build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   3 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.Output
   4 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.Library
   5 import java.security.MessageDigest
   6 import groovy.transform.ExternalizeMethods
   7 import groovy.util.XmlParser
   8 import groovy.xml.XmlUtil
   9
  10 buildscript {
  11   dependencies {
  12     classpath 'org.openclover:clover:4.3.1'
  13   }
  14 }
  15
  16 plugins {
  17   id 'java'
  18   id 'application'
  19   id 'eclipse'
  20   id 'com.github.johnrengelman.shadow' version '4.0.3'
  21   id 'com.install4j.gradle' version '8.0.2'
  22   id 'com.dorongold.task-tree' version '1.5' // only needed to display task dependency tree with  gradle task1 [task2 ...] taskTree
  23 }
  24
  25 repositories {
  26   jcenter()
  27   mavenCentral()
  28   mavenLocal()
  29   flatDir {
  30     dirs gradlePluginsDir
  31   }
  32 }
  33
  34 dependencies {
  35   compile 'org.apache.commons:commons-compress:1.18'
  36 }
  37
  38
  39 // in ext the values are cast to Object. Ensure string values are cast as String (and not GStringImpl) for later use
  40 def string(Object o) {
  41   return o == null ? "" : o.toString()
  42 }
  43
  44
  45 ext {
  46   jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  47   jalviewDirRelativePath = jalviewDir
  48
  49   // local build environment properties
  50   def localProps = "${jalviewDirAbsolutePath}/local.properties"
  51   if (file(localProps).exists()) {
  52     try {
  53       def p = new Properties()
  54       def localPropsFIS = new FileInputStream(localProps)
  55       p.load(localPropsFIS)
  56       localPropsFIS.close()
  57       p.each {
  58         key, val ->
  59           def oldval = findProperty(key)
  60           setProperty(key, val)
  61           if (oldval != null) {
  62             println("Overriding property '${key}' ('${oldval}') with local.properties value '${val}'")
  63           } else {
  64             println("Setting unknown property '${key}' with local.properties value '${val}'")
  65           }
  66       }
  67     } catch (Exception e) {
  68       System.out.println("Exception reading local.properties")
  69     }
  70   }
  71
  72   // this property set when running Eclipse headlessly
  73   j2sHeadlessBuildProperty = string("net.sf.j2s.core.headlessbuild")
  74   // this property set by Eclipse
  75   eclipseApplicationProperty = string("eclipse.application")
  76   // CHECK IF RUNNING FROM WITHIN ECLIPSE
  77   def eclipseApplicationPropertyVal = System.properties[eclipseApplicationProperty]
  78   IN_ECLIPSE = eclipseApplicationPropertyVal != null && eclipseApplicationPropertyVal.startsWith("org.eclipse.ui.")
  79   // BUT WITHOUT THE HEADLESS BUILD PROPERTY SET
  80   if (System.properties[j2sHeadlessBuildProperty].equals("true")) {
  81     println("Setting IN_ECLIPSE to ${IN_ECLIPSE} as System.properties['${j2sHeadlessBuildProperty}'] == '${System.properties[j2sHeadlessBuildProperty]}'")
  82     IN_ECLIPSE = false
  83   }
  84   if (IN_ECLIPSE) {
  85     println("WITHIN ECLIPSE IDE")
  86   } else {
  87     println("HEADLESS BUILD")
  88   }
  89   /* *-/
  90   System.properties.sort { it.key }.each {
  91     key, val -> println("SYSTEM PROPERTY ${key}='${val}'")
  92   }
  93   /-* *-/
  94   if (false && IN_ECLIPSE) {
  95     jalviewDir = jalviewDirAbsolutePath
  96   }
  97   */
  98
  99   // essentials
 100   bareSourceDir = string(source_dir)
 101   sourceDir = string("${jalviewDir}/${bareSourceDir}")
 102   resourceDir = string("${jalviewDir}/${resource_dir}")
 103   bareTestSourceDir = string(test_source_dir)
 104   testSourceDir = string("${jalviewDir}/${bareTestSourceDir}")
 105
 106   // clover
 107   cloverInstrDir = file("${buildDir}/${cloverSourcesInstrDir}")
 108   classesDir = string("${jalviewDir}/${classes_dir}")
 109   if (clover.equals("true")) {
 110     use_clover = true
 111     classesDir = string("${buildDir}/${cloverClassesDir}")
 112   } else {
 113     use_clover = false
 114     classesDir = string("${jalviewDir}/${classes_dir}")
 115   }
 116
 117   classes = classesDir
 118
 119   getdownWebsiteDir = string("${jalviewDir}/${getdown_website_dir}/${JAVA_VERSION}")
 120   buildDist = true
 121
 122   // the following values might be overridden by the CHANNEL switch
 123   getdownChannelName = CHANNEL.toLowerCase()
 124   getdownDir = string("${getdownChannelName}/${JAVA_VERSION}")
 125   getdownAppBase = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
 126   getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher}")
 127   getdownAppDistDir = getdown_app_dir_alt
 128   buildProperties = string("${classesDir}/${build_properties_file}")
 129   reportRsyncCmd = false
 130   switch (CHANNEL) {
 131
 132     case "BUILD":
 133     // TODO: get bamboo build artifact URL for getdown artifacts
 134     getdown_channel_base = bamboo_channelbase
 135     getdownChannelName = string("${bamboo_planKey}/${JAVA_VERSION}")
 136     getdownAppBase = string("${bamboo_channelbase}/${bamboo_planKey}${bamboo_getdown_channel_suffix}/${JAVA_VERSION}")
 137     break
 138
 139     case "RELEASE":
 140     getdownAppDistDir = getdown_app_dir_release
 141     reportRsyncCommand = true
 142     break
 143
 144     case "ARCHIVE":
 145     getdownChannelName = CHANNEL.toLowerCase()+"/${JALVIEW_VERSION}"
 146     getdownDir = string("${getdownChannelName}/${JAVA_VERSION}")
 147     getdownAppBase = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
 148     if (!file("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}").exists()) {
 149       throw new GradleException("Must provide an ARCHIVEDIR value to produce an archive distribution")
 150     } else {
 151       packageDir = string("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}")
 152       buildProperties = string("${ARCHIVEDIR}/${classes_dir}/${build_properties_file}")
 153       buildDist = false
 154     }
 155     reportRsyncCommand = true
 156     break
