examples/linkedapplets_ng.html

   1 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
   2 <!--
   3     * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   4     * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   5     *
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   7     *
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  11     *
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  18   -->
  19 <head>
  20   <TITLE>Linked JalviewLite applets</TITLE>
  21   <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
  22
  23   <link href="css/reset.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
  24   <link href="css/style.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
  25
  26   <!--[if IE 6]>
  27       <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie6.css" />
  28       <![endif]-->
  29
  30   <!--[if IE 7]>
  31       <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie7.css" />
  32       <![endif]-->
  33
  34   <!-- dd menu -->
  35   <script type="text/javascript">
  36     <!--
  37         var timeout         = 500;
  38         var closetimer  = 0;
  39         var ddmenuitem      = 0;
  40
  41         // open hidden layer
  42         function mopen(id)
  43         {
  44         // cancel close timer
  45         mcancelclosetime();
  46
  47         // close old layer
  48         if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
  49
  50         // get new layer and show it
  51         ddmenuitem = document.getElementById(id);
  52         ddmenuitem.style.visibility = 'visible';
  53
  54         }
  55         // close showed layer
  56         function mclose()
  57         {
  58         if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
  59         }
  60
  61         // go close timer
  62         function mclosetime()
  63         {
  64         closetimer = window.setTimeout(mclose, timeout);
  65         }
  66
  67         // cancel close timer
  68         function mcancelclosetime()
  69         {
  70         if(closetimer)
  71         {
  72         window.clearTimeout(closetimer);
  73         closetimer = null;
  74         }
  75         }
  76
  77         // close layer when click-out
  78         document.onclick = mclose;
  79         // -->
  80   </script>
  81   <script>
  82     <!--//--><![CDATA[//><!--
  83 var _gaq = _gaq || [];_gaq.push(["_setAccount", "UA-9060947-1"]);_gaq.push(["_trackPageview"]);(function() {var ga = document.createElement("script");ga.type = "text/javascript";ga.async = true;ga.src = ("https:" == document.location.protocol ? "https://ssl" : "http://www") + ".google-analytics.com/ga.js";var s = document.getElementsByTagName("script")[0];s.parentNode.insertBefore(ga, s);})();
  84 //--><!]]>
  85   </script>
  86
  87 </head>
  88
  89
  90 <body>
  91
  92
  93   <div id="header">
  94     <div id="logo"><a href="http://www.jalview.org" title="Home"></a></div>
  95     <ul id="buttons">
  96       <li id="applet"><a href="applets.html" title="applet"></a></li>
  97       <li id="desktop"><a href="../webstart/jalview.jnlp" title="desktop"></a></li>
  98     </ul>
  99   </div>
 100
 101
 102   <div id ="nav">
 103     <div id="navInner">
 104
 105       <ul id="sddm">
 106         <li><a href="http://www.jalview.org">Home</a></li>
 107         <li><a href="http://www.jalview.org/about" onmouseover="mopen('m1')" onmouseout="mclosetime()">About</a>
 108           <div id="m1" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 109             <a href="http://www.jalview.org/about/documentation">Documentation</a>
 110             <a href="http://www.jalview.org/about/citation">Publications</a>
 111             <a href="http://www.jalview.org/about/credits">Credits</a>
 112           </div>
 113         </li>
 114         <li><a href="http://www.jalview.org/faq">FAQ</a></li>
 115         <li><a href="http://www.jalview.org/community" onmouseover="mopen('m3')" onmouseout="mclosetime()" class="community">Community</a>
 116           <div id="m3" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 117             <a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-announce">News Mailing List</a>
 118             <a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-discuss">Discussion Mailing List</a>
 119             <a href="http://www.jalview.org/community/links">Links</a>
 120             <a href="http://www.jalview.org/community/community-news">Community News</a>
 121           </div>
 122         </li>
 123         <li><a href="http://www.jalview.org/development" onmouseover="mopen('m4')" onmouseout="mclosetime()" class="development">Development</a>
 124           <div id="m4" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 125             <a href="http://www.jalview.org/development/release-history">Release History</a>
 126             <a href="http://issues.jalview.org">Jalview Bug Tracker</a>
 127             <a href="http://source.jalview.org/gitweb/">Jalview Git Web</a>
 128             <a href="http://www.jalview.org/development/development-news">Development News</a>
 129           </div>
 130         </li>
 131         <li><a href="http://www.jalview.org/training" onmouseover="mopen('m5')" onmouseout="mclosetime()" class="training">Training</a>
 132           <div id="m5" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 133             <a href="http://www.jalview.org/training/training-courses">Training Courses</a>
 134             <a href="http://www.jalview.org/training/training-news">Training News</a>
 135           </div>
 136         </li>
