build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   3 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.Output
   4 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.Library
   5 import java.security.MessageDigest
   6 import groovy.transform.ExternalizeMethods
   7 import groovy.util.XmlParser
   8 import groovy.xml.XmlUtil
   9
  10 buildscript {
  11   dependencies {
  12     classpath 'org.openclover:clover:4.4.1'
  13   }
  14 }
  15
  16 plugins {
  17   id 'java'
  18   id 'application'
  19   id 'eclipse'
  20   id 'com.github.johnrengelman.shadow' version '4.0.3'
  21   id 'com.install4j.gradle' version '8.0.2'
  22   id 'com.dorongold.task-tree' version '1.5' // only needed to display task dependency tree with  gradle task1 [task2 ...] taskTree
  23 }
  24
  25 repositories {
  26   jcenter()
  27   mavenCentral()
  28   mavenLocal()
  29   flatDir {
  30     dirs gradlePluginsDir
  31   }
  32 }
  33
  34 dependencies {
  35 }
  36
  37
  38 // in ext the values are cast to Object. Ensure string values are cast as String (and not GStringImpl) for later use
  39 def string(Object o) {
  40   return o == null ? "" : o.toString()
  41 }
  42
  43
  44 ext {
  45   jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  46   jalviewDirRelativePath = jalviewDir
  47
  48   // local build environment properties
  49   def localProps = "${jalviewDirAbsolutePath}/local.properties"
  50   if (file(localProps).exists()) {
  51     try {
  52       def p = new Properties()
  53       def localPropsFIS = new FileInputStream(localProps)
  54       p.load(localPropsFIS)
  55       localPropsFIS.close()
  56       p.each {
  57         key, val ->
  58           def oldval = findProperty(key)
  59           setProperty(key, val)
  60           if (oldval != null) {
  61             println("Overriding property '${key}' ('${oldval}') with local.properties value '${val}'")
  62           } else {
  63             println("Setting unknown property '${key}' with local.properties value '${val}'")
  64           }
  65       }
  66     } catch (Exception e) {
  67       System.out.println("Exception reading local.properties")
  68     }
  69   }
  70
  71   // this property set when running Eclipse headlessly
  72   j2sHeadlessBuildProperty = string("net.sf.j2s.core.headlessbuild")
  73   // this property set by Eclipse
  74   eclipseApplicationProperty = string("eclipse.application")
  75   // CHECK IF RUNNING FROM WITHIN ECLIPSE
  76   def eclipseApplicationPropertyVal = System.properties[eclipseApplicationProperty]
  77   IN_ECLIPSE = eclipseApplicationPropertyVal != null && eclipseApplicationPropertyVal.startsWith("org.eclipse.ui.")
  78   // BUT WITHOUT THE HEADLESS BUILD PROPERTY SET
  79   if (System.properties[j2sHeadlessBuildProperty].equals("true")) {
  80     println("Setting IN_ECLIPSE to ${IN_ECLIPSE} as System.properties['${j2sHeadlessBuildProperty}'] == '${System.properties[j2sHeadlessBuildProperty]}'")
  81     IN_ECLIPSE = false
  82   }
  83   if (IN_ECLIPSE) {
  84     println("WITHIN ECLIPSE IDE")
  85   } else {
  86     println("HEADLESS BUILD")
  87   }
  88   /* *-/
  89   System.properties.sort { it.key }.each {
  90     key, val -> println("SYSTEM PROPERTY ${key}='${val}'")
  91   }
  92   /-* *-/
  93   if (false && IN_ECLIPSE) {
  94     jalviewDir = jalviewDirAbsolutePath
  95   }
  96   */
  97
  98   // essentials
  99   bareSourceDir = string(source_dir)
 100   sourceDir = string("${jalviewDir}/${bareSourceDir}")
 101   resourceDir = string("${jalviewDir}/${resource_dir}")
 102   bareTestSourceDir = string(test_source_dir)
 103   testSourceDir = string("${jalviewDir}/${bareTestSourceDir}")
 104
 105   // clover
 106   cloverInstrDir = file("${buildDir}/${cloverSourcesInstrDir}")
 107   classesDir = string("${jalviewDir}/${classes_dir}")
 108   if (clover.equals("true")) {
 109     use_clover = true
 110     classesDir = string("${buildDir}/${cloverClassesDir}")
 111   } else {
 112     use_clover = false
 113     classesDir = string("${jalviewDir}/${classes_dir}")
 114   }
 115
 116   classes = classesDir
 117
 118   getdownWebsiteDir = string("${jalviewDir}/${getdown_website_dir}/${JAVA_VERSION}")
 119   buildDist = true
 120
 121   // the following values might be overridden by the CHANNEL switch
 122   getdownChannelName = CHANNEL.toLowerCase()
 123   getdownDir = string("${getdownChannelName}/${JAVA_VERSION}")
 124   getdownAppBase = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
 125   getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher}")
 126   getdownAppDistDir = getdown_app_dir_alt
 127   buildProperties = string("${classesDir}/${build_properties_file}")
 128   reportRsyncCmd = false
 129   jvlChannelName = CHANNEL.toLowerCase()
 130   switch (CHANNEL) {
 131
 132     case "BUILD":
 133     // TODO: get bamboo build artifact URL for getdown artifacts
 134     getdown_channel_base = bamboo_channelbase
 135     getdownChannelName = string("${bamboo_planKey}/${JAVA_VERSION}")
 136     getdownAppBase = string("${bamboo_channelbase}/${bamboo_planKey}${bamboo_getdown_channel_suffix}/${JAVA_VERSION}")
 137     jvlChannelName += "_${getdownChannelName}"
 138     break
 139
 140     case "RELEASE":
 141     getdownAppDistDir = getdown_app_dir_release
 142     reportRsyncCommand = true
 143     break
 144
 145     case "ARCHIVE":
 146     getdownChannelName = CHANNEL.toLowerCase()+"/${JALVIEW_VERSION}"
 147     getdownDir = string("${getdownChannelName}/${JAVA_VERSION}")
 148     getdownAppBase = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
 149     if (!file("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}").exists()) {
 150       throw new GradleException("Must provide an ARCHIVEDIR value to produce an archive distribution")
 151     } else {
 152       packageDir = string("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}")
 153       buildProperties = string("${ARCHIVEDIR}/${classes_dir}/${build_properties_file}")
 154       buildDist = false
 155     }
 156     reportRsyncCommand = true
 157     break
 158
 159     case "ARCHIVELOCAL":
 160     getdownChannelName = string("archive/${JALVIEW_VERSION}")
 161     getdownDir = string("${getdownChannelName}/${JAVA_VERSION}")
 162     getdownAppBase = file(getdownWebsiteDir).toURI().toString()
 163     if (!file("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}").exists()) {
 164       throw new GradleException("Must provide an ARCHIVEDIR value to produce an archive distribution")
 165     } else {
 166       packageDir = string("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}")
 167       buildProperties = string("${ARCHIVEDIR}/${classes_dir}/${build_properties_file}")
 168       buildDist = false
 169     }
 170     reportRsyncCommand = true
 171     getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}")
 172     break
 173
 174     case "DEVELOP":
 175     reportRsyncCommand = true
 176     break
 177
 178     case "TEST-RELEASE":
 179     reportRsyncCommand = true
 180     break
 181
 182     case ~/^SCRATCH(|-[-\w]*)$/:
 183     getdownChannelName = CHANNEL