 157
 158     case "ARCHIVELOCAL":
 159     getdownChannelName = string("archive/${JALVIEW_VERSION}")
 160     getdownDir = string("${getdownChannelName}/${JAVA_VERSION}")
 161     getdownAppBase = file(getdownWebsiteDir).toURI().toString()
 162     if (!file("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}").exists()) {
 163       throw new GradleException("Must provide an ARCHIVEDIR value to produce an archive distribution")
 164     } else {
 165       packageDir = string("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}")
 166       buildProperties = string("${ARCHIVEDIR}/${classes_dir}/${build_properties_file}")
 167       buildDist = false
 168     }
 169     reportRsyncCommand = true
 170     getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}")
 171     break
 172
 173     case "DEVELOP":
 174     reportRsyncCommand = true
 175     break
 176
 177     case "TEST-RELEASE":
 178     reportRsyncCommand = true
 179     break
 180
 181     case ~/^SCRATCH(|-[-\w]*)$/:
 182     getdownChannelName = CHANNEL
 183     getdownDir = string("${getdownChannelName}/${JAVA_VERSION}")
 184     getdownAppBase = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
 185     reportRsyncCommand = true
 186     break
 187
 188     case "LOCAL":
 189     getdownAppBase = file(getdownWebsiteDir).toURI().toString()
 190     getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}")
 191     break
 192
 193     default: // something wrong specified
 194     throw new GradleException("CHANNEL must be one of BUILD, RELEASE, ARCHIVE, DEVELOP, TEST-RELEASE, SCRATCH-..., LOCAL [default]")
 195     break
 196
 197   }
 198   // override getdownAppBase if requested
 199   if (findProperty("getdown_appbase_override") != null) {
 200     getdownAppBase = string(getProperty("getdown_appbase_override"))
 201     println("Overriding getdown appbase with '${getdownAppBase}'")
 202   }
 203
 204   getdownAppDir = string("${getdownWebsiteDir}/${getdownAppDistDir}")
 205   //getdownJ11libDir = "${getdownWebsiteDir}/${getdown_j11lib_dir}"
 206   getdownResourceDir = string("${getdownWebsiteDir}/${getdown_resource_dir}")
 207   getdownInstallDir = string("${getdownWebsiteDir}/${getdown_install_dir}")
 208   getdownFilesDir = string("${jalviewDir}/${getdown_files_dir}/${JAVA_VERSION}/")
 209   getdownFilesInstallDir = string("${getdownFilesDir}/${getdown_install_dir}")
 210   /* compile without modules -- using classpath libraries
 211   modules_compileClasspath = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${j11modDir}", include: ["*.jar"])
 212   modules_runtimeClasspath = modules_compileClasspath
 213   */
 214   gitHash = string("")
 215   gitBranch = string("")
 216
 217   println("Using a ${CHANNEL} profile.")
 218
 219   additional_compiler_args = []
 220   // configure classpath/args for j8/j11 compilation
 221   if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
 222     JAVA_INTEGER_VERSION = string("8")
 223     //libDir = j8libDir
 224     libDir = j11libDir
 225     libDistDir = j8libDir
 226     compile_source_compatibility = 1.8
 227     compile_target_compatibility = 1.8
 228     // these are getdown.txt properties defined dependent on the JAVA_VERSION
 229     getdownAltJavaMinVersion = string(findProperty("getdown_alt_java8_min_version"))
 230     getdownAltJavaMaxVersion = string(findProperty("getdown_alt_java8_max_version"))
 231     // this property is assigned below and expanded to multiple lines in the getdown task
 232     getdownAltMultiJavaLocation = string(findProperty("getdown_alt_java8_txt_multi_java_location"))
 233     // this property is for the Java library used in eclipse
 234     eclipseJavaRuntimeName = string("JavaSE-1.8")
 235   } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
 236     JAVA_INTEGER_VERSION = string("11")
 237     libDir = j11libDir
 238     libDistDir = j11libDir
 239     compile_source_compatibility = 11
 240     compile_target_compatibility = 11
 241     getdownAltJavaMinVersion = string(findProperty("getdown_alt_java11_min_version"))
 242     getdownAltJavaMaxVersion = string(findProperty("getdown_alt_java11_max_version"))
 243     getdownAltMultiJavaLocation = string(findProperty("getdown_alt_java11_txt_multi_java_location"))
 244     eclipseJavaRuntimeName = string("JavaSE-11")
 245     /* compile without modules -- using classpath libraries
 246     additional_compiler_args += [
 247     '--module-path', modules_compileClasspath.asPath,
 248     '--add-modules', j11modules
 249     ]
 250      */
 251   } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
 252     JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
 253     libDir = j11libDir
 254     libDistDir = j11libDir
 255     compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
 256     compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
 257     getdownAltJavaMinVersion = string(findProperty("getdown_alt_java11_min_version"))
 258     getdownAltJavaMaxVersion = string(findProperty("getdown_alt_java11_max_version"))
 259     getdownAltMultiJavaLocation = string(findProperty("getdown_alt_java11_txt_multi_java_location"))
 260     eclipseJavaRuntimeName = string("JavaSE-11")
 261     /* compile without modules -- using classpath libraries
 262     additional_compiler_args += [
 263     '--module-path', modules_compileClasspath.asPath,
 264     '--add-modules', j11modules
 265     ]
 266      */
 267   } else {
 268     throw new GradleException("JAVA_VERSION=${JAVA_VERSION} not currently supported by Jalview")
 269   }
 270
 271
 272   // for install4j
 273   JAVA_MIN_VERSION = JAVA_VERSION
 274   JAVA_MAX_VERSION = JAVA_VERSION
 275   def jreInstallsDir = string(jre_installs_dir)
 276   if (jreInstallsDir.startsWith("~/")) {
 277     jreInstallsDir = System.getProperty("user.home") + jreInstallsDir.substring(1)
 278   }
 279   macosJavaVMDir = string("${jreInstallsDir}/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-mac-x64/jre")
 280   macosJavaVMTgz = string("${jreInstallsDir}/tgz/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-mac-x64.tar.gz")
