examples/linkedapplets_ng.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   4  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
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  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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  18 -->
  19 <html><!-- InstanceBegin template="/Templates/jtemplate.dwt" codeOutsideHTMLIsLocked="false" -->
  20 <head>
  21 <!-- InstanceBeginEditable name="doctitle" -->
  22 <title>Linked Jalview Applets Demo</title>
  23 <!-- InstanceEndEditable -->
  24 <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1"><meta http-equiv="keywords" content="jalview,multiple,sequence,alignment,editor,viewer,java,download,barton group,protein,dna,das,distributed annotation system">
  25 <!-- InstanceBeginEditable name="head" -->
  26 <script src="http://www.java.com/js/deployJava.js"></script>
  27 <script src="javascript/jalview.js" language="javascript"></script>
  28 <script>  //deployJava.debug="true";
  29
  30   function lJvApp() {
  31     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
  32     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
  33     setConsole(document.getElementById("stdout"));
  34     //jvapp.setSeparator(""+jvapp.getSeparator());
  35     linkJvJmol(jvapp);
  36   };
  37
  38   function lJvFollow() {
  39     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
  40     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
  41     //jvfollower.setSeparator(""+jvfollower.getSeparator());
  42     linkJvJmol(jvfollower);
  43   };
  44 </script>
  45
  46 <!-- InstanceEndEditable -->
  47 <style type="text/css">
  48 <!--
  49 td {
  50   font-family: Geneva, Arial, Helvetica, sans-serif;
  51   font-size: 12px;
  52 }
  53 .plain {
  54   font-family: Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif;
  55   font-size: 14px;
  56   text-decoration: none;
  57 }
  58 .plain:hover{
  59   background-color:#000000; color: #F2F2FF;
  60 }
  61
  62 -->
  63 </style>
  64 <script language="JavaScript">
  65 function genHref()
  66 {
  67 var s1 = "ml:ljvwr", s2 = "athpai.g", s3 = "ioe@leo ", href="";
  68 for(i=0; i<8; i++)
  69 {href = href + s1.charAt(i) + s2.charAt(i) + s3.charAt(i);  }
  70 window.location=href;
  71 }
  72 function getEventTarget(e)
  73 {
  74 if(!e)
  75 e = window.event;
  76 if(e.target)
  77 return e.target;
  78 return e.srcElement;
  79 }
  80 </script>
  81 </head>
  82 <body alink="#000000" vlink="#000000" link="#000000">
  83 <script type="text/javascript">
  84 var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ?
  85 "https://ssl." : "http://www.");
  86 document.write(unescape("%3Cscript src='" + gaJsHost +
  87 "google-analytics.com/ga.js' type='text/javascript'%3E%3C/script%3E"));
  88 </script>
  89 <script type="text/javascript">
  90 try{
  91 var pageTracker = _gat._getTracker("UA-9060947-1");
  92 pageTracker._trackPageview();
  93 } catch(err) {}
  94 </script>
  95 <div align="left">
  96   <table width="805" height="100" cellpadding="5">
  97     <tr>
  98       <td background="../jalview.gif">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk" target="NEW"><img src="../uodc_r1_c1.gif" width="143" height="101" border="1"></a></td>
  99     </tr>
 100   </table>
 101   <table width="805" border="0" cellpadding="5" cellspacing="5">
 102     <tr>
 103       <td width="183" valign="top" bgcolor="#F2F2FF" border="5">
 104
 105     <div align="center">
 106           <table width="182" height="386" border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
 107             <tr>
 108               <td align="left" valign="middle"><a href="../index.html" class="plain">Home</a></td>
 109             </tr>
 110             <tr>
 111               <td align="left" valign="middle"><a href="../overview.html" class="plain">Overview</a></td>
 112             </tr>
 113             <tr>
 114               <td align="left" valign="middle"><a href="../download.html" class="plain">Download</a></td>
 115             </tr>
 116             <tr>
 117               <td align="left" valign="middle"><a href="applets.html" class="plain">Applet
 118                 Version</a></td>
 119             </tr>
 120             <tr>
 121               <td align="left" valign="middle"><a href="examples.html" class="plain">Screenshots</a></td>
 122             </tr>
 123             <tr>
 124               <td align="left" valign="middle"><a href="../faq.html" class="plain">FAQ</a></td>
 125             </tr>
 126             <tr>
 127               <td align="left" valign="middle"><a href="../documentList.html" class="plain">Documentation</a></td>
 128             </tr>
 129             <tr>
 130               <td align="left" valign="middle" ><a href="../releaseHistory.html" class="plain">Release
 131                 history</a></td>
 132             </tr>
 133             <tr>
