examples-jbake/assets/javascript/jalview.js

   1 /**
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19
  20 // default console to report messages
  21 var _console = document.getElementById("stdout");
  22 var _jvapps = new Array();
  23 // jvjmols is a list associating a jmol id to { modelstofiles }
  24 var _jvjmols = new Hashtable();
  25 // array of model names used to lookup index in Jmol
  26 var _modeltofiles = new Array();
  27 // counter for jmol structures
  28 var mnum = 1;
  29
  30 function getDocumentBase() {
  31         var dburi = document.baseURI;
  32         // IE does not support document.baseURI
  33         // logic from patch to TYPO3:
  34         // http://forge.typo3.org/projects/typo3cms-core/repository/revisions/f61358afad28adb6dcaeb270ba480e998dfb0b79/diff/typo3/sysext/rtehtmlarea/htmlarea/htmlarea.js
  35         if (!dburi) {
  36                 var baseTags = document.getElementsByTagName('base');
  37                 if (baseTags.length > 0) {
  38                         dburi = baseTags[0].href;
  39                 } else {
  40                         dburi = document.URL;
  41                 }
  42         }
  43         return dburi.substring(0, dburi.lastIndexOf("/") + 1);
  44 }
  45 function setConsole(console) {
  46         _console = console;
  47 }
  48
  49 function getDestinationFrms(source, frames) {
  50         var frms = new Array();
  51         var frid = "";
  52         for (frm in frames) {
  53                 try {
  54                         frid = (source!=null) && (("" + source.getSequenceSetId()) == ("" + frames[frm].currentAlignFrame
  55                                         .getSequenceSetId()));
  56                 } catch (q) {
  57                 };
  58
  59                 if (!frames[frm].equals(source) && !frid
  60                                 && !frames[frm].currentAlignFrame.equals(source)) {
  61                         frms[frms.length] = frames[frm];
  62                 }
  63         }
  64         return frms;
  65 }
  66
  67 function mouseover(list1, list2, list3, list4) {
  68         // list1 = new Object(list1);
  69         var list = new Array(("" + list1), ("" + list2), ("" + list3), ("" + list4));
  70         var msg = "Mouse over :\n" + "AlignFrame obj: " + list1 + " Seq : "
  71                         + list[1] + "\nPos: " + list[2] + "(" + list[3] + ")\n";
  72
  73         var flist = getDestinationFrms(list1, _jvapps);
  74         if (_console) {
  75                 _console.value = msg + "\n";
  76         }
  77
  78         for (follower in flist) {
  79                 if (_console) {
  80                         _console.value += "Sending to " + flist[follower] + "\n";
  81                 }
  82                 flist[follower].highlight(list[1], list[2], "true");
  83         }
  84         return true;
  85 }
  86
  87 function sellist(list1, list2, list3, list4) {
  88         // list1 = new Object(list1);
  89         var list = new Array(("" + list1), ("" + list2), ("" + list3), ("" + list4));
  90         var msg = "Selection:\n" + "AlignFrame obj: " + list[0] + " id : "
  91                         + list[1] + "\nSeqs " + list[2] + "\nColumns " + list[3] + "\n";
  92         var flist = getDestinationFrms(list1, _jvapps);
  93         if (_console) {
  94                 _console.value = msg + "\n";
  95         }
  96
  97         for (follower in flist) {
  98                 if (_console) {
  99                         _console.value += "Sending to " + flist[follower] + "\n";
 100                 }
 101                 flist[follower].selectIn(flist[follower].getDefaultTargetFrame(),
 102                                 list[2], list[3])
 103         }
 104         return true;
 105 }
 106
 107 function viewlist(list1, list2, list3, list4) {
 108         // list1 = new Object(list1);
 109         var list = new Array(("" + list1), ("" + list2), ("" + list3), ("" + list4));
 110         var msg = "Viewport extent change::\n" + "AlignFrame obj: " + list[0]
 111                         + " id : " + list[1] + "\nRow from " + list[2] + " and to "
 112                         + list[3] + "\nVisible columns: " + list[4] + "\n";
 113         var flist = getDestinationFrms(list1, _jvapps);
 114         if (_console) {
 115                 _console.value = msg + "\n";
 116         }
 117
 118         for (follower in flist) {
 119                 if (_console) {
 120                         _console.value += "Sending to " + flist[follower] + "\n";
 121                 }
 122                 flist[follower].scrollToViewIn(flist[follower].getDefaultTargetFrame(),
 123                                 list[2], "-1");
 124         }
 125         return true;
