examples/groovy/selectColumnsByFeatureAndGroup.groovy

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 import jalview.analysis.*;
  22 import jalview.datamodel.*;
  23 import jalview.gui.AlignFrame;
  24 import jalview.gui.AlignViewport;
  25 import java.util.BitSet;
  26 import javax.swing.JOptionPane;
  27 import groovy.swing.SwingBuilder;
  28 def toselect = getFeatureInput(); // change this to select the desired feature type
  29
  30 def nal=0;
  31 def nfeat=0;
  32 def nseq=0;
  33
  34 for (ala in Jalview.getAlignFrames()) {
  35   def al = ala.viewport.alignment;
  36     if (al!=null)
  37     {
  38       BitSet bs = new BitSet();
  39       SequenceI[] seqs = al.getSequencesArray();
  40       for (sq in seqs)
  41       {
  42           def tfeat=0;
  43         if (sq!=null) {
  44           SequenceFeature[] sf = sq.getSequenceFeatures();
  45           for (sfpos in sf)
  46           {
  47             if (sfpos!=null && sfpos.getType().equals(toselect))
  48             {
  49               tfeat++;
  50               int i=sq.findIndex(sfpos.getBegin());
  51               int ist=sq.findIndex(sq.getStart());
  52               if (i<ist)
  53               {
  54                 i=ist;
  55               }
  56               int j=sq.findIndex(sfpos.getEnd());
  57               if (j>al.getWidth())
  58               {
  59                 j = al.getWidth();
  60               }
  61               for (; i<=j; i++)
  62               {
  63                 bs.set(i-1);
  64               }
  65             }
  66           }
  67         }
  68         if (tfeat>0) {
  69             nseq++;
  70             nfeat+=tfeat;
  71         }
  72       }
  73       if (bs.cardinality()>0)
  74       {
  75         nal ++;
  76         ColumnSelection cs = ala.viewport.getColumnSelection();
  77         if (cs == null) {
  78           cs = new ColumnSelection();
  79         }
  80     for (int i = bs.nextSetBit(0); i >= 0; i = bs.nextSetBit(i+1)) {
  81         cs.addElement(i);
  82         }
  83       ala.viewport.setColumnSelection(cs);
  84       ala.alignPanel.paintAlignment(true);
  85       ala.statusBar.setText("Marked "+bs.cardinality()+" columns containing features of type "+toselect)
  86       } else {
  87         ala.statusBar.setText("No features of type "+toselect+" found.");
  88       }
  89     }
  90 }
  91 return "Found a total of ${nfeat} features across ${nseq} sequences in ${nal} alignments.";
  92
  93 String getFeatureInput(){
  94         def swingBuilder = new SwingBuilder();
  95         def response = JOptionPane.showInputDialog(
  96                    null, 'Select columns by feature by type','Enter type of feature', JOptionPane.OK_OPTION)
  97
  98         return response
  99     }