examples/embeddedWJmol.html

   1 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   4  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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  16  *
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  18 -->
  19 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
  20 <head>
  21 <TITLE>Embedded JalviewLite talking to externally managed Jmol</TITLE>
  22 <script>
  23 <!--//--><![CDATA[//><!--
  24 var _gaq = _gaq || [];_gaq.push(["_setAccount", "UA-9060947-1"]);_gaq.push(["_trackPageview"]);(function() {var ga = document.createElement("script");ga.type = "text/javascript";ga.async = true;ga.src = ("https:" == document.location.protocol ? "https://ssl" : "http://www") + ".google-analytics.com/ga.js";var s = document.getElementsByTagName("script")[0];s.parentNode.insertBefore(ga, s);})();
  25 //--><!]]>
  26 </script>
  27 <script src="javascript/deployJava.js"></script>
  28 <script src="jmol/Jmol.js"></script>
  29 <script src="javascript/jquery-1.4.4.min.js"></script>
  30 <script src="javascript/jquery.timer.js"></script>
  31 <script src="javascript/jquery.blockUI.js"></script>
  32 <script src="javascript/jshashtable-2.1.js" language="javascript"></script>
  33 <!-- <script src="archive-min.js" language="javascript"></script>
  34 -->
  35 <script src="javascript/jalview.js" language="javascript"></script>
  36 <script language="JavaScript">
  37 // instead of this, we use a custom JmolApplet spec
  38 // jmolInitialize('jmol');
  39 jmolInitialize("","JmolApplet-12.2.4.jar");
  40 function genHref()
  41 {
  42  var s1 = "ml:i@midd..", s2 = "atelcpoueau", s3 = "iomyob.neck", href="";
  43  for(i=0; i<11; i++)
  44  { href = href + s1.charAt(i) + s2.charAt(i) + s3.charAt(i);
  45  }
  46  window.location=href;
  47 }
  48 </script>
  49 <script>
  50  var loglevel=1;
  51  function dbg(lvl,string) {
  52   if (_console && lvl<=loglevel) {_console.value += string + "\n";}
  53  }
  54  var _lastTime=new Date();
  55  var _path;
  56  var _datazip;
  57  var _zip;
  58  var alignA;
  59  var alignB;
  60  var featuresA;
  61  var featuresB;
  62  var pairs;
  63  var atompairs;
  64  var structdata;
  65  var jmolview;
  66  var jvstructassoc;
  67  var modeltofiles = new Array();
  68
  69  function lJvA() {
  70   jvfollower = document.getElementById("jvA");
  71   setConsole(document.getElementById("stdout"));
  72
  73   sep = jvfollower.getSeparator();
  74   //jvapp.setSeparator(""+jvapp.getSeparator());
  75   linkJvJmol(jvfollower, "jmolView", modeltofiles);
  76  };
  77
  78  var _jvA=new Object();
  79  _jvA.attributes = {
  80   code : 'jalview.bin.JalviewLite',
  81   archive : 'jalviewApplet.jar',
  82   width : '500',
  83   height : '350',
  84   mayscript : 'True',
  85   scriptable: 'True',
  86   id : 'jvA'
  87  };
  88  _jvA.parameters = {
  89    java_arguments : "-Xmx256m",
  90   externalstructureviewer : "true",
  91    oninit : "lJvA",
  92   automaticScrolling : "true",
  93 //  <!-- defaultColour : "Strand Propensity", -->
  94   file : "uniref50_mz.fa",
  95
  96   relaxedidmatch : "true",
  97   debug : "true",
  98   wrap : "false",
  99   // separator : "^",
 100   showAnnotation : "false",
 101   embedded : "true",
 102   showFullId : "false",
 103   RGB : "F2F2FF",
 104   linkLabel_1 : "SRS",
 105   linkUrl_1 : "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]+-vn+2"
 106   ,
 107   linkLabel_2 : "Uniprot"
 108   ,
 109   linkUrl_2 : "http://us.expasy.org/cgi-bin/niceprot.pl?$SEQUENCE_ID$",
 110   APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp",
 111   PDBfile : "1gaq.txt FER1_MAIZE",
 112   permissions : "sandbox"
 113  };
 114  jmolSetCallback("hoverCallback","_jmolhover");
 115   jmolSetCallback("pickCallback","_jmolpick");
 116   modeltofiles+="1gaq.txt";
 117 </script>
 118 <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
 119
 120  <link href="css/reset.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
 121  <link href="css/style.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
 122
 123   <!--[if IE 6]>
 124  <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie6.css" />
 125 <![endif]-->
 126
 127 <!--[if IE 7]>
 128  <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie7.css" />
 129 <![endif]-->
 130
 131 <!-- dd menu -->
 132 <script type="text/javascript">
 133 <!--
 134 var timeout         = 500;
 135 var closetimer  = 0;
 136 var ddmenuitem      = 0;
 137
 138 // open hidden layer
 139 function mopen(id)
 140 {
 141  // cancel close timer
 142  mcancelclosetime();
 143
 144  // close old layer
 145  if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
 146
 147  // get new layer and show it
 148  ddmenuitem = document.getElementById(id);
 149  ddmenuitem.style.visibility = 'visible';
