build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   3 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.*
   4 import groovy.transform.ExternalizeMethods
   5 //import org.eclipse.osgi.*
   6 import com.diffplug.gradle.GoomphCacheLocations
   7
   8 /*
   9 buildscript {
  10   repositories {
  11     repos
  12     mavenCentral()
  13     jcenter()
  14   }
  15   dependencies {
  16     //eclipseDeps.each { compile "p2:${it}:+" }
  17     //classpath 'org.eclipse.platform:org.eclipse.osgi:3.15.0'
  18     //compile group: 'org.eclipse.platform', name: 'org.eclipse.osgi', version: '3.15.0'
  19     //classpath 'biz.aQute.bnd:biz.aQute.bnd.gradle:4.4.0'
  20   }
  21 }
  22 */
  23
  24 plugins {
  25   id 'java'
  26   id 'application'
  27   id 'eclipse'
  28   id 'com.diffplug.gradle.oomph.ide' version '3.18.1'
  29   id 'com.diffplug.gradle.equinoxlaunch' version '3.18.1'
  30 }
  31
  32 dependencies {
  33 }
  34
  35 repositories {
  36   jcenter()
  37   mavenCentral()
  38   flatDir {
  39     dirs gradlePluginsDir
  40   }
  41 }
  42
  43 mainClassName = launcherClass
  44 def classes = "$jalviewDir/$classesDir"
  45
  46 // configure classpath/args for j8/j11 compilation
  47
  48 def jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  49 def libDir
  50 def libDistDir
  51 def compile_source_compatibility
  52 def compile_target_compatibility
  53
  54 ext {
  55   buildProperties = jalviewDir + "/" + classesDir +"/" + buildPropertiesFile
  56
  57   gitHash = ""
  58   gitBranch = ""
  59
  60   jalviewjsServer = ""
  61 }
  62
  63 def JAVA_INTEGER_VERSION
  64 //def additional_compiler_args = []
  65 // this property is for the Java library used in eclipse
  66 def eclipse_java_runtime_name
  67 if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
  68   JAVA_INTEGER_VERSION = "8"
  69   //libDir = j8libDir
  70   libDir = j11libDir
  71   libDistDir = j8libDir
  72   compile_source_compatibility = 1.8
  73   compile_target_compatibility = 1.8
  74   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-1.8"
  75 } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
  76   JAVA_INTEGER_VERSION = "11"
  77   libDir = j11libDir
  78   libDistDir = j11libDir
  79   compile_source_compatibility = 11
  80   compile_target_compatibility = 11
  81   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
  82   /* compile without modules -- using classpath libraries
  83   additional_compiler_args += [
  84   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
  85   '--add-modules', j11modules
  86   ]
  87   */
  88 } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
  89   JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
  90   libDir = j11libDir
  91   libDistDir = j11libDir
  92   compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
  93   compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
  94   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
  95   /* compile without modules -- using classpath libraries
  96   additional_compiler_args += [
  97   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
  98   '--add-modules', j11modules
  99   ]
 100   */
 101 } else {
 102   throw new GradleException("JAVA_VERSION=$JAVA_VERSION not currently supported by Jalview")
 103 }
 104
 105 sourceSets {
 106
 107   main {
 108     java {
 109       srcDirs "$jalviewDir/$sourceDir"
 110       outputDir = file("$classes")
 111     }
 112
 113     resources {
 114       srcDirs "$jalviewDir/$resourceDir"
 115     }
 116
 117     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
 118     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
 119
 120     runtimeClasspath = compileClasspath
 121   }
 122
 123 }
 124
 125 eclipse {
 126   project {
 127     name = eclipse_project_name
 128
 129     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 130     'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 131
 132     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 133     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 134   }
 135
 136   classpath {
 137     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 138     def removeThese = []
 139     configurations.each{ if (it.isCanBeResolved()) {
 140         removeThese += it
 141       }
 142     }
 143
 144     minusConfigurations += removeThese
 145     plusConfigurations = [ ]
 146     file {
 147
 148       whenMerged { cp ->
 149         def removeTheseToo = []
 150         HashMap<String, Boolean> addedSrcPath = new HashMap<>();
 151         cp.entries.each { entry ->
 152           if (entry.kind == 'src') {
 153             if (addedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == "src" || entry.path == "test")) {
 154               removeTheseToo += entry
 155             } else {
 156               addedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 157             }
 158           }
 159         }
 160         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 161
 162         if (file(eclipse_bin_dir+"/main").isDirectory()) {
 163                 cp.entries += new Output(eclipse_bin_dir+"/main")
 164         }
 165         if (file(helpParentDir).isDirectory()) {
 166                 cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 167         }
 168         if (file(resourceDir).isDirectory()) {
 169                 cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 170         }
 171
 172         HashMap<String, Boolean> addedLibPath = new HashMap<>();
 173
 174         // changing from sourcesets.main.classpath to specific Java version lib
 175         //sourceSets.main.compileClasspath.each{
 176         fileTree("$jalviewDir/$libDistDir").include("**/*.jar").include("*.jar").each {
 177           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 178           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 179             // don't add dirs to classpath
