examples/groovy/iterateOverAlignments.groovy

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 import jalview.analysis.*;
  22 import jalview.datamodel.*;
  23 import jalview.gui.AlignFrame;
  24 import jalview.gui.AlignViewport;
  25
  26 def af = Jalview.getAlignFrames();
  27
  28 for (ala in af)
  29 {
  30         def al = ala.viewport.alignment;
  31         if (al!=null && al.getCodonFrames()!=null)
  32         {
  33                 al.getCodonFrames().each {
  34                         it.getdnaToProt().each {
  35                                 it2 -> println it2.fromShifts+"\n"
  36                         }
  37                 }
  38         }
  39 }
  40