 281   windowsJavaVMDir = string("${jreInstallsDir}/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-windows-x64/jre")
 282   windowsJavaVMTgz = string("${jreInstallsDir}/tgz/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-windows-x64.tar.gz")
 283   linuxJavaVMDir = string("${jreInstallsDir}/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-linux-x64/jre")
 284   linuxJavaVMTgz = string("${jreInstallsDir}/tgz/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-linux-x64.tar.gz")
 285   install4jDir = string("${jalviewDir}/${install4j_utils_dir}")
 286   install4jConfFileName = string("jalview-install4j-conf.install4j")
 287   install4jConfFile = file("${install4jDir}/${install4jConfFileName}")
 288   install4jHomeDir = install4j_home_dir
 289   if (install4jHomeDir.startsWith("~/")) {
 290     install4jHomeDir = System.getProperty("user.home") + install4jHomeDir.substring(1)
 291   }
 292
 293
 294
 295   buildingHTML = string("${jalviewDir}/${docDir}/building.html")
 296   helpFile = string("${classesDir}/${help_dir}/help.jhm")
 297   helpParentDir = string("${jalviewDir}/${help_parent_dir}")
 298   helpSourceDir = string("${helpParentDir}/${help_dir}")
 299
 300
 301   relativeBuildDir = file(jalviewDirAbsolutePath).toPath().relativize(buildDir.toPath())
 302   jalviewjsBuildDir = string("${relativeBuildDir}/jalviewjs")
 303   jalviewjsSiteDir = string("${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_site_dir}")
 304   if (IN_ECLIPSE) {
 305     jalviewjsTransferSiteJsDir = string(jalviewjsSiteDir)
 306   } else {
 307     jalviewjsTransferSiteJsDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_js")
 308   }
 309   jalviewjsTransferSiteLibDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_lib")
 310   jalviewjsTransferSiteSwingJsDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_swingjs")
 311   jalviewjsTransferSiteCoreDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_core")
 312   jalviewjsJalviewCoreHtmlFile = string("")
 313   jalviewjsJalviewCoreName = string(jalviewjs_core_name)
 314   jalviewjsCoreClasslists = []
 315   jalviewjsJalviewTemplateName = string(jalviewjs_name)
 316   jalviewjsJ2sSettingsFileName = string("${jalviewDir}/${jalviewjs_j2s_settings}")
 317   jalviewjsJ2sProps = null
 318
 319   eclipseWorkspace = null
 320   eclipseBinary = string("")
 321   eclipseVersion = string("")
 322   eclipseDebug = false
 323   // ENDEXT
 324 }
 325
 326
 327 sourceSets {
 328   main {
 329     java {
 330       srcDirs sourceDir
 331       outputDir = file(classesDir)
 332     }
 333
 334     resources {
 335       srcDirs resourceDir
 336       srcDirs += helpParentDir
 337     }
 338
 339     jar.destinationDir = file("${jalviewDir}/${packageDir}")
 340
 341     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
 342     //compileClasspath += files(sourceSets.main.resources.srcDirs)
 343     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDir}", include: ["*.jar"])
 344
 345     runtimeClasspath = compileClasspath
 346   }
 347
 348   clover {
 349     java {
 350       srcDirs = [ cloverInstrDir ]
 351       outputDir = file("${buildDir}/${cloverClassesDir}")
 352     }
 353
 354     resources {
 355       srcDirs = sourceSets.main.resources.srcDirs
 356     }
 357     compileClasspath = configurations.cloverRuntime + files( sourceSets.clover.java.outputDir )
 358     compileClasspath += files(sourceSets.main.java.outputDir)
 359     compileClasspath += sourceSets.main.compileClasspath
 360     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utilsDir}", include: ["**/*.jar"])
 361     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDir}", include: ["*.jar"])
 362
 363     runtimeClasspath = compileClasspath
 364   }
 365
 366   test {
 367     java {
 368       srcDirs testSourceDir
 369       outputDir = file("${jalviewDir}/${testOutputDir}")
 370     }
 371
 372     resources {
 373       srcDirs = sourceSets.main.resources.srcDirs
 374     }
 375
 376     compileClasspath = files( sourceSets.test.java.outputDir )
 377
 378     if (use_clover) {
 379       compileClasspath += sourceSets.clover.compileClasspath
 380     } else {
 381       compileClasspath += files(sourceSets.main.java.outputDir)
 382     }
 383
 384     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDir}", include: ["*.jar"])
 385     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utilsDir}/testnglibs", include: ["**/*.jar"])
 386     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utilsDir}/testlibs", include: ["**/*.jar"])
 387
 388     runtimeClasspath = compileClasspath
 389   }
 390 }
 391
 392
 393 // clover bits
 394 dependencies {
 395   if (use_clover) {
 396     cloverCompile 'org.openclover:clover:4.3.1'
 397     testCompile 'org.openclover:clover:4.3.1'
 398   }
 399 }
 400
 401
 402 configurations {
 403   cloverRuntime
 404   cloverRuntime.extendsFrom cloverCompile
 405 }
 406
 407 eclipse {
 408   project {
 409     name = eclipse_project_name
 410
 411     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 412     'org.eclipse.jdt.groovy.core.groovyNature',
 413     'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 414
 415     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 416     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 417   }
 418
 419   classpath {
 420     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 421     def removeThese = []
 422     configurations.each{
 423       if (it.isCanBeResolved()) {
 424         removeThese += it
 425       }
 426     }
 427
 428     minusConfigurations += removeThese
 429     plusConfigurations = [ ]
 430     file {
 431
 432       whenMerged { cp ->
 433         def removeTheseToo = []
 434         HashMap<String, Boolean> alreadyAddedSrcPath = new HashMap<>();
 435         cp.entries.each { entry ->
 436           // This conditional removes all src classpathentries that a) have already been added or b) aren't "src" or "test".
