == "test") {
 293             srcTestAttributes = cpe.find { a -> a.name() == "attributes" }
 294             return
 295           }
 296         }
 297         def addTestAttribute = true
 298         srcTestAttributes.each{a ->
 299           if (a.name() == "attribute" && a.attributes().getAt("name") == "test") {
 300             addTestAttribute = false
 301           }
 302         }
 303         if (addTestAttribute) {
 304           srcTestAttributes.append(new Node(null, "attribute", [name:"test", value:"true"]))
 305         }
 306
 307         node.children().each{ cpe ->
 308           def attributes = cpe.attributes()
 309           if (attributes.get("kind") == "lib" && attributes.get("path").startsWith("utils/")) {
 310             cpe.appendNode('attributes')
 311                 .appendNode('attribute', [name:"test", value:"true"])
 312           }
 313         }
 314       } // withXML
 315     } // file
 316
 317     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 318   } // classpath
 319
 320   jdt {
 321     // for the IDE, use java 11 compatibility
 322     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 323     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 324     javaRuntimeName = eclipse_java_runtime_name
 325
 326     file {
 327       withProperties { props ->
 328         def jalview_prefs = new Properties()
 329         def ins = new FileInputStream(jalviewDirAbsolutePath+"/"+eclipse_extra_jdt_prefs_file)
 330         jalview_prefs.load(ins)
 331         ins.close()
 332         jalview_prefs.forEach { t, v ->
 333           if (props.getAt(t) == null) {
 334             props.putAt(t, v)
 335           }
 336         }
 337       }
 338     }
 339   }
 340
 341   //synchronizationTasks eclipseClasspath
 342   //autoBuildTasks eclipseClasspath
 343 }
 344
 345 task cloverInstr() {
 346   // only instrument source, we build test classes as normal
 347   inputs.files files (sourceSets.main.allJava) // , fileTree(dir:"$jalviewDir/$testSourceDir", include: ["**/*.java"]))
 348   outputs.dir cloverInstrDir
 349
 350   doFirst {
 351     delete cloverInstrDir
 352     def argsList = ["--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db",
 353       "-d", "${buildDir}/${cloverSourcesInstrDir}"]
 354     argsList.addAll(inputs.files.files.collect({ file ->
 355       file.absolutePath
 356     }))
 357     String[] args = argsList.toArray()
 358     println("About to instrument "+args.length +" files")
 359     com.atlassian.clover.CloverInstr.mainImpl(args)
 360   }
 361 }
 362
 363
 364 task cloverReport {
 365   group = "Verification"
 366   description = "Createst the Clover report"
 367   inputs.dir "${buildDir}/clover"
 368   outputs.dir "${reportsDir}/clover"
 369   onlyIf {
 370     file("${buildDir}/clover/clover.db").exists()
 371   }
 372   doFirst {
 373     def argsList = ["--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db",
 374       "-o", "${reportsDir}/clover"]
 375     String[] args = argsList.toArray()
 376     com.atlassian.clover.reporters.html.HtmlReporter.runReport(args)
 377
 378     // and generate ${reportsDir}/clover/clover.xml
 379     args = ["--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db",
 380       "-o", "${reportsDir}/clover/clover.xml"].toArray()
 381     com.atlassian.clover.reporters.xml.XMLReporter.runReport(args)
 382   }
 383 }
 384
 385 // end clover bits
 386
 387
 388 compileJava {
 389
 390   doFirst {
 391     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 392     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 393     options.compilerArgs = additional_compiler_args
 394     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 395   }
 396
 397 }
 398
 399 compileTestJava {
 400   if (use_clover) {
 401     dependsOn compileCloverJava
 402     classpath += configurations.cloverRuntime
 403   } else {
 404     classpath += sourceSets.main.runtimeClasspath
 405   }
 406   doFirst {
 407     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 408     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 409     options.compilerArgs = additional_compiler_args
 410     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 411   }
 412 }
 413
 414
 415 compileCloverJava {
 416
 417   doFirst {
