examples/formComplete.html

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   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
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   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  21 <div id="view_decorated" name="view_decorated"  style="margin:8px; padding:10px; border: 2px solid red; text-align:center; display:none;"><b>Click <a href="index.html#formComplete"> here</a> to view decorated page</b></div>
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  24 <!-- boiler plate link to alternate demopage -->
  25 <div style="width: 100%">
  26 <div style="width:35%; align:left; float:right;">
  27 <div style="margin:8px; padding:10px; border: 2px solid black; align: left;">
  28 <p>Quick Links to jars for example:<br/><a href="jalviewApplet.jar">jalviewApplet.jar</a> and <a href="JmolApplet-14.2.14_2015.06.11.jar">JmolApplet.jar</a>
  29 </p></div>
  30 </div>
  31 </div>
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  33 <!-- content template start -->
  34 <h2><a href="javascript:doSubmit('jalviewLiteJs')">JalviewLite API</a> Demo</h2>
  35 <p>Using the Javascript API to fill out forms using data from JalviewLite
  36 <br/>Click the Javascript buttons below to interact with the Applet
  37 instance on the page.</p>
  38 View the source in your browser to see how it has been done. <br/>
  39 <a name="api">View the full <a href="javascript:doSubmit('jalviewLiteJs')">JalviewLite API documentation</a>.</a>
  40 <applet code="jalview.bin.JalviewLite" width="0" height="0"
  41         archive="jalviewApplet.jar,JmolApplet-14.2.14_2015.06.11.jar" name="Jalview">
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  43   <param name="file" value="plantfdx.fa"/>
  44   <param name="features" value="plantfdx.features"/>
  45   <param name="wrap" value="true"/>
  46   <param name="showAnnotation" value="false"/>
  47   <param name="windowHeight" value="500"/>
  48   <param name="windowWidth" value="650"/>
  49   <param name="showFullId" value="false"/>
  50   <param name="linkLabel_1" value="Uniprot"/>
  51   <param name="linkUrl_1"
  52          value="http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$"/>
  53   <param name="linkLabel_2" value="Expasy">
  54   <param name="linkUrl_2"
  55          value="http://us.expasy.org/cgi-bin/niceprot.pl?$SEQUENCE_ID$"/>
  56   <param name="hidefeaturegroups" value="uniprot" />
  57   <param name="showbutton" value="false" />
  58 </applet>
  59 <form name="exampleForm"><br/>
  60   <br/>
  61   <center><strong>Using the Jalview Applet for Input
  62       to an HTML Form</strong></center>
  63   <div align="center"><input type="button"
  64                              onClick="document.forms.exampleForm.exampleTextarea.value=document.applets.Jalview.getAlignment('fasta', 'false')"
  65                              value="Fill Form from Jalview" /> <br/>
  66     <br/>
  67     <textarea name="exampleTextarea" cols="55" rows="9"></textarea></div>
  68 </form>
  69 <center><strong>Make a new View and Get and Set
  70     Group Display List</strong></center>
  71 <form name="groupForm">
  72   <div align="center"><input type="button"
  73                              onClick="document.forms.groupForm.groups.value=document.applets.Jalview.getFeatureGroups()"
  74                              value="Get groups" /> <input type="button"
  75                                                           onClick="document.applets.Jalview.newView()" value="new View" /> <br/>
  76     <textarea name="groups" cols="55" rows="9"></textarea> <br/>
  77     <input type="button"
  78            onClick="document.applets.Jalview.setFeatureGroupState(document.forms.groupForm.groups.value, true)"
  79            value="Display groups" /> <input type="button"
  80                                             onClick="document.applets.Jalview.setFeatureGroupState(document.forms.groupForm.groups.value, false)"
  81                                             value="Hide groups" /></div>
  82 </form>
  83 </div>
  84 <!-- content template end -->