 134               <td align="left" valign="middle"><a href="../source/source.html" class="plain">Source
 135                 Code</a></td>
 136             </tr>
 137       <tr>
 138               <td align="left" valign="middle"><a href="../versions.html" class="plain">Development Version</a></td>
 139             </tr>
 140       <tr>
 141               <td align="left" valign="middle"><a href="../links.html" class="plain">Links</a></td>
 142             </tr>
 143             <tr>
 144               <td align="left" valign="middle"><a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-announce" class="plain" target="NEW">News
 145                 Mailing List</a></td>
 146             </tr>
 147             <tr>
 148               <td align="left" valign="middle"><a
 149             href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-discuss"
 150             class="plain" target="NEW">Discussion Mailing List</a><br><br><em>Please send problems<br>and
 151             bug reports to the discussion list.</em></td>
 152             </tr>
 153             <tr></tr>
 154             <tr>
 155               <!--<td align="left" valign="middle"><br>
 156                 Please send problems<br>and
 157             bug reports to:<br><a href="#" onClick="javascript:genHref();"><img src="../help.gif" width="123" height="19" border="0"></a></td>-->
 158             </tr>
 159           </table>
 160         </div>
 161         <div align="center"> <a href="http://www.bbsrc.ac.uk/" target="NEW"><br>
 162           <img src="../bbsrc-new.gif" width="179" height="64" border="1"></a>
 163         </div>
 164         </td>
 165       <td valign="top" width="587" bgcolor="#F2F2FF"><!-- InstanceBeginEditable name="Contents" -->
 166     <p>&nbsp;</p>
 167     <strong>JalviewLite Linked Applets Demo<br></strong>
 168     <p>The two applets below use <a href="JalviewLiteJs.html">JalviewLite's javascript API</a> to exchange events about the currently selected region and mouse position in the alignment.
 169     </p>
 170     <p>See the other demonstration pages below to see the API in action:</p>
 171     <ul>
 172           <li><a href="formComplete.html">use Javascript to control and get data from JalviewLite</a></li>
 173           <li><a href="embeddedWJmol.html">configure JalviewLite to talk to a Jmol applet on the page.</a></li>
 174           <li><a href="javascriptLaunch.html">launch JalviewLite from a javascript button</a></li>
 175
 176     </ul>
 177         <script>
 178   var attributes = {
 179     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
 180     archive : 'jalviewApplet.jar',
 181     width : 800,
 182     height : 300,
 183     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
 184     id : 'jvapp'
 185   };
 186   var parameters = {
 187     oninit : "lJvApp",
 188     automaticScrolling : "true",
 189     file : "plantfdx.fa",
 190     annotations : "plantfdx.annotations",
 191     debug : "true",
 192     wrap : "false",
 193     // separator : "^",
 194     showAnnotation : "true",
 195     embedded : "true",
 196     showFullId : "false",
 197     RGB : "F2F2FF",
 198     linkLabel_1 : "SRS",
 199     linkUrl_1 : "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]+-vn+2"
 200
 201     ,
 202     linkLabel_2 : "Uniprot"
 203
 204     ,
 205     linkUrl_2 : "http://us.expasy.org/cgi-bin/niceprot.pl?$SEQUENCE_ID$",
 206     APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
 207   };
 208
 209   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');
 210 </script>
 211 <script>
 212   var attributes = {
 213     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
 214     archive : 'jalviewApplet.jar',
 215     width : 800,
 216     height : 300,
 217     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
 218     id : "jvfollower"
 219   };
 220   var parameters = {
 221     oninit : "lJvFollow",
 222     file : "plantfdx.fa",
 223     annotations : "plantfdx.annotations",
 224     automaticScrolling : "true",
 225     debug : "true",
 226     wrap : "false",
 227     // separator : "^",
 228     showAnnotation : "true",
 229     embedded : "true",
 230     showFullId : "false",
 231     RGB : "F2F2FF",
 232     linkLabel_1 : "SRS",
 233     linkUrl_1 : "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]+-vn+2"
 234
 235     ,
 236     linkLabel_2 : "Uniprot"
 237
 238     ,
 239     linkUrl_2 : "http://us.expasy.org/cgi-bin/niceprot.pl?$SEQUENCE_ID$",
 240     APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
 241   };
 242   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');
 243 </script>
 244     <p>
 245 <!--      <a href="javascript:linkJvJmol()">Click Me If you don't see any messages below</a>
 246       <br>
 247        --><form name="console" id="console"><textarea name="output"
 248         id="stdout" rows="20" cols="80">Messages  will appear here.</textarea></form>
 249       <br>
 250 </p>
 251
 252 </body>
 253 </html>