 137         <li><a href="http://www.jalview.org/download" class="download-right">Download</a></li>
 138       </ul>
 139       <div style="clear:both"></div>
 140     </div>
 141
 142   </div>
 143 <div id="pageWrap">
 144
 145 <div id="sideNav">
 146   <ul>
 147       <li ><a href="applets.html">JalviewLite Examples</a></li>
 148       <li ><a href="jalviewLiteJs.html">Javascript API</a></li>
 149       <li ><a href="appletParameters.html">Applet Parameters</a></li>
 150       <li ><a href="embedded.html">Embedded Alignment</a></li>
 151       <li ><a href="embeddedWJmol.html">Jalview and Jmol</a></li>
 152       <li ><a href="formComplete.html">Access from Javascript</a></li>
 153       <li ><a href="javascriptLaunch.html">Javascript Launch</a></li>
 154       <li class="jvlite-nav-small"><a href="linkedapplets_ng.html">Linked JalviewLite applets</a></li>
 155   </ul>
 156 </div>
 157
 158 <div id="content" class="content">
 159
 160
 161 <!-- boiler plate link to alternate demopage -->
 162
 163 <div style="width: 100%">
 164 <div style="float:left;">
 165 </div><div style="border: 2px solid black; align: left; float:right;">
 166  Working on Snow Leopard or Java out of date ? Try <a href="u_linkedapplets_ng.html">the unsigned applet demos</a>
 167 </div>
 168 </div>
 169
 170 <!-- content template start -->
 171 <script src="http://www.java.com/js/deployJava.js"></script>
 172 <script src="javascript/jalview.js" language="javascript"></script>
 173 <script>  //deployJava.debug="true";
 174
 175   function lJvApp() {
 176     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
 177     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
 178     setConsole(document.getElementById("stdout"));
 179     //jvapp.setSeparator(""+jvapp.getSeparator());
 180     linkJvJmol(jvapp);
 181   };
 182
 183   function lJvFollow() {
 184     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
 185     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
 186     //jvfollower.setSeparator(""+jvfollower.getSeparator());
 187     linkJvJmol(jvfollower);
 188   };
 189 </script>
 190     <h2>JalviewLite Linked Applets Demo</h2>
 191     <p>The two applets below use <a href="jalviewLiteJs.html">JalviewLite's javascript API</a> to exchange events about the currently selected region and mouse position in the alignment.
 192     </p>
 193         <script>
 194   var attributes = {
 195     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
 196     archive : 'jalviewApplet.jar',
 197     width : 800,
 198     height : 300,
 199     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
 200     id : 'jvapp'
 201   };
 202   var parameters = {
 203     oninit : "lJvApp",
 204     automaticScrolling : "true",
 205     file : "plantfdx.fa",
 206     annotations : "plantfdx.annotations",
 207     debug : "true",
 208     wrap : "false",
 209     // separator : "^",
 210     showAnnotation : "true",
 211     embedded : "true",
 212     showFullId : "false",
 213     RGB : "F2F2FF",
 214     linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
 215     linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
 216     ,
 217     linkLabel_2 : "Uniprot"
 218     ,
 219     linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
 220     permissions : 'sandbox',
 221     APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
 222   };
 223
 224   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');
 225 </script>
 226 <script>
 227   var attributes = {
 228     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
 229     archive : 'jalviewApplet.jar',
 230     width : 800,
 231     height : 300,
 232     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
 233     id : "jvfollower"
 234   };
 235   var parameters = {
 236     oninit : "lJvFollow",
 237     file : "plantfdx.fa",
 238     annotations : "plantfdx.annotations",
 239     automaticScrolling : "true",
 240     debug : "true",
 241     wrap : "false",
 242     // separator : "^",
 243     showAnnotation : "true",
 244     embedded : "true",
 245     showFullId : "false",
 246     RGB : "F2F2FF",
 247     linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
 248     linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
 249     ,
 250     linkLabel_2 : "Uniprot"
 251     ,
 252     linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
 253     permissions : 'sandbox',
 254    APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
 255   };
 256   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');
 257 </script>
 258     <p>
 259 <!--      <a href="javascript:linkJvJmol()">Click Me If you don't see any messages below</a>
 260       <br>
 261        -->
 262 <form name="console" id="console">
 263 <textarea name="output"
 264         id="stdout" rows="20" cols="80">Messages  will appear here.</textarea></form>
 265       <br>
 266 </p>
 267 <!-- content template end -->
 268
 269
 270
 271 </div> <!-- end content div -->
 272
 273 </div> <!-- content -->
 274 </div> <!-- pagewrap -->
 275 <div id ="footer">
 276 <div id="innerFooter">
 277 <div id="copyright"><p>Published under <a href="http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/">CC-SA 3.0</a></p></div>
 278 <div id="cite">
 279 <p>
 280 If you use Jalview in your work, please cite this publication:
 281 </p>
 282 <br />
 283 <p>
 284 Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
 285 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
 286 Bioinformatics 25 (9) 1189-1191 <a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp033">doi: 10.1093/bioinformatics/btp033</a>
 287 </p>
 288 </div>
 289 </div>
 290 </div>
 291 </body>
 292 </html>