 418     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 419     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 420     options.compilerArgs += additional_compiler_args
 421     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 422   }
 423   classpath += configurations.cloverRuntime
 424 }
 425
 426 clean {
 427   delete sourceSets.main.java.outputDir
 428 }
 429
 430 cleanTest {
 431   delete sourceSets.test.java.outputDir
 432   delete cloverInstrDir
 433 }
 434
 435 // format is a string like date.format("dd MMMM yyyy")
 436 def getDate(format) {
 437   def date = new Date()
 438   return date.format(format)
 439 }
 440
 441 task setGitVals {
 442   def hashStdOut = new ByteArrayOutputStream()
 443   exec {
 444     commandLine "git", "rev-parse", "--short", "HEAD"
 445     standardOutput = hashStdOut
 446     ignoreExitValue true
 447   }
 448
 449   def branchStdOut = new ByteArrayOutputStream()
 450   exec {
 451     commandLine "git", "rev-parse", "--abbrev-ref", "HEAD"
 452     standardOutput = branchStdOut
 453     ignoreExitValue true
 454   }
 455
 456   project.ext.gitHash = hashStdOut.toString().trim()
 457   project.ext.gitBranch = branchStdOut.toString().trim()
 458
 459   outputs.upToDateWhen { false }
 460 }
 461
 462 task createBuildProperties(type: WriteProperties) {
 463   dependsOn setGitVals
 464   inputs.dir("$jalviewDir/$sourceDir")
 465   inputs.dir("$classes")
 466   inputs.dir("$jalviewDir/$resourceDir")
 467   outputFile "$classes/$buildPropertiesFile"
 468   // taking time specific comment out to allow better incremental builds
 469   comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd HH:mm:ss")
 470   //comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd")
 471   property "BUILD_DATE", getDate("HH:mm:ss dd MMMM yyyy")
 472   property "VERSION", JALVIEW_VERSION
 473   property "INSTALLATION", INSTALLATION+" git-commit:"+project.ext.gitHash+" ["+project.ext.gitBranch+"]"
 474   outputs.file(outputFile)
 475 }
 476
 477 def buildingHTML = "$jalviewDir/$docDir/building.html"
 478 task deleteBuildingHTML(type: Delete) {
 479   delete buildingHTML
 480 }
 481
 482 task convertBuildingMD(type: Exec) {
 483   dependsOn deleteBuildingHTML
 484   def buildingMD = "$jalviewDir/$docDir/building.md"
 485   def css = "$jalviewDir/$docDir/github.css"
 486
 487   def pandoc = pandoc_exec
 488   def hostname = "hostname".execute().text.trim()
 489   if (! file(pandoc).exists() && hostname.equals("jv-bamboo")) {
 490     pandoc = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/pandoc/bin/pandoc"
 491   }
 492
 493   if (file(pandoc).exists()) {
 494     commandLine pandoc, '-s', '-o', buildingHTML, '--metadata', 'pagetitle="Building Jalview from Source"', '--toc', '-H', css, buildingMD
 495   } else {
 496     commandLine "true"
 497   }
 498
 499   ignoreExitValue true
 500
 501   inputs.file(buildingMD)
 502   inputs.file(css)
 503   outputs.file(buildingHTML)
 504 }
 505 clean {
 506   delete buildingHTML
 507 }
 508
 509 task syncDocs(type: Sync) {
 510   dependsOn convertBuildingMD
 511   def syncDir = "$classes/$docDir"
 512   from fileTree("$jalviewDir/$docDir")
 513   into syncDir
 514
 515 }
 516
 517 def helpFile = "$classes/$helpDir/help.jhm"
 518
 519 task copyHelp(type: Copy) {
 520   def inputDir = "$jalviewDir/$helpParentDir/$helpDir"
 521   def outputDir = "$classes/$helpDir"
 522   from(inputDir) {
 523     exclude '**/*.gif'
 524     exclude '**/*.jpg'
 525     exclude '**/*.png'
 526     filter(ReplaceTokens, beginToken: '$$', endToken: '$$', tokens: ['Version-Rel': JALVIEW_VERSION])
 527   }
 528   from(inputDir) {
 529     include '**/*.gif'
 530     include '**/*.jpg'
 531     include '**/*.png'
 532   }
 533   into outputDir
 534
 535   inputs.dir(inputDir)
 536   outputs.files(helpFile)
 537   outputs.dir(outputDir)
 538 }
 539
 540 task syncLib(type: Sync) {
 541   def syncDir = "$classes/$libDistDir"
 542   from fileTree("$jalviewDir/$libDistDir")
 543   into syncDir
 544 }
 545
 546 task syncResources(type: Sync) {
 547   from "$jalviewDir/$resourceDir"
 548   include "**/*.*"
 549   exclude "install4j"
 550   into "$classes"
 551   preserve {
 552     include "**"
 553   }
 554 }
 555
 556 task prepare {
 557   dependsOn syncResources