 184     getdownDir = string("${getdownChannelName}/${JAVA_VERSION}")
 185     getdownAppBase = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
 186     reportRsyncCommand = true
 187     break
 188
 189     case "TEST-LOCAL":
 190     if (!file("${LOCALDIR}").exists()) {
 191       throw new GradleException("Must provide a LOCALDIR value to produce a local distribution")
 192     } else {
 193       getdownAppBase = file(file("${LOCALDIR}").getAbsolutePath()).toURI().toString()
 194       getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}")
 195     }
 196     break
 197
 198     case "LOCAL":
 199     getdownAppBase = file(getdownWebsiteDir).toURI().toString()
 200     getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}")
 201     break
 202
 203     default: // something wrong specified
 204     throw new GradleException("CHANNEL must be one of BUILD, RELEASE, ARCHIVE, DEVELOP, TEST-RELEASE, SCRATCH-..., LOCAL [default]")
 205     break
 206
 207   }
 208   // override getdownAppBase if requested
 209   if (findProperty("getdown_appbase_override") != null) {
 210     getdownAppBase = string(getProperty("getdown_appbase_override"))
 211     println("Overriding getdown appbase with '${getdownAppBase}'")
 212   }
 213   // sanitise file name for jalview launcher file for this channel
 214   jvlChannelName = jvlChannelName.replaceAll(/[^\w\-]/,"_")
 215
 216   getdownAppDir = string("${getdownWebsiteDir}/${getdownAppDistDir}")
 217   //getdownJ11libDir = "${getdownWebsiteDir}/${getdown_j11lib_dir}"
 218   getdownResourceDir = string("${getdownWebsiteDir}/${getdown_resource_dir}")
 219   getdownInstallDir = string("${getdownWebsiteDir}/${getdown_install_dir}")
 220   getdownFilesDir = string("${jalviewDir}/${getdown_files_dir}/${JAVA_VERSION}/")
 221   getdownFilesInstallDir = string("${getdownFilesDir}/${getdown_install_dir}")
 222   /* compile without modules -- using classpath libraries
 223   modules_compileClasspath = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${j11modDir}", include: ["*.jar"])
 224   modules_runtimeClasspath = modules_compileClasspath
 225   */
 226   gitHash = string("")
 227   gitBranch = string("")
 228
 229   println("Using a ${CHANNEL} profile.")
 230
 231   additional_compiler_args = []
 232   // configure classpath/args for j8/j11 compilation
 233   if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
 234     JAVA_INTEGER_VERSION = string("8")
 235     //libDir = j8libDir
 236     libDir = j11libDir
 237     libDistDir = j8libDir
 238     compile_source_compatibility = 1.8
 239     compile_target_compatibility = 1.8
 240     // these are getdown.txt properties defined dependent on the JAVA_VERSION
 241     getdownAltJavaMinVersion = string(findProperty("getdown_alt_java8_min_version"))
 242     getdownAltJavaMaxVersion = string(findProperty("getdown_alt_java8_max_version"))
 243     // this property is assigned below and expanded to multiple lines in the getdown task
 244     getdownAltMultiJavaLocation = string(findProperty("getdown_alt_java8_txt_multi_java_location"))
 245     // this property is for the Java library used in eclipse
 246     eclipseJavaRuntimeName = string("JavaSE-1.8")
 247   } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
 248     JAVA_INTEGER_VERSION = string("11")
 249     libDir = j11libDir
 250     libDistDir = j11libDir
 251     compile_source_compatibility = 11
 252     compile_target_compatibility = 11
 253     getdownAltJavaMinVersion = string(findProperty("getdown_alt_java11_min_version"))
 254     getdownAltJavaMaxVersion = string(findProperty("getdown_alt_java11_max_version"))
 255     getdownAltMultiJavaLocation = string(findProperty("getdown_alt_java11_txt_multi_java_location"))
 256     eclipseJavaRuntimeName = string("JavaSE-11")
 257     /* compile without modules -- using classpath libraries
 258     additional_compiler_args += [
 259     '--module-path', modules_compileClasspath.asPath,
 260     '--add-modules', j11modules
 261     ]
 262      */
 263   } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
 264     JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
 265     libDir = j11libDir
 266     libDistDir = j11libDir
 267     compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
 268     compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
 269     getdownAltJavaMinVersion = string(findProperty("getdown_alt_java11_min_version"))
 270     getdownAltJavaMaxVersion = string(findProperty("getdown_alt_java11_max_version"))
 271     getdownAltMultiJavaLocation = string(findProperty("getdown_alt_java11_txt_multi_java_location"))
 272     eclipseJavaRuntimeName = string("JavaSE-11")
 273     /* compile without modules -- using classpath libraries
 274     additional_compiler_args += [
 275     '--module-path', modules_compileClasspath.asPath,
 276     '--add-modules', j11modules
 277     ]
 278      */
 279   } else {
 280     throw new GradleException("JAVA_VERSION=${JAVA_VERSION} not currently supported by Jalview")
 281   }
 282
 283
 284   // for install4j
 285   JAVA_MIN_VERSION = JAVA_VERSION
 286   JAVA_MAX_VERSION = JAVA_VERSION
 287   def jreInstallsDir = string(jre_installs_dir)
 288   if (jreInstallsDir.startsWith("~/")) {
 289     jreInstallsDir = System.getProperty("user.home") + jreInstallsDir.substring(1)
 290   }
 291   macosJavaVMDir = string("${jreInstallsDir}/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-mac-x64/jre")
 292   macosJavaVMTgz = string("${jreInstallsDir}/tgz/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-mac-x64.tar.gz")
 293   windowsJavaVMDir = string("${jreInstallsDir}/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-windows-x64/jre")
 294   windowsJavaVMTgz = string("${jreInstallsDir}/tgz/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-windows-x64.tar.gz")
 295   linuxJavaVMDir = string("${jreInstallsDir}/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-linux-x64/jre")
 296   linuxJavaVMTgz = string("${jreInstallsDir}/tgz/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-linux-x64.tar.gz")
 297   install4jDir = string("${jalviewDir}/${install4j_utils_dir}")
 298   install4jConfFileName = string("jalview-install4j-conf.install4j")
 299   install4jConfFile = file("${install4jDir}/${install4jConfFileName}")
 300   install4jHomeDir = install4j_home_dir
 301   if (install4jHomeDir.startsWith("~/")) {
 302     install4jHomeDir = System.getProperty("user.home") + install4jHomeDir.substring(1)
 303   }
 304
 305
 306
 307   buildingHTML = string("${jalviewDir}/${docDir}/building.html")
 308   helpFile = string("${classesDir}/${help_dir}/help.jhm")
 309   helpParentDir = string("${jalviewDir}/${help_parent_dir}")
 310   helpSourceDir = string("${helpParentDir}/${help_dir}")
 311
 312
 313   relativeBuildDir = file(jalviewDirAbsolutePath).toPath().relativize(buildDir.toPath())
 314   jalviewjsBuildDir = string("${relativeBuildDir}/jalviewjs")
 315   jalviewjsSiteDir = string("${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_site_dir}")
 316   if (IN_ECLIPSE) {
 317     jalviewjsTransferSiteJsDir = string(jalviewjsSiteDir)
 318   } else {
 319     jalviewjsTransferSiteJsDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_js")
 320   }
 321   jalviewjsTransferSiteLibDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_lib")
 322   jalviewjsTransferSiteSwingJsDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_swingjs")
 323   jalviewjsTransferSiteCoreDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_core")
 324   jalviewjsJalviewCoreHtmlFile = string("")
 325   jalviewjsJalviewCoreName = string(jalviewjs_core_name)
 326   jalviewjsCoreClasslists = []
 327   jalviewjsJalviewTemplateName = string(jalviewjs_name)
 328   jalviewjsJ2sSettingsFileName = string("${jalviewDir}/${jalviewjs_j2s_settings}")
 329   jalviewjsJ2sProps = null
 330
 331   eclipseWorkspace = null
 332   eclipseBinary = string("")
 333   eclipseVersion = string("")
 334   eclipseDebug = false
 335   // ENDEXT
 336 }
 337
 338
 339 sourceSets {
 340   main {
 341     java {
 342       srcDirs sourceDir
 343       outputDir = file(classesDir)
 344     }
 345
 346     resources {
 347       srcDirs resourceDir
 348       srcDirs += helpParentDir
 349     }
 350
 351     jar.destinationDir = file("${jalviewDir}/${packageDir}")
 352
 353     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
 354     //compileClasspath += files(sourceSets.main.resources.srcDirs)
 355     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDir}", include: ["*.jar"])
 356
 357     runtimeClasspath = compileClasspath
 358   }
 359
 360   clover {
 361     java {
 362       srcDirs = [ cloverInstrDir ]
 363       outputDir = file("${buildDir}/${cloverClassesDir}")
 364     }
 365
 366     resources {
 367       srcDirs = sourceSets.main.resources.srcDirs
 368     }
 369     compileClasspath = configurations.cloverRuntime + files( sourceSets.clover.java.outputDir )
 370     compileClasspath += files(sourceSets.main.java.outputDir)
 371     compileClasspath += sourceSets.main.compileClasspath
 372     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utilsDir}", include: ["**/*.jar"])
 373     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDir}", include: ["*.jar"])
 374
 375     runtimeClasspath = compileClasspath
 376   }
 377
 378   test {
 379     java {
 380       srcDirs testSourceDir
 381       outputDir = file("${jalviewDir}/${testOutputDir}")
 382     }
 383
 384     resources {
 385       srcDirs = sourceSets.main.resources.srcDirs
 386     }
 387
 388     compileClasspath = files( sourceSets.test.java.outputDir )
 389
 390     if (use_clover) {
 391       compileClasspath = sourceSets.clover.compileClasspath
 392     } else {
 393       compileClasspath += files(sourceSets.main.java.outputDir)
 394     }
 395
 396     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDir}", include: ["*.jar"])
 397     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utilsDir}/testnglibs", include: ["**/*.jar"])
 398     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utilsDir}/testlibs", include: ["**/*.jar"])
 399
 400     runtimeClasspath = compileClasspath
 401   }
 402 }
 403
 404
 405 // clover bits
 406 dependencies {
 407   if (use_clover) {
 408     cloverCompile 'org.openclover:clover:4.4.1'
 409     testCompile 'org.openclover:clover:4.4.1'
 410   }
 411 }
 412
 413
 414 configurations {
 415   cloverRuntime
 416   cloverRuntime.extendsFrom cloverCompile
 417 }
 418
 419 eclipse {
 420   project {
 421     name = eclipse_project_name
 422
 423     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 424     'org.eclipse.jdt.groovy.core.groovyNature',
 425     'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 426
 427     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 428     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 429   }
 430
 431   classpath {
 432     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 433     def removeThese = []
 434     configurations.each{
 435       if (it.isCanBeResolved()) {
 436         removeThese += it
 437       }
 438     }
 439
 440     minusConfigurations += removeThese
 441     plusConfigurations = [ ]
 442     file {
 443
 444       whenMerged { cp ->
 445         def removeTheseToo = []
 446         HashMap<String, Boolean> alreadyAddedSrcPath = new HashMap<>();
 447         cp.entries.each { entry ->
 448           // This conditional removes all src classpathentries that a) have already been added or b) aren't "src" or "test".
 449           // e.g. this removes the resources dir being copied into bin/main, bin/test AND bin/clover
 450           // we add the resources and help/help dirs in as libs afterwards (see below)
 451           if (entry.kind == 'src') {
 452             if (alreadyAddedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == bareSourceDir || entry.path == bareTestSourceDir)) {
 453               removeTheseToo += entry
 454             } else {
 455               alreadyAddedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 456             }
 457           }
 458
 459         }
 460         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 461
 462         //cp.entries += new Output("${eclipse_bin_dir}/main")
 463         if (file(helpParentDir).isDirectory()) {
 464           cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 465         }
 466         if (file(resourceDir).isDirectory()) {
 467           cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 468         }
 469
 470         HashMap<String, Boolean> alreadyAddedLibPath = new HashMap<>();
 471
 472         sourceSets.main.compileClasspath.findAll { it.name.endsWith(".jar") }.any {
 473           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 474           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 475             // don't add dirs to classpath, especially if they don't exist
 476             return false // groovy "continue" in .any closure
 477           }
 478           def itPath = it.toString()
 479           if (itPath.startsWith("${jalviewDirAbsolutePath}/")) {
 480             // make relative path
 481             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 482           }
 483           if (alreadyAddedLibPath.get(itPath)) {
 484             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 485           } else {
 486             //println("Adding entry "+itPath)
 487             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 488             alreadyAddedLibPath.put(itPath, true)
 489           }
 490         }
 491
 492         sourceSets.test.compileClasspath.findAll { it.name.endsWith(".jar") }.any {
 493           //no longer want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 494           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 495             // don't add dirs to classpath
 496             return false // groovy "continue" in .any closure
 497           }
 498
 499           def itPath = it.toString()
 500           if (itPath.startsWith("${jalviewDirAbsolutePath}/")) {
 501             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 502           }
 503           if (alreadyAddedLibPath.get(itPath)) {
 504             // don't duplicate
 505           } else {
