examples/embedded.html

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   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  21 <div id="view_decorated" name="view_decorated"  style="margin:8px; padding:10px; border: 2px solid red; text-align:center; display:none;"><b>Click <a href="index.html#embedded"> here</a> to view decorated page</b></div>
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  23 <!-- boiler plate link to alternate demopage -->
  24 <div style="width: 100%">
  25 <div style="width:35%; align:left; float:right;">
  26 <div style="margin:8px; padding:10px; border: 2px solid black; align: left;">
  27 <p>Quick Links to jars for example:<br/><a href="jalviewApplet.jar">jalviewApplet.jar</a> and <a href="JmolApplet-14.2.14_2015.06.11.jar">JmolApplet.jar</a>
  28 </p></div>
  29 </div>
  30 </div>
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  32 <!-- content template start -->
  33 <h2>Embedded viewing of Alignments</h2>
  34 <p>The alignment below was generated from the following files:
  35   <ul>
  36     <li><a href="plantfdx.fa">plantfdx.fa</a> - Alignment file in
  37       FASTA format</li>
  38     <li><a href="plantfdx.features">plantfdx.features</a> - Jalview
  39       Format Sequence Features file</li>
  40     <li><a href="plantfdx.annotations">plantfdx.annotations</a> -
  41       Jalview Alignment Annotations File</li>
  42   </ul>
  43   <applet
  44    code="jalview.bin.JalviewLite" width="756" height="560"
  45    archive="jalviewApplet.jar,JmolApplet-14.2.14_2015.06.11.jar">
  46 <param name="permissions" value="sandbox"/>
  47 <param name="file" value="plantfdx.fa"/>
  48 <param name="features" value="plantfdx.features"/>
  49 <param name="userDefinedColour" value="C=yellow; R,K,H=FF5555; D,E=5555FF"/>
  50 <param name="showFullId" value="false"/>
  51 <param name="embedded" value="true"/>
  52    <param name="linkLabel_1" value="Uniprot"/>
  53    <param name="linkUrl_1"
  54      value="http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$"/>
  55    <param name="linkLabel_2" value="EMBL-EBI Search"/>
  56    <param name="linkUrl_2"
  57      value="http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"/>
  58    <param name="APPLICATION_URL"
  59      value="http://www.jalview.org/services/launchApp"/>
  60 </applet>
  61 </p>
  62 <!-- content template end -->