 437           // e.g. this removes the resources dir being copied into bin/main, bin/test AND bin/clover
 438           // we add the resources and help/help dirs in as libs afterwards (see below)
 439           if (entry.kind == 'src') {
 440             if (alreadyAddedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == bareSourceDir || entry.path == bareTestSourceDir)) {
 441               removeTheseToo += entry
 442             } else {
 443               alreadyAddedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 444             }
 445           }
 446
 447         }
 448         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 449
 450         //cp.entries += new Output("${eclipse_bin_dir}/main")
 451         if (file(helpParentDir).isDirectory()) {
 452           cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 453         }
 454         if (file(resourceDir).isDirectory()) {
 455           cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 456         }
 457
 458         HashMap<String, Boolean> alreadyAddedLibPath = new HashMap<>();
 459
 460         sourceSets.main.compileClasspath.findAll { it.name.endsWith(".jar") }.any {
 461           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 462           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 463             // don't add dirs to classpath, especially if they don't exist
 464             return false // groovy "continue" in .any closure
 465           }
 466           def itPath = it.toString()
 467           if (itPath.startsWith("${jalviewDirAbsolutePath}/")) {
 468             // make relative path
 469             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 470           }
 471           if (alreadyAddedLibPath.get(itPath)) {
 472             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 473           } else {
 474             //println("Adding entry "+itPath)
 475             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 476             alreadyAddedLibPath.put(itPath, true)
 477           }
 478         }
 479
 480         sourceSets.test.compileClasspath.findAll { it.name.endsWith(".jar") }.any {
 481           //no longer want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 482           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 483             // don't add dirs to classpath
 484             return false // groovy "continue" in .any closure
 485           }
 486
 487           def itPath = it.toString()
 488           if (itPath.startsWith("${jalviewDirAbsolutePath}/")) {
 489             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 490           }
 491           if (alreadyAddedLibPath.get(itPath)) {
 492             // don't duplicate
 493           } else {
 494             def lib = new Library(fileReference(itPath))
 495             lib.entryAttributes["test"] = "true"
 496             cp.entries += lib
 497             alreadyAddedLibPath.put(itPath, true)
 498           }
 499         }
 500
 501       } // whenMerged
 502
 503     } // file
 504
 505     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 506
 507   } // classpath
 508
 509   jdt {
 510     // for the IDE, use java 11 compatibility
 511     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 512     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 513     javaRuntimeName = eclipseJavaRuntimeName
 514
 515     // add in jalview project specific properties/preferences into eclipse core preferences
 516     file {
 517       withProperties { props ->
 518         def jalview_prefs = new Properties()
 519         def ins = new FileInputStream("${jalviewDirAbsolutePath}/${eclipse_extra_jdt_prefs_file}")
 520         jalview_prefs.load(ins)
 521         ins.close()
 522         jalview_prefs.forEach { t, v ->
 523           if (props.getAt(t) == null) {
 524             props.putAt(t, v)
 525           }
 526         }
 527       }
 528     }
 529
 530   } // jdt
 531
 532   if (IN_ECLIPSE) {
 533     // Don't want these to be activated if in headless build
 534     synchronizationTasks "eclipseSynchronizationTask"
 535     autoBuildTasks "eclipseAutoBuildTask"
 536
 537   }
 538 }
 539
 540
 541 task cloverInstr() {
 542   // only instrument source, we build test classes as normal
 543   inputs.files files (sourceSets.main.allJava) // , fileTree(dir: testSourceDir, include: ["**/*.java"]))
 544   outputs.dir cloverInstrDir
 545
 546   doFirst {
 547     delete cloverInstrDir
 548     def argsList = ["--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db",
 549     "-d", "${buildDir}/${cloverSourcesInstrDir}"]
 550     argsList.addAll(inputs.files.files.collect({ file ->
 551       file.absolutePath
 552     }))
 553     String[] args = argsList.toArray()
 554     println("About to instrument "+args.length +" files")
 555     com.atlassian.clover.CloverInstr.mainImpl(args)
 556   }
 557 }
 558
 559
 560 task cloverReport {
 561   group = "Verification"
 562     description = "Createst the Clover report"
 563     inputs.dir "${buildDir}/clover"
 564     outputs.dir "${reportsDir}/clover"
 565     onlyIf {
 566       file("${buildDir}/clover/clover.db").exists()
 567     }
 568   doFirst {
 569     def argsList = ["--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db",
 570     "-o", "${reportsDir}/clover"]
 571     String[] args = argsList.toArray()
 572     com.atlassian.clover.reporters.html.HtmlReporter.runReport(args)
 573
 574     // and generate ${reportsDir}/clover/clover.xml
 575     args = ["--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db",
 576     "-o", "${reportsDir}/clover/clover.xml"].toArray()
 577     com.atlassian.clover.reporters.xml.XMLReporter.runReport(args)
 578   }
 579 }
 580 // end clover bits
 581
 582
 583 compileJava {
 584
 585   doFirst {
 586     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 587     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 588     options.compilerArgs = additional_compiler_args
 589     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 590   }
 591
 592 }
 593
 594
 595 compileTestJava {
 596   if (use_clover) {
 597     dependsOn compileCloverJava
 598     classpath += configurations.cloverRuntime
 599   } else {
 600     classpath += sourceSets.main.runtimeClasspath
 601   }
 602   doFirst {
 603     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 604     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 605     options.compilerArgs = additional_compiler_args
 606     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 607   }
 608 }
 609
 610
 611 compileCloverJava {
 612
 613   doFirst {
 614     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 615     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 616     options.compilerArgs += additional_compiler_args
 617     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 618   }
 619   classpath += configurations.cloverRuntime
 620 }
 621
 622
 623 clean {
 624   doFirst {
 625     delete sourceSets.main.java.outputDir
 626   }
 627 }
 628
 629
 630 cleanTest {
 631   doFirst {
 632     delete sourceSets.test.java.outputDir
 633     delete cloverInstrDir
 634   }
 635 }
 636
 637
 638 // format is a string like date.format("dd MMMM yyyy")
 639 def getDate(format) {
 640   def date = new Date()
 641   return date.format(format)
 642 }
 643
 644
 645 task setGitVals {
 646   def hashStdOut = new ByteArrayOutputStream()
 647   exec {
 648     commandLine "git", "rev-parse", "--short", "HEAD"
 649     standardOutput = hashStdOut
 650     ignoreExitValue true
 651   }
 652
 653   def branchStdOut = new ByteArrayOutputStream()
 654   exec {
 655     commandLine "git", "rev-parse", "--abbrev-ref", "HEAD"
 656     standardOutput = branchStdOut
 657     ignoreExitValue true
 658   }
 659
 660   gitHash = hashStdOut.toString().trim()
 661   gitBranch = branchStdOut.toString().trim()
 662
 663   outputs.upToDateWhen { false }
 664 }
 665
 666
 667 task createBuildProperties(type: WriteProperties) {
 668   dependsOn setGitVals
 669   inputs.dir(sourceDir)
 670   inputs.dir(resourceDir)
 671   file(buildProperties).getParentFile().mkdirs()
 672   outputFile (buildProperties)
