JAL-4034 fix #3 change uniprot ref fetch dialog to a ‘warning’ shown when many ids...
[jalview.git] / doc / releaseprocess.html
1 <html>
2 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
3 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
4   <head>
5     <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
6     <meta http-equiv="Content-Style-Type" content="text/css" />
7     <meta name="generator" content="flexmark" />
8   <title>Making a Jalview release</title>
9     <style type="text/css">code{white-space: pre;}</style>
10 <style>
11 @font-face {
12   font-family: octicons-link;
13   src: url(data:font/woff;charset=utf-8;base64,d09GRgABAAAAAAZwABAAAAAACFQAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABEU0lHAAAGaAAAAAgAAAAIAAAAAUdTVUIAAAZcAAAACgAAAAoAAQAAT1MvMgAAAyQAAABJAAAAYFYEU3RjbWFwAAADcAAAAEUAAACAAJThvmN2dCAAAATkAAAABAAAAAQAAAAAZnBnbQAAA7gAAACyAAABCUM+8IhnYXNwAAAGTAAAABAAAAAQABoAI2dseWYAAAFsAAABPAAAAZwcEq9taGVhZAAAAsgAAAA0AAAANgh4a91oaGVhAAADCAAAABoAAAAkCA8DRGhtdHgAAAL8AAAADAAAAAwGAACfbG9jYQAAAsAAAAAIAAAACABiATBtYXhwAAACqAAAABgAAAAgAA8ASm5hbWUAAAToAAABQgAAAlXu73sOcG9zdAAABiwAAAAeAAAAME3QpOBwcmVwAAAEbAAAAHYAAAB/aFGpk3jaTY6xa8JAGMW/O62BDi0tJLYQincXEypYIiGJjSgHniQ6umTsUEyLm5BV6NDBP8Tpts6F0v+k/0an2i+itHDw3v2+9+DBKTzsJNnWJNTgHEy4BgG3EMI9DCEDOGEXzDADU5hBKMIgNPZqoD3SilVaXZCER3/I7AtxEJLtzzuZfI+VVkprxTlXShWKb3TBecG11rwoNlmmn1P2WYcJczl32etSpKnziC7lQyWe1smVPy/Lt7Kc+0vWY/gAgIIEqAN9we0pwKXreiMasxvabDQMM4riO+qxM2ogwDGOZTXxwxDiycQIcoYFBLj5K3EIaSctAq2kTYiw+ymhce7vwM9jSqO8JyVd5RH9gyTt2+J/yUmYlIR0s04n6+7Vm1ozezUeLEaUjhaDSuXHwVRgvLJn1tQ7xiuVv/ocTRF42mNgZGBgYGbwZOBiAAFGJBIMAAizAFoAAABiAGIAznjaY2BkYGAA4in8zwXi+W2+MjCzMIDApSwvXzC97Z4Ig8N/BxYGZgcgl52BCSQKAA3jCV8CAABfAAAAAAQAAEB42mNgZGBg4f3vACQZQABIMjKgAmYAKEgBXgAAeNpjYGY6wTiBgZWBg2kmUxoDA4MPhGZMYzBi1AHygVLYQUCaawqDA4PChxhmh/8ODDEsvAwHgMKMIDnGL0x7gJQCAwMAJd4MFwAAAHjaY2BgYGaA4DAGRgYQkAHyGMF8NgYrIM3JIAGVYYDT+AEjAwuDFpBmA9KMDEwMCh9i/v8H8sH0/4dQc1iAmAkALaUKLgAAAHjaTY9LDsIgEIbtgqHUPpDi3gPoBVyRTmTddOmqTXThEXqrob2gQ1FjwpDvfwCBdmdXC5AVKFu3e5MfNFJ29KTQT48Ob9/lqYwOGZxeUelN2U2R6+cArgtCJpauW7UQBqnFkUsjAY/kOU1cP+DAgvxwn1chZDwUbd6CFimGXwzwF6tPbFIcjEl+vvmM/byA48e6tWrKArm4ZJlCbdsrxksL1AwWn/yBSJKpYbq8AXaaTb8AAHja28jAwOC00ZrBeQNDQOWO//sdBBgYGRiYWYAEELEwMTE4uzo5Zzo5b2BxdnFOcALxNjA6b2ByTswC8jYwg0VlNuoCTWAMqNzMzsoK1rEhNqByEyerg5PMJlYuVueETKcd/89uBpnpvIEVomeHLoMsAAe1Id4AAAAAAAB42oWQT07CQBTGv0JBhagk7HQzKxca2sJCE1hDt4QF+9JOS0nbaaYDCQfwCJ7Au3AHj+LO13FMmm6cl7785vven0kBjHCBhfpYuNa5Ph1c0e2Xu3jEvWG7UdPDLZ4N92nOm+EBXuAbHmIMSRMs+4aUEd4Nd3CHD8NdvOLTsA2GL8M9PODbcL+hD7C1xoaHeLJSEao0FEW14ckxC+TU8TxvsY6X0eLPmRhry2WVioLpkrbp84LLQPGI7c6sOiUzpWIWS5GzlSgUzzLBSikOPFTOXqly7rqx0Z1Q5BAIoZBSFihQYQOOBEdkCOgXTOHA07HAGjGWiIjaPZNW13/+lm6S9FT7rLHFJ6fQbkATOG1j2OFMucKJJsxIVfQORl+9Jyda6Sl1dUYhSCm1dyClfoeDve4qMYdLEbfqHf3O/AdDumsjAAB42mNgYoAAZQYjBmyAGYQZmdhL8zLdDEydARfoAqIAAAABAAMABwAKABMAB///AA8AAQAAAAAAAAAAAAAAAAABAAAAAA==) format('woff');
14 }
15
16 body {
17   -webkit-text-size-adjust: 100%;
18   text-size-adjust: 100%;
19   color: #333;
20   font-family: "Helvetica Neue", Helvetica, "Segoe UI", Arial, freesans, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol";
