examples/groovy/sitesForSelectedColumns.groovy

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 // Requested by Hari Jayaram
  22 // script to output residue positions and values for selected region
  23
  24 // thanks to this thread for cut'n'paste code
  25 // http://comments.gmane.org/gmane.comp.lang.groovy.user/53010
  26
  27 // Jalview issue at http://issues.jalview.org/browse/JAL-1542
  28
  29 import java.awt.datatransfer.StringSelection
  30 import static java.awt.Toolkit.*
  31
  32 def curviewport = Jalview.getAlignFrames()[Jalview.getAlignFrames().length-1].getViewport()
  33
  34 def debug = false
  35
  36 // TSV output by default.
  37 // change "\t" to "," to output CSV file
  38 def sep = "\t"
  39 def gapChar = "-"
  40
  41 if (curviewport.getSelectionGroup()) {
  42   // gets selection for topmost alignment
  43   def selreg = curviewport.getSelectionGroup()
  44   def groupStartCol = selreg.getStartRes()
  45   def groupEndCol = selreg.getEndRes()
  46
  47     if (debug) {println "groupStartCol: " + groupStartCol + ", groupEndCol: " + groupEndCol}
  48
  49   def csv=new StringBuilder(512)
  50
  51   // for each sequence in the current selection
  52   selreg.getSequences().eachWithIndex{ seq, seqNo ->
  53     csv.append(seq.getDisplayId(false).padRight(20,' '))
  54     // get map of sequence sites to alignment positions
  55     def gaps = seq.gapMap()
  56     if (debug) {println "gaps: " + gaps}
  57
  58     // initialise loop variable to 'not quite shown first column'
  59     def lastColShown = groupStartCol-1
  60
  61     for (mapPos=0 ; ; mapPos++) {
  62         def nextResiduePos = gaps[mapPos]
  63         // skip over sites that precede selected columns
  64         if (nextResiduePos < groupStartCol) {
  65             continue;
  66         }
  67
  68         if (debug) {println "mapPos: " + mapPos + ", lastColShown: " + lastColShown + ", nextResiduePos: " + nextResiduePos + ", csv: " + csv}
  69
  70         // fill in any gaps
  71         while (lastColShown < groupEndCol && lastColShown+1 < nextResiduePos) {
  72             csv.append(sep+gapChar)
  73             lastColShown++
  74         }
  75         if (lastColShown >= groupEndCol) {
  76             break
  77         }
  78         lastColShown = nextResiduePos
  79         def residue = seq.getDatasetSequence().getCharAt(mapPos)
  80         csv.append(sep+(mapPos+1) + " (" + residue + ")")    // user output is base 1
  81     }
  82     csv.append("\n")
  83   }
  84   def result = csv.toString()
  85   defaultToolkit.systemClipboard.setContents(new StringSelection(result), null)
  86   print result
  87   println "Sites for selected region copied to the clipboard"
  88 } else {
  89     "Select a region in the alignment window."
  90 }