examples/linkedapplets_ng.html

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   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
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   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  20 <div id="view_decorated" name="view_decorated"  style="margin:8px; padding:10px; border: 2px solid red; text-align:center; display:none;"><b>Click <a href="index.html#linkedapplets_ng"> here</a> to view decorated page</b></div>
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  22 <!-- boiler plate link to alternate demopage -->
  23 <div style="width: 100%">
  24 <div style="width:35%; align:left; float:right;">
  25 <div style="margin:8px; padding:10px; border: 2px solid black; align: left;">
  26 <p>Quick Links to jars for example:<br/><a href="jalviewApplet.jar">jalviewApplet.jar</a> and <a href="JmolApplet-14.2.14_2015.06.11.jar">JmolApplet.jar</a>
  27 </p></div>
  28 </div>
  29 </div>
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  35 <!-- content template start -->
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  37     <h2>JalviewLite Linked Applets Demo</h2>
  38     <p>The two applets below use <a href="javascript:doSubmit('jalviewLiteJs')">JalviewLite's javascript API</a> to exchange events about the currently selected region and mouse position in the alignment.
  39     </p>
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  42 <applet
  43    code="jalview.bin.JalviewLite" width="800" height="300" id="jvapp" mayscript="True" scriptable="True" archive="jalviewApplet.jar,JmolApplet-14.2.14_2015.06.11.jar">
  44 <param name="oninit" value="lJvApp"/>
  45 <param name="automaticScrolling" value="true"/>
  46 <param name="file" value="plantfdx.fa"/>
  47 <param name="annotations" value="plantfdx.annotations"/>
  48 <param name="debug" value="true"/>
  49 <param name="wrap" value="false"/>
  50 <param name="showAnnotation" value="true"/>
  51 <param name="embedded" value="true"/>
  52 <param name="showFullId" value="false"/>
  53 <param name="RGB" value="F2F2FF"/>
  54 <param name="linkLabel_1" value="EMBL-EBI Search"/>
  55 <param name="linkUrl_1" value="http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"/>
  56 <param name="linkLabel_2" value="Uniprot"/>
  57 <param name="linkUrl_2" value="http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$"/>
  58 <param name="permissions" value="sandbox"/>
  59 <param name="APPLICATION_URL" value="http://www.jalview.org/services/launchApp"/>
  60 </applet>
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  65 <applet
  66    code="jalview.bin.JalviewLite" width="800" height="300" id="jvfollower" mayscript="True" scriptable="True" archive="jalviewApplet.jar,JmolApplet-14.2.14_2015.06.11.jar">
  67 <param name="oninit" value="lJvFollow"/>
  68 <param name="file" value="plantfdx.fa"/>
  69 <param name="annotations" value="plantfdx.annotations"/>
  70 <param name="automaticScrolling" value="true"/>
  71 <param name="debug" value="true"/>
  72 <param name="wrap" value="false"/>
  73 <param name="showAnnotation" value="true"/>
  74 <param name="embedded" value="true"/>
  75 <param name="showFullId" value="false"/>
  76 <param name="RGB" value="F2F2FF"/>
  77 <param name="linkLabel_1" value="EMBL-EBI Search"/>
  78 <param name="linkUrl_1" value="http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"/>
  79 <param name="linkLabel_2" value="Uniprot"/>
  80 <param name="linkUrl_2" value="http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$"/>
  81 <param name="permissions" value="sandbox"/>
  82 <param name="APPLICATION_URL" value="http://www.jalview.org/services/launchApp"/>
  83 </applet>
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  86     <p>
  87 <!--      <a href="javascript:linkJvJmol()">Click Me If you don't see any messages below</a>
  88       <br>
  89        -->
  90 <form name="console" id="console">
  91 <textarea name="output"
  92         id="stdout" rows="20" cols="80">Messages  will appear here.</textarea></form>
  93       <br>
  94 </p>
  95 <!-- content template end -->