examples/groovy/annotationForSelectedSequence.groovy

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 // Requested by David M Garcia (v3)
  22 // very messy script to output the scores in annotation rows
  23 // for the first sequence in a selection on the topmost alignment
  24
  25 // thanks to this thread for cut'n'paste code
  26 // http://comments.gmane.org/gmane.comp.lang.groovy.user/53010
  27
  28 // Jalview issue at http://issues.jalview.org/browse/JAL-1516
  29
  30 import java.awt.datatransfer.StringSelection
  31 import static java.awt.Toolkit.*
  32
  33
  34 def curviewport = Jalview.getAlignFrames()[Jalview.getAlignFrames().length-1].getViewport();
  35
  36 // TSV output by default.
  37 // change "\t" to "," to output CSV file
  38 def sep = "\t";
  39
  40 if (curviewport.getSelectionGroup()) {
  41   // gets selection for topmost alignment
  42   def selreg = curviewport.getSelectionGroup();
  43   // get aligned positions of first sequence selected
  44   def gaps = selreg.getSequenceAt(0).gapMap();
  45   String csvfile="";
  46   String sseq=""
  47
  48   curviewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation().eachWithIndex{ aa, apos ->
  49     def count=1
  50     String csv=""
  51     gaps.eachWithIndex{col,spos -> if (col>=selreg.getStartRes() && col<=selreg.getEndRes()) {
  52       // add sequence for debugging
  53       if (count>sseq.length()) {
  54           sseq+=sep+selreg.getSequenceAt(0).getCharAt(col); count=sseq.length()+1;
  55       };
  56       // output height of histogram
  57       csv+=sep;
  58       def annot = aa.annotations[col];
  59       if (annot != null) {
  60           csv+=aa.annotations[col].value;
  61       }
  62       // Uncomment to output string shown in tooltip
  63       // csv+=sep+aa.annotations[col].description;
  64     }}
  65     if (csv.length()>0) {
  66         csvfile+=aa.label+csv+"\n"
  67     }
  68   }
  69   defaultToolkit.systemClipboard.setContents(new StringSelection(selreg.getSequenceAt(0).getName()+sseq+"\n"+csvfile), null)
  70   print "Sequence"+sseq+"\n";
  71   print csvfile;
  72   print "\nAlignment Annotation for first selected sequence copied to the clipboard.\n"
  73 } else {
  74     "Select a region in the alignment window.";
  75 }