build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   3 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.Output
   4 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.Library
   5 import java.security.MessageDigest
   6 import groovy.transform.ExternalizeMethods
   7 import groovy.util.XmlParser
   8 import groovy.xml.XmlUtil
   9
  10
  11 buildscript {
  12   repositories {
  13     mavenCentral()
  14     mavenLocal()
  15   }
  16   dependencies {
  17     classpath 'org.openclover:clover:4.4.1'
  18   }
  19 }
  20
  21
  22 plugins {
  23   id 'java'
  24   id 'application'
  25   id 'eclipse'
  26   id 'com.github.johnrengelman.shadow' version '4.0.3'
  27   id 'com.install4j.gradle' version '8.0.4'
  28   id 'com.dorongold.task-tree' version '1.5' // only needed to display task dependency tree with  gradle task1 [task2 ...] taskTree
  29 }
  30
  31 repositories {
  32   jcenter()
  33   mavenCentral()
  34   mavenLocal()
  35 }
  36
  37
  38 // in ext the values are cast to Object. Ensure string values are cast as String (and not GStringImpl) for later use
  39 def string(Object o) {
  40   return o == null ? "" : o.toString()
  41 }
  42
  43
  44 ext {
  45   jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  46   jalviewDirRelativePath = jalviewDir
  47
  48   // local build environment properties
  49   def localProps = "${jalviewDirAbsolutePath}/local.properties"
  50   if (file(localProps).exists()) {
  51     try {
  52       def p = new Properties()
  53       def localPropsFIS = new FileInputStream(localProps)
  54       p.load(localPropsFIS)
  55       localPropsFIS.close()
  56       p.each {
  57         key, val ->
  58           def oldval = findProperty(key)
  59           setProperty(key, val)
  60           if (oldval != null) {
  61             println("Overriding property '${key}' ('${oldval}') with local.properties value '${val}'")
  62           } else {
  63             println("Setting unknown property '${key}' with local.properties value '${val}'")
  64           }
  65       }
  66     } catch (Exception e) {
  67       System.out.println("Exception reading local.properties")
  68     }
  69   }
  70
  71   // this property set when running Eclipse headlessly
  72   j2sHeadlessBuildProperty = string("net.sf.j2s.core.headlessbuild")
  73   // this property set by Eclipse
  74   eclipseApplicationProperty = string("eclipse.application")
  75   // CHECK IF RUNNING FROM WITHIN ECLIPSE
  76   def eclipseApplicationPropertyVal = System.properties[eclipseApplicationProperty]
  77   IN_ECLIPSE = eclipseApplicationPropertyVal != null && eclipseApplicationPropertyVal.startsWith("org.eclipse.ui.")
  78   // BUT WITHOUT THE HEADLESS BUILD PROPERTY SET
  79   if (System.properties[j2sHeadlessBuildProperty].equals("true")) {
  80     println("Setting IN_ECLIPSE to ${IN_ECLIPSE} as System.properties['${j2sHeadlessBuildProperty}'] == '${System.properties[j2sHeadlessBuildProperty]}'")
  81     IN_ECLIPSE = false
  82   }
  83   if (IN_ECLIPSE) {
  84     println("WITHIN ECLIPSE IDE")
  85   } else {
  86     println("HEADLESS BUILD")
  87   }
  88   /* *-/
  89   System.properties.sort { it.key }.each {
  90     key, val -> println("SYSTEM PROPERTY ${key}='${val}'")
  91   }
  92   /-* *-/
  93   if (false && IN_ECLIPSE) {
  94     jalviewDir = jalviewDirAbsolutePath
  95   }
  96   */
  97
  98   // essentials
  99   bareSourceDir = string(source_dir)
 100   sourceDir = string("${jalviewDir}/${bareSourceDir}")
 101   resourceDir = string("${jalviewDir}/${resource_dir}")
 102   bareTestSourceDir = string(test_source_dir)
 103   testSourceDir = string("${jalviewDir}/${bareTestSourceDir}")
 104
 105   // clover
 106   cloverInstrDir = file("${buildDir}/${cloverSourcesInstrDir}")
 107   cloverDb = string("${buildDir}/clover/clover.db")
 108   classesDir = string("${jalviewDir}/${classes_dir}")
 109   if (clover.equals("true")) {
 110     use_clover = true
 111     classesDir = string("${buildDir}/${cloverClassesDir}")
 112   } else {
 113     use_clover = false
 114     classesDir = string("${jalviewDir}/${classes_dir}")
 115   }
 116
 117   classes = classesDir
 118
 119   getdownWebsiteDir = string("${jalviewDir}/${getdown_website_dir}/${JAVA_VERSION}")
 120   buildDist = true
 121
 122   // the following values might be overridden by the CHANNEL switch
 123   getdownChannelName = CHANNEL.toLowerCase()
 124   getdownDir = string("${getdownChannelName}/${JAVA_VERSION}")
 125   getdownAppBase = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
 126   getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher}")
 127   getdownAppDistDir = getdown_app_dir_alt
 128   buildProperties = string("${classesDir}/${build_properties_file}")
 129   reportRsyncCmd = false
 130   jvlChannelName = CHANNEL.toLowerCase()
 131   switch (CHANNEL) {
 132
 133     case "BUILD":
 134     // TODO: get bamboo build artifact URL for getdown artifacts
 135     getdown_channel_base = bamboo_channelbase
 136     getdownChannelName = string("${bamboo_planKey}/${JAVA_VERSION}")
 137     getdownAppBase = string("${bamboo_channelbase}/${bamboo_planKey}${bamboo_getdown_channel_suffix}/${JAVA_VERSION}")
 138     jvlChannelName += "_${getdownChannelName}"
 139     break
 140
 141     case "RELEASE":
 142     getdownAppDistDir = getdown_app_dir_release
 143     reportRsyncCommand = true
 144     break
 145
 146     case "ARCHIVE":
 147     getdownChannelName = CHANNEL.toLowerCase()+"/${JALVIEW_VERSION}"
 148     getdownDir = string("${getdownChannelName}/${JAVA_VERSION}")
 149     getdownAppBase = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
 150     if (!file("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}").exists()) {
 151       throw new GradleException("Must provide an ARCHIVEDIR value to produce an archive distribution")
 152     } else {
 153       packageDir = string("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}")
 154       buildProperties = string("${ARCHIVEDIR}/${classes_dir}/${build_properties_file}")
 155       buildDist = false
 156     }
 157     reportRsyncCommand = true
 158     break
 159
 160     case "ARCHIVELOCAL":
 161     getdownChannelName = string("archive/${JALVIEW_VERSION}")
 162     getdownDir = string("${getdownChannelName}/${JAVA_VERSION}")
 163     getdownAppBase = file(getdownWebsiteDir).toURI().toString()
 164     if (!file("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}").exists()) {
 165       throw new GradleException("Must provide an ARCHIVEDIR value to produce an archive distribution")
 166     } else {
 167       packageDir = string("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}")
 168       buildProperties = string("${ARCHIVEDIR}/${classes_dir}/${build_properties_file}")
 169       buildDist = false
 170     }
 171     reportRsyncCommand = true
 172     getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}")
 173     break
 174
 175     case "DEVELOP":
 176     reportRsyncCommand = true
 177     break
 178
 179     case "TEST-RELEASE":