 506             def lib = new Library(fileReference(itPath))
 507             lib.entryAttributes["test"] = "true"
 508             cp.entries += lib
 509             alreadyAddedLibPath.put(itPath, true)
 510           }
 511         }
 512
 513       } // whenMerged
 514
 515     } // file
 516
 517     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 518
 519   } // classpath
 520
 521   jdt {
 522     // for the IDE, use java 11 compatibility
 523     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 524     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 525     javaRuntimeName = eclipseJavaRuntimeName
 526
 527     // add in jalview project specific properties/preferences into eclipse core preferences
 528     file {
 529       withProperties { props ->
 530         def jalview_prefs = new Properties()
 531         def ins = new FileInputStream("${jalviewDirAbsolutePath}/${eclipse_extra_jdt_prefs_file}")
 532         jalview_prefs.load(ins)
 533         ins.close()
 534         jalview_prefs.forEach { t, v ->
 535           if (props.getAt(t) == null) {
 536             props.putAt(t, v)
 537           }
 538         }
 539       }
 540     }
 541
 542   } // jdt
 543
 544   if (IN_ECLIPSE) {
 545     // Don't want these to be activated if in headless build
 546     synchronizationTasks "eclipseSynchronizationTask"
 547     autoBuildTasks "eclipseAutoBuildTask"
 548
 549   }
 550 }
 551
 552
 553 task cloverInstr() {
 554   // only instrument source, we build test classes as normal
 555   inputs.files files (sourceSets.main.allJava,sourceSets.test.allJava) // , fileTree(dir:"$jalviewDir/$testSourceDir", include: ["**/*.java"]))
 556   outputs.dir cloverInstrDir
 557
 558   doFirst {
 559     delete cloverInstrDir
 560     def argsList = ["--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db",
 561     "-d", "${buildDir}/${cloverSourcesInstrDir}"]
 562     argsList.addAll(inputs.files.files.collect({ file ->
 563       file.absolutePath
 564     }))
 565     String[] args = argsList.toArray()
 566     println("About to instrument "+args.length +" files")
 567     com.atlassian.clover.CloverInstr.mainImpl(args)
 568   }
 569 }
 570
 571
 572 task cloverReportHTML (type: JavaExec) {
 573     inputs.dir "${buildDir}/clover"
 574     outputs.dir "${reportsDir}/clover"
 575
 576     classpath configurations.cloverRuntime
 577     maxHeapSize "${cloverReportJVMHeap}"
 578     jvmArgs += "${cloverReportJVMArgs}"
 579     main = "com.atlassian.clover.reporters.html.HtmlReporter"
 580     args  "--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db", "-o", "${reportsDir}/clover"
 581     "${cloverReportHTMLOptions}".split(",").each {
 582       args+= it.trim()
 583       }
 584 }
 585
 586 task cloverReportXML (type: JavaExec) {
 587     inputs.dir "${buildDir}/clover"
 588     outputs.dir "${reportsDir}/clover"
 589     maxHeapSize "${cloverReportJVMHeap}"
 590     jvmArgs "${cloverReportJVMArgs}"
 591     classpath configurations.cloverRuntime
 592     main = "com.atlassian.clover.reporters.xml.XMLReporter"
 593     args  "--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db", "-o", "${reportsDir}/clover/clover.xml"
 594
 595     "${cloverReportXMLOptions}".split(",").each {
 596       args+= it.trim()
 597       }
 598 }
 599 task cloverReport {
 600   group = "Verification"
 601     description = "Creates the Clover report"
 602     inputs.dir "${buildDir}/clover"
 603     outputs.dir "${reportsDir}/clover"
 604     onlyIf {
 605       file("${buildDir}/clover/clover.db").exists()
 606     }
 607     dependsOn cloverReportXML
 608     dependsOn cloverReportHTML
 609 }
 610 // end clover bits
 611
 612
 613 compileJava {
 614
 615   doFirst {
 616     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 617     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 618     options.compilerArgs = additional_compiler_args
 619     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 620   }
 621
 622 }
 623
 624
 625 compileTestJava {
 626   if (use_clover) {
 627     dependsOn compileCloverJava
 628     classpath += configurations.cloverRuntime
 629   } else {
 630     classpath += sourceSets.main.runtimeClasspath
 631   }
 632   doFirst {
 633     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 634     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 635     options.compilerArgs = additional_compiler_args
 636     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 637   }
 638 }
 639
 640
 641 compileCloverJava {
 642
 643   doFirst {
 644     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 645     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 646     options.compilerArgs += additional_compiler_args
 647     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 648   }
 649   classpath += configurations.cloverRuntime
 650 }
 651
 652
 653 clean {
 654   doFirst {
 655     delete sourceSets.main.java.outputDir
 656   }
 657 }
 658
 659
 660 cleanTest {
 661   doFirst {
 662     delete sourceSets.test.java.outputDir
 663     delete cloverInstrDir
 664   }
 665 }
 666
 667
 668 // format is a string like date.format("dd MMMM yyyy")
 669 def getDate(format) {
 670   def date = new Date()
 671   return date.format(format)
 672 }
 673
 674
 675 task setGitVals {
 676   def hashStdOut = new ByteArrayOutputStream()
 677   exec {
 678     commandLine "git", "rev-parse", "--short", "HEAD"
 679     standardOutput = hashStdOut
 680     ignoreExitValue true
 681   }
 682
 683   def branchStdOut = new ByteArrayOutputStream()
 684   exec {
 685     commandLine "git", "rev-parse", "--abbrev-ref", "HEAD"
 686     standardOutput = branchStdOut
 687     ignoreExitValue true
 688   }
 689
 690   gitHash = hashStdOut.toString().trim()
 691   gitBranch = branchStdOut.toString().trim()
 692
 693   outputs.upToDateWhen { false }
 694 }
 695
 696
 697 task createBuildProperties(type: WriteProperties) {
 698   dependsOn setGitVals
 699   inputs.dir(sourceDir)
 700   inputs.dir(resourceDir)
 701   file(buildProperties).getParentFile().mkdirs()
 702   outputFile (buildProperties)
 703   // taking time specific comment out to allow better incremental builds
 704   comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd HH:mm:ss")
 705   //comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd")
 706   property "BUILD_DATE", getDate("HH:mm:ss dd MMMM yyyy")
 707   property "VERSION", JALVIEW_VERSION
 708   property "INSTALLATION", INSTALLATION+" git-commit:"+gitHash+" ["+gitBranch+"]"
 709   outputs.file(outputFile)
 710 }
 711
 712
 713 task cleanBuildingHTML(type: Delete) {
 714   doFirst {
 715     delete buildingHTML
 716   }
 717 }
 718
 719
 720 task convertBuildingMD(type: Exec) {
 721   dependsOn cleanBuildingHTML
 722   def buildingMD = "${jalviewDir}/${docDir}/building.md"
 723   def css = "${jalviewDir}/${docDir}/github.css"
 724
 725   def pandoc = null
 726   pandoc_exec.split(",").each {
 727     if (file(it.trim()).exists()) {
 728       pandoc = it.trim()
 729       return true
 730     }
 731   }
 732
 733   def hostname = "hostname".execute().text.trim()
