examples/u_linkedapplets_ng.html

   1 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19 -->
  20 <head>
  21   <TITLE>Linked JalviewLites</TITLE>
  22   <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
  23
  24   <link href="css/reset.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
  25   <link href="css/style.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
  26
  27   <!--[if IE 6]>
  28       <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie6.css" />
  29       <![endif]-->
  30
  31   <!--[if IE 7]>
  32       <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie7.css" />
  33       <![endif]-->
  34
  35   <!-- dd menu -->
  36   <script type="text/javascript">
  37     <!--
  38         var timeout         = 500;
  39         var closetimer  = 0;
  40         var ddmenuitem      = 0;
  41
  42         // open hidden layer
  43         function mopen(id)
  44         {
  45         // cancel close timer
  46         mcancelclosetime();
  47
  48         // close old layer
  49         if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
  50
  51         // get new layer and show it
  52         ddmenuitem = document.getElementById(id);
  53         ddmenuitem.style.visibility = 'visible';
  54
  55         }
  56         // close showed layer
  57         function mclose()
  58         {
  59         if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
  60         }
  61
  62         // go close timer
  63         function mclosetime()
  64         {
  65         closetimer = window.setTimeout(mclose, timeout);
  66         }
  67
  68         // cancel close timer
  69         function mcancelclosetime()
  70         {
  71         if(closetimer)
  72         {
  73         window.clearTimeout(closetimer);
  74         closetimer = null;
  75         }
  76         }
  77
  78         // close layer when click-out
  79         document.onclick = mclose;
  80         // -->
  81   </script>
  82   <script>
  83     <!--//--><![CDATA[//><!--
  84 var _gaq = _gaq || [];_gaq.push(["_setAccount", "UA-9060947-1"]);_gaq.push(["_trackPageview"]);(function() {var ga = document.createElement("script");ga.type = "text/javascript";ga.async = true;ga.src = ("https:" == document.location.protocol ? "https://ssl" : "http://www") + ".google-analytics.com/ga.js";var s = document.getElementsByTagName("script")[0];s.parentNode.insertBefore(ga, s);})();
  85 //--><!]]>
  86   </script>
  87
  88 </head>
  89
  90
  91 <body>
  92
  93
  94   <div id="header">
  95     <div id="logo"><a href="http://www.jalview.org" title="Home"></a></div>
  96     <ul id="buttons">
  97       <li id="applet"><a href="applets.html" title="applet"></a></li>
  98       <li id="desktop"><a href="../webstart/jalview.jnlp" title="desktop"></a></li>
  99     </ul>
 100   </div>
 101
 102
 103   <div id ="nav">
 104     <div id="navInner">
 105
 106       <ul id="sddm">
 107         <li><a href="http://www.jalview.org">Home</a></li>
 108         <li><a href="http://www.jalview.org/about" onmouseover="mopen('m1')" onmouseout="mclosetime()">About</a>
 109           <div id="m1" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 110             <a href="http://www.jalview.org/about/documentation">Documentation</a>
 111             <a href="http://www.jalview.org/about/citation">Publications</a>
 112             <a href="http://www.jalview.org/about/credits">Credits</a>
 113           </div>
 114         </li>
 115         <li><a href="http://www.jalview.org/faq">FAQ</a></li>
 116         <li><a href="http://www.jalview.org/community" onmouseover="mopen('m3')" onmouseout="mclosetime()" class="community">Community</a>
 117           <div id="m3" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 118             <a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-announce">News Mailing List</a>
 119             <a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-discuss">Discussion Mailing List</a>
 120             <a href="http://www.jalview.org/community/links">Links</a>
 121             <a href="http://www.jalview.org/community/community-news">Community News</a>
 122           </div>
 123         </li>
 124         <li><a href="http://www.jalview.org/development" onmouseover="mopen('m4')" onmouseout="mclosetime()" class="development">Development</a>
 125           <div id="m4" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 126             <a href="http://www.jalview.org/development/release-history">Release History</a>
 127             <a href="http://issues.jalview.org">Jalview Bug Tracker</a>
 128             <a href="http://source.jalview.org/gitweb/">Jalview Git Web</a>
 129             <a href="http://www.jalview.org/development/development-news">Development News</a>
 130           </div>
 131         </li>
 132         <li><a href="http://www.jalview.org/training" onmouseover="mopen('m5')" onmouseout="mclosetime()" class="training">Training</a>
 133           <div id="m5" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 134             <a href="http://www.jalview.org/training/training-courses">Training Courses</a>
 135             <a href="http://www.jalview.org/training/training-news">Training News</a>
 136           </div>
 137         </li>
 138         <li><a href="http://www.jalview.org/download" class="download-right">Download</a></li>
 139       </ul>
 140       <div style="clear:both"></div>
 141     </div>
 142
 143   </div>
 144 <div id="pageWrap">
 145
 146 <div id="sideNav">
 147   <ul>
 148       <li ><a href="u_applets.html">JalviewLite Examples</a></li>