 673   // taking time specific comment out to allow better incremental builds
 674   comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd HH:mm:ss")
 675   //comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd")
 676   property "BUILD_DATE", getDate("HH:mm:ss dd MMMM yyyy")
 677   property "VERSION", JALVIEW_VERSION
 678   property "INSTALLATION", INSTALLATION+" git-commit:"+gitHash+" ["+gitBranch+"]"
 679   outputs.file(outputFile)
 680 }
 681
 682
 683 task cleanBuildingHTML(type: Delete) {
 684   doFirst {
 685     delete buildingHTML
 686   }
 687 }
 688
 689
 690 task convertBuildingMD(type: Exec) {
 691   dependsOn cleanBuildingHTML
 692   def buildingMD = "${jalviewDir}/${docDir}/building.md"
 693   def css = "${jalviewDir}/${docDir}/github.css"
 694
 695   def pandoc = null
 696   pandoc_exec.split(",").each {
 697     if (file(it.trim()).exists()) {
 698       pandoc = it.trim()
 699       return true
 700     }
 701   }
 702
 703   def hostname = "hostname".execute().text.trim()
 704   def buildtoolsPandoc = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/pandoc/bin/pandoc"
 705   if ((pandoc == null || ! file(pandoc).exists()) && file(buildtoolsPandoc).exists()) {
 706     pandoc = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/pandoc/bin/pandoc"
 707   }
 708
 709   doFirst {
 710     if (pandoc != null && file(pandoc).exists()) {
 711         commandLine pandoc, '-s', '-o', buildingHTML, '--metadata', 'pagetitle="Building Jalview from Source"', '--toc', '-H', css, buildingMD
 712     } else {
 713         println("Cannot find pandoc. Skipping convert building.md to HTML")
 714         throw new StopExecutionException("Cannot find pandoc. Skipping convert building.md to HTML")
 715     }
 716   }
 717
 718   ignoreExitValue true
 719
 720   inputs.file(buildingMD)
 721   inputs.file(css)
 722   outputs.file(buildingHTML)
 723 }
 724
 725
 726 clean {
 727   doFirst {
 728     delete buildingHTML
 729   }
 730 }
 731
 732
 733 task syncDocs(type: Sync) {
 734   dependsOn convertBuildingMD
 735   def syncDir = "${classesDir}/${docDir}"
 736   from fileTree("${jalviewDir}/${docDir}")
 737   into syncDir
 738
 739 }
 740
 741
 742 task copyHelp(type: Copy) {
 743   def inputDir = helpSourceDir
 744   def outputDir = "${classesDir}/${help_dir}"
 745   from(inputDir) {
 746     exclude '**/*.gif'
 747     exclude '**/*.jpg'
 748     exclude '**/*.png'
 749     filter(ReplaceTokens,
 750       beginToken: '$$',
 751       endToken: '$$',
 752       tokens: [
 753         'Version-Rel': JALVIEW_VERSION,
 754         'Year-Rel': getDate("yyyy")
 755       ]
 756     )
 757   }
 758   from(inputDir) {
 759     include '**/*.gif'
 760     include '**/*.jpg'
 761     include '**/*.png'
 762   }
 763   into outputDir
 764
 765   inputs.dir(inputDir)
 766   outputs.files(helpFile)
 767   outputs.dir(outputDir)
 768 }
 769
 770
 771 task syncLib(type: Sync) {
 772   def syncDir = "${classesDir}/${libDistDir}"
 773   from fileTree("${jalviewDir}/${libDistDir}")
 774   into syncDir
 775 }
 776
 777
 778 task syncResources(type: Sync) {
 779   from resourceDir
 780   include "**/*.*"
 781   into "${classesDir}"
 782   preserve {
 783     include "**"
 784   }
 785 }
 786
 787
 788 task prepare {
 789   dependsOn syncResources
 790   dependsOn syncDocs
 791   dependsOn copyHelp
 792 }
 793
 794
 795 //testReportDirName = "test-reports" // note that test workingDir will be $jalviewDir
 796 test {
 797   dependsOn prepare
 798   dependsOn compileJava
 799   if (use_clover) {
 800     dependsOn cloverInstr
 801   }
 802
 803   if (use_clover) {
 804     print("Running tests " + (use_clover?"WITH":"WITHOUT") + " clover [clover="+use_clover+"]\n")
 805   }
 806
 807   useTestNG() {
 808     includeGroups testngGroups
 809     preserveOrder true
 810     useDefaultListeners=true
 811   }
 812
 813   workingDir = jalviewDir
 814   //systemProperties 'clover.jar' System.properties.clover.jar
 815   sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 816   targetCompatibility = compile_target_compatibility
 817   jvmArgs += additional_compiler_args
 818
 819 }
 820
 821
 822 task buildIndices(type: JavaExec) {
 823   dependsOn copyHelp
 824   classpath = sourceSets.main.compileClasspath
 825   main = "com.sun.java.help.search.Indexer"
 826   workingDir = "${classesDir}/${help_dir}"
 827   def argDir = "html"
 828   args = [ argDir ]
 829   inputs.dir("${workingDir}/${argDir}")
 830
 831   outputs.dir("${classesDir}/doc")
 832   outputs.dir("${classesDir}/help")
 833   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/DOCS")
 834   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/DOCS.TAB")
 835   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/OFFSETS")
 836   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/POSITIONS")
 837   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/SCHEMA")
 838   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/TMAP")
 839 }
 840
 841
 842 task compileLinkCheck(type: JavaCompile) {
 843   options.fork = true
 844   classpath = files("${jalviewDir}/${utilsDir}")
 845   destinationDir = file("${jalviewDir}/${utilsDir}")
 846   source = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utilsDir}", include: ["HelpLinksChecker.java", "BufferedLineReader.java"])
 847
 848   inputs.file("${jalviewDir}/${utilsDir}/HelpLinksChecker.java")
 849   inputs.file("${jalviewDir}/${utilsDir}/HelpLinksChecker.java")
 850   outputs.file("${jalviewDir}/${utilsDir}/HelpLinksChecker.class")
 851   outputs.file("${jalviewDir}/${utilsDir}/BufferedLineReader.class")
 852 }
 853
 854
 855 task linkCheck(type: JavaExec) {
 856   dependsOn prepare, compileLinkCheck
 857
 858   def helpLinksCheckerOutFile = file("${jalviewDir}/${utilsDir}/HelpLinksChecker.out")
 859   classpath = files("${jalviewDir}/${utilsDir}")
 860   main = "HelpLinksChecker"
 861   workingDir = jalviewDir
 862   args = [ "${classesDir}/${help_dir}", "-nointernet" ]
 863
 864   def outFOS = new FileOutputStream(helpLinksCheckerOutFile, false) // false == don't append
 865   def errFOS = outFOS
 866   standardOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
 867     outFOS,
 868     standardOutput)
 869   errorOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
 870     outFOS,
 871     errorOutput)
 872
 873   inputs.dir("${classesDir}/${help_dir}")
 874   outputs.file(helpLinksCheckerOutFile)
 875 }
 876
 877 // import the pubhtmlhelp target
 878 ant.properties.basedir = "${jalviewDir}"
 879 ant.properties.helpBuildDir = "${jalviewDirAbsolutePath}/${classes_dir}/${help_dir}"
 880 ant.importBuild "${utilsDir}/publishHelp.xml"
 881
 882
 883 task cleanPackageDir(type: Delete) {
 884   doFirst {
 885     delete fileTree(dir: "${jalviewDir}/${packageDir}", include: "*.jar")
 886   }
 887 }
 888
 889 jar {
 890   dependsOn linkCheck
 891   dependsOn buildIndices
 892   dependsOn createBuildProperties
 893
 894   manifest {
 895     attributes "Main-Class": mainClass,
 896     "Permissions": "all-permissions",
 897     "Application-Name": "Jalview Desktop",
 898     "Codebase": application_codebase
 899   }
 900
 901   destinationDir = file("${jalviewDir}/${packageDir}")
 902   archiveName = rootProject.name+".jar"
 903
 904   exclude "cache*/**"
 905   exclude "*.jar"
 906   exclude "*.jar.*"
 907   exclude "**/*.jar"
 908   exclude "**/*.jar.*"
 909
 910   inputs.dir(classesDir)
 911   outputs.file("${jalviewDir}/${packageDir}/${archiveName}")
 912 }
 913
 914
 915 task copyJars(type: Copy) {
 916   from fileTree(dir: classesDir, include: "**/*.jar").files
 917   into "${jalviewDir}/${packageDir}"
 918 }
 919
 920
 921 // doing a Sync instead of Copy as Copy doesn't deal with "outputs" very well
 922 task syncJars(type: Sync) {
 923   from fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDistDir}", include: "**/*.jar").files
 924   into "${jalviewDir}/${packageDir}"
 925   preserve {
 926     include jar.archiveName
 927   }
 928 }
 929
 930
 931 task makeDist {
 932   group = "build"
 933   description = "Put all required libraries in dist"
 934   // order of "cleanPackageDir", "copyJars", "jar" important!