 734   def buildtoolsPandoc = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/pandoc/bin/pandoc"
 735   if ((pandoc == null || ! file(pandoc).exists()) && file(buildtoolsPandoc).exists()) {
 736     pandoc = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/pandoc/bin/pandoc"
 737   }
 738
 739   doFirst {
 740     if (pandoc != null && file(pandoc).exists()) {
 741         commandLine pandoc, '-s', '-o', buildingHTML, '--metadata', 'pagetitle="Building Jalview from Source"', '--toc', '-H', css, buildingMD
 742     } else {
 743         println("Cannot find pandoc. Skipping convert building.md to HTML")
 744         throw new StopExecutionException("Cannot find pandoc. Skipping convert building.md to HTML")
 745     }
 746   }
 747
 748   ignoreExitValue true
 749
 750   inputs.file(buildingMD)
 751   inputs.file(css)
 752   outputs.file(buildingHTML)
 753 }
 754
 755
 756 clean {
 757   doFirst {
 758     delete buildingHTML
 759   }
 760 }
 761
 762
 763 task syncDocs(type: Sync) {
 764   dependsOn convertBuildingMD
 765   def syncDir = "${classesDir}/${docDir}"
 766   from fileTree("${jalviewDir}/${docDir}")
 767   into syncDir
 768
 769 }
 770
 771
 772 task copyHelp(type: Copy) {
 773   def inputDir = helpSourceDir
 774   def outputDir = "${classesDir}/${help_dir}"
 775   from(inputDir) {
 776     exclude '**/*.gif'
 777     exclude '**/*.jpg'
 778     exclude '**/*.png'
 779     filter(ReplaceTokens,
 780       beginToken: '$$',
 781       endToken: '$$',
 782       tokens: [
 783         'Version-Rel': JALVIEW_VERSION,
 784         'Year-Rel': getDate("yyyy")
 785       ]
 786     )
 787   }
 788   from(inputDir) {
 789     include '**/*.gif'
 790     include '**/*.jpg'
 791     include '**/*.png'
 792   }
 793   into outputDir
 794
 795   inputs.dir(inputDir)
 796   outputs.files(helpFile)
 797   outputs.dir(outputDir)
 798 }
 799
 800
 801 task syncLib(type: Sync) {
 802   def syncDir = "${classesDir}/${libDistDir}"
 803   from fileTree("${jalviewDir}/${libDistDir}")
 804   into syncDir
 805 }
 806
 807
 808 task syncResources(type: Sync) {
 809   from resourceDir
 810   include "**/*.*"
 811   into "${classesDir}"
 812   preserve {
 813     include "**"
 814   }
 815 }
 816
 817
 818 task prepare {
 819   dependsOn syncResources
 820   dependsOn syncDocs
 821   dependsOn copyHelp
 822 }
 823
 824
 825 //testReportDirName = "test-reports" // note that test workingDir will be $jalviewDir
 826 test {
 827   dependsOn prepare
 828   dependsOn compileJava
 829   if (use_clover) {
 830     dependsOn cloverInstr
 831   }
 832
 833   if (use_clover) {
 834     print("Running tests " + (use_clover?"WITH":"WITHOUT") + " clover [clover="+use_clover+"]\n")
 835   }
 836
 837   useTestNG() {
 838     includeGroups testngGroups
 839     preserveOrder true
 840     useDefaultListeners=true
 841   }
 842
 843   workingDir = jalviewDir
 844   //systemProperties 'clover.jar' System.properties.clover.jar
 845   sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 846   targetCompatibility = compile_target_compatibility
 847   jvmArgs += additional_compiler_args
 848
 849 }
 850
 851
 852 task buildIndices(type: JavaExec) {
 853   dependsOn copyHelp
 854   classpath = sourceSets.main.compileClasspath
 855   main = "com.sun.java.help.search.Indexer"
 856   workingDir = "${classesDir}/${help_dir}"
 857   def argDir = "html"
 858   args = [ argDir ]
 859   inputs.dir("${workingDir}/${argDir}")
 860
 861   outputs.dir("${classesDir}/doc")
 862   outputs.dir("${classesDir}/help")
 863   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/DOCS")
 864   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/DOCS.TAB")
 865   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/OFFSETS")
 866   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/POSITIONS")
 867   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/SCHEMA")
 868   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/TMAP")
 869 }
 870
 871
 872 task compileLinkCheck(type: JavaCompile) {
 873   options.fork = true
 874   classpath = files("${jalviewDir}/${utilsDir}")
 875   destinationDir = file("${jalviewDir}/${utilsDir}")
 876   source = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utilsDir}", include: ["HelpLinksChecker.java", "BufferedLineReader.java"])
 877
 878   inputs.file("${jalviewDir}/${utilsDir}/HelpLinksChecker.java")
 879   inputs.file("${jalviewDir}/${utilsDir}/HelpLinksChecker.java")
 880   outputs.file("${jalviewDir}/${utilsDir}/HelpLinksChecker.class")
 881   outputs.file("${jalviewDir}/${utilsDir}/BufferedLineReader.class")
 882 }
 883
 884
 885 task linkCheck(type: JavaExec) {
 886   dependsOn prepare, compileLinkCheck
 887
 888   def helpLinksCheckerOutFile = file("${jalviewDir}/${utilsDir}/HelpLinksChecker.out")
 889   classpath = files("${jalviewDir}/${utilsDir}")
 890   main = "HelpLinksChecker"
 891   workingDir = jalviewDir
 892   args = [ "${classesDir}/${help_dir}", "-nointernet" ]
 893
 894   def outFOS = new FileOutputStream(helpLinksCheckerOutFile, false) // false == don't append
 895   def errFOS = outFOS
 896   standardOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
 897     outFOS,
 898     standardOutput)
 899   errorOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
 900     outFOS,
 901     errorOutput)
 902
 903   inputs.dir("${classesDir}/${help_dir}")
 904   outputs.file(helpLinksCheckerOutFile)
 905 }
 906
 907 // import the pubhtmlhelp target
 908 ant.properties.basedir = "${jalviewDir}"
 909 ant.properties.helpBuildDir = "${jalviewDirAbsolutePath}/${classes_dir}/${help_dir}"
 910 ant.importBuild "${utilsDir}/publishHelp.xml"
 911
 912
 913 task cleanPackageDir(type: Delete) {
 914   doFirst {
 915     delete fileTree(dir: "${jalviewDir}/${packageDir}", include: "*.jar")
 916   }
 917 }
 918
 919 jar {
 920   dependsOn linkCheck
 921   dependsOn buildIndices
 922   dependsOn createBuildProperties
 923
 924   manifest {
 925     attributes "Main-Class": mainClass,
 926     "Permissions": "all-permissions",
 927     "Application-Name": "Jalview Desktop",
 928     "Codebase": application_codebase
 929   }
 930
 931   destinationDir = file("${jalviewDir}/${packageDir}")
 932   archiveName = rootProject.name+".jar"
 933
 934   exclude "cache*/**"
 935   exclude "*.jar"
 936   exclude "*.jar.*"
 937   exclude "**/*.jar"
 938   exclude "**/*.jar.*"
 939
 940   inputs.dir(classesDir)
 941   outputs.file("${jalviewDir}/${packageDir}/${archiveName}")
 942 }
 943
 944
 945 task copyJars(type: Copy) {
 946   from fileTree(dir: classesDir, include: "**/*.jar").files
 947   into "${jalviewDir}/${packageDir}"
 948 }
 949
 950
 951 // doing a Sync instead of Copy as Copy doesn't deal with "outputs" very well
 952 task syncJars(type: Sync) {
 953   from fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDistDir}", include: "**/*.jar").files
 954   into "${jalviewDir}/${packageDir}"
 955   preserve {
 956     include jar.archiveName
 957   }
 958 }
 959
 960
 961 task makeDist {
 962   group = "build"
 963   description = "Put all required libraries in dist"
 964   // order of "cleanPackageDir", "copyJars", "jar" important!
