examples/groovy/removeFeaturesByGroup.groovy

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 import jalview.analysis.*;
  22 import jalview.datamodel.*;
  23 import jalview.gui.AlignFrame;
  24 import jalview.gui.AlignViewport;
  25
  26 def af = Jalview.getAlignFrames();
  27
  28 def todie = "PDBFile"; // about to delete this type of group
  29 for (ala in af)
  30 {
  31         def al = ala.viewport.alignment.getDataset();
  32         if (al!=null)
  33         {
  34                 SequenceI[] seqs = al.getSequencesArray();
  35                 for (sq in seqs)
  36                 {
  37                         if (sq!=null) {
  38                                 SequenceFeature[] sf = sq.getSequenceFeatures();
  39                                 for (sfpos in sf)
  40                                 {
  41                                     if (sfpos!=null && sfpos.getFeatureGroup().equals(todie))
  42                                         {
  43                                                 sq.deleteFeature(sfpos);
  44                                         }
  45                                 }
  46                         }
  47                 }
  48         }
  49 }
  50
  51