examples/javascript/jalview.js

   1 /**
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19
  20
  21
  22
  23
  24
  25
  26
  27
  28 // default console to report messages
  29 var _console = document.getElementById("stdout");
  30 var _jvapps = new Array();
  31 // jvjmols is a list associating a jmol id to { modelstofiles }
  32 var _jvjmols = new Hashtable();
  33 // array of model names used to lookup index in Jmol
  34 var _modeltofiles = new Array();
  35 // counter for jmol structures
  36 var mnum = 1;
  37
  38 function getDocumentBase() {
  39         var dburi = document.baseURI;
  40         // IE does not support document.baseURI
  41         // logic from patch to TYPO3:
  42         // http://forge.typo3.org/projects/typo3cms-core/repository/revisions/f61358afad28adb6dcaeb270ba480e998dfb0b79/diff/typo3/sysext/rtehtmlarea/htmlarea/htmlarea.js
  43         if (!dburi) {
  44                 var baseTags = document.getElementsByTagName('base');
  45                 if (baseTags.length > 0) {
  46                         dburi = baseTags[0].href;
  47                 } else {
  48                         dburi = document.URL;
  49                 }
  50         }
  51         return dburi.substring(0, dburi.lastIndexOf("/") + 1);
  52 }
  53 function setConsole(console) {
  54         _console = console;
  55 }
  56
  57 function getDestinationFrms(source, frames) {
  58         var frms = new Array();
  59         var frid = "";
  60         for (frm in frames) {
  61                 try {
  62                         frid = (source!=null) && (("" + source.getSequenceSetId()) == ("" + frames[frm].currentAlignFrame
  63                                         .getSequenceSetId()));
  64                 } catch (q) {
  65                 };
  66
  67                 if (!frames[frm].equals(source) && !frid
  68                                 && !frames[frm].currentAlignFrame.equals(source)) {
  69                         frms[frms.length] = frames[frm];
  70                 }
  71         }
  72         return frms;
  73 }
  74
  75 function mouseover(list1, list2, list3, list4) {
  76         // list1 = new Object(list1);
  77         var list = new Array(("" + list1), ("" + list2), ("" + list3), ("" + list4));
  78         var msg = "Mouse over :\n" + "AlignFrame obj: " + list1 + " Seq : "
  79                         + list[1] + "\nPos: " + list[2] + "(" + list[3] + ")\n";
  80
  81         var flist = getDestinationFrms(list1, _jvapps);
  82         if (_console) {
  83                 _console.value = msg + "\n";
  84         }
  85
  86         for (follower in flist) {
  87                 if (_console) {
  88                         _console.value += "Sending to " + flist[follower] + "\n";
  89                 }
  90                 flist[follower].highlight(list[1], list[2], "true");
  91         }
  92         return true;
  93 }
  94
  95 function sellist(list1, list2, list3, list4) {
  96         // list1 = new Object(list1);
  97         var list = new Array(("" + list1), ("" + list2), ("" + list3), ("" + list4));
  98         var msg = "Selection:\n" + "AlignFrame obj: " + list[0] + " id : "
  99                         + list[1] + "\nSeqs " + list[2] + "\nColumns " + list[3] + "\n";
 100         var flist = getDestinationFrms(list1, _jvapps);
 101         if (_console) {
 102                 _console.value = msg + "\n";
 103         }
 104
 105         for (follower in flist) {
 106                 if (_console) {
 107                         _console.value += "Sending to " + flist[follower] + "\n";
 108                 }
 109                 flist[follower].selectIn(flist[follower].getDefaultTargetFrame(),
 110                                 list[2], list[3])
 111         }
 112         return true;
 113 }
 114
 115 function viewlist(list1, list2, list3, list4) {
 116         // list1 = new Object(list1);
 117         var list = new Array(("" + list1), ("" + list2), ("" + list3), ("" + list4));
 118         var msg = "Viewport extent change::\n" + "AlignFrame obj: " + list[0]
 119                         + " id : " + list[1] + "\nRow from " + list[2] + " and to "
 120                         + list[3] + "\nVisible columns: " + list[4] + "\n";
 121         var flist = getDestinationFrms(list1, _jvapps);
 122         if (_console) {
 123                 _console.value = msg + "\n";
 124         }
 125
 126         for (follower in flist) {
 127                 if (_console) {
 128                         _console.value += "Sending to " + flist[follower] + "\n";
 129                 }
 130                 flist[follower].scrollToViewIn(flist[follower].getDefaultTargetFrame(),
 131                                 list[2], "-1");
 132         }
 133         return true;
 134 }
 135
 136 // register a jalview applet and add some handlers to it
 137 // jmolView is a reference to a jmol applet that is displaying the PDB files listed (in order) in the modeltofiles Array
 138 function linkJvJmol(applet, jmolView, modeltofiles) {
 139         var i = _jvapps.length;
 140         while (i--) {
 141                 if (_jvapps[i].equals(applet)) {
 142                         throw ("Ignoring additional linkJvJmol call for "