 935   jar.mustRunAfter cleanPackageDir
 936   syncJars.mustRunAfter cleanPackageDir
 937   dependsOn cleanPackageDir
 938   dependsOn syncJars
 939   dependsOn jar
 940   outputs.dir("${jalviewDir}/${packageDir}")
 941 }
 942
 943
 944 task cleanDist {
 945   dependsOn cleanPackageDir
 946   dependsOn cleanTest
 947   dependsOn clean
 948 }
 949
 950 shadowJar {
 951   group = "distribution"
 952   if (buildDist) {
 953     dependsOn makeDist
 954   }
 955   from ("${jalviewDir}/${libDistDir}") {
 956     include("*.jar")
 957   }
 958   manifest {
 959     attributes 'Implementation-Version': JALVIEW_VERSION
 960   }
 961   mainClassName = shadowJarMainClass
 962   mergeServiceFiles()
 963   classifier = "all-"+JALVIEW_VERSION+"-j"+JAVA_VERSION
 964   minimize()
 965 }
 966
 967
 968 task getdownWebsite() {
 969   group = "distribution"
 970   description = "Create the getdown minimal app folder, and website folder for this version of jalview. Website folder also used for offline app installer"
 971   if (buildDist) {
 972     dependsOn makeDist
 973   }
 974
 975   def getdownWebsiteResourceFilenames = []
 976   def getdownTextString = ""
 977   def getdownResourceDir = getdownResourceDir
 978   def getdownResourceFilenames = []
 979
 980   doFirst {
 981     // clean the getdown website and files dir before creating getdown folders
 982     delete getdownWebsiteDir
 983     delete getdownFilesDir
 984
 985     copy {
 986       from buildProperties
 987       rename(build_properties_file, getdown_build_properties)
 988       into getdownAppDir
 989     }
 990     getdownWebsiteResourceFilenames += "${getdownAppDistDir}/${getdown_build_properties}"
 991
 992     // go through properties looking for getdown_txt_...
 993     def props = project.properties.sort { it.key }
 994     if (getdownAltJavaMinVersion != null && getdownAltJavaMinVersion.length() > 0) {
 995       props.put("getdown_txt_java_min_version", getdownAltJavaMinVersion)
 996     }
 997     if (getdownAltJavaMaxVersion != null && getdownAltJavaMaxVersion.length() > 0) {
 998       props.put("getdown_txt_java_max_version", getdownAltJavaMaxVersion)
 999     }
1000     if (getdownAltMultiJavaLocation != null && getdownAltMultiJavaLocation.length() > 0) {
1001       props.put("getdown_txt_multi_java_location", getdownAltMultiJavaLocation)
1002     }
1003
1004     props.put("getdown_txt_appbase", getdownAppBase)
1005     props.each{ prop, val ->
1006       if (prop.startsWith("getdown_txt_") && val != null) {
1007         if (prop.startsWith("getdown_txt_multi_")) {
1008           def key = prop.substring(18)
1009           val.split(",").each{ v ->
1010             def line = "${key} = ${v}\n"
1011             getdownTextString += line
1012           }
1013         } else {
1014           // file values rationalised
1015           if (val.indexOf('/') > -1 || prop.startsWith("getdown_txt_resource")) {
1016             def r = null
1017             if (val.indexOf('/') == 0) {
1018               // absolute path
1019               r = file(val)
1020             } else if (val.indexOf('/') > 0) {
1021               // relative path (relative to jalviewDir)
1022               r = file( "${jalviewDir}/${val}" )
1023             }
1024             if (r.exists()) {
1025               val = "${getdown_resource_dir}/" + r.getName()
1026               getdownWebsiteResourceFilenames += val
1027               getdownResourceFilenames += r.getPath()
1028             }
1029           }
1030           if (! prop.startsWith("getdown_txt_resource")) {
1031             def line = prop.substring(12) + " = ${val}\n"
1032             getdownTextString += line
1033           }
1034         }
1035       }
1036     }
1037
1038     getdownWebsiteResourceFilenames.each{ filename ->
1039       getdownTextString += "resource = ${filename}\n"
1040     }
1041     getdownResourceFilenames.each{ filename ->
1042       copy {
1043         from filename
1044         into getdownResourceDir
1045       }
1046     }
1047
1048     def codeFiles = []
1049     fileTree(file(packageDir)).each{ f ->
1050       if (f.isDirectory()) {
1051         def files = fileTree(dir: f, include: ["*"]).getFiles()
1052         codeFiles += files
1053       } else if (f.exists()) {
1054         codeFiles += f
1055       }
1056     }
1057     codeFiles.sort().each{f ->
1058       def name = f.getName()
1059       def line = "code = ${getdownAppDistDir}/${name}\n"
1060       getdownTextString += line
1061       copy {
1062         from f.getPath()
1063         into getdownAppDir
1064       }
1065     }
1066
1067     // NOT USING MODULES YET, EVERYTHING SHOULD BE IN dist
1068     /*
1069     if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
1070     def j11libFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${j11libDir}", include: ["*.jar"]).getFiles()
1071     j11libFiles.sort().each{f ->
1072     def name = f.getName()
1073     def line = "code = ${getdown_j11lib_dir}/${name}\n"
1074     getdownTextString += line
1075     copy {
1076     from f.getPath()
1077     into getdownJ11libDir
1078     }
1079     }
1080     }
1081      */
1082
1083     // getdown-launcher.jar should not be in main application class path so the main application can move it when updated.  Listed as a resource so it gets updated.