 180     reportRsyncCommand = true
 181     break
 182
 183     case ~/^SCRATCH(|-[-\w]*)$/:
 184     getdownChannelName = CHANNEL
 185     getdownDir = string("${getdownChannelName}/${JAVA_VERSION}")
 186     getdownAppBase = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
 187     reportRsyncCommand = true
 188     break
 189
 190     case "TEST-LOCAL":
 191     if (!file("${LOCALDIR}").exists()) {
 192       throw new GradleException("Must provide a LOCALDIR value to produce a local distribution")
 193     } else {
 194       getdownAppBase = file(file("${LOCALDIR}").getAbsolutePath()).toURI().toString()
 195       getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}")
 196     }
 197     break
 198
 199     case "LOCAL":
 200     getdownAppBase = file(getdownWebsiteDir).toURI().toString()
 201     getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}")
 202     break
 203
 204     default: // something wrong specified
 205     throw new GradleException("CHANNEL must be one of BUILD, RELEASE, ARCHIVE, DEVELOP, TEST-RELEASE, SCRATCH-..., LOCAL [default]")
 206     break
 207
 208   }
 209   // override getdownAppBase if requested
 210   if (findProperty("getdown_appbase_override") != null) {
 211     getdownAppBase = string(getProperty("getdown_appbase_override"))
 212     println("Overriding getdown appbase with '${getdownAppBase}'")
 213   }
 214   // sanitise file name for jalview launcher file for this channel
 215   jvlChannelName = jvlChannelName.replaceAll(/[^\w\-]/,"_")
 216
 217   getdownAppDir = string("${getdownWebsiteDir}/${getdownAppDistDir}")
 218   //getdownJ11libDir = "${getdownWebsiteDir}/${getdown_j11lib_dir}"
 219   getdownResourceDir = string("${getdownWebsiteDir}/${getdown_resource_dir}")
 220   getdownInstallDir = string("${getdownWebsiteDir}/${getdown_install_dir}")
 221   getdownFilesDir = string("${jalviewDir}/${getdown_files_dir}/${JAVA_VERSION}/")
 222   getdownFilesInstallDir = string("${getdownFilesDir}/${getdown_install_dir}")
 223   /* compile without modules -- using classpath libraries
 224   modules_compileClasspath = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${j11modDir}", include: ["*.jar"])
 225   modules_runtimeClasspath = modules_compileClasspath
 226   */
 227   gitHash = string("")
 228   gitBranch = string("")
 229
 230   println("Using a ${CHANNEL} profile.")
 231
 232   additional_compiler_args = []
 233   // configure classpath/args for j8/j11 compilation
 234   if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
 235     JAVA_INTEGER_VERSION = string("8")
 236     //libDir = j8libDir
 237     libDir = j11libDir
 238     libDistDir = j8libDir
 239     compile_source_compatibility = 1.8
 240     compile_target_compatibility = 1.8
 241     // these are getdown.txt properties defined dependent on the JAVA_VERSION
 242     getdownAltJavaMinVersion = string(findProperty("getdown_alt_java8_min_version"))
 243     getdownAltJavaMaxVersion = string(findProperty("getdown_alt_java8_max_version"))
 244     // this property is assigned below and expanded to multiple lines in the getdown task
 245     getdownAltMultiJavaLocation = string(findProperty("getdown_alt_java8_txt_multi_java_location"))
 246     // this property is for the Java library used in eclipse
 247     eclipseJavaRuntimeName = string("JavaSE-1.8")
 248   } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
 249     JAVA_INTEGER_VERSION = string("11")
 250     libDir = j11libDir
 251     libDistDir = j11libDir
 252     compile_source_compatibility = 11
 253     compile_target_compatibility = 11
 254     getdownAltJavaMinVersion = string(findProperty("getdown_alt_java11_min_version"))
 255     getdownAltJavaMaxVersion = string(findProperty("getdown_alt_java11_max_version"))
 256     getdownAltMultiJavaLocation = string(findProperty("getdown_alt_java11_txt_multi_java_location"))
 257     eclipseJavaRuntimeName = string("JavaSE-11")
 258     /* compile without modules -- using classpath libraries
 259     additional_compiler_args += [
 260     '--module-path', modules_compileClasspath.asPath,
 261     '--add-modules', j11modules
 262     ]
 263      */
 264   } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
 265     JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
 266     libDir = j11libDir
 267     libDistDir = j11libDir
 268     compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
 269     compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
 270     getdownAltJavaMinVersion = string(findProperty("getdown_alt_java11_min_version"))
 271     getdownAltJavaMaxVersion = string(findProperty("getdown_alt_java11_max_version"))
 272     getdownAltMultiJavaLocation = string(findProperty("getdown_alt_java11_txt_multi_java_location"))
 273     eclipseJavaRuntimeName = string("JavaSE-11")
 274     /* compile without modules -- using classpath libraries
 275     additional_compiler_args += [
 276     '--module-path', modules_compileClasspath.asPath,
 277     '--add-modules', j11modules
 278     ]
 279      */
 280   } else {
 281     throw new GradleException("JAVA_VERSION=${JAVA_VERSION} not currently supported by Jalview")
 282   }
 283
 284
 285   // for install4j
 286   JAVA_MIN_VERSION = JAVA_VERSION
 287   JAVA_MAX_VERSION = JAVA_VERSION
 288   def jreInstallsDir = string(jre_installs_dir)
 289   if (jreInstallsDir.startsWith("~/")) {
 290     jreInstallsDir = System.getProperty("user.home") + jreInstallsDir.substring(1)
 291   }
 292   macosJavaVMDir = string("${jreInstallsDir}/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-mac-x64/jre")
 293   macosJavaVMTgz = string("${jreInstallsDir}/tgz/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-mac-x64.tar.gz")
 294   windowsJavaVMDir = string("${jreInstallsDir}/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-windows-x64/jre")
 295   windowsJavaVMTgz = string("${jreInstallsDir}/tgz/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-windows-x64.tar.gz")
 296   linuxJavaVMDir = string("${jreInstallsDir}/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-linux-x64/jre")
 297   linuxJavaVMTgz = string("${jreInstallsDir}/tgz/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-linux-x64.tar.gz")
 298   install4jDir = string("${jalviewDir}/${install4j_utils_dir}")
 299   install4jConfFileName = string("jalview-install4j-conf.install4j")
 300   install4jConfFile = file("${install4jDir}/${install4jConfFileName}")
 301   install4jHomeDir = install4j_home_dir
 302   if (install4jHomeDir.startsWith("~/")) {
 303     install4jHomeDir = System.getProperty("user.home") + install4jHomeDir.substring(1)
 304   }
 305
 306
 307
 308   buildingHTML = string("${jalviewDir}/${docDir}/building.html")
 309   helpFile = string("${classesDir}/${help_dir}/help.jhm")
 310   helpParentDir = string("${jalviewDir}/${help_parent_dir}")
 311   helpSourceDir = string("${helpParentDir}/${help_dir}")
 312
 313
 314   relativeBuildDir = file(jalviewDirAbsolutePath).toPath().relativize(buildDir.toPath())
 315   jalviewjsBuildDir = string("${relativeBuildDir}/jalviewjs")
