examples/groovy/colourSchemes.groovy

   1 import java.awt.Color;
   2 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
   3 import jalview.schemes.ColourSchemes;
   4 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
   5 import jalview.datamodel.SequenceI;
   6
   7 /*
   8  * Example script that registers two new alignment colour schemes
   9  */
  10
  11 /*
  12  * Class that defines a colour scheme where odd columns are red,
  13  * even numbered columns are blue, and gaps are yellow
  14  */
  15 class Stripy extends ResidueColourScheme {
  16     Stripy() { }
  17     String getSchemeName() { "stripy" }
  18     Stripy getInstance(AnnotatedCollectionI coll, Map map) { new Stripy() }
  19     Color findColour(char res, int col, SequenceI seq)
  20     {
  21         if (res == ' ' || res == '-' || res == '.')
  22         {
  23             Color.yellow
  24          } else if (col % 2 == 0)
  25          {
  26             Color.blue
  27          } else
  28          {
  29             Color.red
  30          }
  31     }
  32 }
  33
  34 /*
  35  * Class that defines a colour scheme graduated
  36  * (approximately) by amino acid weight
  37  */
  38 class ByWeight extends ResidueColourScheme {
  39     int min = 75
  40     int max = 204
  41     ByWeight() { }
  42     boolean isPeptideSpecific() {true}
  43     String getSchemeName() { "By Weight" }
  44     ByWeight getInstance(AnnotatedCollectionI coll, Map map) { new ByWeight() }
  45     Color makeColour(int weight)
  46     {
  47       int i = 255 * (weight - min) / (max - min);
  48       new Color(i, 0, i);
  49     }
  50     Color findColour(char res, int col, SequenceI seq)
  51     {
  52         switch (res) {
  53           case ' ':
  54           case '-':
  55           case '.':
  56             Color.white
  57              break
  58           case 'A':
  59             makeColour(89)
  60             break
  61           case 'R':
  62             makeColour(174)
  63             break
  64           case 'N':
  65           case 'D':
  66           case 'B':
  67           case 'I':
  68           case 'L':
  69             makeColour(132)
  70             break
  71           case 'C':
  72             makeColour(121)
  73             break
  74           case 'Q':
  75           case 'E':
  76           case 'Z':
  77           case 'K':
  78           case 'M':
  79             makeColour(146)
  80             break
  81           case 'G':
  82             makeColour(75)
  83             break
  84           case 'H':
  85             makeColour(155)
  86             break
  87           case 'F':
  88             makeColour(165)
  89             break
  90           case 'P':
  91             makeColour(115)
  92             break
  93           case 'S':
  94             makeColour(105)
  95             break
  96           case 'T':
  97             makeColour(119)
  98             break
  99           case 'W':
 100             makeColour(204)
 101             break
 102           case 'Y':
 103             makeColour(181)
 104             break
 105           case 'V':
 106             makeColour(117)
 107             break
 108           default:
 109             makeColour(150)
 110         }
 111       }
 112 }
 113
 114 ColourSchemes.instance.registerColourScheme(new Stripy())
 115 ColourSchemes.instance.registerColourScheme(new ByWeight())