build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   3 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.Output
   4 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.Library
   5 import java.security.MessageDigest
   6 import groovy.transform.ExternalizeMethods
   7 import groovy.util.XmlSlurper
   8 import groovy.util.XmlParser
   9 import groovy.xml.XmlUtil
  10
  11 buildscript {
  12   dependencies {
  13     classpath 'org.openclover:clover:4.3.1'
  14   }
  15 }
  16
  17 plugins {
  18   id 'java'
  19   id 'application'
  20   id 'eclipse'
  21   id 'com.github.johnrengelman.shadow' version '4.0.3'
  22   id 'com.install4j.gradle' version '8.0.2'
  23   id 'com.dorongold.task-tree' version '1.4' // only needed to display task dependency tree with  gradle task1 [task2 ...] taskTree
  24 }
  25
  26 repositories {
  27   jcenter()
  28   mavenCentral()
  29   mavenLocal()
  30   flatDir {
  31     dirs gradlePluginsDir
  32   }
  33 }
  34
  35 dependencies {
  36   compile 'org.apache.commons:commons-compress:1.18'
  37 }
  38
  39
  40 // in ext the values are cast to Object. Ensure string values are cast as String (and not GStringImpl) for later use
  41 def string(Object o) {
  42   return o.toString()
  43 }
  44
  45
  46 ext {
  47   jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  48   jalviewDirRelativePath = jalviewDir
  49
  50   // local build environment properties
  51   def localProps = "${jalviewDirAbsolutePath}/local.properties"
  52   if (file(localProps).exists()) {
  53     try {
  54       def p = new Properties()
  55       def localPropsFIS = new FileInputStream(localProps)
  56       p.load(localPropsFIS)
  57       localPropsFIS.close()
  58       p.each {
  59         key, val ->
  60           def over = getProperty(key) != null
  61           setProperty(key, val)
  62           if (over) {
  63             println("Overriding property '${key}' with local.properties value '${val}'")
  64           }
  65       }
  66     } catch (Exception e) {
  67       System.out.println("Exception reading local.properties")
  68     }
  69   }
  70
  71   // this property set when running Eclipse headlessly
  72   j2sHeadlessBuildProperty = string("net.sf.j2s.core.headlessbuild")
  73   // this property set by Eclipse
  74   eclipseApplicationProperty = string("eclipse.application")
  75   // CHECK IF RUNNING FROM WITHIN ECLIPSE
  76   def eclipseApplicationPropertyVal = System.properties[eclipseApplicationProperty]
  77   IN_ECLIPSE = eclipseApplicationPropertyVal != null && eclipseApplicationPropertyVal.startsWith("org.eclipse.ui.")
  78   // BUT WITHOUT THE HEADLESS BUILD PROPERTY SET
  79   if (System.properties[j2sHeadlessBuildProperty].equals("true")) {
  80     println("Setting IN_ECLIPSE to ${IN_ECLIPSE} as System.properties['${j2sHeadlessBuildProperty}'] == '${System.properties[j2sHeadlessBuildProperty]}'")
  81     IN_ECLIPSE = false
  82   }
  83   if (IN_ECLIPSE) {
  84     println("WITHIN ECLIPSE IDE")
  85   } else {
  86     println("HEADLESS BUILD")
  87   }
  88   /* *-/
  89   System.properties.sort { it.key }.each {
  90     key, val -> println("SYSTEM PROPERTY ${key}='${val}'")
  91   }
  92   /-* *-/
  93   if (false && IN_ECLIPSE) {
  94     jalviewDir = jalviewDirAbsolutePath
  95   }
  96   */
  97
  98   // essentials
  99   bareSourceDir = string(source_dir)
 100   sourceDir = string("${jalviewDir}/${bareSourceDir}")
 101   resourceDir = string("${jalviewDir}/${resource_dir}")
 102   bareTestSourceDir = string(test_source_dir)
 103   testSourceDir = string("${jalviewDir}/${bareTestSourceDir}")
 104
 105   // clover
 106   cloverInstrDir = file("${buildDir}/${cloverSourcesInstrDir}")
 107   classesDir = string("${jalviewDir}/${classes_dir}")
 108   if (clover.equals("true")) {
 109     use_clover = true
 110     classesDir = string("${buildDir}/${cloverClassesDir}")
 111   } else {
 112     use_clover = false
 113     classesDir = string("${jalviewDir}/${classes_dir}")
 114   }
 115
 116   classes = classesDir
 117
 118   getdownWebsiteDir = string("${jalviewDir}/${getdown_website_dir}/${JAVA_VERSION}")
 119   getdownDir = string("")
 120   reportRsyncCmd = false
 121   buildDist = true
 122   buildProperties = build_properties_file
 123   getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher}")
 124   switch (CHANNEL) {
 125
 126     case "BUILD":
 127     // TODO: get bamboo build artifact URL for getdown artifacts
 128     getdown_channel_base = bamboo_channelbase
 129     getdown_channel_name = string("${bamboo_planKey}/${JAVA_VERSION}")
 130     getdown_app_base = string("${bamboo_channelbase}/${bamboo_planKey}${bamboo_getdown_channel_suffix}/${JAVA_VERSION}")
 131     getdown_app_dir = getdown_app_dir_alt
 132     buildProperties = string("${classesDir}/${build_properties_file}")
 133     break
 134
 135     case "RELEASE":
 136     getdown_channel_name = CHANNEL.toLowerCase()
 137     getdownDir = string("${getdown_channel_name}/${JAVA_VERSION}")
 138     getdown_app_base = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
 139     getdown_app_dir = getdown_app_dir_release
 140     buildProperties = string("${classesDir}/${build_properties_file}")
 141     reportRsyncCommand = true
 142     break
 143
 144     case "ARCHIVE":
 145     getdown_channel_name = CHANNEL.toLowerCase()+"/${JALVIEW_VERSION}"
 146     getdownDir = string("${getdown_channel_name}/${JAVA_VERSION}")
 147     getdown_app_base = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
 148     getdown_app_dir = getdown_app_dir_alt
 149     if (!file("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}").exists()) {
 150       print "Must provide an ARCHIVEDIR value to produce an archive distribution"
 151       exit
 152     } else {
 153       packageDir = string("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}")
 154       buildProperties = string("${ARCHIVEDIR}/${classes_dir}/${build_properties_file}")
 155       buildDist = false
 156     }
 157     reportRsyncCommand = true
 158     break
 159
 160     case "ARCHIVELOCAL":
 161     getdown_channel_name = string("archive/${JALVIEW_VERSION}")
 162     getdownDir = string("${getdown_channel_name}/${JAVA_VERSION}")
 163     getdown_app_base = file(getdownWebsiteDir).toURI().toString()
 164     getdown_app_dir = getdown_app_dir_alt
 165     if (!file("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}").exists()) {
 166       print "Must provide an ARCHIVEDIR value to produce an archive distribution"
 167       exit
 168     } else {
 169       packageDir = string("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}")
 170       buildProperties = string("${ARCHIVEDIR}/${classes_dir}/${build_properties_file}")
 171       buildDist = false
 172     }
 173     reportRsyncCommand = true
 174     getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}")
 175     break
 176
