examples/linkedapplets_ng.html

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   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  20 <!-- boiler plate link to alternate demopage -->
  21 <div style="width: 100%">
  22 <div style="width:35%; align:left; float:right;">
  23 <div style="margin:8px; padding:10px; border: 2px solid black; align: left;">
  24 <p>Quick Links to jars for example:<br/><a href="jalviewApplet.jar">jalviewApplet.jar</a> and <a href="JmolApplet-12.2.4.jar">JmolApplet.jar</a>
  25 </p></div>
  26 </div>
  27 </div>
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  33 <!-- content template start -->
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  35     <h2>JalviewLite Linked Applets Demo</h2>
  36     <p>The two applets below use <a href="javascript:doSubmit('jalviewLiteJs')">JalviewLite's javascript API</a> to exchange events about the currently selected region and mouse position in the alignment.
  37     </p>
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  40 <applet
  41    code="jalview.bin.JalviewLite" width="800" height="300" id="jvapp" mayscript="True" scriptable="True" archive="jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar">
  42 <param name="oninit" value="lJvApp"/>
  43 <param name="automaticScrolling" value="true"/>
  44 <param name="file" value="plantfdx.fa"/>
  45 <param name="annotations" value="plantfdx.annotations"/>
  46 <param name="debug" value="true"/>
  47 <param name="wrap" value="false"/>
  48 <param name="showAnnotation" value="true"/>
  49 <param name="embedded" value="true"/>
  50 <param name="showFullId" value="false"/>
  51 <param name="RGB" value="F2F2FF"/>
  52 <param name="linkLabel_1" value="EMBL-EBI Search"/>
  53 <param name="linkUrl_1" value="http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"/>
  54 <param name="linkLabel_2" value="Uniprot"/>
  55 <param name="linkUrl_2" value="http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$"/>
  56 <param name="permissions" value="sandbox"/>
  57 <param name="APPLICATION_URL" value="http://www.jalview.org/services/launchApp"/>
  58 </applet>
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  62
  63 <applet
  64    code="jalview.bin.JalviewLite" width="800" height="300" id="jvfollower" mayscript="True" scriptable="True" archive="jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar">
  65 <param name="oninit" value="lJvFollow"/>
  66 <param name="file" value="plantfdx.fa"/>
  67 <param name="annotations" value="plantfdx.annotations"/>
  68 <param name="automaticScrolling" value="true"/>
  69 <param name="debug" value="true"/>
  70 <param name="wrap" value="false"/>
  71 <param name="showAnnotation" value="true"/>
  72 <param name="embedded" value="true"/>
  73 <param name="showFullId" value="false"/>
  74 <param name="RGB" value="F2F2FF"/>
  75 <param name="linkLabel_1" value="EMBL-EBI Search"/>
  76 <param name="linkUrl_1" value="http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"/>
  77 <param name="linkLabel_2" value="Uniprot"/>
  78 <param name="linkUrl_2" value="http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$"/>
  79 <param name="permissions" value="sandbox"/>
  80 <param name="APPLICATION_URL" value="http://www.jalview.org/services/launchApp"/>
  81 </applet>
  82
  83
  84     <p>
  85 <!--      <a href="javascript:linkJvJmol()">Click Me If you don't see any messages below</a>
  86       <br>
  87        -->
  88 <form name="console" id="console">
  89 <textarea name="output"
  90         id="stdout" rows="20" cols="80">Messages  will appear here.</textarea></form>
  91       <br>
  92 </p>
  93 <!-- content template end -->