1084     //getdownTextString += "class = " + file(getdownLauncher).getName() + "\n"
1085     getdownTextString += "resource = ${getdown_launcher_new}\n"
1086     getdownTextString += "class = ${mainClass}\n"
1087
1088     def getdown_txt = file("${getdownWebsiteDir}/getdown.txt")
1089     getdown_txt.write(getdownTextString)
1090
1091     def getdownLaunchJvl = ( (getdownChannelName != null && getdownChannelName.length() > 0)?"${getdownChannelName}_":"" ) + getdown_launch_jvl
1092     def launch_jvl = file("${getdownWebsiteDir}/${getdown_launch_jvl}")
1093     launch_jvl.write("appbase="+props.get("getdown_txt_appbase"))
1094
1095     copy {
1096       from getdownLauncher
1097       rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher_new)
1098       into getdownWebsiteDir
1099     }
1100
1101     copy {
1102       from getdownLauncher
1103       if (file(getdownLauncher).getName() != getdown_launcher) {
1104         rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher)
1105       }
1106       into getdownWebsiteDir
1107     }
1108
1109     if (! (CHANNEL.startsWith("ARCHIVE") || CHANNEL.startsWith("DEVELOP"))) {
1110       copy {
1111         from getdown_txt
1112         from getdownLauncher
1113         from "${getdownWebsiteDir}/${getdown_build_properties}"
1114         if (file(getdownLauncher).getName() != getdown_launcher) {
1115           rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher)
1116         }
1117         into getdownInstallDir
1118       }
1119
1120       copy {
1121         from getdownInstallDir
1122         into getdownFilesInstallDir
1123       }
1124     }
1125
1126     copy {
1127       from getdown_txt
1128       from launch_jvl
1129       from getdownLauncher
1130       from "${getdownWebsiteDir}/${getdown_build_properties}"
1131       if (file(getdownLauncher).getName() != getdown_launcher) {
1132         rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher)
1133       }
1134       into getdownFilesDir
1135     }
1136
1137     copy {
1138       from getdownResourceDir
1139       into "${getdownFilesDir}/${getdown_resource_dir}"
1140     }
1141   }
1142
1143   if (buildDist) {
1144     inputs.dir("${jalviewDir}/${packageDir}")
1145   }
1146   outputs.dir(getdownWebsiteDir)
1147   outputs.dir(getdownFilesDir)
1148 }
1149
1150
1151 task getdownDigest(type: JavaExec) {
1152   group = "distribution"
1153   description = "Digest the getdown website folder"
1154   dependsOn getdownWebsite
1155   doFirst {
1156     classpath = files(getdownLauncher)
1157   }
1158   main = "com.threerings.getdown.tools.Digester"
1159   args getdownWebsiteDir
1160   inputs.dir(getdownWebsiteDir)
1161   outputs.file("${getdownWebsiteDir}/digest2.txt")
1162 }
1163
1164
1165 task getdown() {
1166   group = "distribution"
1167   description = "Create the minimal and full getdown app folder for installers and website and create digest file"
1168   dependsOn getdownDigest
1169   doLast {
1170     if (reportRsyncCommand) {
1171       def fromDir = getdownWebsiteDir + (getdownWebsiteDir.endsWith('/')?'':'/')
1172       def toDir = "${getdown_rsync_dest}/${getdownDir}" + (getdownDir.endsWith('/')?'':'/')
1173       println "LIKELY RSYNC COMMAND:"
1174       println "mkdir -p '$toDir'\nrsync -avh --delete '$fromDir' '$toDir'"
1175       if (RUNRSYNC == "true") {
1176         exec {
1177           commandLine "mkdir", "-p", toDir
1178         }
1179         exec {
1180           commandLine "rsync", "-avh", "--delete", fromDir, toDir
1181         }
1182       }
1183     }
1184   }
1185 }
1186
1187
1188 clean {
1189   doFirst {
1190     delete getdownWebsiteDir
1191     delete getdownFilesDir
1192   }
1193 }
1194
1195
1196 install4j {
1197   if (file(install4jHomeDir).exists()) {
1198     // good to go!
1199   } else if (file(System.getProperty("user.home")+"/buildtools/install4j").exists()) {
1200     install4jHomeDir = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/install4j"
1201   } else if (file("/Applications/install4j.app/Contents/Resources/app").exists()) {
1202     install4jHomeDir = "/Applications/install4j.app/Contents/Resources/app"
1203   }
1204   installDir(file(install4jHomeDir))
1205
1206   mediaTypes = Arrays.asList(install4j_media_types.split(","))
1207 }
1208
1209
1210 task copyInstall4jTemplate {
1211   def install4jTemplateFile = file("${install4jDir}/${install4j_template}")
1212   def install4jFileAssociationsFile = file("${install4jDir}/${install4j_installer_file_associations}")
1213   inputs.file(install4jTemplateFile)
1214   inputs.file(install4jFileAssociationsFile)
1215   outputs.file(install4jConfFile)
1216
1217   doLast {
1218     def install4jConfigXml = new XmlParser().parse(install4jTemplateFile)
1219
1220     // turn off code signing if no OSX_KEYPASS
1221     if (OSX_KEYPASS == "") {
1222       install4jConfigXml.'**'.codeSigning.each { codeSigning ->
1223         codeSigning.'@macEnabled' = "false"
1224       }
1225       install4jConfigXml.'**'.windows.each { windows ->
1226         windows.'@runPostProcessor' = "false"
1227       }
1228     }
1229
1230     // put file association actions where placeholder action is
1231     def install4jFileAssociationsText = install4jFileAssociationsFile.text
1232     def fileAssociationActions = new XmlParser().parseText("<actions>${install4jFileAssociationsText}</actions>")
1233     install4jConfigXml.'**'.action.any { a ->
1234       if (a.'@name' == 'EXTENSIONS_REPLACED_BY_GRADLE') {
1235         def parent = a.parent()
1236         parent.remove(a)
1237         fileAssociationActions.each { faa ->
1238             parent.append(faa)
1239         }
1240         // don't need to continue in .any loop once replacements have been made
1241         return true
1242       }
1243     }
1244
1245     // write install4j file
1246     install4jConfFile.text = XmlUtil.serialize(install4jConfigXml)
1247   }