 316   jalviewjsSiteDir = string("${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_site_dir}")
 317   if (IN_ECLIPSE) {
 318     jalviewjsTransferSiteJsDir = string(jalviewjsSiteDir)
 319   } else {
 320     jalviewjsTransferSiteJsDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_js")
 321   }
 322   jalviewjsTransferSiteLibDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_lib")
 323   jalviewjsTransferSiteSwingJsDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_swingjs")
 324   jalviewjsTransferSiteCoreDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_core")
 325   jalviewjsJalviewCoreHtmlFile = string("")
 326   jalviewjsJalviewCoreName = string(jalviewjs_core_name)
 327   jalviewjsCoreClasslists = []
 328   jalviewjsJalviewTemplateName = string(jalviewjs_name)
 329   jalviewjsJ2sSettingsFileName = string("${jalviewDir}/${jalviewjs_j2s_settings}")
 330   jalviewjsJ2sProps = null
 331
 332   eclipseWorkspace = null
 333   eclipseBinary = string("")
 334   eclipseVersion = string("")
 335   eclipseDebug = false
 336   // ENDEXT
 337 }
 338
 339
 340 sourceSets {
 341   main {
 342     java {
 343       srcDirs sourceDir
 344       outputDir = file(classesDir)
 345     }
 346
 347     resources {
 348       srcDirs resourceDir
 349       srcDirs += helpParentDir
 350     }
 351
 352     jar.destinationDir = file("${jalviewDir}/${packageDir}")
 353
 354     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
 355     //compileClasspath += files(sourceSets.main.resources.srcDirs)
 356     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDir}", include: ["*.jar"])
 357
 358     runtimeClasspath = compileClasspath
 359   }
 360
 361   clover {
 362     java {
 363       srcDirs = [ cloverInstrDir ]
 364       outputDir = file("${buildDir}/${cloverClassesDir}")
 365     }
 366
 367     resources {
 368       srcDirs = sourceSets.main.resources.srcDirs
 369     }
 370     compileClasspath = configurations.cloverRuntime + files( sourceSets.clover.java.outputDir )
 371     compileClasspath += files(sourceSets.main.java.outputDir)
 372     compileClasspath += sourceSets.main.compileClasspath
 373     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utilsDir}", include: ["**/*.jar"])
 374     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDir}", include: ["*.jar"])
 375
 376     runtimeClasspath = compileClasspath
 377   }
 378
 379   test {
 380     java {
 381       srcDirs testSourceDir
 382       outputDir = file("${jalviewDir}/${testOutputDir}")
 383     }
 384
 385     resources {
 386       srcDirs = sourceSets.main.resources.srcDirs
 387     }
 388
 389     compileClasspath = files( sourceSets.test.java.outputDir )
 390
 391     if (use_clover) {
 392       compileClasspath = sourceSets.clover.compileClasspath
 393     } else {
 394       compileClasspath += files(sourceSets.main.java.outputDir)
 395     }
 396
 397     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDir}", include: ["*.jar"])
 398     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utilsDir}/testnglibs", include: ["**/*.jar"])
 399     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utilsDir}/testlibs", include: ["**/*.jar"])
 400
 401     runtimeClasspath = compileClasspath
 402   }
 403 }
 404
 405
 406 // clover bits
 407 dependencies {
 408   cloverCompile 'org.openclover:clover:4.4.1'
 409   if (use_clover) {
 410     testCompile 'org.openclover:clover:4.4.1'
 411   }
 412 }
 413
 414 configurations {
 415   cloverRuntime
 416   cloverRuntime.extendsFrom cloverCompile
 417 }
 418
 419
 420 // eclipse project and settings files creation, also used by buildship
 421 eclipse {
 422   project {
 423     name = eclipse_project_name
 424
 425     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 426     'org.eclipse.jdt.groovy.core.groovyNature',
 427     'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 428
 429     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 430     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 431   }
 432
 433   classpath {
 434     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 435     def removeThese = []
 436     configurations.each{
 437       if (it.isCanBeResolved()) {
 438         removeThese += it
 439       }
 440     }
 441
 442     minusConfigurations += removeThese
 443     plusConfigurations = [ ]
 444     file {
 445
 446       whenMerged { cp ->
 447         def removeTheseToo = []
 448         HashMap<String, Boolean> alreadyAddedSrcPath = new HashMap<>();
 449         cp.entries.each { entry ->
 450           // This conditional removes all src classpathentries that a) have already been added or b) aren't "src" or "test".
 451           // e.g. this removes the resources dir being copied into bin/main, bin/test AND bin/clover
 452           // we add the resources and help/help dirs in as libs afterwards (see below)
 453           if (entry.kind == 'src') {
 454             if (alreadyAddedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == bareSourceDir || entry.path == bareTestSourceDir)) {
 455               removeTheseToo += entry
 456             } else {
 457               alreadyAddedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 458             }
 459           }
 460
 461         }
 462         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 463
 464         //cp.entries += new Output("${eclipse_bin_dir}/main")
 465         if (file(helpParentDir).isDirectory()) {
 466           cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 467         }
 468         if (file(resourceDir).isDirectory()) {
 469           cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 470         }
 471
 472         HashMap<String, Boolean> alreadyAddedLibPath = new HashMap<>();
 473
 474         sourceSets.main.compileClasspath.findAll { it.name.endsWith(".jar") }.any {
 475           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 476           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 477             // don't add dirs to classpath, especially if they don't exist
 478             return false // groovy "continue" in .any closure
 479           }
 480           def itPath = it.toString()
 481           if (itPath.startsWith("${jalviewDirAbsolutePath}/")) {
 482             // make relative path
 483             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 484           }
 485           if (alreadyAddedLibPath.get(itPath)) {
 486             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 487           } else {
 488             //println("Adding entry "+itPath)
 489             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 490             alreadyAddedLibPath.put(itPath, true)
 491           }
 492         }
 493
 494         sourceSets.test.compileClasspath.findAll { it.name.endsWith(".jar") }.any {
 495           //no longer want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 496           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 497             // don't add dirs to classpath