 558   dependsOn syncDocs
 559   dependsOn copyHelp
 560 }
 561
 562
 563 //testReportDirName = "test-reports" // note that test workingDir will be $jalviewDir
 564 test {
 565   dependsOn prepare
 566   dependsOn compileJava
 567   if (use_clover) {
 568     dependsOn cloverInstr
 569   }
 570
 571   print("Running tests " + (use_clover?"WITH":"WITHOUT") + " clover [clover="+use_clover+"]\n")
 572
 573   useTestNG() {
 574     includeGroups testngGroups
 575     preserveOrder true
 576     useDefaultListeners=true
 577   }
 578
 579   workingDir = jalviewDir
 580   //systemProperties 'clover.jar' System.properties.clover.jar
 581   sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 582   targetCompatibility = compile_target_compatibility
 583   jvmArgs += additional_compiler_args
 584   print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 585 }
 586
 587 task buildIndices(type: JavaExec) {
 588   dependsOn copyHelp
 589   classpath = sourceSets.main.compileClasspath
 590   main = "com.sun.java.help.search.Indexer"
 591   workingDir = "$classes/$helpDir"
 592   def argDir = "html"
 593   args = [ argDir ]
 594   inputs.dir("$workingDir/$argDir")
 595
 596   outputs.dir("$classes/doc")
 597   outputs.dir("$classes/help")
 598   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/DOCS")
 599   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/DOCS.TAB")
 600   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/OFFSETS")
 601   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/POSITIONS")
 602   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/SCHEMA")
 603   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/TMAP")
 604 }
 605
 606 task compileLinkCheck(type: JavaCompile) {
 607   options.fork = true
 608   classpath = files("$jalviewDir/$utilsDir")
 609   destinationDir = file("$jalviewDir/$utilsDir")
 610   source = fileTree(dir: "$jalviewDir/$utilsDir", include: ["HelpLinksChecker.java", "BufferedLineReader.java"])
 611
 612   inputs.file("$jalviewDir/$utilsDir/HelpLinksChecker.java")
 613   inputs.file("$jalviewDir/$utilsDir/HelpLinksChecker.java")
 614   outputs.file("$jalviewDir/$utilsDir/HelpLinksChecker.class")
 615   outputs.file("$jalviewDir/$utilsDir/BufferedLineReader.class")
 616 }
 617
 618 def helplinkscheckeroutputfile = file("$jalviewDir/$utilsDir/HelpLinksChecker.out")
 619 task linkCheck(type: JavaExec) {
 620   dependsOn prepare, compileLinkCheck
 621   classpath = files("$jalviewDir/$utilsDir")
 622   main = "HelpLinksChecker"
 623   workingDir = jalviewDir
 624   def help = "$classes/$helpDir"
 625   args = [ "$classes/$helpDir", "-nointernet" ]
 626
 627   doFirst {
 628     helplinkscheckeroutputfile.createNewFile()
 629     standardOutput new FileOutputStream(helplinkscheckeroutputfile, false)
 630   }
 631
 632   outputs.file(helplinkscheckeroutputfile)
 633 }
 634
 635 task cleanPackageDir(type: Delete) {
 636   delete fileTree("$jalviewDir/$packageDir").include("*.jar")
 637 }
 638
 639 jar {
 640   dependsOn linkCheck
 641   dependsOn buildIndices
 642   dependsOn createBuildProperties
 643
 644   manifest {
 645     attributes "Main-Class": mainClass,
 646     "Permissions": "all-permissions",
 647     "Application-Name": "Jalview Desktop",
 648     "Codebase": application_codebase
 649   }
 650
 651   destinationDir = file("$jalviewDir/$packageDir")
 652   archiveName = rootProject.name+".jar"
 653
 654   exclude "cache*/**"
 655   exclude "*.jar"
 656   exclude "*.jar.*"
 657   exclude "**/*.jar"
 658   exclude "**/*.jar.*"
 659
 660   inputs.dir("$classes")
 661   outputs.file("$jalviewDir/$packageDir/$archiveName")
 662 }
 663
 664 task copyJars(type: Copy) {
 665   from fileTree("$classes").include("**/*.jar").include("*.jar").files
 666   into "$jalviewDir/$packageDir"
 667 }
 668
 669 // doing a Sync instead of Copy as Copy doesn't deal with "outputs" very well
 670 task syncJars(type: Sync) {
 671   from fileTree("$jalviewDir/$libDistDir").include("**/*.jar").include("*.jar").files
 672   into "$jalviewDir/$packageDir"
 673   preserve {
 674     include jar.archiveName
 675   }
 676 }
 677
 678 task makeDist {
 679   group = "build"
 680   description = "Put all required libraries in dist"
 681   // order of "cleanPackageDir", "copyJars", "jar" important!