 177     case "DEVELOP":
 178     getdown_channel_name = CHANNEL.toLowerCase()
 179     getdownDir = string("${getdown_channel_name}/${JAVA_VERSION}")
 180     getdown_app_base = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
 181     getdown_app_dir = getdown_app_dir_alt
 182     buildProperties = string("${classesDir}/${build_properties_file}")
 183     reportRsyncCommand = true
 184     break
 185
 186     case "TEST-RELEASE":
 187     getdown_channel_name = CHANNEL.toLowerCase()
 188     getdownDir = string("${getdown_channel_name}/${JAVA_VERSION}")
 189     getdown_app_base = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
 190     getdown_app_dir = getdown_app_dir_alt
 191     buildProperties = string("${classesDir}/${build_properties_file}")
 192     reportRsyncCommand = true
 193     break
 194
 195     case ~/^SCRATCH(|-[-\w]*)$/:
 196     getdown_channel_name = CHANNEL
 197     getdownDir = string("${getdown_channel_name}/${JAVA_VERSION}")
 198     getdown_app_base = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
 199     getdown_app_dir = getdown_app_dir_alt
 200     buildProperties = string("${classesDir}/${build_properties_file}")
 201     reportRsyncCommand = true
 202     break
 203
 204     case "LOCAL":
 205     getdown_app_base = file(getdownWebsiteDir).toURI().toString()
 206     getdown_app_dir = getdown_app_dir_alt
 207     buildProperties = string("${classesDir}/${build_properties_file}")
 208     getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}")
 209     break
 210
 211     default: // something wrong specified
 212     print("CHANNEL must be one of BUILD, RELEASE, ARCHIVE, DEVELOP, TEST-RELEASE, SCRATCH-..., LOCAL [default]")
 213     exit
 214     break
 215
 216   }
 217
 218   getdownAppDir = string("${getdownWebsiteDir}/${getdown_app_dir}")
 219   //getdownJ11libDir = "${getdownWebsiteDir}/${getdown_j11lib_dir}"
 220   getdownResourceDir = string("${getdownWebsiteDir}/${getdown_resource_dir}")
 221   getdownInstallDir = string("${getdownWebsiteDir}/${getdown_install_dir}")
 222   getdownFilesDir = string("${jalviewDir}/${getdown_files_dir}/${JAVA_VERSION}/")
 223   getdownFilesInstallDir = string("${getdownFilesDir}/${getdown_install_dir}")
 224   /* compile without modules -- using classpath libraries
 225   modules_compileClasspath = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${j11modDir}", include: ["*.jar"])
 226   modules_runtimeClasspath = modules_compileClasspath
 227   */
 228   gitHash = string("")
 229   gitBranch = string("")
 230
 231   println("Using a ${CHANNEL} profile.")
 232
 233   additional_compiler_args = []
 234   // configure classpath/args for j8/j11 compilation
 235   if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
 236     JAVA_INTEGER_VERSION = string("8")
 237     //libDir = j8libDir
 238     libDir = j11libDir
 239     libDistDir = j8libDir
 240     compile_source_compatibility = 1.8
 241     compile_target_compatibility = 1.8
 242     // these are getdown.txt properties defined dependent on the JAVA_VERSION
 243     getdown_alt_java_min_version = getdown_alt_java8_min_version
 244     getdown_alt_java_max_version = getdown_alt_java8_max_version
 245     // this property is assigned below and expanded to multiple lines in the getdown task
 246     getdown_alt_multi_java_location = getdown_alt_java8_txt_multi_java_location
 247     // this property is for the Java library used in eclipse
 248     eclipse_java_runtime_name = string("JavaSE-1.8")
 249   } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
 250     JAVA_INTEGER_VERSION = string("11")
 251     libDir = j11libDir
 252     libDistDir = j11libDir
 253     compile_source_compatibility = 11
 254     compile_target_compatibility = 11
 255     getdown_alt_java_min_version = getdown_alt_java11_min_version
 256     getdown_alt_java_max_version = getdown_alt_java11_max_version
 257     getdown_alt_multi_java_location = getdown_alt_java11_txt_multi_java_location
 258     eclipse_java_runtime_name = string("JavaSE-11")
 259     /* compile without modules -- using classpath libraries
 260     additional_compiler_args += [
 261     '--module-path', modules_compileClasspath.asPath,
 262     '--add-modules', j11modules
 263     ]
 264      */
 265   } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
 266     JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
 267     libDir = j11libDir
 268     libDistDir = j11libDir
 269     compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
 270     compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
 271     getdown_alt_java_min_version = getdown_alt_java11_min_version
 272     getdown_alt_java_max_version = getdown_alt_java11_max_version
 273     getdown_alt_multi_java_location = getdown_alt_java11_txt_multi_java_location
 274     eclipse_java_runtime_name = string("JavaSE-11")
 275     /* compile without modules -- using classpath libraries
 276     additional_compiler_args += [
 277     '--module-path', modules_compileClasspath.asPath,
 278     '--add-modules', j11modules
 279     ]
 280      */
 281   } else {
 282     throw new GradleException("JAVA_VERSION=${JAVA_VERSION} not currently supported by Jalview")
 283   }
 284
 285
 286   // for install4j
 287   JAVA_MIN_VERSION = JAVA_VERSION
 288   JAVA_MAX_VERSION = JAVA_VERSION
 289   macosJavaVMDir = string("${System.env.HOME}/buildtools/jre/openjdk-java_vm/getdown/macos-jre${JAVA_VERSION}/jre")
 290   macosJavaVMTgz = string("${System.env.HOME}/buildtools/jre/openjdk-java_vm/install4j/tgz/macos-jre${JAVA_VERSION}.tar.gz")
 291   windowsJavaVMDir = string("${System.env.HOME}/buildtools/jre/openjdk-java_vm/getdown/windows-jre${JAVA_VERSION}/jre")
 292   windowsJavaVMTgz = string("${System.env.HOME}/buildtools/jre/openjdk-java_vm/install4j/tgz/windows-jre${JAVA_VERSION}.tar.gz")
 293   install4jDir = string("${jalviewDir}/${install4j_utils_dir}")
 294   install4jConfFileName = string("jalview-installers-java${JAVA_VERSION}.install4j")
 295   install4jConfFile = string("${install4jDir}/${install4jConfFileName}")
 296   install4jHomeDir = install4j_home_dir
 297   if (install4jHomeDir.startsWith("~/")) {
 298     install4jHomeDir = System.getProperty("user.home") + install4jHomeDir.substring(1)
 299   }
 300
 301
 302
 303   buildingHTML = string("${jalviewDir}/${docDir}/building.html")
 304   helpFile = string("${classesDir}/${help_dir}/help.jhm")
 305   helpParentDir = string("${jalviewDir}/${help_parent_dir}")
 306   helpDir = string("${help_dir}")
 307   helpSourceDir = string("${helpParentDir}/${helpDir}")
 308
 309
 310   relativeBuildDir = file(jalviewDirAbsolutePath).toPath().relativize(buildDir.toPath())
 311   jalviewjsBuildDir = string("${relativeBuildDir}/jalviewjs")
 312   jalviewjsSiteDir = string("${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_site_dir}")
 313   if (IN_ECLIPSE) {
 314     jalviewjsTransferSiteJsDir = string(jalviewjsSiteDir)