 965   jar.mustRunAfter cleanPackageDir
 966   syncJars.mustRunAfter cleanPackageDir
 967   dependsOn cleanPackageDir
 968   dependsOn syncJars
 969   dependsOn jar
 970   outputs.dir("${jalviewDir}/${packageDir}")
 971 }
 972
 973
 974 task cleanDist {
 975   dependsOn cleanPackageDir
 976   dependsOn cleanTest
 977   dependsOn clean
 978 }
 979
 980 shadowJar {
 981   group = "distribution"
 982   if (buildDist) {
 983     dependsOn makeDist
 984   }
 985   from ("${jalviewDir}/${libDistDir}") {
 986     include("*.jar")
 987   }
 988   manifest {
 989     attributes 'Implementation-Version': JALVIEW_VERSION
 990   }
 991   mainClassName = shadowJarMainClass
 992   mergeServiceFiles()
 993   classifier = "all-"+JALVIEW_VERSION+"-j"+JAVA_VERSION
 994   minimize()
 995 }
 996
 997
 998 task getdownWebsite() {
 999   group = "distribution"
1000   description = "Create the getdown minimal app folder, and website folder for this version of jalview. Website folder also used for offline app installer"
1001   if (buildDist) {
1002     dependsOn makeDist
1003   }
1004
1005   def getdownWebsiteResourceFilenames = []
1006   def getdownTextString = ""
1007   def getdownResourceDir = getdownResourceDir
1008   def getdownResourceFilenames = []
1009
1010   doFirst {
1011     // clean the getdown website and files dir before creating getdown folders
1012     delete getdownWebsiteDir
1013     delete getdownFilesDir
1014
1015     copy {
1016       from buildProperties
1017       rename(build_properties_file, getdown_build_properties)
1018       into getdownAppDir
1019     }
1020     getdownWebsiteResourceFilenames += "${getdownAppDistDir}/${getdown_build_properties}"
1021
1022     // go through properties looking for getdown_txt_...
1023     def props = project.properties.sort { it.key }
1024     if (getdownAltJavaMinVersion != null && getdownAltJavaMinVersion.length() > 0) {
1025       props.put("getdown_txt_java_min_version", getdownAltJavaMinVersion)
1026     }
1027     if (getdownAltJavaMaxVersion != null && getdownAltJavaMaxVersion.length() > 0) {
1028       props.put("getdown_txt_java_max_version", getdownAltJavaMaxVersion)
1029     }
1030     if (getdownAltMultiJavaLocation != null && getdownAltMultiJavaLocation.length() > 0) {
1031       props.put("getdown_txt_multi_java_location", getdownAltMultiJavaLocation)
1032     }
1033
1034     props.put("getdown_txt_appbase", getdownAppBase)
1035     props.each{ prop, val ->
1036       if (prop.startsWith("getdown_txt_") && val != null) {
1037         if (prop.startsWith("getdown_txt_multi_")) {
1038           def key = prop.substring(18)
1039           val.split(",").each{ v ->
1040             def line = "${key} = ${v}\n"
1041             getdownTextString += line
1042           }
1043         } else {
1044           // file values rationalised
1045           if (val.indexOf('/') > -1 || prop.startsWith("getdown_txt_resource")) {
1046             def r = null
1047             if (val.indexOf('/') == 0) {
1048               // absolute path
1049               r = file(val)
1050             } else if (val.indexOf('/') > 0) {
1051               // relative path (relative to jalviewDir)
1052               r = file( "${jalviewDir}/${val}" )
1053             }
1054             if (r.exists()) {
1055               val = "${getdown_resource_dir}/" + r.getName()
1056               getdownWebsiteResourceFilenames += val
1057               getdownResourceFilenames += r.getPath()
1058             }
1059           }
1060           if (! prop.startsWith("getdown_txt_resource")) {
1061             def line = prop.substring(12) + " = ${val}\n"
1062             getdownTextString += line
1063           }
1064         }
1065       }
1066     }
1067
1068     getdownWebsiteResourceFilenames.each{ filename ->
1069       getdownTextString += "resource = ${filename}\n"
1070     }
1071     getdownResourceFilenames.each{ filename ->
1072       copy {
1073         from filename
1074         into getdownResourceDir
1075       }
1076     }
1077
1078     def codeFiles = []
1079     fileTree(file(packageDir)).each{ f ->
1080       if (f.isDirectory()) {
1081         def files = fileTree(dir: f, include: ["*"]).getFiles()
1082         codeFiles += files
1083       } else if (f.exists()) {
1084         codeFiles += f
1085       }
1086     }
1087     codeFiles.sort().each{f ->
1088       def name = f.getName()
1089       def line = "code = ${getdownAppDistDir}/${name}\n"
1090       getdownTextString += line
1091       copy {
1092         from f.getPath()
1093         into getdownAppDir
1094       }
1095     }
1096
1097     // NOT USING MODULES YET, EVERYTHING SHOULD BE IN dist
1098     /*
1099     if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
1100     def j11libFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${j11libDir}", include: ["*.jar"]).getFiles()
1101     j11libFiles.sort().each{f ->
1102     def name = f.getName()
1103     def line = "code = ${getdown_j11lib_dir}/${name}\n"
1104     getdownTextString += line
1105     copy {
1106     from f.getPath()
1107     into getdownJ11libDir
1108     }
1109     }
1110     }
1111      */
1112
1113     // getdown-launcher.jar should not be in main application class path so the main application can move it when updated.  Listed as a resource so it gets updated.