 143                                         + applet.getName() + ".");
 144                 }
 145         }
 146         _jvapps[_jvapps.length] = applet;
 147         applet.setMouseoverListener("mouseover");
 148         applet.setSelectionListener("sellist");
 149         // viewListener not fully implemented in 2.7
 150         // try { applet.setViewListener("viewlist"); } catch (err) {};
 151         if (jmolView)
 152         {
 153                 var sep = applet.getSeparator();
 154                 var oldjm=jmolView;
 155                 // recover full id of Jmol applet
 156 //              jmolView=_jmolGetApplet(jmolView).id; // Jmol 12.4
 157                 jmolView=jmolFindTarget(jmolView).id; // Jmol 14.2.14
 158                 var jmbinding=_jvjmols.get(jmolView);
 159                 if (!jmbinding)
 160                 {
 161                         jmbinding=new Object();
 162                         jmbinding._modelstofiles=new Array();
 163                         jmbinding._fullmpath=new Array();
 164                         jmbinding._filetonum=new Hashtable();
 165                         jmbinding._jmol=jmolView;
 166                         jmbinding._jmhandle=oldjm;
 167                         _jvjmols.put(jmolView,jmbinding);
 168                 }
 169
 170                 jmbinding._modelstofiles=jmbinding._modelstofiles.concat(jmbinding._modelstofiles,modeltofiles);
 171                 jmbinding._jmol=jmolView;
 172                 // now update structureListener list
 173                 mtf="";
 174                 var dbase = getDocumentBase();
 175                 for (m in jmbinding._modelstofiles)
 176                 { if (m>0) { mtf+=sep; }
 177                 mtf+=jmbinding._modelstofiles[m];
 178                 if (jmbinding._modelstofiles[m].indexOf("//")==-1)
 179                         { jmbinding._fullmpath[m] = dbase+((jmbinding._modelstofiles[m].indexOf("/")==0) ? jmbinding._modelstofiles[m].substring(1) : jmbinding._modelstofiles[m]); }
 180                   jmbinding._filetonum.put(jmbinding._modelstofiles[m], m+1);
 181                   jmbinding._filetonum.put(jmbinding._fullmpath[m], m+1);
 182
 183                   }
 184                 applet.setStructureListener("_structure", mtf);
 185         }
 186 }
 187
 188 /*function _addJmolModel(jmolid, modelname) {
 189         modelname=""+modelname;
 190         var jminf = _jvjmols[jmolid];
 191         if (!jminf) {
 192                 jminf = new Object();
 193                 jminf._modelstofiles = new Array(); //new Hashtable();
 194                 jminf._jmol = jmolid;
 195                 jminf._modellist=new Array();
 196                 _jvjmols[jmolid] = jminf;
 197         }
 198         var obj = new Object();
 199         jminf._modeltofiles[modelname] = obj; // .put(modelname, obj);
 200         obj.id = modelname;
 201         obj.mnum = jminf._modeltofiles.length;
 202         jminf._modellist+=modelname;
 203 }*/
 204
 205
 206
 207 // jmol Jalview Methods
 208
 209 function _structure(list1, list2, list3, list4) {
 210         var follower;
 211         // if (_console) { if (!_console.value) { _console.value="";} }
 212         if (list1 == "mouseover") {
 213                 var list = new Array(("" + list1), ("" + list2), ("" + list3),
 214                                 ("" + list4));
 215                 // 1 is pdb file, 2 is residue number, 3 is chain
 216                 // list1 = new Object(list1);
 217                 var base = list[1].indexOf(getDocumentBase()); // .indexOf(_path);
 218                 if (base==0) { base = getDocumentBase(); }
 219                 var sid = list[1]; // .substring(base);
 220                 base = list[1].substring(0, base);
 221                 if (_console) {
 222                         _console.value += "Model is " + list[1] + ", Structure id is : "
 223                                         + sid + "\n";
 224                 }
 225                 ;
 226                 var siddat;
 227                 for ( var jmolappi in _jvjmols.values()) {
 228                         var jmolapp=_jvjmols.values()[jmolappi];
 229                         var msg = "";
 230                         if (siddat = jmolapp._filetonum.get(sid)) {
 231                                 // we don't putin chain number because there isn't one ?
 232                                 // skip select 0 bit
 233                                 var ch = ""+list[3];
 234                                 if ((""+list[2]).trim().length==1)
 235                                         {
 236                                         ch+=":"+list[2];
 237                                         }
 238                                 msg = "select (" + ch + " /" + siddat + ") ;";
 239                         }
 240                         if (msg) {
 241                                 if (_console) {
 242                                         _console.value += "Sending '" + msg + "' to jmol." + "\n";
 243                                 }
 244                         }
 245                         jmolScriptWait(msg, "" + jmolapp._jmhandle);
 246                         // only do highlight for one jmol ?