 180             return
 181           }
 182           def itPath = it.toString()
 183           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 184             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 185           }
 186           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 187             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 188           } else {
 189             //println("Adding entry "+itPath)
 190             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 191             addedLibPath.put(itPath, true)
 192           }
 193         }
 194       } // whenMerged
 195
 196     } // file
 197
 198     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 199   } // classpath
 200
 201   jdt {
 202     // for the IDE, use java 11 compatibility
 203     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 204     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 205     javaRuntimeName = eclipse_java_runtime_name
 206
 207     /*
 208     file {
 209     withProperties { props ->
 210     def jalview_prefs = new Properties()
 211     def ins = new FileInputStream(jalviewDirAbsolutePath+"/"+eclipse_extra_jdt_prefs_file)
 212     jalview_prefs.load(ins)
 213     ins.close()
 214     jalview_prefs.forEach { t, v ->
 215     if (props.getAt(t) == null) {
 216     props.putAt(t, v)
 217     }
 218     }
 219     }
 220     }
 221      */
 222   } // jdt
 223
 224   //synchronizationTasks eclipseClasspath
 225   //autoBuildTasks eclipseClasspath
 226 } // eclipse
 227
 228 /*
 229 compileJava {
 230
 231   doFirst {
 232     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 233     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 234     //options.compilerArgs = additional_compiler_args
 235     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 236   }
 237
 238 }
 239
 240 clean {
 241   delete sourceSets.main.java.outputDir
 242 }
 243 */
 244
 245
 246
 247
 248
 249
 250
 251
 252
 253
 254
 255
 256
 257
 258
 259
 260
 261
 262
 263
 264
 265
 266
 267
 268 GoomphCacheLocations.override_workspaces = file(jalviewDirAbsolutePath+"/"+goomph_workspace)
 269 oomphIde {
 270   repoEclipse goomph_eclipse_version
 271   jdt {
 272     /*
 273     installedJre {
 274       //markDefault = true
 275       //executionEnvironments = [ eclipse.jdt.javaRuntimeName ]
 276     }
 277     */
 278     //compilerComplianceLevel( JAVA_INTEGER_VERSION )
 279   }
 280   repo "https://download.eclipse.org/releases/${goomph_eclipse_version_name}/"
 281   feature goomph_eclipse_jee_feature, goomph_eclipse_jee_version
 282   thirdParty {
 283     buildship {
 284       repo goomph_repo_buildship
 285       feature goomph_feature_buildship
 286     }
 287
 288   }
 289
 290
 291   // CLI ARGS HERE!
 292 }
 293
 294 equinoxLaunch {
 295   headlessAppSetup {
 296
 297     launchTask 'ideJalviewjsBuild', {
 298       //it.args = ["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", tempEclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ]
 299       it.args = ["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ]
 300     }
 301   }
 302 }
 303
 304 task testIde(type: ) {
 305 }
 306
 307 task ideCopyDropins (type: Copy) {
 308   dependsOn ideSetupP2
 309
 310   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir)
 311   def outputDir = oomphIde.ideDir + "/" + com.diffplug.gradle.FileMisc.macContentsEclipse() + "/dropins"
 312
 313   from inputFiles
 314   into outputDir
 315   def outputFiles = []
 316   rename { filename ->
 317     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 318     println("COPYING ${filename} to ${outputFiles}")
 319     null
 320   }
 321   outputs.files outputFiles
 322   inputs.files inputFiles
 323
 324 }
 325
 326
 327
 328
 329
 330
 331
 332
 333
 334
 335
 336
 337
 338
 339
 340
 341 def jalviewjsBuildDir
 342 def jalviewjsSiteDir
 343 task jalviewjsSitePath {
 344   if (jalviewjs_site_dir.startsWith("/")) {
 345     jalviewjsSiteDir = jalviewjs_site_dir
 346   } else {
 347     def relativeBuildDir = file(jalviewDirAbsolutePath).toPath().relativize(buildDir.toPath())
 348     jalviewjsBuildDir = "${relativeBuildDir}/jalviewjs"
 349     jalviewjsSiteDir = jalviewjsBuildDir + "/" + jalviewjs_site_dir
 350   }
 351 }
 352
 353 def tempEclipseWorkspace
 354 task jalviewjsSetTempEclipseWorkspace {
 355   tempEclipseWorkspace = file(jalviewjs_eclipse_workspace)
 356   if (!tempEclipseWorkspace.exists()) {
 357     tempEclipseWorkspace = file("${buildDir}/tmp/eclipse-workspace")
 358     //tempEclipseWorkspace.deleteOnExit()
 359   }
 360   println("ECLIPSE WORKSPACE: "+tempEclipseWorkspace.getPath())
 361 }
 362
 363 task jalviewjsUnzipFiles {
 364   dependsOn jalviewjsSitePath
 365
 366   def zipFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_libjs_dir).include("*.zip")
 367   zipFiles += jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_swingjs_zip
 368
 369   doLast {
 370     zipFiles.each { file_zip ->
 371       copy {
 372         from zipTree(file_zip)
 373         into jalviewjsSiteDir
 374       }
 375     }
 376   }
 377
 378   inputs.files zipFiles
 379   outputs.dir jalviewjsSiteDir
 380 }
 381
 382 def eclipseDropinsDir
 383 def eclipseBinary
 384 task jalviewjsEclipsePaths {
 385   def eclipseRoot = jalviewjs_eclipse_root
 386   if (eclipseRoot.startsWith("~")) {
 387     eclipseRoot = System.getProperty("user.home") + eclipseRoot.substring(1)
 388   }
 389         if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
 390     eclipseRoot += "/Eclipse.app"
 391                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/Contents/Eclipse/dropins"
 392                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/Contents/MacOS/eclipse"
 393         } else if (OperatingSystem.current().isWindows()) { // check these paths!!