 315   } else {
 316     jalviewjsTransferSiteJsDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_js")
 317   }
 318   jalviewjsTransferSiteLibDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_lib")
 319   jalviewjsTransferSiteSwingJsDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_swingjs")
 320   jalviewjsTransferSiteCoreDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_core")
 321   jalviewjsJalviewCoreHtmlFile = string("")
 322   jalviewjsJalviewCoreName = string(jalviewjs_core_name)
 323   jalviewjsCoreClasslists = []
 324   jalviewjsJalviewTemplateName = string(jalviewjs_name)
 325   jalviewjsJ2sSettingsFileName = string("${jalviewDir}/${jalviewjs_j2s_settings}")
 326   jalviewjsJ2sProps = null
 327
 328   eclipseWorkspace = null
 329   eclipseBinary = string("")
 330   eclipseVersion = string("")
 331   eclipseDebug = false
 332   // ENDEXT
 333 }
 334
 335
 336 sourceSets {
 337   main {
 338     java {
 339       srcDirs sourceDir
 340       outputDir = file(classesDir)
 341     }
 342
 343     resources {
 344       srcDirs resourceDir
 345     }
 346
 347     jar.destinationDir = file("${jalviewDir}/${packageDir}")
 348
 349     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
 350     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDir}", include: ["*.jar"])
 351
 352     runtimeClasspath = compileClasspath
 353   }
 354
 355   clover {
 356     java {
 357       srcDirs = [ cloverInstrDir ]
 358       outputDir = file("${buildDir}/${cloverClassesDir}")
 359     }
 360
 361     resources {
 362       srcDirs = sourceSets.main.resources.srcDirs
 363     }
 364     compileClasspath = configurations.cloverRuntime + files( sourceSets.clover.java.outputDir )
 365     compileClasspath += files(sourceSets.main.java.outputDir)
 366     compileClasspath += sourceSets.main.compileClasspath
 367     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utilsDir}", include: ["**/*.jar"])
 368     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDir}", include: ["*.jar"])
 369
 370     runtimeClasspath = compileClasspath
 371   }
 372
 373   test {
 374     java {
 375       srcDirs testSourceDir
 376       outputDir = file("${jalviewDir}/${testOutputDir}")
 377     }
 378
 379     resources {
 380       srcDirs = sourceSets.main.resources.srcDirs
 381     }
 382
 383     compileClasspath = files( sourceSets.test.java.outputDir )
 384
 385     if (use_clover) {
 386       compileClasspath += sourceSets.clover.compileClasspath
 387     } else {
 388       compileClasspath += files(sourceSets.main.java.outputDir)
 389     }
 390
 391     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDir}", include: ["*.jar"])
 392     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utilsDir}/testnglibs", include: ["**/*.jar"])
 393     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utilsDir}/testlibs", include: ["**/*.jar"])
 394
 395     runtimeClasspath = compileClasspath
 396   }
 397 }
 398
 399
 400 // clover bits
 401 dependencies {
 402   if (use_clover) {
 403     cloverCompile 'org.openclover:clover:4.3.1'
 404     testCompile 'org.openclover:clover:4.3.1'
 405   }
 406 }
 407
 408
 409 configurations {
 410   cloverRuntime
 411   cloverRuntime.extendsFrom cloverCompile
 412 }
 413
 414 eclipse {
 415   project {
 416     name = eclipse_project_name
 417
 418     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 419     'org.eclipse.jdt.groovy.core.groovyNature',
 420     'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 421
 422     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 423     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 424   }
 425
 426   classpath {
 427     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 428     def removeThese = []
 429     configurations.each{
 430       if (it.isCanBeResolved()) {
 431         removeThese += it
 432       }
 433     }
 434
 435     minusConfigurations += removeThese
 436     plusConfigurations = [ ]
 437     file {
 438
 439       whenMerged { cp ->
 440         def removeTheseToo = []
 441         HashMap<String, Boolean> alreadyAddedSrcPath = new HashMap<>();
 442         cp.entries.each { entry ->
 443           // This conditional removes all src classpathentries that a) have already been added or b) aren't "src" or "test".
 444           // e.g. this removes the resources dir being copied into bin/main, bin/test AND bin/clover
 445           // we add the resources and help/help dirs in as libs afterwards (see below)
 446           if (entry.kind == 'src') {
 447             if (alreadyAddedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == bareSourceDir || entry.path == bareTestSourceDir)) {
 448               removeTheseToo += entry
 449             } else {
 450               alreadyAddedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 451             }
 452           }
 453
 454         }
 455         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 456
 457         //cp.entries += new Output("${eclipse_bin_dir}/main")
 458         if (file(helpSourceDir).isDirectory()) {
 459           cp.entries += new Library(fileReference(helpSourceDir))
 460         }
 461         if (file(resourceDir).isDirectory()) {
 462           cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 463         }
 464
 465         HashMap<String, Boolean> alreadyAddedLibPath = new HashMap<>();
 466
 467         sourceSets.main.compileClasspath.findAll { it.name.endsWith(".jar") }.each {
 468           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 469           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 470             // don't add dirs to classpath, especially if they don't exist
 471             return false // groovy "continue" in .any closure
 472           }
 473           def itPath = it.toString()
 474           if (itPath.startsWith("${jalviewDirAbsolutePath}/")) {
 475             // make relative path
 476             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 477           }
 478           if (alreadyAddedLibPath.get(itPath)) {
 479             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 480           } else {
 481             //println("Adding entry "+itPath)
 482             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 483             alreadyAddedLibPath.put(itPath, true)
 484           }
 485         }
 486
 487         //fileTree(dir: "$jalviewDir/$utilsDir", include: ["test*/*.jar"]).each {
 488         sourceSets.test.compileClasspath.findAll { it.name.endsWith(".jar") }.any {
 489           //no longer want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 490           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 491             // don't add dirs to classpath
 492             return false // groovy "continue" in .any closure
 493           }
 494
 495           def itPath = it.toString()