21   font-size: 16px;
22   line-height: 1.6;
23   word-wrap: break-word;
24   width: 728px;
25   max-width: 99%;
26   box-sizing: border-box;
27   padding: 30px 30px 8rem 30px;
28   margin-left: auto;
29   margin-right: auto;
30 }
31
32 body a {
33   background-color: transparent;
34 }
35
36 body a:active,
37 body a:hover {
38   outline: 0;
39 }
40
41 body strong {
42   font-weight: bold;
43 }
44
45 body h1 {
46   font-size: 2em;
47   margin: 0.67em 0;
48 }
49
50 body img {
51   border: 0;
52 }
53
54 body hr {
55   box-sizing: content-box;
56   height: 0;
57 }
58
59 body pre {
60   overflow: auto;
61 }
62
63 body code,
64 body kbd,
65 body pre {
66   font-family: monospace, monospace;
67   font-size: 1em;
68 }
69
70 body input {
71   color: inherit;
72   font: inherit;
73   margin: 0;
74 }
75
76 body html input[disabled] {
77   cursor: default;
78 }
79
80 body input {
81   line-height: normal;
82 }
83
84 body input[type="checkbox"] {
85   box-sizing: border-box;
86   padding: 0;
87 }
88
89 body table {
90   border-collapse: collapse;
91   border-spacing: 0;
92 }
93
94 body td,
95 body th {
96   padding: 0;
97 }
98
99 body * {
100   box-sizing: border-box;
101 }
102
103 body input {
104   font: 13px / 1.4 Helvetica, arial, nimbussansl, liberationsans, freesans, clean, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol";
105 }
106
107 body a {
108   color: #4078c0;
109   text-decoration: none;
110 }
111
112 body a:hover,
113 body a:active {
114   text-decoration: underline;
115 }
116
117 body hr {
118   height: 0;
119   margin: 15px 0;
120   overflow: hidden;
121   background: transparent;
122   border: 0;
123   border-bottom: 1px solid #ddd;
124 }
125
126 body hr:before {
127   display: table;
128   content: "";
129 }
130
131 body hr:after {
132   display: table;
133   clear: both;
134   content: "";
135 }
136
137 body h1,
138 body h2,
139 body h3,
140 body h4,
141 body h5,
142 body h6 {
143   margin-top: 15px;
144   margin-bottom: 15px;
145   line-height: 1.1;
146 }
147
148 body h1 {
149   font-size: 30px;
150 }
151
152 body h2 {
153   font-size: 21px;
154 }
155
156 body h3 {
157   font-size: 16px;
158 }
159
160 body h4 {
161   font-size: 14px;
162 }
163
164 body h5 {
165   font-size: 12px;
166 }
167
168 body h6 {
169   font-size: 11px;
170 }
171
172 body blockquote {
173   margin: 0;
174 }
175
176 body ul,
177 body ol {
178   padding: 0;
179   margin-top: 0;
180   margin-bottom: 0;
181 }
182
183 body ol ol,
184 body ul ol {
185   list-style-type: lower-roman;
186 }
187
188 body ul ul ol,
189 body ul ol ol,
190 body ol ul ol,
191 body ol ol ol {
192   list-style-type: lower-alpha;
193 }
194
195 body dd {
196   margin-left: 0;
197 }
198
199 body code {
200   font-family: Consolas, "Liberation Mono", Menlo, Courier, monospace;
201   font-size: 12px;
202 }
203
204 body pre {
205   margin-top: 0;
206   margin-bottom: 0;
207   font: 12px Consolas, "Liberation Mono", Menlo, Courier, monospace;
208 }
209
210 body .select::-ms-expand {
211   opacity: 0;
212 }
213
214 body .octicon {
215   font: normal normal normal 16px/1 octicons-link;