1248 }
1249
1250
1251 clean {
1252   doFirst {
1253     delete install4jConfFile
1254   }
1255 }
1256
1257
1258 task installers(type: com.install4j.gradle.Install4jTask) {
1259   group = "distribution"
1260   description = "Create the install4j installers"
1261   dependsOn setGitVals
1262   dependsOn getdown
1263   dependsOn copyInstall4jTemplate
1264
1265   projectFile = install4jConfFile
1266
1267   // create an md5 for the input files to use as version for install4j conf file
1268   def digest = MessageDigest.getInstance("MD5")
1269   digest.update(
1270     (file("${install4jDir}/${install4j_template}").text +
1271     file("${install4jDir}/${install4j_info_plist_file_associations}").text +
1272     file("${install4jDir}/${install4j_installer_file_associations}").text).bytes)
1273   def filesMd5 = new BigInteger(1, digest.digest()).toString(16)
1274   if (filesMd5.length() >= 8) {
1275     filesMd5 = filesMd5.substring(0,8)
1276   }
1277   def install4jTemplateVersion = "${JALVIEW_VERSION}_F${filesMd5}_C${gitHash}"
1278   // make install4jBuildDir relative to jalviewDir
1279   def install4jBuildDir = "${install4j_build_dir}/${JAVA_VERSION}"
1280
1281   variables = [
1282     'JALVIEW_DIR': "../..",
1283     'OSX_KEYSTORE': OSX_KEYSTORE,
1284     'JSIGN_SH': JSIGN_SH,
1285     'JRE_DIR': getdown_app_dir_java,
1286     'INSTALLER_TEMPLATE_VERSION': install4jTemplateVersion,
1287     'JALVIEW_VERSION': JALVIEW_VERSION,
1288     'JAVA_MIN_VERSION': JAVA_MIN_VERSION,
1289     'JAVA_MAX_VERSION': JAVA_MAX_VERSION,
1290     'JAVA_VERSION': JAVA_VERSION,
1291     'JAVA_INTEGER_VERSION': JAVA_INTEGER_VERSION,
1292     'VERSION': JALVIEW_VERSION,
1293     'MACOS_JAVA_VM_DIR': macosJavaVMDir,
1294     'WINDOWS_JAVA_VM_DIR': windowsJavaVMDir,
1295     'LINUX_JAVA_VM_DIR': linuxJavaVMDir,
1296     'MACOS_JAVA_VM_TGZ': macosJavaVMTgz,
1297     'WINDOWS_JAVA_VM_TGZ': windowsJavaVMTgz,
1298     'LINUX_JAVA_VM_TGZ': linuxJavaVMTgz,
1299     'COPYRIGHT_MESSAGE': install4j_copyright_message,
1300     'MACOS_BUNDLE_ID': install4j_macOS_bundle_id,
1301     'INSTALL4J_UTILS_DIR': install4j_utils_dir,
1302     'GETDOWN_WEBSITE_DIR': getdown_website_dir,
1303     'GETDOWN_FILES_DIR': getdown_files_dir,
1304     'GETDOWN_RESOURCE_DIR': getdown_resource_dir,
1305     'GETDOWN_DIST_DIR': getdownAppDistDir,
1306     'GETDOWN_ALT_DIR': getdown_app_dir_alt,
1307     'GETDOWN_INSTALL_DIR': getdown_install_dir,
1308     'INFO_PLIST_FILE_ASSOCIATIONS_FILE': install4j_info_plist_file_associations,
1309     'BUILD_DIR': install4jBuildDir,
1310   ]
1311
1312   destination = "${jalviewDir}/${install4jBuildDir}"
1313   buildSelected = true
1314
1315   if (install4j_faster.equals("true") || CHANNEL.startsWith("DEVELOP") || CHANNEL.startsWith("LOCAL")) {
1316     // this doesn't seem to work
1317     faster = true
1318     disableSigning = true
1319   }
1320
1321   if (OSX_KEYPASS) {
1322     macKeystorePassword = OSX_KEYPASS
1323   }
1324
1325   doFirst {
1326     println("Using projectFile "+projectFile)
1327   }
1328
1329   inputs.dir(getdownWebsiteDir)
1330   inputs.file(install4jConfFile)
1331   inputs.file("${install4jDir}/${install4j_info_plist_file_associations}")
1332   inputs.dir(macosJavaVMDir)
1333   inputs.dir(windowsJavaVMDir)
1334   outputs.dir("${jalviewDir}/${install4j_build_dir}/${JAVA_VERSION}")
1335 }
1336
1337
1338 task sourceDist(type: Tar) {
1339
1340   def VERSION_UNDERSCORES = JALVIEW_VERSION.replaceAll("\\.", "_")
1341   def outputFileName = "${project.name}_${VERSION_UNDERSCORES}.tar.gz"
1342   // cater for buildship < 3.1 [3.0.1 is max version in eclipse 2018-09]
1343   try {
1344     archiveFileName = outputFileName
1345   } catch (Exception e) {
1346     archiveName = outputFileName
1347   }
1348
1349   compression Compression.GZIP
1350
1351   into project.name
1352
1353   def EXCLUDE_FILES=["build/*","bin/*","test-output/","test-reports","tests","clover*/*"
1354   ,".*"
1355   ,"benchmarking/*"
1356   ,"**/.*"
1357   ,"*.class"
1358   ,"**/*.class","${j11modDir}/**/*.jar","appletlib","**/*locales"
1359   ,"*locales/**",
1360   ,"utils/InstallAnywhere"]
1361   def PROCESS_FILES=[   "AUTHORS",
1362   "CITATION",
1363   "FEATURETODO",
1364   "JAVA-11-README",
1365   "FEATURETODO",
1366   "LICENSE",
1367   "**/README",
1368   "RELEASE",
1369   "THIRDPARTYLIBS","TESTNG",
1370   "build.gradle",
1371   "gradle.properties",
1372   "**/*.java",
1373   "**/*.html",
1374   "**/*.xml",
1375   "**/*.gradle",
1376   "**/*.groovy",
1377   "**/*.properties",
1378   "**/*.perl",
1379   "**/*.sh"]
1380
1381   from(jalviewDir) {
1382     exclude (EXCLUDE_FILES)
1383     include (PROCESS_FILES)
1384     filter(ReplaceTokens,
1385       beginToken: '$$',
1386       endToken: '$$',
1387       tokens: [
1388         'Version-Rel': JALVIEW_VERSION,
1389         'Year-Rel': getDate("yyyy")
1390       ]
1391     )
1392   }
1393   from(jalviewDir) {
1394     exclude (EXCLUDE_FILES)
1395     exclude (PROCESS_FILES)
1396     exclude ("appletlib")
1397     exclude ("**/*locales")
1398     exclude ("*locales/**")
1399     exclude ("utils/InstallAnywhere")
1400
1401     exclude (getdown_files_dir)
1402     exclude (getdown_website_dir)
1403
1404     // exluding these as not using jars as modules yet
1405     exclude ("${j11modDir}/**/*.jar")
1406   }
1407   //  from (jalviewDir) {
1408   //    // explicit includes for stuff that seemed to not get included
1409   //    include(fileTree("test/**/*."))
1410   //    exclude(EXCLUDE_FILES)
1411   //    exclude(PROCESS_FILES)
1412   //  }
1413 }
1414
1415
1416 task helppages {
1417   dependsOn copyHelp
1418   dependsOn pubhtmlhelp
1419
1420   inputs.dir("${classesDir}/${help_dir}")
1421   outputs.dir("${buildDir}/distributions/${help_dir}")
1422 }
1423
1424 // LARGE AMOUNT OF JALVIEWJS STUFF DELETED HERE
1425 task eclipseAutoBuildTask {}
1426 task eclipseSynchronizationTask {}