 682   jar.mustRunAfter cleanPackageDir
 683   syncJars.mustRunAfter cleanPackageDir
 684   dependsOn cleanPackageDir
 685   dependsOn syncJars
 686   dependsOn jar
 687   outputs.dir("$jalviewDir/$packageDir")
 688 }
 689
 690 task cleanDist {
 691   dependsOn cleanPackageDir
 692   dependsOn cleanTest
 693   dependsOn clean
 694 }
 695
 696 shadowJar {
 697   group = "distribution"
 698   dependsOn makeDist
 699   from ("$jalviewDir/$libDistDir") {
 700     include("*.jar")
 701   }
 702   mainClassName = shadowJarMainClass
 703   mergeServiceFiles()
 704   classifier = "all-"+JAVA_VERSION
 705   minimize()
 706 }
 707
 708 task getdownWebsite() {
 709   group = "distribution"
 710   description = "Create the getdown minimal app folder, and website folder for this version of jalview. Website folder also used for offline app installer"
 711   dependsOn makeDist
 712   def getdownWebsiteResourceFilenames = []
 713   def getdownTextString = ""
 714   def getdownResourceDir = project.ext.getdownResourceDir
 715   def getdownAppDir = project.ext.getdownAppDir
 716   def getdownResourceFilenames = []
 717   doFirst {
 718     // go through properties looking for getdown_txt_...
 719     def props = project.properties.sort { it.key }
 720     props.put("getdown_txt_java_min_version", getdown_alt_java_min_version)
 721     props.put("getdown_txt_multi_java_location", getdown_alt_multi_java_location)
 722
 723     if (getdown_local == "true") {
 724       getdown_app_base = file(getdownWebsiteDir).toURI().toString()
 725     }
 726     props.put("getdown_txt_appbase", getdown_app_base)
 727     props.each{ prop, val ->
 728       if (prop.startsWith("getdown_txt_") && val != null) {
 729         if (prop.startsWith("getdown_txt_multi_")) {
 730           def key = prop.substring(18)
 731           val.split(",").each{ v ->
 732             def line = key + " = " + v + "\n"
 733             getdownTextString += line
 734           }
 735         } else {
 736           // file values rationalised
 737           if (val.indexOf('/') > -1) {
 738             def r = null
 739             if (val.indexOf('/') == 0) {
 740               // absolute path
 741               r = file(val)
 742             } else if (val.indexOf('/') > 0) {
 743               // relative path (relative to jalviewDir)
 744               r = file( jalviewDir + '/' + val )
 745             }
 746             if (r.exists()) {
 747               val = getdown_resource_dir + '/' + r.getName()
 748               getdownWebsiteResourceFilenames += val
 749               getdownResourceFilenames += r.getPath()
 750             }
 751           }
 752           def line = prop.substring(12) + " = " + val + "\n"
 753           getdownTextString += line
 754         }
 755       }
 756     }
 757
 758     getdownWebsiteResourceFilenames.each{ filename ->
 759       getdownTextString += "resource = "+filename+"\n"
 760     }
 761     getdownResourceFilenames.each{ filename ->
 762       copy {
 763         from filename
 764         into project.ext.getdownResourceDir
 765       }
 766     }
 767
 768     def codeFiles = []
 769     makeDist.outputs.files.each{ f ->
 770       if (f.isDirectory()) {
 771         def files = fileTree(dir: f, include: ["*"]).getFiles()
 772         codeFiles += files
 773       } else if (f.exists()) {
 774         codeFiles += f
 775       }
 776     }
 777     codeFiles.sort().each{f ->
 778       def line = "code = " + getdown_app_dir + '/' + f.getName() + "\n"
 779       getdownTextString += line
 780       copy {
 781         from f.getPath()
 782         into project.ext.getdownAppDir
 783       }
 784     }
 785
 786     // NOT USING MODULES YET, EVERYTHING SHOULD BE IN dist
 787     /*
 788      if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
 789      def j11libFiles = fileTree(dir: "$jalviewDir/$j11libDir", include: ["*.jar"]).getFiles()
 790      j11libFiles.sort().each{f ->
 791      def line = "code = " + getdown_j11lib_dir + '/' + f.getName() + "\n"
 792      getdownTextString += line
 793      copy {
 794      from f.getPath()
 795      into project.ext.getdownJ11libDir
 796      }
 797      }
 798      }
 799      */
 800
 801     // getdown-launcher.jar should not be in main application class path so the main application can move it when updated.  Listed as a resource so it gets updated.