216   display: inline-block;
217   text-decoration: none;
218   text-rendering: auto;
219   -webkit-font-smoothing: antialiased;
220   -moz-osx-font-smoothing: grayscale;
221   -webkit-user-select: none;
222   -moz-user-select: none;
223   -ms-user-select: none;
224   user-select: none;
225 }
226
227 body .octicon-link:before {
228   content: '\f05c';
229 }
230
231 body:before {
232   display: table;
233   content: "";
234 }
235
236 body:after {
237   display: table;
238   clear: both;
239   content: "";
240 }
241
242 body>*:first-child {
243   margin-top: 0 !important;
244 }
245
246 body>*:last-child {
247   margin-bottom: 0 !important;
248 }
249
250 body a:not([href]) {
251   color: inherit;
252   text-decoration: none;
253 }
254
255 body .anchor {
256   display: inline-block;
257   padding-right: 2px;
258   margin-left: -18px;
259 }
260
261 body .anchor:focus {
262   outline: none;
263 }
264
265 body h1,
266 body h2,
267 body h3,
268 body h4,
269 body h5,
270 body h6 {
271   margin-top: 1em;
272   margin-bottom: 16px;
273   font-weight: bold;
274   line-height: 1.4;
275 }
276
277 body h1 .octicon-link,
278 body h2 .octicon-link,
279 body h3 .octicon-link,
280 body h4 .octicon-link,
281 body h5 .octicon-link,
282 body h6 .octicon-link {
283   color: #000;
284   vertical-align: middle;
285   visibility: hidden;
286 }
287
288 body h1:hover .anchor,
289 body h2:hover .anchor,
290 body h3:hover .anchor,
291 body h4:hover .anchor,
292 body h5:hover .anchor,
293 body h6:hover .anchor {
294   text-decoration: none;
295 }
296
297 body h1:hover .anchor .octicon-link,
298 body h2:hover .anchor .octicon-link,
299 body h3:hover .anchor .octicon-link,
300 body h4:hover .anchor .octicon-link,
301 body h5:hover .anchor .octicon-link,
302 body h6:hover .anchor .octicon-link {
303   visibility: visible;
304 }
305
306 body h1 {
307   padding-bottom: 0.3em;
308   font-size: 1.75em;
309   line-height: 1.2;
310 }
311
312 body h1 .anchor {
313   line-height: 1;
314 }
315
316 body h2 {
317   padding-bottom: 0.3em;
318   font-size: 1.5em;
319   line-height: 1.225;
320 }
321
322 body h2 .anchor {
323   line-height: 1;
324 }
325
326 body h3 {
327   font-size: 1.25em;
328   line-height: 1.43;
329 }
330
331 body h3 .anchor {
332   line-height: 1.2;
333 }
334
335 body h4 {
336   font-size: 1em;
337 }
338
339 body h4 .anchor {
340   line-height: 1.2;
341 }
342
343 body h5 {
344   font-size: 1em;
345 }
346
347 body h5 .anchor {
348   line-height: 1.1;
349 }
350
351 body h6 {
352   font-size: 1em;
353   color: #777;
354 }
355
356 body h6 .anchor {
357   line-height: 1.1;
358 }
359
360 body p,
361 body blockquote,
362 body ul,
363 body ol,
364 body dl,
365 body table,
366 body pre {
367   margin-top: 0;
368   margin-bottom: 16px;
369 }
370
371 body hr {
372   height: 4px;
373   padding: 0;
374   margin: 16px 0;
375   background-color: #e7e7e7;
376   border: 0 none;
377 }
378
379 body ul,
380 body ol {
381   padding-left: 2em;
382 }
383
384 body ul ul,
385 body ul ol,
386 body ol ol,
387 body ol ul {
388   margin-top: 0;
389   margin-bottom: 0;