 498             return false // groovy "continue" in .any closure
 499           }
 500
 501           def itPath = it.toString()
 502           if (itPath.startsWith("${jalviewDirAbsolutePath}/")) {
 503             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 504           }
 505           if (alreadyAddedLibPath.get(itPath)) {
 506             // don't duplicate
 507           } else {
 508             def lib = new Library(fileReference(itPath))
 509             lib.entryAttributes["test"] = "true"
 510             cp.entries += lib
 511             alreadyAddedLibPath.put(itPath, true)
 512           }
 513         }
 514
 515       } // whenMerged
 516
 517     } // file
 518
 519     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 520
 521   } // classpath
 522
 523   jdt {
 524     // for the IDE, use java 11 compatibility
 525     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 526     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 527     javaRuntimeName = eclipseJavaRuntimeName
 528
 529     // add in jalview project specific properties/preferences into eclipse core preferences
 530     file {
 531       withProperties { props ->
 532         def jalview_prefs = new Properties()
 533         def ins = new FileInputStream("${jalviewDirAbsolutePath}/${eclipse_extra_jdt_prefs_file}")
 534         jalview_prefs.load(ins)
 535         ins.close()
 536         jalview_prefs.forEach { t, v ->
 537           if (props.getAt(t) == null) {
 538             props.putAt(t, v)
 539           }
 540         }
 541       }
 542     }
 543
 544   } // jdt
 545
 546   if (IN_ECLIPSE) {
 547     // Don't want these to be activated if in headless build
 548     synchronizationTasks "eclipseSynchronizationTask"
 549     autoBuildTasks "eclipseAutoBuildTask"
 550
 551   }
 552 }
 553
 554
 555 task cloverInstr {
 556   // only instrument source, we build test classes as normal
 557   inputs.files files (sourceSets.main.allJava,sourceSets.test.allJava) // , fileTree(dir:"$jalviewDir/$testSourceDir", include: ["**/*.java"]))
 558   outputs.dir cloverInstrDir
 559
 560   doFirst {
 561     //delete cloverInstrDir
 562     def argsList = [
 563       "--initstring",
 564       cloverDb,
 565       "-d",
 566       cloverInstrDir.getPath(),
 567     ]
 568     argsList.addAll(
 569       inputs.files.files.collect(
 570         { file -> file.absolutePath }
 571       )
 572     )
 573     String[] args = argsList.toArray()
 574     println("About to instrument "+args.length +" files")
 575     com.atlassian.clover.CloverInstr.mainImpl(args)
 576   }
 577 }
 578
 579
 580 cloverClasses.dependsOn cloverInstr
 581
 582
 583 task cloverReport {
 584   group = "Verification"
 585   description = "Creates the Clover report"
 586   inputs.dir "${buildDir}/clover"
 587   outputs.dir "${reportsDir}/clover"
 588   onlyIf {
 589     file(cloverDb).exists()
 590   }
 591   doFirst {
 592     def argsList = [
 593       "--initstring",
 594       cloverDb,
 595       "-o",
 596       "${reportsDir}/clover"
 597     ]
 598     String[] args = argsList.toArray()
 599     com.atlassian.clover.reporters.html.HtmlReporter.runReport(args)
 600
 601     // and generate ${reportsDir}/clover/clover.xml
 602     args = [
 603       "--initstring",
 604       cloverDb,
 605       "-o",
 606       "${reportsDir}/clover/clover.xml"
 607     ].toArray()
 608     com.atlassian.clover.reporters.xml.XMLReporter.runReport(args)
 609   }
 610 }
 611 // end clover bits
 612
 613
 614 compileJava {
 615
 616   doFirst {
 617     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 618     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 619     options.compilerArgs = additional_compiler_args
 620     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 621   }
 622
 623 }
 624
 625
 626 compileTestJava {
 627   if (use_clover) {
 628     dependsOn compileCloverJava
 629     classpath += configurations.cloverRuntime
 630   } else {
 631     classpath += sourceSets.main.runtimeClasspath
 632   }
 633   doFirst {
 634     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 635     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 636     options.compilerArgs = additional_compiler_args
 637     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 638   }
 639 }
 640
 641
 642 compileCloverJava {
 643
 644   doFirst {
 645     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 646     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 647     options.compilerArgs += additional_compiler_args
 648     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 649   }
 650   classpath += configurations.cloverRuntime
 651 }
 652
 653
 654 clean {
 655   doFirst {
 656     delete sourceSets.main.java.outputDir
 657   }
 658 }
 659
 660
 661 cleanTest {
 662   doFirst {
 663     delete sourceSets.test.java.outputDir
 664     delete cloverInstrDir
 665     delete cloverDb
 666   }
 667 }
 668
 669
 670 // format is a string like date.format("dd MMMM yyyy")
 671 def getDate(format) {
 672   def date = new Date()
 673   return date.format(format)
 674 }
 675
 676
 677 task setGitVals {
 678   def hashStdOut = new ByteArrayOutputStream()
 679   exec {
 680     commandLine "git", "rev-parse", "--short", "HEAD"
 681     standardOutput = hashStdOut
 682     ignoreExitValue true
 683   }
 684
 685   def branchStdOut = new ByteArrayOutputStream()
 686   exec {
 687     commandLine "git", "rev-parse", "--abbrev-ref", "HEAD"
 688     standardOutput = branchStdOut
 689     ignoreExitValue true
 690   }
 691
 692   gitHash = hashStdOut.toString().trim()
 693   gitBranch = branchStdOut.toString().trim()
 694
 695   outputs.upToDateWhen { false }
 696 }
 697
 698
 699 task createBuildProperties(type: WriteProperties) {
 700   dependsOn setGitVals
 701   inputs.dir(sourceDir)
 702   inputs.dir(resourceDir)
 703   file(buildProperties).getParentFile().mkdirs()
 704   outputFile (buildProperties)
 705   // taking time specific comment out to allow better incremental builds
 706   comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd HH:mm:ss")
 707   //comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd")
 708   property "BUILD_DATE", getDate("HH:mm:ss dd MMMM yyyy")
 709   property "VERSION", JALVIEW_VERSION
 710   property "INSTALLATION", INSTALLATION+" git-commit:"+gitHash+" ["+gitBranch+"]"
 711   outputs.file(outputFile)
 712 }
 713
 714
 715 task cleanBuildingHTML(type: Delete) {
 716   doFirst {
 717     delete buildingHTML
 718   }
 719 }
 720
 721
 722 task convertBuildingMD(type: Exec) {
 723   dependsOn cleanBuildingHTML
 724   def buildingMD = "${jalviewDir}/${docDir}/building.md"
 725   def css = "${jalviewDir}/${docDir}/github.css"
 726
 727   def pandoc = null
 728   pandoc_exec.split(",").each {
 729     if (file(it.trim()).exists()) {
 730       pandoc = it.trim()
 731       return true
 732     }
 733   }
 734
 735   def hostname = "hostname".execute().text.trim()
 736   def buildtoolsPandoc = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/pandoc/bin/pandoc"
