examples/legacyblosum62.scm

   1 ScoreMatrix BLOSUM62Legacy
   2 #
   3 # The BLOSUM62 substitution matrix, as used in earlier versions of jalview
   4 #
   5 # Scores are not symbol case sensitive, unless column(s) are provided for lower case characters
   6 # The 'guide symbol' at the start of each row of score values is optional
   7 # Values may be integer or floating point, delimited by tab, space, comma or combinations
   8 #
   9          A       R       N       D       C       Q       E       G       H       I       L       K       M       F       P       S       T       W       Y       V       B       Z       X       *
  10 A        4      -1      -2      -2       0      -1      -1       0      -2      -1      -1      -1      -1      -2      -1       1       0      -3      -2       0      -2      -1       0      -4
  11 R       -1       5       0      -2      -3       1       0      -2       0      -3      -2       2      -1      -3      -2      -1      -1      -3      -2      -3      -1       0      -1      -4
  12 N       -2       0       6       1      -3       0       0       0       1      -3      -3       0      -2      -3      -2       1       0      -4      -2      -3       3       0      -1      -4
  13 D       -2      -2       1       6      -3       0       2      -1      -1      -3      -4      -1      -3      -3      -1       0      -1      -4      -3      -3       4       1      -1      -4
  14 C        0      3       -3      -3       9      -3      -4      -3      -3      -1      -1      -3      -1      -2      -3      -1      -1      -2      -2      -1      -3      -3      -2      -4
  15 Q       -1       1       0       0      -3       5       2      -2       0      -3      -2       1       0      -3      -1       0      -1      -2      -1      -2       0       3      -1      -4
  16 E       -1       0       0       2      -4       2       5      -2       0      -3      -3       1      -2      -3      -1       0      -1      -3      -2      -2       1       4      -1      -4
  17 G        0      -2       0      -1      -3      -2      -2       6      -2      -4      -4      -2      -3      -3      -2       0      -2      -2      -3      -3      -1      -2      -1      -4
  18 H       -2       0       1      -1      -3       0       0      -2       8      -3      -3      -1      -2      -1      -2      -1      -2      -2       2      -3       0       0      -1      -4
  19 I       -1      -3      -3      -3      -1      -3      -3      -4      -3       4       2      -3       1       0      -3      -2      -1      -3      -1       3      -3      -3      -1      -4
  20 L       -1      -2      -3      -4      -1      -2      -3      -4      -3       2       4      -2       2       0      -3      -2      -1      -2      -1       1      -4      -3      -1      -4
  21 K       -1       2       0      -1      -3       1       1      -2      -1      -3      -2       5      -1      -3      -1       0      -1      -3      -2      -2       0       1      -1      -4
  22 M       -1      -1      -2      -3      -1       0      -2      -3      -2       1       2      -1       5       0      -2      -1      -1      -1      -1       1      -3      -1      -1      -4
  23 F       -2      -3      -3      -3      -2      -3      -3      -3      -1       0       0      -3       0       6      -4      -2      -2       1       3      -1      -3      -3      -1      -4
  24 P       -1      -2      -2      -1      -3      -1      -1      -2      -2      -3      -3      -1      -2      -4       7      -1      -1      -4      -3      -2      -2      -1      -2      -4
  25 S        1      -1       1       0      -1       0       0       0      -1      -2      -2       0      -1      -2      -1       4       1      -3      -2      -2       0       0       0      -4
  26 T        0      -1       0      -1      -1      -1      -1      -2      -2      -1      -1      -1      -1      -2      -1       1       5      -2      -2       0      -1      -1       0      -4
  27 W       -3      -3      -4      -4      -2      -2      -3      -2      -2      -3      -2      -3      -1       1      -4      -3      -2      11       2      -3      -4      -3      -2      -4
  28 Y       -2      -2      -2      -3      -2      -1      -2      -3       2      -1      -1      -2      -1       3      -3      -2      -2       2       7      -1      -3      -2      -1      -4
  29 V        0      -3      -3      -3      -1      -2      -2      -3      -3       3       1      -2       1      -1      -2      -2       0      -3      -1       4      -3      -2      -1      -4
  30 B       -2      -1       3       4      -3       0       1      -1       0      -3      -4       0      -3      -3      -2       0      -1      -4      -3      -3       4       1      -1      -4
  31 Z       -1       0       0       1      -3       3       4      -2       0      -3      -3       1      -1      -3      -1       0      -1      -3      -2      -2       1       4      -1      -4
  32 X        0      -1      -1      -1      -2      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -2       0       0      -2      -1      -1      -1      -1      -1      -4
  33 *       -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4       1