 247                         // return 1;
 248                 }
 249         }
 250         if (list1 == "colourstruct") {
 251                 if (_console) {
 252                         _console.value += 'colourStruct("' + list1 + '","' + list2
 253                         + '") [' + list4 + ']' + "\n";
 254                 }
 255                 setTimeout('colourStruct("'+list4+'","' + list1 + '","' + list2 + '")', 1);
 256                 return 1;
 257         }
 258         return 1;
 259 }
 260 // last colour message
 261 var _lastMsg = "";
 262 // indicator - if _colourStruct==0 then no colouring is going on
 263 var _colourStruct = 0;
 264
 265 function colourStruct(involves, msg, handle) {
 266         if (_colourStruct == 0) {
 267                 _colourStruct = 1;
 268                 for (ap in _jvapps) {
 269                         var _msg = "";
 270                         do {
 271                                 if (_msg.match(/\S/)) {
 272                                         _lastMsg += _msg;
 273                                 }
 274                                 _msg = "" + _jvapps[ap].getJsMessage(msg, handle);
 275                         } while (_msg.match(/\S/));
 276                 }
 277                 // locate the jmol that should get the message
 278                 for (var jmol in _jvjmols.values())
 279                         {
 280                         var jml=_jvjmols.values()[jmol];
 281                         if (jml._filetonum.get(involves))
 282                                 {
 283                                         colourStructs(jml._jmhandle);
 284                                 }
 285                         }
 286                 _colourStruct = 0;
 287         } else {
 288                 // setTimeout('colourStruct("'+msg+'","'+handle+'")',3);
 289         }
 290 }
 291
 292 function colourStructs(jmolapp) {
 293         dbg(0, "Colouring the structures\n");
 294         jmolScriptWait("set selectionhalos false;" + _lastMsg
 295                         + "; select 0; set selectionhalos true;", jmolapp);
 296         _lastMsg = "";
 297 }
 298 var _jmolhovermsg="";
 299 function _jmolhover(jmid, atomlabel, atomidx) {
 300         var msg=""+jmid+" "+atomlabel+" "+atomidx;
 301         if (_jmolhovermsg==msg)
 302                 {
 303                 return;
 304                 }
 305         _jmolhovermsg=msg;
 306         modeltofiles = _jvjmols.get(jmid)._modelstofiles;
 307         // atomlabel=(""+atomlabel).match(/\[(.+)\](\d+):(.)\.(\S+)\s*\/(\d+)\..+/);
 308         // relaxed third parameter - may be null or a model number for multi model
 309         // views
 310         atomlabel = ("" + atomlabel)
 311                         .match(/\[(.+)\](\d+):(.)\.([^\/]+)(\/\d+\.|).+/);
 312         atomidx = "" + atomidx;
 313         if (atomlabel[5]) {
 314                 atomlabel[5] = atomlabel[5].match(/\/(.+)\./)[1];
 315                 atomlabel[5] = parseInt(atomlabel[5])-1;
 316         } else {
 317                 // default - first model
 318                 atomlabel[5] = 0;
 319         }
 320         // use atomlabel[5] to look up model filename so we can highlight associated positions in any jalviews
 321         for (ap in _jvapps) {
 322                 _jvapps[ap].mouseOverStructure(atomlabel[2], atomlabel[3],
 323                                 getDocumentBase()
 324                                                 + "/" +
 325                                                 modeltofiles[atomlabel[5]]);
 326                 msg = _jmolhovermsg;
 327         }
 328 }
 329 function _jmolpick(jmid, atomlabel, atomidx) {
 330         atomlabel = "" + atomlabel;
 331         atomidx = "" + atomidx;
 332         // label is atom id, atom number, and xyz coordinates in the form:
 333         // C6 #6 -0.30683374 -1.6836332 -0.716934
 334         // atom index, starting with 0.
 335
 336 }
 337 function _jmolMessagecallback(jmid, statmess) {
 338         // if (statmess.indexOf("Script Terminated")==0)
 339         {
 340                 var thisTime = new Date();
 341                 if (_console) {
 342                         _console.value += "Last script execution took : "
 343                                         + (thisTime.valueOf() - _lastTime.valueOf()) / 1000.0
 344                                         + " seconds.";
 345                 }
 346                 _lastTime = thisTime;
 347
 348         }
 349 }
 350
 351
 352   function lJvApp() {
 353     setTimeout(function() {
 354        //alert("in lJvApp");
 355        var jvapp = document.getElementById("jvapp");
 356        var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
 357        //console.log(">>>>>>>> lJvApp" + jvapp);
 358        linkJvJmol(jvapp);
 359     }, 100);
 360     setConsole(document.getElementById("stdout"));
 361   };
 362
 363   function lJvFollow() {
 364     setTimeout(function() {
 365        //alert("in lJvFollow");
 366        var jvapp = document.getElementById("jvapp");
 367        var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
 368        console.log(">>>>>>> lJvFollow" + jvfollower);
 369        linkJvJmol(jvfollower);
 370     }, 100);
 371   };
 372
 373   function lJvA() {
 374     setTimeout(function() {
 375       //alert("lJvA");
 376       jvfollower = document.getElementById("jvA");
 377       setConsole(document.getElementById("stdout"));
 378       //sep = jvfollower.getSeparator();
 379       //jvapp.setSeparator(""+jvapp.getSeparator());
 380       linkJvJmol(jvfollower, "jmolView", modeltofiles);
 381     }, 100);
 382   };
 383