 496           if (itPath.startsWith("${jalviewDirAbsolutePath}/")) {
 497             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 498           }
 499           if (alreadyAddedLibPath.get(itPath)) {
 500             // don't duplicate
 501           } else {
 502             def lib = new Library(fileReference(itPath))
 503             lib.entryAttributes["test"] = "true"
 504             cp.entries += lib
 505             alreadyAddedLibPath.put(itPath, true)
 506           }
 507         }
 508
 509       } // whenMerged
 510
 511     } // file
 512
 513     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 514
 515   } // classpath
 516
 517   jdt {
 518     // for the IDE, use java 11 compatibility
 519     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 520     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 521     javaRuntimeName = eclipse_java_runtime_name
 522
 523     // add in jalview project specific properties/preferences into eclipse core preferences
 524     file {
 525       withProperties { props ->
 526         def jalview_prefs = new Properties()
 527         def ins = new FileInputStream("${jalviewDirAbsolutePath}/${eclipse_extra_jdt_prefs_file}")
 528         jalview_prefs.load(ins)
 529         ins.close()
 530         jalview_prefs.forEach { t, v ->
 531           if (props.getAt(t) == null) {
 532             props.putAt(t, v)
 533           }
 534         }
 535       }
 536     }
 537
 538   } // jdt
 539
 540   if (IN_ECLIPSE) {
 541     // Don't want these to be activated if in headless build
 542     synchronizationTasks "eclipseSynchronizationTask"
 543     autoBuildTasks "eclipseAutoBuildTask"
 544
 545   }
 546 }
 547
 548
 549 task cloverInstr() {
 550   // only instrument source, we build test classes as normal
 551   inputs.files files (sourceSets.main.allJava) // , fileTree(dir: testSourceDir, include: ["**/*.java"]))
 552   outputs.dir cloverInstrDir
 553
 554   doFirst {
 555     delete cloverInstrDir
 556     def argsList = ["--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db",
 557     "-d", "${buildDir}/${cloverSourcesInstrDir}"]
 558     argsList.addAll(inputs.files.files.collect({ file ->
 559       file.absolutePath
 560     }))
 561     String[] args = argsList.toArray()
 562     println("About to instrument "+args.length +" files")
 563     com.atlassian.clover.CloverInstr.mainImpl(args)
 564   }
 565 }
 566
 567
 568 task cloverReport {
 569   group = "Verification"
 570     description = "Createst the Clover report"
 571     inputs.dir "${buildDir}/clover"
 572     outputs.dir "${reportsDir}/clover"
 573     onlyIf {
 574       file("${buildDir}/clover/clover.db").exists()
 575     }
 576   doFirst {
 577     def argsList = ["--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db",
 578     "-o", "${reportsDir}/clover"]
 579     String[] args = argsList.toArray()
 580     com.atlassian.clover.reporters.html.HtmlReporter.runReport(args)
 581
 582     // and generate ${reportsDir}/clover/clover.xml
 583     args = ["--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db",
 584     "-o", "${reportsDir}/clover/clover.xml"].toArray()
 585     com.atlassian.clover.reporters.xml.XMLReporter.runReport(args)
 586   }
 587 }
 588 // end clover bits
 589
 590
 591 compileJava {
 592
 593   doFirst {
 594     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 595     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 596     options.compilerArgs = additional_compiler_args
 597     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 598   }
 599
 600 }
 601
 602
 603 compileTestJava {
 604   if (use_clover) {
 605     dependsOn compileCloverJava
 606     classpath += configurations.cloverRuntime
 607   } else {
 608     classpath += sourceSets.main.runtimeClasspath
 609   }
 610   doFirst {
 611     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 612     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 613     options.compilerArgs = additional_compiler_args
 614     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 615   }
 616 }
 617
 618
 619 compileCloverJava {
 620
 621   doFirst {
 622     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 623     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 624     options.compilerArgs += additional_compiler_args
 625     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 626   }
 627   classpath += configurations.cloverRuntime
 628 }
 629
 630
 631 clean {
 632   doFirst {
 633     delete sourceSets.main.java.outputDir
 634   }
 635 }
 636
 637
 638 cleanTest {
 639   doFirst {
 640     delete sourceSets.test.java.outputDir
 641     delete cloverInstrDir
 642   }
 643 }
 644
 645
 646 // format is a string like date.format("dd MMMM yyyy")
 647 def getDate(format) {
 648   def date = new Date()
 649   return date.format(format)
 650 }
 651
 652
 653 task setGitVals {
 654   def hashStdOut = new ByteArrayOutputStream()
 655   exec {
 656     commandLine "git", "rev-parse", "--short", "HEAD"
 657     standardOutput = hashStdOut
 658     ignoreExitValue true
 659   }
 660
 661   def branchStdOut = new ByteArrayOutputStream()
 662   exec {
 663     commandLine "git", "rev-parse", "--abbrev-ref", "HEAD"
 664     standardOutput = branchStdOut
 665     ignoreExitValue true
 666   }
 667
 668   gitHash = hashStdOut.toString().trim()
 669   gitBranch = branchStdOut.toString().trim()
 670
 671   outputs.upToDateWhen { false }
 672 }
 673
 674
 675 task createBuildProperties(type: WriteProperties) {
 676   dependsOn setGitVals
 677   inputs.dir(sourceDir)
 678   inputs.dir(resourceDir)
 679   file(buildProperties).getParentFile().mkdirs()
 680   outputFile (buildProperties)
 681   // taking time specific comment out to allow better incremental builds
 682   comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd HH:mm:ss")
 683   //comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd")
 684   property "BUILD_DATE", getDate("HH:mm:ss dd MMMM yyyy")
 685   property "VERSION", JALVIEW_VERSION
 686   property "INSTALLATION", INSTALLATION+" git-commit:"+gitHash+" ["+gitBranch+"]"
 687   outputs.file(outputFile)
 688 }
 689
 690
 691 task cleanBuildingHTML(type: Delete) {
 692   doFirst {
 693     delete buildingHTML
 694   }
 695 }
 696
 697
 698 task convertBuildingMD(type: Exec) {
 699   dependsOn cleanBuildingHTML
 700   def buildingMD = "${jalviewDir}/${docDir}/building.md"
 701   def css = "${jalviewDir}/${docDir}/github.css"
 702
 703   def pandoc = null
 704   pandoc_exec.split(",").each {
 705     if (file(it.trim()).exists()) {
 706       pandoc = it.trim()
 707       return true
 708     }
 709   }
 710
 711   def hostname = "hostname".execute().text.trim()
 712   if ((pandoc == null || ! file(pandoc).exists()) && hostname.equals("jv-bamboo")) {
 713     pandoc = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/pandoc/bin/pandoc"