 126 }
 127
 128 // register a jalview applet and add some handlers to it
 129 // jmolView is a reference to a jmol applet that is displaying the PDB files listed (in order) in the modeltofiles Array
 130 function linkJvJmol(applet, jmolView, modeltofiles) {
 131         var i = _jvapps.length;
 132         while (i--) {
 133                 if (_jvapps[i].equals(applet)) {
 134                         throw ("Ignoring additional linkJvJmol call for "
 135                                         + applet.getName() + ".");
 136                 }
 137         }
 138         _jvapps[_jvapps.length] = applet;
 139         applet.setMouseoverListener("mouseover");
 140         applet.setSelectionListener("sellist");
 141         // viewListener not fully implemented in 2.7
 142         // try { applet.setViewListener("viewlist"); } catch (err) {};
 143         if (jmolView)
 144         {
 145                 var sep = applet.getSeparator();
 146                 var oldjm=jmolView;
 147                 // recover full id of Jmol applet
 148                 jmolView=_jmolGetApplet(jmolView).id;
 149                 var jmbinding=_jvjmols.get(jmolView);
 150                 if (!jmbinding)
 151                 {
 152                         jmbinding=new Object();
 153                         jmbinding._modelstofiles=new Array();
 154                         jmbinding._fullmpath=new Array();
 155                         jmbinding._filetonum=new Hashtable();
 156                         jmbinding._jmol=jmolView;
 157                         jmbinding._jmhandle=oldjm;
 158                         _jvjmols.put(jmolView,jmbinding);
 159                 }
 160
 161                 jmbinding._modelstofiles=jmbinding._modelstofiles.concat(jmbinding._modelstofiles,modeltofiles);
 162                 jmbinding._jmol=jmolView;
 163                 // now update structureListener list
 164                 mtf="";
 165                 var dbase = getDocumentBase();
 166                 for (m in jmbinding._modelstofiles)
 167                 { if (m>0) { mtf+=sep; }
 168                 mtf+=jmbinding._modelstofiles[m];
 169                 if (jmbinding._modelstofiles[m].indexOf("//")==-1)
 170                         { jmbinding._fullmpath[m] = dbase+((jmbinding._modelstofiles[m].indexOf("/")==0) ? jmbinding._modelstofiles[m].substring(1) : jmbinding._modelstofiles[m]); }
 171                   jmbinding._filetonum.put(jmbinding._modelstofiles[m], m+1);
 172                   jmbinding._filetonum.put(jmbinding._fullmpath[m], m+1);
 173
 174                   }
 175                 applet.setStructureListener("_structure", mtf);
 176         }
 177 }
 178
 179 /*function _addJmolModel(jmolid, modelname) {
 180         modelname=""+modelname;
 181         var jminf = _jvjmols[jmolid];
 182         if (!jminf) {
 183                 jminf = new Object();
 184                 jminf._modelstofiles = new Array(); //new Hashtable();
 185                 jminf._jmol = jmolid;
 186                 jminf._modellist=new Array();
 187                 _jvjmols[jmolid] = jminf;
 188         }
 189         var obj = new Object();
 190         jminf._modeltofiles[modelname] = obj; // .put(modelname, obj);
 191         obj.id = modelname;
 192         obj.mnum = jminf._modeltofiles.length;
 193         jminf._modellist+=modelname;
 194 }*/
 195
 196
 197
 198 // jmol Jalview Methods
 199
 200 function _structure(list1, list2, list3, list4) {
 201         var follower;
 202         // if (_console) { if (!_console.value) { _console.value="";} }
 203         if (list1 == "mouseover") {
 204                 var list = new Array(("" + list1), ("" + list2), ("" + list3),
 205                                 ("" + list4));
 206                 // 1 is pdb file, 2 is residue number, 3 is chain
 207                 // list1 = new Object(list1);
 208                 var base = list[1].indexOf(getDocumentBase()); // .indexOf(_path);
 209                 if (base==0) { base = getDocumentBase(); }
 210                 var sid = list[1]; // .substring(base);
 211                 base = list[1].substring(0, base);
 212                 if (_console) {
 213                         _console.value += "Model is " + list[1] + ", Structure id is : "
 214                                         + sid + "\n";
 215                 }
 216                 ;
 217                 var siddat;
 218                 for ( var jmolappi in _jvjmols.values()) {
 219                         var jmolapp=_jvjmols.values()[jmolappi];
 220                         var msg = "";
 221                         if (siddat = jmolapp._filetonum.get(sid)) {
 222                                 // we don't putin chain number because there isn't one ?