 737   if ((pandoc == null || ! file(pandoc).exists()) && file(buildtoolsPandoc).exists()) {
 738     pandoc = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/pandoc/bin/pandoc"
 739   }
 740
 741   doFirst {
 742     if (pandoc != null && file(pandoc).exists()) {
 743         commandLine pandoc, '-s', '-o', buildingHTML, '--metadata', 'pagetitle="Building Jalview from Source"', '--toc', '-H', css, buildingMD
 744     } else {
 745         println("Cannot find pandoc. Skipping convert building.md to HTML")
 746         throw new StopExecutionException("Cannot find pandoc. Skipping convert building.md to HTML")
 747     }
 748   }
 749
 750   ignoreExitValue true
 751
 752   inputs.file(buildingMD)
 753   inputs.file(css)
 754   outputs.file(buildingHTML)
 755 }
 756
 757
 758 clean {
 759   doFirst {
 760     delete buildingHTML
 761   }
 762 }
 763
 764
 765 task syncDocs(type: Sync) {
 766   dependsOn convertBuildingMD
 767   def syncDir = "${classesDir}/${docDir}"
 768   from fileTree("${jalviewDir}/${docDir}")
 769   into syncDir
 770
 771 }
 772
 773
 774 task copyHelp(type: Copy) {
 775   def inputDir = helpSourceDir
 776   def outputDir = "${classesDir}/${help_dir}"
 777   from(inputDir) {
 778     exclude '**/*.gif'
 779     exclude '**/*.jpg'
 780     exclude '**/*.png'
 781     filter(ReplaceTokens,
 782       beginToken: '$$',
 783       endToken: '$$',
 784       tokens: [
 785         'Version-Rel': JALVIEW_VERSION,
 786         'Year-Rel': getDate("yyyy")
 787       ]
 788     )
 789   }
 790   from(inputDir) {
 791     include '**/*.gif'
 792     include '**/*.jpg'
 793     include '**/*.png'
 794   }
 795   into outputDir
 796
 797   inputs.dir(inputDir)
 798   outputs.files(helpFile)
 799   outputs.dir(outputDir)
 800 }
 801
 802
 803 task syncLib(type: Sync) {
 804   def syncDir = "${classesDir}/${libDistDir}"
 805   from fileTree("${jalviewDir}/${libDistDir}")
 806   into syncDir
 807 }
 808
 809
 810 task syncResources(type: Sync) {
 811   from resourceDir
 812   include "**/*.*"
 813   into "${classesDir}"
 814   preserve {
 815     include "**"
 816   }
 817 }
 818
 819
 820 task prepare {
 821   dependsOn syncResources
 822   dependsOn syncDocs
 823   dependsOn copyHelp
 824 }
 825
 826
 827 //testReportDirName = "test-reports" // note that test workingDir will be $jalviewDir
 828 test {
 829   dependsOn prepare
 830   dependsOn compileJava
 831   if (use_clover) {
 832     dependsOn cloverInstr
 833   }
 834
 835   if (use_clover) {
 836     print("Running tests " + (use_clover?"WITH":"WITHOUT") + " clover [clover="+use_clover+"]\n")
 837   }
 838
 839   useTestNG() {
 840     includeGroups testngGroups
 841     preserveOrder true
 842     useDefaultListeners=true
 843   }
 844
 845   workingDir = jalviewDir
 846   //systemProperties 'clover.jar' System.properties.clover.jar
 847   sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 848   targetCompatibility = compile_target_compatibility
 849   jvmArgs += additional_compiler_args
 850
 851 }
 852
 853
 854 task buildIndices(type: JavaExec) {
 855   dependsOn copyHelp
 856   classpath = sourceSets.main.compileClasspath
 857   main = "com.sun.java.help.search.Indexer"
 858   workingDir = "${classesDir}/${help_dir}"
 859   def argDir = "html"
 860   args = [ argDir ]
 861   inputs.dir("${workingDir}/${argDir}")
 862
 863   outputs.dir("${classesDir}/doc")
 864   outputs.dir("${classesDir}/help")
 865   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/DOCS")
 866   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/DOCS.TAB")
 867   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/OFFSETS")
 868   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/POSITIONS")
 869   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/SCHEMA")
 870   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/TMAP")
 871 }
 872
 873
 874 task compileLinkCheck(type: JavaCompile) {
 875   options.fork = true
 876   classpath = files("${jalviewDir}/${utilsDir}")
 877   destinationDir = file("${jalviewDir}/${utilsDir}")
 878   source = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utilsDir}", include: ["HelpLinksChecker.java", "BufferedLineReader.java"])
 879
 880   inputs.file("${jalviewDir}/${utilsDir}/HelpLinksChecker.java")
 881   inputs.file("${jalviewDir}/${utilsDir}/HelpLinksChecker.java")
 882   outputs.file("${jalviewDir}/${utilsDir}/HelpLinksChecker.class")
 883   outputs.file("${jalviewDir}/${utilsDir}/BufferedLineReader.class")
 884 }
 885
 886
 887 task linkCheck(type: JavaExec) {
 888   dependsOn prepare, compileLinkCheck
 889
 890   def helpLinksCheckerOutFile = file("${jalviewDir}/${utilsDir}/HelpLinksChecker.out")
 891   classpath = files("${jalviewDir}/${utilsDir}")
 892   main = "HelpLinksChecker"
 893   workingDir = jalviewDir
 894   args = [ "${classesDir}/${help_dir}", "-nointernet" ]
 895
 896   def outFOS = new FileOutputStream(helpLinksCheckerOutFile, false) // false == don't append
 897   def errFOS = outFOS
 898   standardOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
 899     outFOS,
 900     standardOutput)
 901   errorOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
 902     outFOS,
 903     errorOutput)
 904
 905   inputs.dir("${classesDir}/${help_dir}")
 906   outputs.file(helpLinksCheckerOutFile)
 907 }
 908
 909 // import the pubhtmlhelp target
 910 ant.properties.basedir = "${jalviewDir}"
 911 ant.properties.helpBuildDir = "${jalviewDirAbsolutePath}/${classes_dir}/${help_dir}"
 912 ant.importBuild "${utilsDir}/publishHelp.xml"
 913
 914
 915 task cleanPackageDir(type: Delete) {
 916   doFirst {
 917     delete fileTree(dir: "${jalviewDir}/${packageDir}", include: "*.jar")
 918   }
 919 }
 920
 921 jar {
 922   dependsOn linkCheck
 923   dependsOn buildIndices
 924   dependsOn createBuildProperties
 925
 926   manifest {
 927     attributes "Main-Class": mainClass,
 928     "Permissions": "all-permissions",
 929     "Application-Name": "Jalview Desktop",
 930     "Codebase": application_codebase
 931   }
 932
 933   destinationDir = file("${jalviewDir}/${packageDir}")
 934   archiveName = rootProject.name+".jar"
 935
 936   exclude "cache*/**"
 937   exclude "*.jar"
 938   exclude "*.jar.*"
 939   exclude "**/*.jar"
 940   exclude "**/*.jar.*"
 941
 942   inputs.dir(classesDir)
 943   outputs.file("${jalviewDir}/${packageDir}/${archiveName}")
 944 }
 945
 946
 947 task copyJars(type: Copy) {
 948   from fileTree(dir: classesDir, include: "**/*.jar").files
 949   into "${jalviewDir}/${packageDir}"
 950 }
 951
 952
 953 // doing a Sync instead of Copy as Copy doesn't deal with "outputs" very well
 954 task syncJars(type: Sync) {
 955   from fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDistDir}", include: "**/*.jar").files
 956   into "${jalviewDir}/${packageDir}"
 957   preserve {
 958     include jar.archiveName
 959   }
 960 }
 961
 962
 963 task makeDist {
 964   group = "build"
 965   description = "Put all required libraries in dist"
 966   // order of "cleanPackageDir", "copyJars", "jar" important!