390 }
391
392 body li>p {
393   margin-top: 16px;
394 }
395
396 body dl {
397   padding: 0;
398 }
399
400 body dl dt {
401   padding: 0;
402   margin-top: 16px;
403   font-size: 1em;
404   font-style: italic;
405   font-weight: bold;
406 }
407
408 body dl dd {
409   padding: 0 16px;
410   margin-bottom: 16px;
411 }
412
413 body blockquote {
414   padding: 0 15px;
415   color: #777;
416   border-left: 4px solid #ddd;
417 }
418
419 body blockquote>:first-child {
420   margin-top: 0;
421 }
422
423 body blockquote>:last-child {
424   margin-bottom: 0;
425 }
426
427 body table {
428   display: block;
429   width: 100%;
430   overflow: auto;
431   word-break: normal;
432   word-break: keep-all;
433 }
434
435 body table th {
436   font-weight: bold;
437 }
438
439 body table th,
440 body table td {
441   padding: 6px 13px;
442   border: 1px solid #ddd;
443 }
444
445 body table tr {
446   background-color: #fff;
447   border-top: 1px solid #ccc;
448 }
449
450 body table tr:nth-child(2n) {
451   background-color: #f8f8f8;
452 }
453
454 body img {
455   max-width: 100%;
456   box-sizing: content-box;
457   background-color: #fff;
458 }
459
460 body code {
461   padding: 0;
462   padding-top: 0;
463   padding-bottom: 0;
464   margin: 0;
465   font-size: 85%;
466   background-color: rgba(0,0,0,0.04);
467   border-radius: 3px;
468 }
469
470 body code:before,
471 body code:after {
472   letter-spacing: -0.2em;
473   content: "\00a0";
474 }
475
476 body pre>code {
477   padding: 0;
478   margin: 0;
479   font-size: 100%;
480   word-break: normal;
481   white-space: pre;
482   background: transparent;
483   border: 0;
484 }
485
486 body .highlight {
487   margin-bottom: 16px;
488 }
489
490 body .highlight pre,
491 body pre {
492   padding: 16px;
493   overflow: auto;
494   font-size: 85%;
495   line-height: 1.45;
496   background-color: #f7f7f7;
497   border-radius: 3px;
498 }
499
500 body .highlight pre {
501   margin-bottom: 0;
502   word-break: normal;
503 }
504
505 body pre {
506   word-wrap: normal;
507 }
508
509 body pre code {
510   display: inline;
511   max-width: initial;
512   padding: 0;
513   margin: 0;
514   overflow: initial;
515   line-height: inherit;
516   word-wrap: normal;
517   background-color: transparent;
518   border: 0;
519 }
520
521 body pre code:before,
522 body pre code:after {
523   content: normal;
524 }
525
526 body kbd {
527   display: inline-block;
528   padding: 3px 5px;
529   font-size: 11px;
530   line-height: 10px;
531   color: #555;
532   vertical-align: middle;
533   background-color: #fcfcfc;
534   border: solid 1px #ccc;
535   border-bottom-color: #bbb;
536   border-radius: 3px;
537   box-shadow: inset 0 -1px 0 #bbb;
538 }
539
540 body .pl-c {
541   color: #969896;
542 }
543
544 body .pl-c1,
545 body .pl-s .pl-v {
546   color: #0086b3;
547 }
548
549 body .pl-e,
550 body .pl-en {
551   color: #795da3;
552 }
553
554 body .pl-s .pl-s1,
555 body .pl-smi {
556   color: #333;
557 }
558
559 body .pl-ent {
560   color: #63a35c;
561 }
562
563 body .pl-k {
564   color: #a71d5d;
565 }
566
567 body .pl-pds,
568 body .pl-s,