 149       <li ><a href="jalviewLiteJs.html">Javascript API</a></li>
 150       <li ><a href="appletParameters.html">Applet Parameters</a></li>
 151       <li ><a href="u_embedded.html">Embedded Alignment</a></li>
 152       <li ><a href="u_embeddedWJmol.html">Jalview and Jmol</a></li>
 153       <li ><a href="u_formComplete.html">Access from Javascript</a></li>
 154       <li ><a href="u_javascriptLaunch.html">Javascript Launch</a></li>
 155       <li class="jvlite-nav-small"><a href="u_linkedapplets_ng.html">Linked JalviewLites</a></li>
 156   </ul>
 157 </div>
 158
 159 <div id="content" class="content">
 160
 161
 162 <!-- boiler plate link to alternate demopage -->
 163
 164 <div style="width: 100%">
 165 <div style="width:35%; align:left; float:right;">
 166 <div style="margin:8px; padding:8px; border: 2px solid black; align: center; float:center;">
 167  Scary Java warnings ?<br/>Try <a href="linkedapplets_ng.html">the signed applet demos</a>
 168 </div>
 169 <div style="margin:8px; padding:10px; align: left;">
 170 <p>Quick Links to jars for example:<br/><a href="u_jalviewApplet.jar">jalviewApplet.jar</a> and <a href="u_JmolApplet-12.2.4.jar">JmolApplet.jar</a>
 171 </p></div>
 172 </div>
 173 </div>
 174
 175 <!-- content template start -->
 176 <script src="http://www.java.com/js/deployJava.js"></script>
 177 <script src="javascript/jalview.js" language="javascript"></script>
 178 <script>  //deployJava.debug="true";
 179
 180   function lJvApp() {
 181     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
 182     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
 183     setConsole(document.getElementById("stdout"));
 184     //jvapp.setSeparator(""+jvapp.getSeparator());
 185     linkJvJmol(jvapp);
 186   };
 187
 188   function lJvFollow() {
 189     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
 190     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
 191     //jvfollower.setSeparator(""+jvfollower.getSeparator());
 192     linkJvJmol(jvfollower);
 193   };
 194 </script>
 195     <h2>JalviewLite Linked Applets Demo</h2>
 196     <p>The two applets below use <a href="jalviewLiteJs.html">JalviewLite's javascript API</a> to exchange events about the currently selected region and mouse position in the alignment.
 197     </p>
 198         <script>
 199   var attributes = {
 200     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
 201     archive : 'u_jalviewApplet.jar',
 202     width : 800,
 203     height : 300,
 204     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
 205     id : 'jvapp'
 206   };
 207   var parameters = {
 208     oninit : "lJvApp",
 209     automaticScrolling : "true",
 210     file : "plantfdx.fa",
 211     annotations : "plantfdx.annotations",
 212     debug : "true",
 213     wrap : "false",
 214     // separator : "^",
 215     showAnnotation : "true",
 216     embedded : "true",
 217     showFullId : "false",
 218     RGB : "F2F2FF",
 219     linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
 220     linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
 221     ,
 222     linkLabel_2 : "Uniprot"
 223     ,
 224     linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
 225     permissions : 'sandbox',
 226     APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
 227   };
 228
 229   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');
 230 </script>
 231 <script>
 232   var attributes = {
 233     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
 234     archive : 'u_jalviewApplet.jar',
 235     width : 800,
 236     height : 300,
 237     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
 238     id : "jvfollower"
 239   };
 240   var parameters = {
 241     oninit : "lJvFollow",
 242     file : "plantfdx.fa",
 243     annotations : "plantfdx.annotations",
 244     automaticScrolling : "true",
 245     debug : "true",
 246     wrap : "false",
 247     // separator : "^",
 248     showAnnotation : "true",
 249     embedded : "true",
 250     showFullId : "false",
 251     RGB : "F2F2FF",
 252     linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
 253     linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
 254     ,
 255     linkLabel_2 : "Uniprot"
 256     ,
 257     linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
 258     permissions : 'sandbox',
 259    APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
 260   };
 261   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');
 262 </script>
 263     <p>
 264 <!--      <a href="javascript:linkJvJmol()">Click Me If you don't see any messages below</a>
 265       <br>
 266        -->
 267 <form name="console" id="console">
 268 <textarea name="output"
 269         id="stdout" rows="20" cols="80">Messages  will appear here.</textarea></form>
 270       <br>
 271 </p>
 272 <!-- content template end -->
 273
 274
 275
 276 </div> <!-- end content div -->
 277
 278 </div> <!-- content -->
 279 </div> <!-- pagewrap -->
 280 <div id ="footer">
 281 <div id="innerFooter">
 282 <div id="copyright"><p>Published under <a href="http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/">CC-SA 3.0</a></p></div>
 283 <div id="cite">
 284 <p>
 285 If you use Jalview in your work, please cite this publication:
 286 </p>
 287 <br />
 288 <p>
 289 Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
 290 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
 291 Bioinformatics 25 (9) 1189-1191 <a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp033">doi: 10.1093/bioinformatics/btp033</a>
 292 </p>
 293 </div>
 294 </div>
 295 </div>
 296 </body>
 297 </html>