 967   jar.mustRunAfter cleanPackageDir
 968   syncJars.mustRunAfter cleanPackageDir
 969   dependsOn cleanPackageDir
 970   dependsOn syncJars
 971   dependsOn jar
 972   outputs.dir("${jalviewDir}/${packageDir}")
 973 }
 974
 975
 976 task cleanDist {
 977   dependsOn cleanPackageDir
 978   dependsOn cleanTest
 979   dependsOn clean
 980 }
 981
 982 shadowJar {
 983   group = "distribution"
 984   if (buildDist) {
 985     dependsOn makeDist
 986   }
 987   from ("${jalviewDir}/${libDistDir}") {
 988     include("*.jar")
 989   }
 990   manifest {
 991     attributes 'Implementation-Version': JALVIEW_VERSION
 992   }
 993   mainClassName = shadowJarMainClass
 994   mergeServiceFiles()
 995   classifier = "all-"+JALVIEW_VERSION+"-j"+JAVA_VERSION
 996   minimize()
 997 }
 998
 999
1000 task getdownWebsite() {
1001   group = "distribution"
1002   description = "Create the getdown minimal app folder, and website folder for this version of jalview. Website folder also used for offline app installer"
1003   if (buildDist) {
1004     dependsOn makeDist
1005   }
1006
1007   def getdownWebsiteResourceFilenames = []
1008   def getdownTextString = ""
1009   def getdownResourceDir = getdownResourceDir
1010   def getdownResourceFilenames = []
1011
1012   doFirst {
1013     // clean the getdown website and files dir before creating getdown folders
1014     delete getdownWebsiteDir
1015     delete getdownFilesDir
1016
1017     copy {
1018       from buildProperties
1019       rename(build_properties_file, getdown_build_properties)
1020       into getdownAppDir
1021     }
1022     getdownWebsiteResourceFilenames += "${getdownAppDistDir}/${getdown_build_properties}"
1023
1024     // go through properties looking for getdown_txt_...
1025     def props = project.properties.sort { it.key }
1026     if (getdownAltJavaMinVersion != null && getdownAltJavaMinVersion.length() > 0) {
1027       props.put("getdown_txt_java_min_version", getdownAltJavaMinVersion)
1028     }
1029     if (getdownAltJavaMaxVersion != null && getdownAltJavaMaxVersion.length() > 0) {
1030       props.put("getdown_txt_java_max_version", getdownAltJavaMaxVersion)
1031     }
1032     if (getdownAltMultiJavaLocation != null && getdownAltMultiJavaLocation.length() > 0) {
1033       props.put("getdown_txt_multi_java_location", getdownAltMultiJavaLocation)
1034     }
1035
1036     props.put("getdown_txt_appbase", getdownAppBase)
1037     props.each{ prop, val ->
1038       if (prop.startsWith("getdown_txt_") && val != null) {
1039         if (prop.startsWith("getdown_txt_multi_")) {
1040           def key = prop.substring(18)
1041           val.split(",").each{ v ->
1042             def line = "${key} = ${v}\n"
1043             getdownTextString += line
1044           }
1045         } else {
1046           // file values rationalised
1047           if (val.indexOf('/') > -1 || prop.startsWith("getdown_txt_resource")) {
1048             def r = null
1049             if (val.indexOf('/') == 0) {
1050               // absolute path
1051               r = file(val)
1052             } else if (val.indexOf('/') > 0) {
1053               // relative path (relative to jalviewDir)
1054               r = file( "${jalviewDir}/${val}" )
1055             }
1056             if (r.exists()) {
1057               val = "${getdown_resource_dir}/" + r.getName()
1058               getdownWebsiteResourceFilenames += val
1059               getdownResourceFilenames += r.getPath()
1060             }
1061           }
1062           if (! prop.startsWith("getdown_txt_resource")) {
1063             def line = prop.substring(12) + " = ${val}\n"
1064             getdownTextString += line
1065           }
1066         }
1067       }
1068     }
1069
1070     getdownWebsiteResourceFilenames.each{ filename ->
1071       getdownTextString += "resource = ${filename}\n"
1072     }
1073     getdownResourceFilenames.each{ filename ->
1074       copy {
1075         from filename
1076         into getdownResourceDir
1077       }
1078     }
1079
1080     def codeFiles = []
1081     fileTree(file(packageDir)).each{ f ->
1082       if (f.isDirectory()) {
1083         def files = fileTree(dir: f, include: ["*"]).getFiles()
1084         codeFiles += files
1085       } else if (f.exists()) {
1086         codeFiles += f
1087       }
1088     }
1089     codeFiles.sort().each{f ->
1090       def name = f.getName()
1091       def line = "code = ${getdownAppDistDir}/${name}\n"
1092       getdownTextString += line
1093       copy {
1094         from f.getPath()
1095         into getdownAppDir
1096       }
1097     }
1098
1099     // NOT USING MODULES YET, EVERYTHING SHOULD BE IN dist
1100     /*
1101     if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
1102     def j11libFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${j11libDir}", include: ["*.jar"]).getFiles()
1103     j11libFiles.sort().each{f ->
1104     def name = f.getName()
1105     def line = "code = ${getdown_j11lib_dir}/${name}\n"
1106     getdownTextString += line
1107     copy {
1108     from f.getPath()
1109     into getdownJ11libDir
1110     }
1111     }
1112     }
1113      */
1114
1115     // getdown-launcher.jar should not be in main application class path so the main application can move it when updated.  Listed as a resource so it gets updated.