 150
 151 }
 152 // close showed layer
 153 function mclose()
 154 {
 155  if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
 156 }
 157
 158 // go close timer
 159 function mclosetime()
 160 {
 161  closetimer = window.setTimeout(mclose, timeout);
 162 }
 163
 164 // cancel close timer
 165 function mcancelclosetime()
 166 {
 167  if(closetimer)
 168  {
 169   window.clearTimeout(closetimer);
 170   closetimer = null;
 171  }
 172 }
 173
 174 // close layer when click-out
 175 document.onclick = mclose;
 176 // -->
 177 </script>
 178
 179 </head>
 180
 181
 182 <body>
 183
 184
 185 <div id="header">
 186 <div id="logo"><a href="http://www.jalview.org" title="Home"></a></div>
 187 <ul id="buttons">
 188 <li id="applet"><a href="applets.html" title="applet"></a></li>
 189 <li id="desktop"><a href="../webstart/jalview.jnlp" title="desktop"></a></li>
 190 </ul>
 191 </div>
 192
 193
 194 <div id ="nav">
 195 <div id="navInner">
 196
 197 <ul id="sddm">
 198  <li><a href="http://www.jalview.org">Home</a></li>
 199  <li><a href="http://www.jalview.org/about" onmouseover="mopen('m1')" onmouseout="mclosetime()">About</a>
 200   <div id="m1" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 201   <a href="http://www.jalview.org/about/documentation">Documentation</a>
 202   <a href="http://www.jalview.org/about/citation">Publications</a>
 203   <a href="http://www.jalview.org/about/credits">Credits</a>
 204   </div>
 205  </li>
 206  <li><a href="http://www.jalview.org/faq">FAQ</a></li>
 207  <li><a href="http://www.jalview.org/community" onmouseover="mopen('m3')" onmouseout="mclosetime()" class="community">Community</a>
 208   <div id="m3" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 209   <a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-announce">News Mailing List</a>
 210   <a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-discuss">Discussion Mailing List</a>
 211   <a href="http://www.jalview.org/community/links">Links</a>
 212   <a href="http://www.jalview.org/community/community-news">Community News</a>
 213   </div>
 214  </li>
 215  <li><a href="http://www.jalview.org/development" onmouseover="mopen('m4')" onmouseout="mclosetime()" class="development">Development</a>
 216   <div id="m4" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 217   <a href="http://www.jalview.org/development/release-history">Release History</a>
 218   <a href="http://issues.jalview.org">Jalview Bug Tracker</a>
 219   <a href="http://source.jalview.org/gitweb/">Jalview Git Web</a>
 220   <a href="http://www.jalview.org/development/development-news">Development News</a>
 221   </div>
 222  </li>
 223  <li><a href="http://www.jalview.org/training" onmouseover="mopen('m5')" onmouseout="mclosetime()" class="training">Training</a>
 224   <div id="m5" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 225   <a href="http://www.jalview.org/training/training-courses">Training Courses</a>
 226   <a href="http://www.jalview.org/training/training-news">Training News</a>
 227   </div>
 228  </li>
 229  <li><a href="http://www.jalview.org/download" class="download-right">Download</a></li>
 230 </ul>
 231 <div style="clear:both"></div>
 232 </div>
 233
 234 </div>
 235
 236
 237 <div id="pageWrap">
 238
 239 <div id="sideNav">
 240 <ul>
 241 <li><a href="applets.html">JalviewLite Examples</a></li>
 242 <li><a href="appletParameters.html">Applet Parameters</a></li>
 243 <li><a href="jalviewLiteJs.html">Javascript API</a></li>
 244 <li><a href="formComplete.html">in-page API demo</a></li>
 245 <li><a href="linkedapplets_ng.html">Two JalviewLites demo</a></li>
 246 <li class="jvlite-nav-small"><a href="embeddedWJmol.html">Jalview and Jmol demo</a></li>
 247 </ul>
 248 </div>
 249
 250 <div id="content" class="content">
 251  <center>
 252     <script>
 253         jmolApplet("500x500","zap; load FILE '1gaq.txt'; frame 0; select all; wireframe off; spacefill off; cartoons; restrict; center *; set selectionhalos true;select 0","jmolView");
 254 </script>
 255   <script>
 256     deployJava.runApplet(_jvA.attributes, _jvA.parameters, '1.4');
 257     </script>
 258         </center>
 259 </div>
 260 </div>
 261 <div id ="footer">
 262 <div id="innerFooter">
 263 <div id="copyright"><p>Published under <a href="http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/">CC-SA 3.0</a></p></div>
 264 <div id="cite">
 265 <p>
 266 If you use Jalview in your work, please cite this publication:
 267 </p>
 268 <br />
 269 <p>
 270 Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
 271 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
 272 Bioinformatics 25 (9) 1189-1191 <a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp033">doi: 10.1093/bioinformatics/btp033</a>
 273 </p>
 274 </div>
 275 </div>
 276 </div>
 277 </body>
 278 </html>