examples/u_embeddedWJmol.html

   1 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
   2 <!--
   3     * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   4     * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   5     *
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  16     *
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  18   -->
  19 <head>
  20   <TITLE>Jalview and Jmol</TITLE>
  21   <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
  22
  23   <link href="css/reset.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
  24   <link href="css/style.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
  25
  26   <!--[if IE 6]>
  27       <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie6.css" />
  28       <![endif]-->
  29
  30   <!--[if IE 7]>
  31       <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie7.css" />
  32       <![endif]-->
  33
  34   <!-- dd menu -->
  35   <script type="text/javascript">
  36     <!--
  37         var timeout         = 500;
  38         var closetimer  = 0;
  39         var ddmenuitem      = 0;
  40
  41         // open hidden layer
  42         function mopen(id)
  43         {
  44         // cancel close timer
  45         mcancelclosetime();
  46
  47         // close old layer
  48         if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
  49
  50         // get new layer and show it
  51         ddmenuitem = document.getElementById(id);
  52         ddmenuitem.style.visibility = 'visible';
  53
  54         }
  55         // close showed layer
  56         function mclose()
  57         {
  58         if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
  59         }
  60
  61         // go close timer
  62         function mclosetime()
  63         {
  64         closetimer = window.setTimeout(mclose, timeout);
  65         }
  66
  67         // cancel close timer
  68         function mcancelclosetime()
  69         {
  70         if(closetimer)
  71         {
  72         window.clearTimeout(closetimer);
  73         closetimer = null;
  74         }
  75         }
  76
  77         // close layer when click-out
  78         document.onclick = mclose;
  79         // -->
  80   </script>
  81   <script>
  82     <!--//--><![CDATA[//><!--
  83 var _gaq = _gaq || [];_gaq.push(["_setAccount", "UA-9060947-1"]);_gaq.push(["_trackPageview"]);(function() {var ga = document.createElement("script");ga.type = "text/javascript";ga.async = true;ga.src = ("https:" == document.location.protocol ? "https://ssl" : "http://www") + ".google-analytics.com/ga.js";var s = document.getElementsByTagName("script")[0];s.parentNode.insertBefore(ga, s);})();
  84 //--><!]]>
  85   </script>
  86 <script src="javascript/deployJava.js"></script>
  87 <script src="jmol/Jmol.js"></script>
  88 <script src="javascript/jquery-1.4.4.min.js"></script>
  89 <script src="javascript/jquery.timer.js"></script>
  90 <script src="javascript/jquery.blockUI.js"></script>
  91 <script src="javascript/jshashtable-2.1.js" language="javascript"></script>
  92 <!-- <script src="archive-min.js" language="javascript"></script>
  93 -->
  94 <script src="javascript/jalview.js" language="javascript"></script>
  95 <script language="JavaScript">
  96 // instead of this, we use a custom JmolApplet spec
  97 // jmolInitialize('jmol');
  98 jmolInitialize("","u_JmolApplet-12.2.4.jar");
  99 function genHref()
 100 {
 101  var s1 = "ml:i@midd..", s2 = "atelcpoueau", s3 = "iomyob.neck", href="";
 102  for(i=0; i<11; i++)
 103  { href = href + s1.charAt(i) + s2.charAt(i) + s3.charAt(i);
 104  }
 105  window.location=href;
 106 }
 107 </script>
 108 <script>
 109  var loglevel=1;
 110  function dbg(lvl,string) {
 111   if (_console && lvl<=loglevel) {_console.value += string + "\n";}
 112  }
 113  var _lastTime=new Date();
 114  var _path;
 115  var _datazip;
 116  var _zip;
 117  var alignA;
 118  var alignB;
 119  var featuresA;
 120  var featuresB;
 121  var pairs;
 122  var atompairs;
 123  var structdata;
 124  var jmolview;
 125  var jvstructassoc;
 126  var modeltofiles = new Array();
 127
 128  function lJvA() {
 129   jvfollower = document.getElementById("jvA");
 130   setConsole(document.getElementById("stdout"));
 131
 132   sep = jvfollower.getSeparator();
 133   //jvapp.setSeparator(""+jvapp.getSeparator());
 134   linkJvJmol(jvfollower, "jmolView", modeltofiles);
 135  };
 136
 137  var _jvA=new Object();
 138  _jvA.attributes = {
 139   code : 'jalview.bin.JalviewLite',
 140   archive : 'u_jalviewApplet.jar',
 141   width : '500',
 142   height : '350',
 143   mayscript : 'True',
 144   scriptable: 'True',
 145   id : 'jvA'
 146  };
 147  _jvA.parameters = {
 148    java_arguments : "-Xmx256m",
 149   externalstructureviewer : "true",
 150    oninit : "lJvA",
 151   automaticScrolling : "true",
 152 //  <!-- defaultColour : "Strand Propensity", -->
 153   file : "uniref50_mz.fa",
 154
 155   relaxedidmatch : "true",
 156   debug : "true",
 157   wrap : "false",
 158   // separator : "^",
 159   showAnnotation : "false",
 160   embedded : "true",
 161   showFullId : "false",
 162   RGB : "F2F2FF",
 163   linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
 164   linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
 165   ,
 166   linkLabel_2 : "Uniprot"
 167   ,
 168   linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
 169   APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp",
 170   PDBfile : "1gaq.txt FER1_MAIZE",
 171   permissions : "sandbox"
 172  };
 173  jmolSetCallback("hoverCallback","_jmolhover");
 174   jmolSetCallback("pickCallback","_jmolpick");
 175   modeltofiles+="1gaq.txt";
 176 </script>