 223                                 // skip select 0 bit
 224                                 var ch = ""+list[3];
 225                                 if ((""+list[2]).trim().length==1)
 226                                         {
 227                                         ch+=":"+list[2];
 228                                         }
 229                                 msg = "select (" + ch + " /" + siddat + ") ;";
 230                         }
 231                         if (msg) {
 232                                 if (_console) {
 233                                         _console.value += "Sending '" + msg + "' to jmol." + "\n";
 234                                 }
 235                         }
 236                         jmolScriptWait(msg, "" + jmolapp._jmhandle);
 237                         // only do highlight for one jmol ?
 238                         // return 1;
 239                 }
 240         }
 241         if (list1 == "colourstruct") {
 242                 if (_console) {
 243                         _console.value += 'colourStruct("' + list1 + '","' + list2
 244                         + '") [' + list4 + ']' + "\n";
 245                 }
 246                 setTimeout('colourStruct("'+list4+'","' + list1 + '","' + list2 + '")', 1);
 247                 return 1;
 248         }
 249         return 1;
 250 }
 251 // last colour message
 252 var _lastMsg = "";
 253 // indicator - if _colourStruct==0 then no colouring is going on
 254 var _colourStruct = 0;
 255
 256 function colourStruct(involves, msg, handle) {
 257         if (_colourStruct == 0) {
 258                 _colourStruct = 1;
 259                 for (ap in _jvapps) {
 260                         var _msg = "";
 261                         do {
 262                                 if (_msg.match(/\S/)) {
 263                                         _lastMsg += _msg;
 264                                 }
 265                                 _msg = "" + _jvapps[ap].getJsMessage(msg, handle);
 266                         } while (_msg.match(/\S/));
 267                 }
 268                 // locate the jmol that should get the message
 269                 for (var jmol in _jvjmols.values())
 270                         {
 271                         var jml=_jvjmols.values()[jmol];
 272                         if (jml._filetonum.get(involves))
 273                                 {
 274                                         colourStructs(jml._jmhandle);
 275                                 }
 276                         }
 277                 _colourStruct = 0;
 278         } else {
 279                 // setTimeout('colourStruct("'+msg+'","'+handle+'")',3);
 280         }
 281 }
 282
 283 function colourStructs(jmolapp) {
 284         dbg(0, "Colouring the structures\n");
 285         jmolScriptWait("set selectionhalos false;" + _lastMsg
 286                         + "; select 0; set selectionhalos true;", jmolapp);
 287         _lastMsg = "";
 288 }
 289 var _jmolhovermsg="";
 290 function _jmolhover(jmid, atomlabel, atomidx) {
 291         var msg=""+jmid+" "+atomlabel+" "+atomidx;
 292         if (_jmolhovermsg==msg)
 293                 {
 294                 return;
 295                 }
 296         _jmolhovermsg=msg;
 297         modeltofiles = _jvjmols.get(jmid)._modelstofiles;
 298         // atomlabel=(""+atomlabel).match(/\[(.+)\](\d+):(.)\.(\S+)\s*\/(\d+)\..+/);
 299         // relaxed third parameter - may be null or a model number for multi model
 300         // views
 301         atomlabel = ("" + atomlabel)
 302                         .match(/\[(.+)\](\d+):(.)\.([^\/]+)(\/\d+\.|).+/);
 303         atomidx = "" + atomidx;
 304         if (atomlabel[5]) {
 305                 atomlabel[5] = atomlabel[5].match(/\/(.+)\./)[1];
 306                 atomlabel[5] = parseInt(atomlabel[5])-1;
 307         } else {
 308                 // default - first model
 309                 atomlabel[5] = 0;
 310         }
 311         // use atomlabel[5] to look up model filename so we can highlight associated positions in any jalviews
 312         for (ap in _jvapps) {
 313                 _jvapps[ap].mouseOverStructure(atomlabel[2], atomlabel[3],
 314                                 getDocumentBase()
 315                                                 + "/" +
 316                                                 modeltofiles[atomlabel[5]]);
 317                 msg = _jmolhovermsg;
 318         }
 319 }
 320 function _jmolpick(jmid, atomlabel, atomidx) {
 321         atomlabel = "" + atomlabel;
 322         atomidx = "" + atomidx;
 323         // label is atom id, atom number, and xyz coordinates in the form:
 324         // C6 #6 -0.30683374 -1.6836332 -0.716934
 325         // atom index, starting with 0.
 326
 327 }
 328 function _jmolMessagecallback(jmid, statmess) {
 329         // if (statmess.indexOf("Script Terminated")==0)
 330         {
 331                 var thisTime = new Date();
 332                 if (_console) {
 333                         _console.value += "Last script execution took : "
 334                                         + (thisTime.valueOf() - _lastTime.valueOf()) / 1000.0
 335                                         + " seconds.";
 336                 }
 337                 _lastTime = thisTime;
 338
 339         }
 340 }