1114     //getdownTextString += "class = " + file(getdownLauncher).getName() + "\n"
1115     getdownTextString += "resource = ${getdown_launcher_new}\n"
1116     getdownTextString += "class = ${mainClass}\n"
1117
1118     def getdown_txt = file("${getdownWebsiteDir}/getdown.txt")
1119     getdown_txt.write(getdownTextString)
1120
1121     def getdownLaunchJvl = getdown_launch_jvl_name + ( (jvlChannelName != null && jvlChannelName.length() > 0)?"-${jvlChannelName}":"" ) + ".jvl"
1122     def launchJvl = file("${getdownWebsiteDir}/${getdownLaunchJvl}")
1123     launchJvl.write("appbase="+props.get("getdown_txt_appbase"))
1124
1125     copy {
1126       from getdownLauncher
1127       rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher_new)
1128       into getdownWebsiteDir
1129     }
1130
1131     copy {
1132       from getdownLauncher
1133       if (file(getdownLauncher).getName() != getdown_launcher) {
1134         rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher)
1135       }
1136       into getdownWebsiteDir
1137     }
1138
1139     if (! (CHANNEL.startsWith("ARCHIVE") || CHANNEL.startsWith("DEVELOP"))) {
1140       copy {
1141         from getdown_txt
1142         from getdownLauncher
1143         from "${getdownWebsiteDir}/${getdown_build_properties}"
1144         if (file(getdownLauncher).getName() != getdown_launcher) {
1145           rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher)
1146         }
1147         into getdownInstallDir
1148       }
1149
1150       copy {
1151         from getdownInstallDir
1152         into getdownFilesInstallDir
1153       }
1154     }
1155
1156     copy {
1157       from getdown_txt
1158       from launchJvl
1159       from getdownLauncher
1160       from "${getdownWebsiteDir}/${getdown_build_properties}"
1161       if (file(getdownLauncher).getName() != getdown_launcher) {
1162         rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher)
1163       }
1164       into getdownFilesDir
1165     }
1166
1167     copy {
1168       from getdownResourceDir
1169       into "${getdownFilesDir}/${getdown_resource_dir}"
1170     }
1171   }
1172
1173   if (buildDist) {
1174     inputs.dir("${jalviewDir}/${packageDir}")
1175   }
1176   outputs.dir(getdownWebsiteDir)
1177   outputs.dir(getdownFilesDir)
1178 }
1179
1180
1181 // a helper task to allow getdown digest of any dir: `gradle getdownDigestDir -PDIGESTDIR=/path/to/my/random/getdown/dir
1182 task getdownDigestDir(type: JavaExec) {
1183   def digestDirPropertyName = "DIGESTDIR"
1184   description = "Digest a local dir (-P${digestDirPropertyName}=...) for getdown"
1185   doFirst {
1186     classpath = files(getdownLauncher)
1187     def digestDir = findProperty(digestDirPropertyName)
1188     if (digestDir == null) {
1189       throw new GradleException("Must provide a DIGESTDIR value to produce an alternative getdown digest")
1190     }
1191     args digestDir
1192   }
1193   main = "com.threerings.getdown.tools.Digester"
1194 }
1195
1196
1197 task getdownDigest(type: JavaExec) {
1198   group = "distribution"
1199   description = "Digest the getdown website folder"
1200   dependsOn getdownWebsite
1201   doFirst {
1202     classpath = files(getdownLauncher)
1203   }
1204   main = "com.threerings.getdown.tools.Digester"
1205   args getdownWebsiteDir
1206   inputs.dir(getdownWebsiteDir)
1207   outputs.file("${getdownWebsiteDir}/digest2.txt")
1208 }
1209
1210
1211 task getdown() {
1212   group = "distribution"
1213   description = "Create the minimal and full getdown app folder for installers and website and create digest file"
1214   dependsOn getdownDigest
1215   doLast {
1216     if (reportRsyncCommand) {
1217       def fromDir = getdownWebsiteDir + (getdownWebsiteDir.endsWith('/')?'':'/')
1218       def toDir = "${getdown_rsync_dest}/${getdownDir}" + (getdownDir.endsWith('/')?'':'/')
1219       println "LIKELY RSYNC COMMAND:"
1220       println "mkdir -p '$toDir'\nrsync -avh --delete '$fromDir' '$toDir'"
1221       if (RUNRSYNC == "true") {
1222         exec {
1223           commandLine "mkdir", "-p", toDir
1224         }
1225         exec {
1226           commandLine "rsync", "-avh", "--delete", fromDir, toDir
1227         }
1228       }
1229     }
1230   }
1231 }
1232
1233
1234 clean {
1235   doFirst {
1236     delete getdownWebsiteDir
1237     delete getdownFilesDir
1238   }
1239 }
1240
1241
1242 install4j {
1243   if (file(install4jHomeDir).exists()) {
1244     // good to go!
1245   } else if (file(System.getProperty("user.home")+"/buildtools/install4j").exists()) {
1246     install4jHomeDir = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/install4j"
1247   } else if (file("/Applications/install4j.app/Contents/Resources/app").exists()) {
1248     install4jHomeDir = "/Applications/install4j.app/Contents/Resources/app"
1249   }
1250   installDir(file(install4jHomeDir))
1251
1252   mediaTypes = Arrays.asList(install4j_media_types.split(","))
1253 }
1254
1255
1256 task copyInstall4jTemplate {
1257   def install4jTemplateFile = file("${install4jDir}/${install4j_template}")
1258   def install4jFileAssociationsFile = file("${install4jDir}/${install4j_installer_file_associations}")
1259   inputs.file(install4jTemplateFile)
1260   inputs.file(install4jFileAssociationsFile)
1261   outputs.file(install4jConfFile)
1262
1263   doLast {
1264     def install4jConfigXml = new XmlParser().parse(install4jTemplateFile)
1265
1266     // turn off code signing if no OSX_KEYPASS
1267     if (OSX_KEYPASS == "") {
1268       install4jConfigXml.'**'.codeSigning.each { codeSigning ->
1269         codeSigning.'@macEnabled' = "false"
1270       }
1271       install4jConfigXml.'**'.windows.each { windows ->
1272         windows.'@runPostProcessor' = "false"
1273       }
1274     }
1275
1276     // turn off checksum creation for LOCAL channel
1277     def e = install4jConfigXml.application[0]
1278     if (CHANNEL == "LOCAL") {
1279       e.'@createChecksums' = "false"
1280     } else {
1281       e.'@createChecksums' = "true"
1282     }
1283
1284     // put file association actions where placeholder action is
1285     def install4jFileAssociationsText = install4jFileAssociationsFile.text
1286     def fileAssociationActions = new XmlParser().parseText("<actions>${install4jFileAssociationsText}</actions>")
1287     install4jConfigXml.'**'.action.any { a ->
1288       if (a.'@name' == 'EXTENSIONS_REPLACED_BY_GRADLE') {
1289         def parent = a.parent()
1290         parent.remove(a)
1291         fileAssociationActions.each { faa ->