 394                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 395                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 396         } else { // linux or unix
 397                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 398                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 399         }
 400 }
 401
 402 task jalviewjsEclipseCopyDropins (type: Copy) {
 403   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 404   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir)
 405   def outputDir = eclipseDropinsDir
 406
 407   from inputFiles
 408   into outputDir
 409   def outputFiles = []
 410   rename { filename ->
 411     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 412     null
 413   }
 414   outputs.files outputFiles
 415   inputs.files inputFiles
 416 }
 417
 418 task jalviewjsEclipseSetup {
 419   dependsOn jalviewjsEclipseCopyDropins
 420   dependsOn jalviewjsSetTempEclipseWorkspace
 421 }
 422
 423
 424 task jalviewjsCreateJ2sSettings(type: WriteProperties) {
 425   dependsOn jalviewjsSitePath
 426   outputFile (jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings)
 427   def props = project.properties.sort { it.key }
 428   def siteDirProperty = "j2s.site.directory"
 429   def setSiteDir = false
 430   props.each { prop, val ->
 431     if (prop.startsWith("j2s.") && val != null) {
 432       if (prop == siteDirProperty) {
 433         if (!(val.startsWith("/") || val.startsWith("file://") )) {
 434           val = jalviewjsSiteDir+"/"+val
 435         }
 436         setSiteDir = true
 437       }
 438       property(prop,val)
 439     }
 440     if (!setSiteDir) {
 441       property(siteDirProperty,"${jalviewjsSiteDir}")
 442     }
 443   }
 444   outputs.file(outputFile)
 445 }
 446
 447 task jalviewjsCopyResources (type: Copy) {
 448   dependsOn jalviewjsSitePath
 449   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_resource_dir)
 450   def outputDir = jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir
 451
 452   from inputFiles
 453   into outputDir
 454   def outputFiles = []
 455   rename { filename ->
 456     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 457     null
 458   }
 459   outputs.files outputFiles
 460   inputs.files inputFiles
 461 }
 462
 463 task jalviewjsCopySiteResources (type: Copy) {
 464   dependsOn jalviewjsSitePath
 465   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_site_resource_dir)
 466   def outputDir = jalviewjsSiteDir
 467
 468   from inputFiles
 469   into outputDir
 470   def outputFiles = []
 471   rename { filename ->
 472     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 473     null
 474   }
 475   outputs.files outputFiles
 476   inputs.files inputFiles
 477 }
 478
 479 task cleanJalviewjs {
 480   dependsOn jalviewjsSitePath
 481   /*
 482   delete jalviewDir+"/"+jalviewjsSiteDir
 483   delete jalviewDir+"/"+eclipse_bin_dir
 484   delete file(tempEclipseWorkspace.getAbsolutePath()+"/.metadata")
 485   delete jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings
 486   */
 487 }
 488
 489 task jalviewjsProjectImport(type: Exec) {
 490   // work out how to do this!