 177
 178 </head>
 179
 180
 181 <body>
 182
 183
 184   <div id="header">
 185     <div id="logo"><a href="http://www.jalview.org" title="Home"></a></div>
 186     <ul id="buttons">
 187       <li id="applet"><a href="applets.html" title="applet"></a></li>
 188       <li id="desktop"><a href="../webstart/jalview.jnlp" title="desktop"></a></li>
 189     </ul>
 190   </div>
 191
 192
 193   <div id ="nav">
 194     <div id="navInner">
 195
 196       <ul id="sddm">
 197         <li><a href="http://www.jalview.org">Home</a></li>
 198         <li><a href="http://www.jalview.org/about" onmouseover="mopen('m1')" onmouseout="mclosetime()">About</a>
 199           <div id="m1" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 200             <a href="http://www.jalview.org/about/documentation">Documentation</a>
 201             <a href="http://www.jalview.org/about/citation">Publications</a>
 202             <a href="http://www.jalview.org/about/credits">Credits</a>
 203           </div>
 204         </li>
 205         <li><a href="http://www.jalview.org/faq">FAQ</a></li>
 206         <li><a href="http://www.jalview.org/community" onmouseover="mopen('m3')" onmouseout="mclosetime()" class="community">Community</a>
 207           <div id="m3" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 208             <a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-announce">News Mailing List</a>
 209             <a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-discuss">Discussion Mailing List</a>
 210             <a href="http://www.jalview.org/community/links">Links</a>
 211             <a href="http://www.jalview.org/community/community-news">Community News</a>
 212           </div>
 213         </li>
 214         <li><a href="http://www.jalview.org/development" onmouseover="mopen('m4')" onmouseout="mclosetime()" class="development">Development</a>
 215           <div id="m4" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 216             <a href="http://www.jalview.org/development/release-history">Release History</a>
 217             <a href="http://issues.jalview.org">Jalview Bug Tracker</a>
 218             <a href="http://source.jalview.org/gitweb/">Jalview Git Web</a>
 219             <a href="http://www.jalview.org/development/development-news">Development News</a>
 220           </div>
 221         </li>
 222         <li><a href="http://www.jalview.org/training" onmouseover="mopen('m5')" onmouseout="mclosetime()" class="training">Training</a>
 223           <div id="m5" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 224             <a href="http://www.jalview.org/training/training-courses">Training Courses</a>
 225             <a href="http://www.jalview.org/training/training-news">Training News</a>
 226           </div>
 227         </li>
 228         <li><a href="http://www.jalview.org/download" class="download-right">Download</a></li>
 229       </ul>
 230       <div style="clear:both"></div>
 231     </div>
 232
 233   </div>
 234 <div id="pageWrap">
 235
 236 <div id="sideNav">
 237   <ul>
 238       <li ><a href="u_applets.html">JalviewLite Examples</a></li>
 239       <li ><a href="jalviewLiteJs.html">Javascript API</a></li>
 240       <li ><a href="appletParameters.html">Applet Parameters</a></li>
 241       <li ><a href="u_embedded.html">Embedded Alignment</a></li>
 242       <li class="jvlite-nav-small"><a href="u_embeddedWJmol.html">Jalview and Jmol</a></li>
 243       <li ><a href="u_formComplete.html">Access from Javascript</a></li>
 244       <li ><a href="u_javascriptLaunch.html">Javascript Launch</a></li>
 245       <li ><a href="u_linkedapplets_ng.html">Linked JalviewLites</a></li>
 246   </ul>
 247 </div>
 248
 249 <div id="content" class="content">
 250
 251
 252 <!-- boiler plate link to alternate demopage -->
 253
 254 <div style="width: 100%">
 255 <div style="width:35%; align:left; float:right;">
 256 <div style="margin:8px; padding:8px; border: 2px solid black; align: center; float:center;">
 257  Scary Java warnings ?<br/>Try <a href="embeddedWJmol.html">the signed applet demos</a>
 258 </div>
 259 <div style="margin:8px; padding:10px; align: left;">
 260 <p>Quick Links to jars for example:<br/><a href="u_jalviewApplet.jar">jalviewApplet.jar</a> and <a href="u_JmolApplet-12.2.4.jar">JmolApplet.jar</a>
 261 </p></div>
 262 </div>
 263 </div>
 264
 265 <!-- content template start -->
 266 <h2>Structure and Alignment</h2>
 267 <p>This demo shows how JalviewLite and Jmol can be integrated with the JalviewLite javascript library.</p>
 268 <center>
 269  <script>
 270   jmolApplet("500x500","zap; load FILE '1gaq.txt'; frame 0; select all; wireframe off; spacefill off; cartoons; restrict; center *; set selectionhalos true;select 0","jmolView");
 271  </script>
 272  <script>
 273   deployJava.runApplet(_jvA.attributes, _jvA.parameters, '1.4');
 274  </script>
 275 </center>
 276 <!-- content template end -->
 277
 278
 279
 280 </div> <!-- end content div -->
 281
 282 </div> <!-- content -->
 283 </div> <!-- pagewrap -->
 284 <div id ="footer">
 285 <div id="innerFooter">
 286 <div id="copyright"><p>Published under <a href="http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/">CC-SA 3.0</a></p></div>
 287 <div id="cite">
 288 <p>
 289 If you use Jalview in your work, please cite this publication:
 290 </p>
 291 <br />
 292 <p>
 293 Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
 294 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
 295 Bioinformatics 25 (9) 1189-1191 <a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp033">doi: 10.1093/bioinformatics/btp033</a>
 296 </p>
 297 </div>
 298 </div>
 299 </div>
 300 </body>
 301 </html>