1292             parent.append(faa)
1293         }
1294         // don't need to continue in .any loop once replacements have been made
1295         return true
1296       }
1297     }
1298
1299     // write install4j file
1300     install4jConfFile.text = XmlUtil.serialize(install4jConfigXml)
1301   }
1302 }
1303
1304
1305 clean {
1306   doFirst {
1307     delete install4jConfFile
1308   }
1309 }
1310
1311
1312 task installers(type: com.install4j.gradle.Install4jTask) {
1313   group = "distribution"
1314   description = "Create the install4j installers"
1315   dependsOn setGitVals
1316   dependsOn getdown
1317   dependsOn copyInstall4jTemplate
1318
1319   projectFile = install4jConfFile
1320
1321   // create an md5 for the input files to use as version for install4j conf file
1322   def digest = MessageDigest.getInstance("MD5")
1323   digest.update(
1324     (file("${install4jDir}/${install4j_template}").text +
1325     file("${install4jDir}/${install4j_info_plist_file_associations}").text +
1326     file("${install4jDir}/${install4j_installer_file_associations}").text).bytes)
1327   def filesMd5 = new BigInteger(1, digest.digest()).toString(16)
1328   if (filesMd5.length() >= 8) {
1329     filesMd5 = filesMd5.substring(0,8)
1330   }
1331   def install4jTemplateVersion = "${JALVIEW_VERSION}_F${filesMd5}_C${gitHash}"
1332   // make install4jBuildDir relative to jalviewDir
1333   def install4jBuildDir = "${install4j_build_dir}/${JAVA_VERSION}"
1334
1335   variables = [
1336     'JALVIEW_NAME': getdown_txt_title,
1337     'JALVIEW_DIR': "../..",
1338     'OSX_KEYSTORE': OSX_KEYSTORE,
1339     'JSIGN_SH': JSIGN_SH,
1340     'JRE_DIR': getdown_app_dir_java,
1341     'INSTALLER_TEMPLATE_VERSION': install4jTemplateVersion,
1342     'JALVIEW_VERSION': JALVIEW_VERSION,
1343     'JAVA_MIN_VERSION': JAVA_MIN_VERSION,
1344     'JAVA_MAX_VERSION': JAVA_MAX_VERSION,
1345     'JAVA_VERSION': JAVA_VERSION,
1346     'JAVA_INTEGER_VERSION': JAVA_INTEGER_VERSION,
1347     'VERSION': JALVIEW_VERSION,
1348     'MACOS_JAVA_VM_DIR': macosJavaVMDir,
1349     'WINDOWS_JAVA_VM_DIR': windowsJavaVMDir,
1350     'LINUX_JAVA_VM_DIR': linuxJavaVMDir,
1351     'MACOS_JAVA_VM_TGZ': macosJavaVMTgz,
1352     'WINDOWS_JAVA_VM_TGZ': windowsJavaVMTgz,
1353     'LINUX_JAVA_VM_TGZ': linuxJavaVMTgz,
1354     'COPYRIGHT_MESSAGE': install4j_copyright_message,
1355     'MACOS_BUNDLE_ID': install4j_macOS_bundle_id,
1356     'INSTALLER_NAME': install4j_installer_name,
1357     'INSTALL4J_UTILS_DIR': install4j_utils_dir,
1358     'GETDOWN_WEBSITE_DIR': getdown_website_dir,
1359     'GETDOWN_FILES_DIR': getdown_files_dir,
1360     'GETDOWN_RESOURCE_DIR': getdown_resource_dir,
1361     'GETDOWN_DIST_DIR': getdownAppDistDir,
1362     'GETDOWN_ALT_DIR': getdown_app_dir_alt,
1363     'GETDOWN_INSTALL_DIR': getdown_install_dir,
1364     'INFO_PLIST_FILE_ASSOCIATIONS_FILE': install4j_info_plist_file_associations,
1365     'BUILD_DIR': install4jBuildDir,
1366   ]
1367
1368   destination = "${jalviewDir}/${install4jBuildDir}"
1369   buildSelected = true
1370
1371   if (install4j_faster.equals("true") || CHANNEL.startsWith("LOCAL")) {
1372     faster = true
1373     disableSigning = true
1374   }
1375
1376   if (OSX_KEYPASS) {
1377     macKeystorePassword = OSX_KEYPASS
1378   }
1379
1380   doFirst {
1381     println("Using projectFile "+projectFile)
1382   }
1383
1384   inputs.dir(getdownWebsiteDir)
1385   inputs.file(install4jConfFile)
1386   inputs.file("${install4jDir}/${install4j_info_plist_file_associations}")
1387   inputs.dir(macosJavaVMDir)
1388   inputs.dir(windowsJavaVMDir)
1389   outputs.dir("${jalviewDir}/${install4j_build_dir}/${JAVA_VERSION}")
1390 }
1391
1392
1393 task sourceDist(type: Tar) {
1394
1395   def VERSION_UNDERSCORES = JALVIEW_VERSION.replaceAll("\\.", "_")
1396   def outputFileName = "${project.name}_${VERSION_UNDERSCORES}.tar.gz"
1397   // cater for buildship < 3.1 [3.0.1 is max version in eclipse 2018-09]
1398   try {
1399     archiveFileName = outputFileName
1400   } catch (Exception e) {
1401     archiveName = outputFileName
1402   }
1403
1404   compression Compression.GZIP
1405
1406   into project.name
1407
1408   def EXCLUDE_FILES=[
1409     "build/*",
1410     "bin/*",
1411     "test-output/",
1412     "test-reports",
1413     "tests",
1414     "clover*/*",
1415     ".*",
1416     "benchmarking/*",
1417     "**/.*",
1418     "*.class",
1419     "**/*.class","$j11modDir/**/*.jar","appletlib","**/*locales",
1420     "*locales/**",
1421     "utils/InstallAnywhere",
1422     "**/*.log",
1423   ]
1424   def PROCESS_FILES=[
1425     "AUTHORS",
1426     "CITATION",
1427     "FEATURETODO",
1428     "JAVA-11-README",
1429     "FEATURETODO",
1430     "LICENSE",
1431     "**/README",
1432     "RELEASE",
1433     "THIRDPARTYLIBS",
1434     "TESTNG",
1435     "build.gradle",
1436     "gradle.properties",
1437     "**/*.java",
1438     "**/*.html",
1439     "**/*.xml",
1440     "**/*.gradle",
1441     "**/*.groovy",
1442     "**/*.properties",
1443     "**/*.perl",
1444     "**/*.sh",
1445   ]
1446   def INCLUDE_FILES=[
1447     ".settings/org.eclipse.jdt.core.jalview.prefs",
1448   ]
1449
1450   from(jalviewDir) {
1451     exclude (EXCLUDE_FILES)
1452     include (PROCESS_FILES)
1453     filter(ReplaceTokens,
1454       beginToken: '$$',
1455       endToken: '$$',
1456       tokens: [
1457         'Version-Rel': JALVIEW_VERSION,
1458         'Year-Rel': getDate("yyyy")
1459       ]
1460     )
1461   }
1462   from(jalviewDir) {
1463     exclude (EXCLUDE_FILES)
1464     exclude (PROCESS_FILES)
1465     exclude ("appletlib")
1466     exclude ("**/*locales")
1467     exclude ("*locales/**")
1468     exclude ("utils/InstallAnywhere")
1469
1470     exclude (getdown_files_dir)
1471     exclude (getdown_website_dir)
1472
1473     // exluding these as not using jars as modules yet
1474     exclude ("$j11modDir/**/*.jar")
1475   }
1476   from(jalviewDir) {
1477     include(INCLUDE_FILES)
1478   }
1479 //  from (jalviewDir) {
1480 //    // explicit includes for stuff that seemed to not get included
1481 //    include(fileTree("test/**/*."))
1482 //    exclude(EXCLUDE_FILES)
1483 //    exclude(PROCESS_FILES)
1484 //  }
1485 }
1486
1487
1488 task helppages {
1489   dependsOn copyHelp
1490   dependsOn pubhtmlhelp
1491
1492   inputs.dir("${classesDir}/${help_dir}")
1493   outputs.dir("${buildDir}/distributions/${help_dir}")
1494 }
1495
1496 // LARGE AMOUNT OF JALVIEWJS STUFF DELETED HERE
1497 task eclipseAutoBuildTask {}
1498 task eclipseSynchronizationTask {}