 491   dependsOn eclipseProject
 492   dependsOn eclipseClasspath
 493   dependsOn eclipseJdt
 494   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 495   dependsOn jalviewjsEclipseSetup
 496   executable(eclipseBinary)
 497   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "com.seeq.eclipse.importprojects.headlessimport", "-data", tempEclipseWorkspace.getPath(), "-import", jalviewDirAbsolutePath])
 498
 499   def projdir = tempEclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview/org.eclipse.jdt.core"
 500   inputs.file(jalviewDir+"/.project")
 501   outputs.dir(projdir)
 502   outputs.upToDateWhen { file(projdir).exists() }
 503 }
 504
 505
 506
 507
 508
 509
 510
 511
 512 task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
 513   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
 514   dependsOn jalviewjsProjectImport
 515   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 516   executable(eclipseBinary)
 517   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", tempEclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ])
 518
 519   def stdout
 520   def stderr
 521   doFirst {
 522     stdout = new ByteArrayOutputStream()
 523     stderr = new ByteArrayOutputStream()
 524     standardOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(new FileOutputStream("${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stdout}"), stdout);
 525     errorOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(new FileOutputStream("${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stderr}"), stderr);
 526   }
 527   doLast {
 528     if (stdout.toString().contains("Error processing ")) {
 529       // j2s did not complete transpile
 530       throw new TaskExecutionException("Error during transpilation:\n${stderr}\n")
 531     }
 532   }
 533
 534   inputs.dir(sourceDir)
 535   outputs.dir(eclipse_bin_dir+"/main")
 536   outputs.dir(jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir)
 537   outputs.file(jalviewjsSiteDir+jalviewjs_server_resource)
 538   outputs.upToDateWhen { file(jalviewjsSiteDir+jalviewjs_server_resource).exists() }
 539
 540 }
 541
 542
 543
 544
 545
 546
 547
 548
 549 task jalviewjsBuildSite {
 550   dependsOn jalviewjsSitePath
 551   dependsOn jalviewjsUnzipFiles
 552   dependsOn jalviewjsCopyResources
 553   dependsOn jalviewjsCopySiteResources
 554   dependsOn jalviewjsTranspile
 555 }
 556
 557 task jalviewjsSiteTar(type: Tar) {
 558   dependsOn jalviewjsBuildSite
 559   def outputFilename = "jalviewjs-site-${JALVIEW_VERSION}.tar.gz"
 560   try {
 561     archiveFileName = outputFilename
 562   } catch (Exception e) {
 563     archiveName = outputFilename
 564   }
 565
 566   compression Compression.GZIP
 567
 568   from jalviewjsSiteDir
 569   into jalviewjs_site_dir // this is inside the tar file
 570
 571   inputs.dir(jalviewjsSiteDir)
 572 }
 573
 574 def jalviewjsServer = null
 575 task jalviewjsServerStart {
 576   dependsOn jalviewjsSitePath
 577   doLast {
 578
 579     if (jalviewjsServer != null) {
 580       println("SERVER ALREADY RUNNING. Go to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle jalviewjsServerStop  to stop.")
 581     } else {
 582
 583       SimpleHttpFileServerFactory factory = new SimpleHttpFileServerFactory()
 584       def port = Integer.valueOf(jalviewjs_server_port)
 585       def start = port
 586       def running = false
 587       while(port < start+1000 && !running) {
 588         try {
 589           def doc_root = new File(jalviewDirAbsolutePath +"/"+ jalviewjsSiteDir)
 590           jalviewjsServer = factory.start(doc_root, port)
 591           running = true
 592           println("SERVER STARTED with document root ${doc_root}.\nGo to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle --stop  to stop (kills all gradle daemons).")
 593           //println("Ctrl-c to stop.");java.lang.Thread.sleep(Integer.valueOf(jalviewjs_server_wait)*1000);
 594         } catch (Exception e) {
 595           port++;
 596         }
 597       }
 598
 599     }
 600
 601   }
 602
 603 }
 604
 605 /* server persists in gradle daemon but reference is not accessible across builds
 606 task jalviewjsServerStop {
 607   doLast {
 608
 609     if (jalviewjsServer != null) {
 610
 611       println("SERVER ON PORT "+jalviewjsServer.getPort()+" STOPPING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start again.")
 612       jalviewjsServer.stop()
 613
 614     } else {
 615       println("SERVER NOT RUNNING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start.")
 616     }
 617
 618   }
 619 }
 620 */
 621
 622 task ideSetup {
 623   dependsOn ideSetupP2
 624   dependsOn ideCopyDropins
 625 }
 626
 627 task ideBuildSite {
 628   dependsOn jalviewjsSitePath
 629   dependsOn jalviewjsUnzipFiles
 630   dependsOn jalviewjsCopyResources
 631   dependsOn jalviewjsCopySiteResources
 632   dependsOn ideCopyDropins
 633   dependsOn ide
 634 }
 635
 636
 637
 638
 639 task jalviewjs {
 640   dependsOn jalviewjsBuildSite
 641 }
 642
 643
 644 project.afterEvaluate {
 645   tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn eclipseProject
 646   tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn eclipseClasspath
 647   tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn eclipseJdt
 648
 649   tasks.findByName('ide').dependsOn eclipseProject
 650   tasks.findByName('ide').dependsOn eclipseClasspath
 651   tasks.findByName('ide').dependsOn eclipseJdt
 652 }
 653
 654
 655