doc/building.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Building Jalview from Source</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <h1>Building Jalview from Source</h1>
  24 <P>
  25 <p>
  26 You will need the following (hopefully):<br>
  27 <ul>
  28 <li>Java development kit (we used JDK1.5SE but JDK1.6 will work too,
  29 and maybe even jikes).</li>
  30 <li>Ant (we think 1.5.4 is quite sufficient to use the simple build
  31 file supplied).</li>
  32 </ul>
  33 With any luck, after setting your paths and JAVA_HOME correctly, you
  34 just need to change to the Jalview directory and run ant (this works
  35 from JBuilder and eclipse too, but NetBeans is a bit trickier).
  36 <pre>
  37    ant
  38 </pre>
  39
  40 </p>
  41 <p><strong>Building a webstart version of jalview</strong></p>
  42 Jalview depends on several libraries contained in the libs directory
  43 of the distribution.  In order to access them, they must all be signed
  44 jars - using the same jarsigner key as jalview itself. There is a
  45 build target in ant to make the signed jar files in a directory called
  46 dist. But first you need to make your own key:
  47 <p><strong>Making your own key</strong></p>
  48
  49 <p>The ant 'makefulldist' target assumes that a keystore exists in a
  50 directory 'keys'. To make a key accessible using the default settings
  51 in the build.xml file then make the keys directory and add the
  52 jarsigner key with the following :
  53 </p>
  54 <pre>
  55 mkdir keys
  56 keytool -genkey -keystore keys/.keystore -keypass alignmentisfun
  57 -storepass alignmentisfun -alias jalview
  58  (you will have to answer some personal questions here)
  59 ant makedist
  60  (should eventually generate a Jalview.jnlp file
  61   in ./dist along with a set of signed jars using the jalview
  62   key)
  63 </pre>
  64
  65         <p>
  66                 <strong>Building the JalviewLite applet<br>
  67                 </strong> The JalviewLite applet is compiled using a subset of the packages in
  68                 the src directory (specifically: MCView, and jalview.{datamodel,
  69                 analysis, appletgui, utils, schemes, api, structure}, and
  70                 com.stevesoft.*). Once compiled, these class files are obfuscated to
  71                 make the code run efficiently. To compile the applet Jar, use the
  72                 makeApplet task - optionally passing in a 'donotobfuscate' property to
  73                 the ant build (e.g. -Ddonotobfuscate=true) to disable obfuscation. </p><p>
  74                 The ant target 'pubapplet' can be used to compile install the
  75                 jalviewApplet.jar and any dependent jars (under appletlib) into a copy
  76                 of the examples directory created under the <em>outputDir</em> build
  77                 property (which defaults to the 'dist' directory).
  78         </p>
  79         <p>
  80 <h1>using IDEs to build Jalview</h1>
  81         <p>The Jalview source distribution includes project definitions for
  82                 Eclipse, Netbeans and some rather ancient Borland JBuilder .jpx
  83                 project files. These files should be sufficient to set up basic source
  84                 folders and build paths, but you will need to ensure that all .jar
  85                 files in the lib and appletlib directories are added to the build path
  86                 for your IDE project, and that the 'buildindices' target in Jalview's
  87                 build.xml is executed with the 'outputDir' ant property set to the
  88                 directory where the IDE expects to place compiled classes ('classes'
  89                 directory for eclipse, 'build/classes' for netbeans).</p>
  90         <p>Note: It is generally not recommended that you distribute build
  91                 artefacts that were generated automatically via an IDE's own packaging
  92                 mechanism (e.g. Netbeans' executable Jar and dependent lib directory).
  93                 The hand-crafted ant build.xml is (currently) the only officially
  94                 supported method of building distributable versions of Jalview.</p>
  95 <address>
  96 <a href="mailto:help@jalview.org">Jalview development team</a>
  97 </address>
  98 </body>
  99 </html>