examples/linkedapplets_ng.html

   1 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   4  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
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  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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  18 -->
  19 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
  20 <head>
  21 <title>Linked Jalview Applets Demo</title>
  22   <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
  23
  24  <link href="css/reset.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
  25  <link href="css/style.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
  26 <script>
  27 <!--//--><![CDATA[//><!--
  28 var _gaq = _gaq || [];_gaq.push(["_setAccount", "UA-9060947-1"]);_gaq.push(["_trackPageview"]);(function() {var ga = document.createElement("script");ga.type = "text/javascript";ga.async = true;ga.src = ("https:" == document.location.protocol ? "https://ssl" : "http://www") + ".google-analytics.com/ga.js";var s = document.getElementsByTagName("script")[0];s.parentNode.insertBefore(ga, s);})();
  29 //--><!]]>
  30 </script>
  31 <script src="http://www.java.com/js/deployJava.js"></script>
  32 <script src="javascript/jalview.js" language="javascript"></script>
  33 <script>  //deployJava.debug="true";
  34
  35   function lJvApp() {
  36     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
  37     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
  38     setConsole(document.getElementById("stdout"));
  39     //jvapp.setSeparator(""+jvapp.getSeparator());
  40     linkJvJmol(jvapp);
  41   };
  42
  43   function lJvFollow() {
  44     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
  45     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
  46     //jvfollower.setSeparator(""+jvfollower.getSeparator());
  47     linkJvJmol(jvfollower);
  48   };
  49 </script>
  50
  51   <!--[if IE 6]>
  52  <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie6.css" />
  53 <![endif]-->
  54
  55 <!--[if IE 7]>
  56  <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie7.css" />
  57 <![endif]-->
  58
  59 <!-- dd menu -->
  60 <script type="text/javascript">
  61 <!--
  62 var timeout         = 500;
  63 var closetimer  = 0;
  64 var ddmenuitem      = 0;
  65
  66 // open hidden layer
  67 function mopen(id)
  68 {
  69  // cancel close timer
  70  mcancelclosetime();
  71
  72  // close old layer
  73  if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
  74
  75  // get new layer and show it
  76  ddmenuitem = document.getElementById(id);
  77  ddmenuitem.style.visibility = 'visible';
  78
  79 }
  80 // close showed layer
  81 function mclose()
  82 {
  83  if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
  84 }
  85
  86 // go close timer
  87 function mclosetime()
  88 {
  89  closetimer = window.setTimeout(mclose, timeout);
  90 }
  91
  92 // cancel close timer
  93 function mcancelclosetime()
  94 {
  95  if(closetimer)
  96  {
  97   window.clearTimeout(closetimer);
  98   closetimer = null;
  99  }
 100 }
 101
 102 // close layer when click-out
 103 document.onclick = mclose;
 104 // -->
 105 </script>
 106
 107 </head>
 108
 109
 110 <body>
 111
 112
 113 <div id="header">
 114 <div id="logo"><a href="http://www.jalview.org" title="Home"></a></div>
 115 <ul id="buttons">
 116 <li id="applet"><a href="applets.html" title="applet"></a></li>
 117 <li id="desktop"><a href="../webstart/jalview.jnlp" title="desktop"></a></li>
 118 </ul>
 119 </div>
 120
 121
 122 <div id ="nav">
 123 <div id="navInner">
 124
 125 <ul id="sddm">
 126  <li><a href="http://www.jalview.org">Home</a></li>
 127  <li><a href="http://www.jalview.org/about" onmouseover="mopen('m1')" onmouseout="mclosetime()">About</a>
 128   <div id="m1" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 129   <a href="http://www.jalview.org/about/documentation">Documentation</a>
 130   <a href="http://www.jalview.org/about/citation">Publications</a>
 131   <a href="http://www.jalview.org/about/credits">Credits</a>
 132   </div>
 133  </li>
 134  <li><a href="http://www.jalview.org/faq">FAQ</a></li>
 135  <li><a href="http://www.jalview.org/community" onmouseover="mopen('m3')" onmouseout="mclosetime()" class="community">Community</a>
 136   <div id="m3" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 137   <a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-announce">News Mailing List</a>
 138   <a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-discuss">Discussion Mailing List</a>
 139   <a href="http://www.jalview.org/community/links">Links</a>
 140   <a href="http://www.jalview.org/community/community-news">Community News</a>
 141   </div>
 142  </li>
 143  <li><a href="http://www.jalview.org/development" onmouseover="mopen('m4')" onmouseout="mclosetime()" class="development">Development</a>