 714   }
 715
 716   doFirst {
 717     if (pandoc != null && file(pandoc).exists()) {
 718         commandLine pandoc, '-s', '-o', buildingHTML, '--metadata', 'pagetitle="Building Jalview from Source"', '--toc', '-H', css, buildingMD
 719     } else {
 720         println("Cannot find pandoc. Skipping convert building.md to HTML")
 721         throw new StopExecutionException("Cannot find pandoc. Skipping convert building.md to HTML")
 722     }
 723   }
 724
 725   ignoreExitValue true
 726
 727   inputs.file(buildingMD)
 728   inputs.file(css)
 729   outputs.file(buildingHTML)
 730 }
 731
 732
 733 clean {
 734   doFirst {
 735     delete buildingHTML
 736   }
 737 }
 738
 739
 740 task syncDocs(type: Sync) {
 741   dependsOn convertBuildingMD
 742   def syncDir = "${classesDir}/${docDir}"
 743   from fileTree("${jalviewDir}/${docDir}")
 744   into syncDir
 745
 746 }
 747
 748
 749 task copyHelp(type: Copy) {
 750   def inputDir = helpSourceDir
 751   def outputDir = "${classesDir}/${helpDir}"
 752   from(inputDir) {
 753     exclude '**/*.gif'
 754     exclude '**/*.jpg'
 755     exclude '**/*.png'
 756     filter(ReplaceTokens,
 757       beginToken: '$$',
 758       endToken: '$$',
 759       tokens: [
 760         'Version-Rel': JALVIEW_VERSION,
 761         'Year-Rel': getDate("yyyy")
 762       ]
 763     )
 764   }
 765   from(inputDir) {
 766     include '**/*.gif'
 767     include '**/*.jpg'
 768     include '**/*.png'
 769   }
 770   into outputDir
 771
 772   inputs.dir(inputDir)
 773   outputs.files(helpFile)
 774   outputs.dir(outputDir)
 775 }
 776
 777
 778 task syncLib(type: Sync) {
 779   def syncDir = "${classesDir}/${libDistDir}"
 780   from fileTree("${jalviewDir}/${libDistDir}")
 781   into syncDir
 782 }
 783
 784
 785 task syncResources(type: Sync) {
 786   from resourceDir
 787   include "**/*.*"
 788   into "${classesDir}"
 789   preserve {
 790     include "**"
 791   }
 792 }
 793
 794
 795 task prepare {
 796   dependsOn syncResources
 797   dependsOn syncDocs
 798   dependsOn copyHelp
 799 }
 800
 801
 802 //testReportDirName = "test-reports" // note that test workingDir will be $jalviewDir
 803 test {
 804   dependsOn prepare
 805   dependsOn compileJava
 806   if (use_clover) {
 807     dependsOn cloverInstr
 808   }
 809
 810   if (use_clover) {
 811     print("Running tests " + (use_clover?"WITH":"WITHOUT") + " clover [clover="+use_clover+"]\n")
 812   }
 813
 814   useTestNG() {
 815     includeGroups testngGroups
 816     preserveOrder true
 817     useDefaultListeners=true
 818   }
 819
 820   workingDir = jalviewDir
 821   //systemProperties 'clover.jar' System.properties.clover.jar
 822   sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 823   targetCompatibility = compile_target_compatibility
 824   jvmArgs += additional_compiler_args
 825
 826 }
 827
 828
 829 task buildIndices(type: JavaExec) {
 830   dependsOn copyHelp
 831   classpath = sourceSets.main.compileClasspath
 832   main = "com.sun.java.help.search.Indexer"
 833   workingDir = "${classesDir}/${helpDir}"
 834   def argDir = "html"
 835   args = [ argDir ]
 836   inputs.dir("${workingDir}/${argDir}")
 837
 838   outputs.dir("${classesDir}/doc")
 839   outputs.dir("${classesDir}/help")
 840   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/DOCS")
 841   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/DOCS.TAB")
 842   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/OFFSETS")
 843   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/POSITIONS")
 844   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/SCHEMA")
 845   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/TMAP")
 846 }
 847
 848
 849 task compileLinkCheck(type: JavaCompile) {
 850   options.fork = true
 851   classpath = files("${jalviewDir}/${utilsDir}")
 852   destinationDir = file("${jalviewDir}/${utilsDir}")
 853   source = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utilsDir}", include: ["HelpLinksChecker.java", "BufferedLineReader.java"])
 854
 855   inputs.file("${jalviewDir}/${utilsDir}/HelpLinksChecker.java")
 856   inputs.file("${jalviewDir}/${utilsDir}/HelpLinksChecker.java")
 857   outputs.file("${jalviewDir}/${utilsDir}/HelpLinksChecker.class")
 858   outputs.file("${jalviewDir}/${utilsDir}/BufferedLineReader.class")
 859 }
 860
 861
 862 task linkCheck(type: JavaExec) {
 863   dependsOn prepare, compileLinkCheck
 864
 865   def helpLinksCheckerOutFile = file("${jalviewDir}/${utilsDir}/HelpLinksChecker.out")
 866   classpath = files("${jalviewDir}/${utilsDir}")
 867   main = "HelpLinksChecker"
 868   workingDir = jalviewDir
 869   def help = "${classesDir}/${helpDir}"
 870   args = [ "${classesDir}/${helpDir}", "-nointernet" ]
 871
 872   def outFOS = new FileOutputStream(helpLinksCheckerOutFile, false) // false == don't append
 873   def errFOS = outFOS
 874   standardOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
 875     outFOS,
 876     standardOutput)
 877   errorOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
 878     outFOS,
 879     errorOutput)
 880
 881   inputs.dir("${classesDir}/${helpDir}")
 882   outputs.file(helpLinksCheckerOutFile)
 883 }
 884
 885 // import the pubhtmlhelp target
 886 ant.properties.basedir = "${jalviewDir}"
 887 ant.properties.helpBuildDir = "${jalviewDirAbsolutePath}/${classes_dir}/${helpDir}"
 888 ant.importBuild "${utilsDir}/publishHelp.xml"
 889
 890
 891 task cleanPackageDir(type: Delete) {
 892   doFirst {
 893     delete fileTree(dir: "${jalviewDir}/${packageDir}", include: "*.jar")
 894   }
 895 }
 896
 897 jar {
 898   dependsOn linkCheck
 899   dependsOn buildIndices
 900   dependsOn createBuildProperties
 901
 902   manifest {
 903     attributes "Main-Class": mainClass,
 904     "Permissions": "all-permissions",
 905     "Application-Name": "Jalview Desktop",
 906     "Codebase": application_codebase
 907   }
 908
 909   destinationDir = file("${jalviewDir}/${packageDir}")
 910   archiveName = rootProject.name+".jar"
 911
 912   exclude "cache*/**"
 913   exclude "*.jar"
 914   exclude "*.jar.*"
 915   exclude "**/*.jar"
 916   exclude "**/*.jar.*"
 917
 918   inputs.dir(classesDir)
 919   outputs.file("${jalviewDir}/${packageDir}/${archiveName}")
 920 }
 921
 922
 923 task copyJars(type: Copy) {
 924   from fileTree(dir: classesDir, include: "**/*.jar").files
 925   into "${jalviewDir}/${packageDir}"
 926 }
 927
 928
 929 // doing a Sync instead of Copy as Copy doesn't deal with "outputs" very well
 930 task syncJars(type: Sync) {
 931   from fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDistDir}", include: "**/*.jar").files
 932   into "${jalviewDir}/${packageDir}"
 933   preserve {
 934     include jar.archiveName
 935   }
 936 }
 937
 938
 939 task makeDist {
 940   group = "build"
 941   description = "Put all required libraries in dist"
 942   // order of "cleanPackageDir", "copyJars", "jar" important!