1116     //getdownTextString += "class = " + file(getdownLauncher).getName() + "\n"
1117     getdownTextString += "resource = ${getdown_launcher_new}\n"
1118     getdownTextString += "class = ${mainClass}\n"
1119
1120     def getdown_txt = file("${getdownWebsiteDir}/getdown.txt")
1121     getdown_txt.write(getdownTextString)
1122
1123     def getdownLaunchJvl = getdown_launch_jvl_name + ( (jvlChannelName != null && jvlChannelName.length() > 0)?"-${jvlChannelName}":"" ) + ".jvl"
1124     def launchJvl = file("${getdownWebsiteDir}/${getdownLaunchJvl}")
1125     launchJvl.write("appbase="+props.get("getdown_txt_appbase"))
1126
1127     copy {
1128       from getdownLauncher
1129       rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher_new)
1130       into getdownWebsiteDir
1131     }
1132
1133     copy {
1134       from getdownLauncher
1135       if (file(getdownLauncher).getName() != getdown_launcher) {
1136         rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher)
1137       }
1138       into getdownWebsiteDir
1139     }
1140
1141     if (! (CHANNEL.startsWith("ARCHIVE") || CHANNEL.startsWith("DEVELOP"))) {
1142       copy {
1143         from getdown_txt
1144         from getdownLauncher
1145         from "${getdownWebsiteDir}/${getdown_build_properties}"
1146         if (file(getdownLauncher).getName() != getdown_launcher) {
1147           rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher)
1148         }
1149         into getdownInstallDir
1150       }
1151
1152       copy {
1153         from getdownInstallDir
1154         into getdownFilesInstallDir
1155       }
1156     }
1157
1158     copy {
1159       from getdown_txt
1160       from launchJvl
1161       from getdownLauncher
1162       from "${getdownWebsiteDir}/${getdown_build_properties}"
1163       if (file(getdownLauncher).getName() != getdown_launcher) {
1164         rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher)
1165       }
1166       into getdownFilesDir
1167     }
1168
1169     copy {
1170       from getdownResourceDir
1171       into "${getdownFilesDir}/${getdown_resource_dir}"
1172     }
1173   }
1174
1175   if (buildDist) {
1176     inputs.dir("${jalviewDir}/${packageDir}")
1177   }
1178   outputs.dir(getdownWebsiteDir)
1179   outputs.dir(getdownFilesDir)
1180 }
1181
1182
1183 // a helper task to allow getdown digest of any dir: `gradle getdownDigestDir -PDIGESTDIR=/path/to/my/random/getdown/dir
1184 task getdownDigestDir(type: JavaExec) {
1185   def digestDirPropertyName = "DIGESTDIR"
1186   description = "Digest a local dir (-P${digestDirPropertyName}=...) for getdown"
1187   doFirst {
1188     classpath = files(getdownLauncher)
1189     def digestDir = findProperty(digestDirPropertyName)
1190     if (digestDir == null) {
1191       throw new GradleException("Must provide a DIGESTDIR value to produce an alternative getdown digest")
1192     }
1193     args digestDir
1194   }
1195   main = "com.threerings.getdown.tools.Digester"
1196 }
1197
1198
1199 task getdownDigest(type: JavaExec) {
1200   group = "distribution"
1201   description = "Digest the getdown website folder"
1202   dependsOn getdownWebsite
1203   doFirst {
1204     classpath = files(getdownLauncher)
1205   }
1206   main = "com.threerings.getdown.tools.Digester"
1207   args getdownWebsiteDir
1208   inputs.dir(getdownWebsiteDir)
1209   outputs.file("${getdownWebsiteDir}/digest2.txt")
1210 }
1211
1212
1213 task getdown() {
1214   group = "distribution"
1215   description = "Create the minimal and full getdown app folder for installers and website and create digest file"
1216   dependsOn getdownDigest
1217   doLast {
1218     if (reportRsyncCommand) {
1219       def fromDir = getdownWebsiteDir + (getdownWebsiteDir.endsWith('/')?'':'/')
1220       def toDir = "${getdown_rsync_dest}/${getdownDir}" + (getdownDir.endsWith('/')?'':'/')
1221       println "LIKELY RSYNC COMMAND:"
1222       println "mkdir -p '$toDir'\nrsync -avh --delete '$fromDir' '$toDir'"
1223       if (RUNRSYNC == "true") {
1224         exec {
1225           commandLine "mkdir", "-p", toDir
1226         }
1227         exec {
1228           commandLine "rsync", "-avh", "--delete", fromDir, toDir
1229         }
1230       }
1231     }
1232   }
1233 }
1234
1235
1236 clean {
1237   doFirst {
1238     delete getdownWebsiteDir
1239     delete getdownFilesDir
1240   }
1241 }
1242
1243
1244 install4j {
1245   if (file(install4jHomeDir).exists()) {
1246     // good to go!
1247   } else if (file(System.getProperty("user.home")+"/buildtools/install4j").exists()) {
1248     install4jHomeDir = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/install4j"
1249   } else if (file("/Applications/install4j.app/Contents/Resources/app").exists()) {
1250     install4jHomeDir = "/Applications/install4j.app/Contents/Resources/app"
1251   }
1252   installDir(file(install4jHomeDir))
1253
1254   mediaTypes = Arrays.asList(install4j_media_types.split(","))
1255 }
1256
1257
1258 task copyInstall4jTemplate {
1259   def install4jTemplateFile = file("${install4jDir}/${install4j_template}")
1260   def install4jFileAssociationsFile = file("${install4jDir}/${install4j_installer_file_associations}")
1261   inputs.file(install4jTemplateFile)
1262   inputs.file(install4jFileAssociationsFile)
1263   outputs.file(install4jConfFile)
1264
1265   doLast {
1266     def install4jConfigXml = new XmlParser().parse(install4jTemplateFile)
1267
1268     // turn off code signing if no OSX_KEYPASS
1269     if (OSX_KEYPASS == "") {
1270       install4jConfigXml.'**'.codeSigning.each { codeSigning ->
1271         codeSigning.'@macEnabled' = "false"
1272       }
1273       install4jConfigXml.'**'.windows.each { windows ->
1274         windows.'@runPostProcessor' = "false"
1275       }
1276     }
1277
1278     // turn off checksum creation for LOCAL channel
1279     def e = install4jConfigXml.application[0]
1280     if (CHANNEL == "LOCAL") {
1281       e.'@createChecksums' = "false"
1282     } else {
1283       e.'@createChecksums' = "true"
1284     }
1285
1286     // put file association actions where placeholder action is
1287     def install4jFileAssociationsText = install4jFileAssociationsFile.text
1288     def fileAssociationActions = new XmlParser().parseText("<actions>${install4jFileAssociationsText}</actions>")
1289     install4jConfigXml.'**'.action.any { a ->
1290       if (a.'@name' == 'EXTENSIONS_REPLACED_BY_GRADLE') {
1291         def parent = a.parent()
1292         parent.remove(a)
1293         fileAssociationActions.each { faa ->