 802     //getdownTextString += "class = " + file(getdownLauncher).getName() + "\n"
 803     getdownTextString += "resource = " + file(getdownLauncher).getName() + "\n"
 804     getdownTextString += "class = " + mainClass + "\n"
 805
 806     def getdown_txt = file(project.ext.getdownWebsiteDir + "/getdown.txt")
 807     getdown_txt.write(getdownTextString)
 808
 809     copy {
 810       from getdown_txt
 811       into project.ext.getdownFilesDir
 812     }
 813
 814     copy {
 815       from getdownLauncher
 816       into project.ext.getdownFilesDir
 817     }
 818
 819     copy {
 820       from getdownLauncher
 821       into project.ext.getdownWebsiteDir
 822     }
 823
 824     copy {
 825       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.background_image')
 826       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.error_background')
 827       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.progress_image')
 828       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.icon')
 829       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.mac_dock_icon')
 830       into project.ext.getdownFilesDir + '/' + getdown_resource_dir
 831     }
 832   }
 833
 834   inputs.dir(jalviewDir + '/' + packageDir)
 835   outputs.dir(project.ext.getdownWebsiteDir)
 836   outputs.dir(project.ext.getdownFilesDir)
 837 }
 838
 839 task getdownDigest(type: JavaExec) {
 840   group = "distribution"
 841   description = "Digest the getdown website folder"
 842   dependsOn getdownWebsite
 843   classpath = files(jalviewDir + '/' + getdown_core, jalviewDir+'/'+getdown_launcher)
 844   main = "com.threerings.getdown.tools.Digester"
 845   args project.ext.getdownWebsiteDir
 846   inputs.dir(project.ext.getdownWebsiteDir)
 847   outputs.file(project.ext.getdownWebsiteDir + '/' + "digest2.txt")
 848 }
 849
 850 task getdown() {
 851   group = "distribution"
 852   description = "Create the minimal and full getdown app folder for installers and website and create digest file"
 853   dependsOn getdownDigest
 854 }
 855
 856 clean {
 857   delete project.ext.getdownWebsiteDir
 858   delete project.ext.getdownFilesDir
 859 }
 860
 861 install4j {
 862   def install4jHomeDir = "/opt/install4j"
 863   def hostname = "hostname".execute().text.trim()
 864   if (hostname.equals("jv-bamboo")) {
 865     install4jHomeDir = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/install4j"
 866   } else if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
 867     install4jHomeDir = '/Applications/install4j.app/Contents/Resources/app'
 868     if (! file(install4jHomeDir).exists()) {
 869       install4jHomeDir = System.getProperty("user.home")+install4jHomeDir
 870     }
 871   } else if (OperatingSystem.current().isLinux()) {
 872     install4jHomeDir = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/install4j"
 873   }
 874   installDir = file(install4jHomeDir)
 875   mediaTypes = Arrays.asList(install4jMediaTypes.split(","))
 876   if (install4jFaster.equals("true")) {
 877     faster = true
 878   }
 879 }
 880
 881 def install4jConf
 882 def macosJavaVMDir
 883 def macosJavaVMTgz
 884 def windowsJavaVMDir
 885 def windowsJavaVMTgz
 886 def install4jDir = "$jalviewDir/$install4jResourceDir"
 887 def install4jConfFile = "jalview-installers-java"+JAVA_VERSION+".install4j"
 888 install4jConf = "$install4jDir/$install4jConfFile"
 889
 890 task copyInstall4jTemplate(type: Copy) {