 943   jar.mustRunAfter cleanPackageDir
 944   syncJars.mustRunAfter cleanPackageDir
 945   dependsOn cleanPackageDir
 946   dependsOn syncJars
 947   dependsOn jar
 948   outputs.dir("${jalviewDir}/${packageDir}")
 949 }
 950
 951
 952 task cleanDist {
 953   dependsOn cleanPackageDir
 954   dependsOn cleanTest
 955   dependsOn clean
 956 }
 957
 958 shadowJar {
 959   group = "distribution"
 960   if (buildDist) {
 961     dependsOn makeDist
 962   }
 963   from ("${jalviewDir}/${libDistDir}") {
 964     include("*.jar")
 965   }
 966   manifest {
 967     attributes 'Implementation-Version': JALVIEW_VERSION
 968   }
 969   mainClassName = shadowJarMainClass
 970   mergeServiceFiles()
 971   classifier = "all-"+JALVIEW_VERSION+"-j"+JAVA_VERSION
 972   minimize()
 973 }
 974
 975
 976 task getdownWebsite() {
 977   group = "distribution"
 978   description = "Create the getdown minimal app folder, and website folder for this version of jalview. Website folder also used for offline app installer"
 979   if (buildDist) {
 980     dependsOn makeDist
 981   }
 982
 983   def getdownWebsiteResourceFilenames = []
 984   def getdownTextString = ""
 985   def getdownResourceDir = getdownResourceDir
 986   def getdownAppDir = getdownAppDir
 987   def getdownResourceFilenames = []
 988
 989   doFirst {
 990     // clean the getdown website and files dir before creating getdown folders
 991     delete getdownWebsiteDir
 992     delete getdownFilesDir
 993
 994     copy {
 995       from buildProperties
 996       rename(build_properties_file, getdown_build_properties)
 997       into getdownAppDir
 998     }
 999     getdownWebsiteResourceFilenames += "${getdown_app_dir}/${getdown_build_properties}"
1000
1001     // go through properties looking for getdown_txt_...
1002     def props = project.properties.sort { it.key }
1003     if (getdown_alt_java_min_version.length() > 0) {
1004       props.put("getdown_txt_java_min_version", getdown_alt_java_min_version)
1005     }
1006     if (getdown_alt_java_max_version.length() > 0) {
1007       props.put("getdown_txt_java_max_version", getdown_alt_java_max_version)
1008     }
1009     props.put("getdown_txt_multi_java_location", getdown_alt_multi_java_location)
1010
1011     props.put("getdown_txt_appbase", getdown_app_base)
1012     props.each{ prop, val ->
1013       if (prop.startsWith("getdown_txt_") && val != null) {
1014         if (prop.startsWith("getdown_txt_multi_")) {
1015           def key = prop.substring(18)
1016           val.split(",").each{ v ->
1017             def line = "${key} = ${v}\n"
1018             getdownTextString += line
1019           }
1020         } else {
1021           // file values rationalised
1022           if (val.indexOf('/') > -1 || prop.startsWith("getdown_txt_resource")) {
1023             def r = null
1024             if (val.indexOf('/') == 0) {
1025               // absolute path
1026               r = file(val)
1027             } else if (val.indexOf('/') > 0) {
1028               // relative path (relative to jalviewDir)
1029               r = file( "${jalviewDir}/${val}" )
1030             }
1031             if (r.exists()) {
1032               val = "${getdown_resource_dir}/" + r.getName()
1033               getdownWebsiteResourceFilenames += val
1034               getdownResourceFilenames += r.getPath()
1035             }
1036           }
1037           if (! prop.startsWith("getdown_txt_resource")) {
1038             def line = prop.substring(12) + " = ${val}\n"
1039             getdownTextString += line
1040           }
1041         }
1042       }
1043     }
1044
1045     getdownWebsiteResourceFilenames.each{ filename ->
1046       getdownTextString += "resource = ${filename}\n"
1047     }
1048     getdownResourceFilenames.each{ filename ->
1049       copy {
1050         from filename
1051         into getdownResourceDir
1052       }
1053     }
1054
1055     def codeFiles = []
1056     fileTree(file(packageDir)).each{ f ->
1057       if (f.isDirectory()) {
1058         def files = fileTree(dir: f, include: ["*"]).getFiles()
1059         codeFiles += files
1060       } else if (f.exists()) {
1061         codeFiles += f
1062       }
1063     }
1064     codeFiles.sort().each{f ->
1065       def name = f.getName()
1066       def line = "code = ${getdown_app_dir}/${name}\n"
1067       getdownTextString += line
1068       copy {
1069         from f.getPath()
1070         into getdownAppDir
1071       }
1072     }
1073
1074     // NOT USING MODULES YET, EVERYTHING SHOULD BE IN dist
1075     /*
1076     if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
1077     def j11libFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${j11libDir}", include: ["*.jar"]).getFiles()
1078     j11libFiles.sort().each{f ->
1079     def name = f.getName()
1080     def line = "code = ${getdown_j11lib_dir}/${name}\n"
1081     getdownTextString += line
1082     copy {
1083     from f.getPath()
1084     into getdownJ11libDir
1085     }
1086     }
1087     }
1088      */
1089
1090     // getdown-launcher.jar should not be in main application class path so the main application can move it when updated.  Listed as a resource so it gets updated.