1294             parent.append(faa)
1295         }
1296         // don't need to continue in .any loop once replacements have been made
1297         return true
1298       }
1299     }
1300
1301     // write install4j file
1302     install4jConfFile.text = XmlUtil.serialize(install4jConfigXml)
1303   }
1304 }
1305
1306
1307 clean {
1308   doFirst {
1309     delete install4jConfFile
1310   }
1311 }
1312
1313
1314 task installers(type: com.install4j.gradle.Install4jTask) {
1315   group = "distribution"
1316   description = "Create the install4j installers"
1317   dependsOn setGitVals
1318   dependsOn getdown
1319   dependsOn copyInstall4jTemplate
1320
1321   projectFile = install4jConfFile
1322
1323   // create an md5 for the input files to use as version for install4j conf file
1324   def digest = MessageDigest.getInstance("MD5")
1325   digest.update(
1326     (file("${install4jDir}/${install4j_template}").text +
1327     file("${install4jDir}/${install4j_info_plist_file_associations}").text +
1328     file("${install4jDir}/${install4j_installer_file_associations}").text).bytes)
1329   def filesMd5 = new BigInteger(1, digest.digest()).toString(16)
1330   if (filesMd5.length() >= 8) {
1331     filesMd5 = filesMd5.substring(0,8)
1332   }
1333   def install4jTemplateVersion = "${JALVIEW_VERSION}_F${filesMd5}_C${gitHash}"
1334   // make install4jBuildDir relative to jalviewDir
1335   def install4jBuildDir = "${install4j_build_dir}/${JAVA_VERSION}"
1336
1337   variables = [
1338     'JALVIEW_NAME': getdown_txt_title,
1339     'JALVIEW_DIR': "../..",
1340     'OSX_KEYSTORE': OSX_KEYSTORE,
1341     'JSIGN_SH': JSIGN_SH,
1342     'JRE_DIR': getdown_app_dir_java,
1343     'INSTALLER_TEMPLATE_VERSION': install4jTemplateVersion,
1344     'JALVIEW_VERSION': JALVIEW_VERSION,
1345     'JAVA_MIN_VERSION': JAVA_MIN_VERSION,
1346     'JAVA_MAX_VERSION': JAVA_MAX_VERSION,
1347     'JAVA_VERSION': JAVA_VERSION,
1348     'JAVA_INTEGER_VERSION': JAVA_INTEGER_VERSION,
1349     'VERSION': JALVIEW_VERSION,
1350     'MACOS_JAVA_VM_DIR': macosJavaVMDir,
1351     'WINDOWS_JAVA_VM_DIR': windowsJavaVMDir,
1352     'LINUX_JAVA_VM_DIR': linuxJavaVMDir,
1353     'MACOS_JAVA_VM_TGZ': macosJavaVMTgz,
1354     'WINDOWS_JAVA_VM_TGZ': windowsJavaVMTgz,
1355     'LINUX_JAVA_VM_TGZ': linuxJavaVMTgz,
1356     'COPYRIGHT_MESSAGE': install4j_copyright_message,
1357     'MACOS_BUNDLE_ID': install4j_macOS_bundle_id,
1358     'INSTALLER_NAME': install4j_installer_name,
1359     'INSTALL4J_UTILS_DIR': install4j_utils_dir,
1360     'GETDOWN_WEBSITE_DIR': getdown_website_dir,
1361     'GETDOWN_FILES_DIR': getdown_files_dir,
1362     'GETDOWN_RESOURCE_DIR': getdown_resource_dir,
1363     'GETDOWN_DIST_DIR': getdownAppDistDir,
1364     'GETDOWN_ALT_DIR': getdown_app_dir_alt,
1365     'GETDOWN_INSTALL_DIR': getdown_install_dir,
1366     'INFO_PLIST_FILE_ASSOCIATIONS_FILE': install4j_info_plist_file_associations,
1367     'BUILD_DIR': install4jBuildDir,
1368   ]
1369
1370   destination = "${jalviewDir}/${install4jBuildDir}"
1371   buildSelected = true
1372
1373   if (install4j_faster.equals("true") || CHANNEL.startsWith("LOCAL")) {
1374     faster = true
1375     disableSigning = true
1376   }
1377
1378   if (OSX_KEYPASS) {
1379     macKeystorePassword = OSX_KEYPASS
1380   }
1381
1382   doFirst {
1383     println("Using projectFile "+projectFile)
1384   }
1385
1386   inputs.dir(getdownWebsiteDir)
1387   inputs.file(install4jConfFile)
1388   inputs.file("${install4jDir}/${install4j_info_plist_file_associations}")
1389   inputs.dir(macosJavaVMDir)
1390   inputs.dir(windowsJavaVMDir)
1391   outputs.dir("${jalviewDir}/${install4j_build_dir}/${JAVA_VERSION}")
1392 }
1393
1394
1395 task sourceDist(type: Tar) {
1396
1397   def VERSION_UNDERSCORES = JALVIEW_VERSION.replaceAll("\\.", "_")
1398   def outputFileName = "${project.name}_${VERSION_UNDERSCORES}.tar.gz"
1399   // cater for buildship < 3.1 [3.0.1 is max version in eclipse 2018-09]
1400   try {
1401     archiveFileName = outputFileName
1402   } catch (Exception e) {
1403     archiveName = outputFileName
1404   }
1405
1406   compression Compression.GZIP
1407
1408   into project.name
1409
1410   def EXCLUDE_FILES=[
1411     "build/*",
1412     "bin/*",
1413     "test-output/",
1414     "test-reports",
1415     "tests",
1416     "clover*/*",
1417     ".*",
1418     "benchmarking/*",
1419     "**/.*",
1420     "*.class",
1421     "**/*.class","$j11modDir/**/*.jar","appletlib","**/*locales",
1422     "*locales/**",
1423     "utils/InstallAnywhere",
1424     "**/*.log",
1425   ]
1426   def PROCESS_FILES=[
1427     "AUTHORS",
1428     "CITATION",
1429     "FEATURETODO",
1430     "JAVA-11-README",
1431     "FEATURETODO",
1432     "LICENSE",
1433     "**/README",
1434     "RELEASE",
1435     "THIRDPARTYLIBS",
1436     "TESTNG",
1437     "build.gradle",
1438     "gradle.properties",
1439     "**/*.java",
1440     "**/*.html",
1441     "**/*.xml",
1442     "**/*.gradle",
1443     "**/*.groovy",
1444     "**/*.properties",
1445     "**/*.perl",
1446     "**/*.sh",
1447   ]
1448   def INCLUDE_FILES=[
1449     ".settings/org.eclipse.jdt.core.jalview.prefs",
1450   ]
1451
1452   from(jalviewDir) {
1453     exclude (EXCLUDE_FILES)
1454     include (PROCESS_FILES)
1455     filter(ReplaceTokens,
1456       beginToken: '$$',
1457       endToken: '$$',
1458       tokens: [
1459         'Version-Rel': JALVIEW_VERSION,
1460         'Year-Rel': getDate("yyyy")
1461       ]
1462     )
1463   }
1464   from(jalviewDir) {
1465     exclude (EXCLUDE_FILES)
1466     exclude (PROCESS_FILES)
1467     exclude ("appletlib")
1468     exclude ("**/*locales")
1469     exclude ("*locales/**")
1470     exclude ("utils/InstallAnywhere")
1471
1472     exclude (getdown_files_dir)
1473     exclude (getdown_website_dir)
1474
1475     // exluding these as not using jars as modules yet
1476     exclude ("$j11modDir/**/*.jar")
1477   }
1478   from(jalviewDir) {
1479     include(INCLUDE_FILES)
1480   }
1481 //  from (jalviewDir) {
1482 //    // explicit includes for stuff that seemed to not get included
1483 //    include(fileTree("test/**/*."))
1484 //    exclude(EXCLUDE_FILES)
1485 //    exclude(PROCESS_FILES)
1486 //  }
1487 }
1488
1489
1490 task helppages {
1491   dependsOn copyHelp
1492   dependsOn pubhtmlhelp
1493
1494   inputs.dir("${classesDir}/${help_dir}")
1495   outputs.dir("${buildDir}/distributions/${help_dir}")
1496 }
1497
1498 // LARGE AMOUNT OF JALVIEWJS STUFF DELETED HERE
1499 task eclipseAutoBuildTask {}
1500 task eclipseSynchronizationTask {}