 891   macosJavaVMDir = System.env.HOME+"/buildtools/jre/openjdk-java_vm/getdown/macos-jre"+JAVA_VERSION+"/jre"
 892   macosJavaVMTgz = System.env.HOME+"/buildtools/jre/openjdk-java_vm/install4j/tgz/macos-jre"+JAVA_VERSION+".tar.gz"
 893   windowsJavaVMDir = System.env.HOME+"/buildtools/jre/openjdk-java_vm/getdown/windows-jre"+JAVA_VERSION+"/jre"
 894   windowsJavaVMTgz = System.env.HOME+"/buildtools/jre/openjdk-java_vm/install4j/tgz/windows-jre"+JAVA_VERSION+".tar.gz"
 895   from (install4jDir) {
 896     include install4jTemplate
 897     rename (install4jTemplate, install4jConfFile)
 898     filter(ReplaceTokens, beginToken: '', endToken: '', tokens: ['9999999999': JAVA_VERSION])
 899     filter(ReplaceTokens, beginToken: '$$', endToken: '$$',
 900       tokens: [
 901         'JAVA_VERSION': JAVA_VERSION,
 902         'JAVA_INTEGER_VERSION': JAVA_INTEGER_VERSION,
 903         'VERSION': JALVIEW_VERSION,
 904         'MACOS_JAVA_VM_DIR': macosJavaVMDir,
 905         'MACOS_JAVA_VM_TGZ': macosJavaVMTgz,
 906         'WINDOWS_JAVA_VM_DIR': windowsJavaVMDir,
 907         'WINDOWS_JAVA_VM_TGZ': windowsJavaVMTgz,
 908         'INSTALL4JINFOPLISTFILEASSOCIATIONS': install4jInfoPlistFileAssociations,
 909         'COPYRIGHT_MESSAGE': install4jCopyrightMessage,
 910         'MACOS_BUNDLE_ID': install4jMacOSBundleId
 911       ]
 912     )
 913     if (OSX_KEYPASS=="") {
 914       filter(ReplaceTokens, beginToken: 'codeSigning macEnabled="', endToken: '"', tokens: ['true':'codeSigning macEnabled="false"'])
 915       filter(ReplaceTokens, beginToken: 'runPostProcessor="true" ',endToken: 'Processor', tokens: ['post':'runPostProcessor="false" postProcessor'])
 916     }
 917   }
 918   into install4jDir
 919   outputs.files(install4jConf)
 920
 921   doLast {
 922     // include file associations in installer
 923     def installerFileAssociationsXml = file("$install4jDir/$install4jInstallerFileAssociations").text
 924     ant.replaceregexp(
 925       byline: false,
 926       flags: "s",
 927       match: '<action name="EXTENSIONS_REPLACED_BY_GRADLE".*?</action>',
 928       replace: installerFileAssociationsXml,
 929       file: install4jConf
 930     )
 931     /*
 932     // include uninstaller applescript app files in dmg
 933     def installerDMGUninstallerXml = file("$install4jDir/$install4jDMGUninstallerAppFiles").text
 934     ant.replaceregexp(
 935       byline: false,
 936       flags: "s",
 937       match: '<file name="UNINSTALL_OLD_JALVIEW_APP_REPLACED_IN_GRADLE" file=.*?>',
 938       replace: installerDMGUninstallerXml,
 939       file: install4jConf
 940     )
 941     */
 942   }
 943 }
 944
 945 task installers(type: com.install4j.gradle.Install4jTask) {
 946   group = "distribution"
 947   description = "Create the install4j installers"
 948   dependsOn getdown
 949   dependsOn copyInstall4jTemplate
 950   projectFile = file(install4jConf)
 951   println("Using projectFile "+projectFile)
 952   variables = [majorVersion: version.substring(2, 11), build: 001, OSX_KEYSTORE: OSX_KEYSTORE, JSIGN_SH: JSIGN_SH]
 953   destination = "$jalviewDir/$install4jBuildDir/$JAVA_VERSION"
 954   buildSelected = true
 955
 956   if (OSX_KEYPASS) {
 957     macKeystorePassword=OSX_KEYPASS
 958
 959   }
 960
 961   inputs.dir(project.ext.getdownWebsiteDir)
 962   inputs.file(install4jConf)
 963   inputs.dir(macosJavaVMDir)
 964   inputs.dir(windowsJavaVMDir)
 965   outputs.dir("$jalviewDir/$install4jBuildDir/$JAVA_VERSION")
 966 }
 967
 968 clean {
 969   delete install4jConf
 970 }