1091     //getdownTextString += "class = " + file(getdownLauncher).getName() + "\n"
1092     getdownTextString += "resource = ${getdown_launcher_new}\n"
1093     getdownTextString += "class = ${mainClass}\n"
1094
1095     def getdown_txt = file("${getdownWebsiteDir}/getdown.txt")
1096     getdown_txt.write(getdownTextString)
1097
1098     def launch_jvl = file("${getdownWebsiteDir}/${getdown_launch_jvl}")
1099     launch_jvl.write("appbase="+props.get("getdown_txt_appbase"))
1100
1101     copy {
1102       from getdownLauncher
1103       rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher_new)
1104       into getdownWebsiteDir
1105     }
1106
1107     copy {
1108       from getdownLauncher
1109       if (file(getdownLauncher).getName() != getdown_launcher) {
1110         rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher)
1111       }
1112       into getdownWebsiteDir
1113     }
1114
1115     if (! (CHANNEL.startsWith("ARCHIVE") || CHANNEL.startsWith("DEVELOP"))) {
1116       copy {
1117         from getdown_txt
1118         from getdownLauncher
1119         from "${getdownWebsiteDir}/${getdown_build_properties}"
1120         if (file(getdownLauncher).getName() != getdown_launcher) {
1121           rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher)
1122         }
1123         into getdownInstallDir
1124       }
1125
1126       copy {
1127         from getdownInstallDir
1128         into getdownFilesInstallDir
1129       }
1130     }
1131
1132     copy {
1133       from getdown_txt
1134       from launch_jvl
1135       from getdownLauncher
1136       from "${getdownWebsiteDir}/${getdown_build_properties}"
1137       if (file(getdownLauncher).getName() != getdown_launcher) {
1138         rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher)
1139       }
1140       into getdownFilesDir
1141     }
1142
1143     copy {
1144       from getdownResourceDir
1145       into "${getdownFilesDir}/${getdown_resource_dir}"
1146     }
1147   }
1148
1149   if (buildDist) {
1150     inputs.dir("${jalviewDir}/${packageDir}")
1151   }
1152   outputs.dir(getdownWebsiteDir)
1153   outputs.dir(getdownFilesDir)
1154 }
1155
1156
1157 task getdownDigest(type: JavaExec) {
1158   group = "distribution"
1159   description = "Digest the getdown website folder"
1160   dependsOn getdownWebsite
1161   doFirst {
1162     classpath = files("${getdownWebsiteDir}/${getdown_launcher}")
1163   }
1164   main = "com.threerings.getdown.tools.Digester"
1165   args getdownWebsiteDir
1166   inputs.dir(getdownWebsiteDir)
1167   outputs.file("${getdownWebsiteDir}/digest2.txt")
1168 }
1169
1170
1171 task getdown() {
1172   group = "distribution"
1173   description = "Create the minimal and full getdown app folder for installers and website and create digest file"
1174   dependsOn getdownDigest
1175   doLast {
1176     if (reportRsyncCommand) {
1177       def fromDir = getdownWebsiteDir + (getdownWebsiteDir.endsWith('/')?'':'/')
1178       def toDir = "${getdown_rsync_dest}/${getdownDir}" + (getdownDir.endsWith('/')?'':'/')
1179       println "LIKELY RSYNC COMMAND:"
1180       println "mkdir -p '$toDir'\nrsync -avh --delete '$fromDir' '$toDir'"
1181       if (RUNRSYNC == "true") {
1182         exec {
1183           commandLine "mkdir", "-p", toDir
1184         }
1185         exec {
1186           commandLine "rsync", "-avh", "--delete", fromDir, toDir
1187         }
1188       }
1189     }
1190   }
1191 }
1192
1193
1194 clean {
1195   doFirst {
1196     delete getdownWebsiteDir
1197     delete getdownFilesDir
1198   }
1199 }
1200
1201
1202 install4j {
1203   if (file(install4jHomeDir).exists()) {
1204     // good to go!
1205   } else if (file(System.getProperty("user.home")+"/buildtools/install4j").exists()) {
1206     install4jHomeDir = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/install4j"
1207   } else if (file("/Applications/install4j.app/Contents/Resources/app").exists()) {
1208     install4jHomeDir = "/Applications/install4j.app/Contents/Resources/app"
1209   }
1210   installDir(file(install4jHomeDir))
1211
1212   mediaTypes = Arrays.asList(install4j_media_types.split(","))
1213 }
1214
1215
1216 task copyInstall4jTemplate(type: Copy) {
1217   dependsOn setGitVals
1218
1219   inputs.file("${install4jDir}/${install4j_template}")
1220   inputs.file("${install4jDir}/${install4j_installer_file_associations}")
1221   outputs.files(install4jConfFile)
1222
1223   from (install4jDir) {
1224     include install4j_template
1225     rename (install4j_template, install4jConfFileName)
1226     // TODO change these ReplaceTokens to something better.  Possibly ${compiler:variables} but also the ant.replaceregexp below, or perhaps a proper xmldom parse
1227
1228     /*
1229     if (OSX_KEYPASS == "") {
1230       filter(ReplaceTokens,
1231         beginToken: 'codeSigning macEnabled="',
1232         endToken: '"',
1233         tokens: [
1234           'true': 'codeSigning macEnabled="false"'
1235         ]
1236       )
1237       filter(ReplaceTokens,
1238         beginToken: 'runPostProcessor="true" ',
1239         endToken: 'Processor',
1240         tokens: [
1241           'post': 'runPostProcessor="false" postProcessor'
1242         ]
1243       )
1244     }
1245     */
1246   }
1247   into install4jDir
1248
1249   doLast {
1250     // include file associations in installer
1251     def install4jFileAssociationsFile = file("${install4jDir}/${install4j_installer_file_associations}")
1252     def install4jFileAssociationsText = install4jFileAssociationsFile.text
1253 /*
1254     ant.replaceregexp(
1255       byline: false,
1256       flags: "s",
1257       match: '<action name="EXTENSIONS_REPLACED_BY_GRADLE".*?</action>',
1258       replace: install4jFileAssociationsText,
1259       file: install4jConfFile
1260     )
1261 */
1262
1263     def install4jFileAssociations = new XmlParser().parseText('''
1264 <install4jFileAssociations>
1265 ${install4jFileAssociationsText}
1266 </install4jFileAssociations>
1267 '''
1268     )
1269
1270 println("TEXT=${install4jFileAssociationsText}")
1271 println("ACTIONS")
1272 install4jFileAssociationsXml.action.each { a ->
1273   println("ACTION="+XmlUtil.serialize(a))
1274 }
1275
1276
1277     def install4j = new XmlParser().parse(install4jConfFile)
1278
1279     if (OSX_KEYPASS == "") {
1280       install4j.application.codeSigning.each { codeSigning ->
1281         codeSigning.'@macEnabled' = "false"
1282       }
1283       install4j.mediaSets.windows.each { windows ->
1284         windows.'@runPostProcessor' = "false"