 144   <div id="m4" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 145   <a href="http://www.jalview.org/development/release-history">Release History</a>
 146   <a href="http://issues.jalview.org">Jalview Bug Tracker</a>
 147   <a href="http://source.jalview.org/gitweb/">Jalview Git Web</a>
 148   <a href="http://www.jalview.org/development/development-news">Development News</a>
 149   </div>
 150  </li>
 151  <li><a href="http://www.jalview.org/training" onmouseover="mopen('m5')" onmouseout="mclosetime()" class="training">Training</a>
 152   <div id="m5" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 153   <a href="http://www.jalview.org/training/training-courses">Training Courses</a>
 154   <a href="http://www.jalview.org/training/training-news">Training News</a>
 155   </div>
 156  </li>
 157  <li><a href="http://www.jalview.org/download" class="download-right">Download</a></li>
 158 </ul>
 159 <div style="clear:both"></div>
 160 </div>
 161
 162 </div>
 163
 164
 165 <div id="pageWrap">
 166
 167 <div id="sideNav">
 168 <ul>
 169 <li><a href="applets.html">JalviewLite Examples</a></li>
 170 <li><a href="appletParameters.html">Applet Parameters</a></li>
 171 <li><a href="jalviewLiteJs.html">Javascript API</a></li>
 172 <li><a href="formComplete.html">in-page API demo</a></li>
 173 <li class="jvlite-nav-small"><a href="linkedApplets_ng.html">Two JalviewLites demo</a></li>
 174 <li><a href="embeddedWJmol.html">Jalview and Jmol demo</a></li>
 175 </ul>
 176 </div>
 177
 178 <div id="content" class="content">
 179     <strong>JalviewLite Linked Applets Demo<br></strong>
 180     <p>The two applets below use <a href="JalviewLiteJs.html">JalviewLite's javascript API</a> to exchange events about the currently selected region and mouse position in the alignment.
 181     </p>
 182         <script>
 183   var attributes = {
 184     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
 185     archive : 'jalviewApplet.jar',
 186     width : 800,
 187     height : 300,
 188     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
 189     id : 'jvapp'
 190   };
 191   var parameters = {
 192     oninit : "lJvApp",
 193     automaticScrolling : "true",
 194     file : "plantfdx.fa",
 195     annotations : "plantfdx.annotations",
 196     debug : "true",
 197     wrap : "false",
 198     // separator : "^",
 199     showAnnotation : "true",
 200     embedded : "true",
 201     showFullId : "false",
 202     RGB : "F2F2FF",
 203     linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
 204     linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
 205     ,
 206     linkLabel_2 : "Uniprot"
 207     ,
 208     linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
 209     permissions : 'sandbox',
 210     APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
 211   };
 212
 213   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6+');
 214 </script>
 215 <script>
 216   var attributes = {
 217     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
 218     archive : 'jalviewApplet.jar',
 219     width : 800,
 220     height : 300,
 221     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
 222     id : "jvfollower"
 223   };
 224   var parameters = {
 225     oninit : "lJvFollow",
 226     file : "plantfdx.fa",
 227     annotations : "plantfdx.annotations",
 228     automaticScrolling : "true",
 229     debug : "true",
 230     wrap : "false",
 231     // separator : "^",
 232     showAnnotation : "true",
 233     embedded : "true",
 234     showFullId : "false",
 235     RGB : "F2F2FF",
 236     linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
 237     linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
 238     ,
 239     linkLabel_2 : "Uniprot"
 240     ,
 241     linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
 242     permissions : 'sandbox',
 243    APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
 244   };
 245   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6+');
 246 </script>
 247     <p>
 248 <!--      <a href="javascript:linkJvJmol()">Click Me If you don't see any messages below</a>
 249       <br>
 250        --><form name="console" id="console"><textarea name="output"
 251         id="stdout" rows="20" cols="80">Messages  will appear here.</textarea></form>
 252       <br>
 253 </p>
 254 </div>
 255 </div>
 256 <div id ="footer">
 257 <div id="innerFooter">
 258 <div id="copyright"><p>Published under <a href="http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/">CC-SA 3.0</a></p></div>
 259 <div id="cite">
 260 <p>
 261 If you use Jalview in your work, please cite this publication:
 262 </p>
 263 <br />
 264 <p>
 265 Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
 266 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
 267 Bioinformatics 25 (9) 1189-1191 <a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp033">doi: 10.1093/bioinformatics/btp033</a>
 268 </p>
 269 </div>
 270 </div>
 271 </div>
 272 </body>
 273 </html>