569 body .pl-s .pl-pse .pl-s1,
570 body .pl-sr,
571 body .pl-sr .pl-cce,
572 body .pl-sr .pl-sra,
573 body .pl-sr .pl-sre {
574   color: #183691;
575 }
576
577 body .pl-v {
578   color: #ed6a43;
579 }
580
581 body .pl-id {
582   color: #b52a1d;
583 }
584
585 body .pl-ii {
586   background-color: #b52a1d;
587   color: #f8f8f8;
588 }
589
590 body .pl-sr .pl-cce {
591   color: #63a35c;
592   font-weight: bold;
593 }
594
595 body .pl-ml {
596   color: #693a17;
597 }
598
599 body .pl-mh,
600 body .pl-mh .pl-en,
601 body .pl-ms {
602   color: #1d3e81;
603   font-weight: bold;
604 }
605
606 body .pl-mq {
607   color: #008080;
608 }
609
610 body .pl-mi {
611   color: #333;
612   font-style: italic;
613 }
614
615 body .pl-mb {
616   color: #333;
617   font-weight: bold;
618 }
619
620 body .pl-md {
621   background-color: #ffecec;
622   color: #bd2c00;
623 }
624
625 body .pl-mi1 {
626   background-color: #eaffea;
627   color: #55a532;
628 }
629
630 body .pl-mdr {
631   color: #795da3;
632   font-weight: bold;
633 }
634
635 body .pl-mo {
636   color: #1d3e81;
637 }
638
639 body kbd {
640   display: inline-block;
641   padding: 3px 5px;
642   font: 11px Consolas, "Liberation Mono", Menlo, Courier, monospace;
643   line-height: 10px;
644   color: #555;
645   vertical-align: middle;
646   background-color: #fcfcfc;
647   border: solid 1px #ccc;
648   border-bottom-color: #bbb;
649   border-radius: 3px;
650   box-shadow: inset 0 -1px 0 #bbb;
651 }
652
653 body .task-list-item {
654   list-style-type: none;
655 }
656
657 body .task-list-item+.task-list-item {
658   margin-top: 3px;
659 }
660
661 body .task-list-item input {
662   margin: 0 0.35em 0.25em -1.6em;
663   vertical-align: middle;
664 }
665
666 body :checked+.radio-label {
667   z-index: 1;
668   position: relative;
669   border-color: #4078c0;
670 }
671 </style>
672 </head>
673   <body>
674 <ul>
675 <li><a href="#objectives">Objectives</a></li>
676 <li><a href="#tldr">tl;dr</a></li>
677 </ul>
678 <h1 id="making-a-jalview-release"><a href="#making-a-jalview-release" name="making-a-jalview-release" class="anchor"><span class="octicon octicon-link"></span>Making a Jalview release</a></h1>
679 <h2 id="objectives"><a href="#objectives" name="objectives" class="anchor"><span class="octicon octicon-link"></span>Objectives</a></h2>
680 <p>1 Update the release getdown channel
681 2 Update single executable jar
682 3 Update installer
683 4 Update web site with release notes
684 5 Update Conda recipe
685 6 Update Homebrew
686 7 Update JalviewJS</p>
687 <h2 id="tldr"><a href="#tldr" name="tldr" class="anchor"><span class="octicon octicon-link"></span>tl;dr</a></h2>
688 <p><code>OSX_SIGNING=yes KEYPASS=MYSECRETKEY gradle -POSX_KEYPASS=true -POSX_KEYSTORE=/Users/jbb/buildtools/private/sourceofpain.p12 -PJSIGN_SH=&quot;/Users/jbb/buildtools/jsign.sh&quot; -Pinstall4j_verbose=true -PJAVA_VERSION=1.8 -PCHANNEL=RELEASE -PVERSION=W.X.Y.Z getdown installers shadowJar</code>
689 <code>codesign -s &quot;MY Apple Dev Name&quot; build/install4j/1.8/Jalview-DEVELOPMENT-macos-java_8.dmg</code></p>
690
691   </body>
692 </html>