1285       }
1286     }
1287     // reparse
1288     //install4j = new XmlSlurper().parseText(XmlUtil.serialize(install4j))
1289
1290     install4j.'**'.action.each { a ->
1291       if (a.'@name' == 'EXTENSIONS_REPLACED_BY_GRADLE') {
1292         //a.replaceNode(install4jFileAssociationsXml.action[0])
1293       }
1294     }
1295     // reparse
1296     //install4j = new XmlSlurper().parseText(XmlUtil.serialize(install4j))
1297
1298     file(install4jConfFile).text = XmlUtil.serialize(install4j)
1299
1300     /*
1301     // include uninstaller applescript app files in dmg
1302     def installerDMGUninstallerXml = file("$install4jDir/$install4j_DMG_uninstaller_app_files").text
1303     ant.replaceregexp(
1304     byline: false,
1305     flags: "s",
1306     match: '<file name="UNINSTALL_OLD_JALVIEW_APP_REPLACED_IN_GRADLE" file=.*?>',
1307     replace: installerDMGUninstallerXml,
1308     file: install4jConfFile
1309     )
1310      */
1311   }
1312 }
1313
1314
1315 clean {
1316   doFirst {
1317     delete install4jConfFile
1318   }
1319 }
1320
1321
1322 task installers(type: com.install4j.gradle.Install4jTask) {
1323   group = "distribution"
1324   description = "Create the install4j installers"
1325   dependsOn getdown
1326   dependsOn copyInstall4jTemplate
1327   projectFile = file(install4jConfFile)
1328
1329   def install4jTemplateMd5 = ""
1330   def digest = MessageDigest.getInstance("MD5")
1331   digest.update(
1332     (file("${install4jDir}/${install4j_template}").text +
1333     file("${install4jDir}/${install4j_info_plist_file_associations}").text +
1334     file("${install4jDir}/${install4j_installer_file_associations}").text).bytes)
1335   def filesMd5 = new BigInteger(1, digest.digest()).toString(16)
1336   if (filesMd5.length() >= 8) {
1337     filesMd5 = filesMd5.substring(0,8)
1338   }
1339   install4jTemplateMd5 += filesMd5
1340   install4jTemplateMd5 += "_${gitHash}"
1341   def install4jTemplateVersion = "${JALVIEW_VERSION}_${install4jTemplateMd5}"
1342   def infoPlistFileAssociations = file("${install4jDir}/${install4j_info_plist_file_associations}").text
1343
1344   variables = [
1345     'OSX_KEYSTORE': OSX_KEYSTORE,
1346     'JSIGN_SH': JSIGN_SH,
1347     'JALVIEW_VERSION': JALVIEW_VERSION,
1348     'JAVA_MIN_VERSION': JAVA_MIN_VERSION,
1349     'JAVA_MAX_VERSION': JAVA_MAX_VERSION,
1350     'JAVA_VERSION': JAVA_VERSION,
1351     'JAVA_INTEGER_VERSION': JAVA_INTEGER_VERSION,
1352     'VERSION': JALVIEW_VERSION,
1353     'MACOS_JAVA_VM_DIR': macosJavaVMDir,
1354     'MACOS_JAVA_VM_TGZ': macosJavaVMTgz,
1355     'WINDOWS_JAVA_VM_DIR': windowsJavaVMDir,
1356     'WINDOWS_JAVA_VM_TGZ': windowsJavaVMTgz,
1357     'INSTALL4JINFOPLISTFILEASSOCIATIONS': install4j_info_plist_file_associations,
1358     'INSTALLER_TEMPLATE_VERSION': install4jTemplateVersion,
1359     'COPYRIGHT_MESSAGE': install4j_copyright_message,
1360     'MACOS_BUNDLE_ID': install4j_macOS_bundle_id,
1361     'GETDOWN_RESOURCE_DIR': getdown_resource_dir,
1362     'GETDOWN_DIST_DIR': getdown_app_dir,
1363     'GETDOWN_ALT_DIR': getdown_app_dir_alt,
1364     'GETDOWN_INSTALL_DIR': getdown_install_dir,
1365     'INFO_PLIST_FILE_ASSOCIATIONS': infoPlistFileAssociations
1366   ]
1367   destination = "${jalviewDir}/${install4j_build_dir}/${JAVA_VERSION}"
1368   buildSelected = true
1369
1370   if (install4j_faster.equals("true") || CHANNEL.startsWith("DEVELOP") || CHANNEL.startsWith("LOCAL")) {
1371     // this doesn't seem to work
1372     faster = true
1373     disableSigning = true
1374   }
1375
1376   if (OSX_KEYPASS) {
1377     macKeystorePassword=OSX_KEYPASS
1378   }
1379
1380   doFirst {
1381     println("Using projectFile "+projectFile)
1382   }
1383
1384   inputs.dir(getdownWebsiteDir)
1385   inputs.file(install4jConfFile)
1386   inputs.file("${install4jDir}/${install4j_info_plist_file_associations}")
1387   inputs.dir(macosJavaVMDir)
1388   inputs.dir(windowsJavaVMDir)
1389   outputs.dir("${jalviewDir}/${install4j_build_dir}/${JAVA_VERSION}")
1390 }
1391
1392
1393 task sourceDist (type: Tar) {
1394
1395   def VERSION_UNDERSCORES = JALVIEW_VERSION.replaceAll("\\.", "_")
1396   def outputFileName = "${project.name}_${VERSION_UNDERSCORES}.tar.gz"
1397   // cater for buildship < 3.1 [3.0.1 is max version in eclipse 2018-09]
1398   try {
1399     archiveFileName = outputFileName
1400   } catch (Exception e) {
1401     archiveName = outputFileName
1402   }
1403
1404   compression Compression.GZIP
1405
1406   into project.name
1407
1408   def EXCLUDE_FILES=["build/*","bin/*","test-output/","test-reports","tests","clover*/*"
1409   ,".*"
1410   ,"benchmarking/*"
1411   ,"**/.*"
1412   ,"*.class"
1413   ,"**/*.class","${j11modDir}/**/*.jar","appletlib","**/*locales"
1414   ,"*locales/**",
1415   ,"utils/InstallAnywhere"]
1416   def PROCESS_FILES=[   "AUTHORS",
1417   "CITATION",
1418   "FEATURETODO",
1419   "JAVA-11-README",
1420   "FEATURETODO",
1421   "LICENSE",
1422   "**/README",
1423   "RELEASE",
1424   "THIRDPARTYLIBS","TESTNG",
1425   "build.gradle",
1426   "gradle.properties",
1427   "**/*.java",
1428   "**/*.html",
1429   "**/*.xml",
1430   "**/*.gradle",
1431   "**/*.groovy",
1432   "**/*.properties",
1433   "**/*.perl",
1434   "**/*.sh"]
1435
1436   from(jalviewDir) {
1437     exclude (EXCLUDE_FILES)
1438     include (PROCESS_FILES)
1439     filter(ReplaceTokens,
1440       beginToken: '$$',
1441       endToken: '$$',
1442       tokens: [
1443         'Version-Rel': JALVIEW_VERSION,
1444         'Year-Rel': getDate("yyyy")
1445       ]
1446     )
1447   }
1448   from(jalviewDir) {
1449     exclude (EXCLUDE_FILES)
1450     exclude (PROCESS_FILES)
1451     exclude ("appletlib")
1452     exclude ("**/*locales")
1453     exclude ("*locales/**")
1454     exclude ("utils/InstallAnywhere")
1455
1456     exclude (getdown_files_dir)
1457     exclude (getdown_website_dir)
1458
1459     // exluding these as not using jars as modules yet
1460     exclude ("${j11modDir}/**/*.jar")
1461   }
1462   //  from (jalviewDir) {
1463   //    // explicit includes for stuff that seemed to not get included
1464   //    include(fileTree("test/**/*."))
1465   //    exclude(EXCLUDE_FILES)
1466   //    exclude(PROCESS_FILES)
1467   //  }
1468 }
1469
1470
1471 task helppages  {
1472   dependsOn copyHelp
1473   dependsOn pubhtmlhelp
1474
1475   inputs.dir("${classesDir}/${helpDir}")
1476   outputs.dir("${buildDir}/distributions/${helpDir}")
1477 }
1478
1479 // LARGE AMOUNT OF JALVIEWJS STUFF DELETED HERE
1480 task eclipseAutoBuildTask {}
1481 task eclipseSynchronizationTask {}