forester/java/src/org/forester/clade_analysis/CladeAnalysisTest.java

   1
   2 package org.forester.clade_analysis;
   3
   4 import java.io.File;
   5 import java.util.List;
   6
   7 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
   8 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
   9 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  10 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  11 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  12 import org.forester.util.ForesterUtil;
  13
  14 public class CladeAnalysisTest {
  15
  16     private final static String PATH_TO_TEST_DATA = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
  17             + "test_data" + ForesterUtil.getFileSeparator();
  18
  19     public static void main( final String[] args ) {
  20         boolean failed = false;
  21         if ( !testCladeAnalysis1() ) {
  22             System.out.println( "Clade analysis 1 failed" );
  23             failed = true;
  24         }
  25         if ( !testCladeAnalysis2() ) {
  26             System.out.println( "Clade analysis 2 failed" );
  27             failed = true;
  28         }
  29         if ( !testCladeAnalysis3() ) {
  30             System.out.println( "Clade analysis 3 failed" );
  31             failed = true;
  32         }
  33         if ( !failed ) {
  34             System.out.println( "OK" );
  35         }
  36     }
  37
  38     public static boolean test() {
  39         if ( !testCladeAnalysis1() ) {
  40             return false;
  41         }
  42         if ( !testCladeAnalysis2() ) {
  43             return false;
  44         }
  45         if ( !testCladeAnalysis3() ) {
  46             return false;
  47         }
  48         return true;
  49     }
  50
  51     private static boolean testCladeAnalysis1() {
  52         try {
  53             final File intreefile1 = new File( PATH_TO_TEST_DATA + "clade_analysis_test_1.xml" );
  54             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  55             final PhylogenyParser pp = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( intreefile1, true );
  56             final Phylogeny p1 = factory.create( intreefile1, pp )[ 0 ];
  57             Result res = Analysis.execute( p1, "A.1.1.1", "." );
  58             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A.1" ) ) {
  59                 return false;
  60             }
  61             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.1.1" ) ) {
  62                 return false;
  63             }
  64             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A.1.2.1" ) ) {
  65                 return false;
  66             }
  67             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 4 ) {
  68                 return false;
  69             }
  70             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
  71                 return false;
  72             }
  73             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
  74                 return false;
  75             }
  76             res = Analysis.execute( p1, "A.1.1.2", "." );
  77             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A.1" ) ) {
  78                 return false;
  79             }
  80             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.1.1" ) ) {
  81                 return false;
  82             }
  83             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A.1.2.1" ) ) {
  84                 return false;
  85             }
  86             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 4 ) {
  87                 return false;
  88             }
  89             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
  90                 return false;
  91             }
  92             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
  93                 return false;
  94             }
  95             res = Analysis.execute( p1, "A.1.1.3", "." );
  96             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A.1" ) ) {
  97                 return false;
  98             }
  99             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.1.1" ) ) {
 100                 return false;
 101             }
 102             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A.1.2.1" ) ) {
 103                 return false;
 104             }
 105             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 4 ) {
 106                 return false;
 107             }
 108             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 109                 return false;
 110             }
 111             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 112                 return false;
 113             }
 114             res = Analysis.execute( p1, "A.1.1.4", "." );
 115             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A.1.1" ) ) {
 116                 return false;
 117             }
 118             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.1.1" ) ) {
 119                 return false;
 120             }
 121             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A.1.1" ) ) {
 122                 return false;
 123             }
 124             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 3 ) {
 125                 return false;
 126             }
 127             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 128                 return false;
 129             }
 130             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 131                 return false;
 132             }
 133             res = Analysis.execute( p1, "A.1.2.1", "." );
 134             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A" ) ) {
 135                 return false;
 136             }
 137             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.1.1" ) ) {
 138                 return false;
 139             }
 140             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A" ) ) {
 141                 return false;
 142             }
 143             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 17 ) {
 144                 return false;
 145             }
 146             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 147                 return false;
 148             }
 149             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 150                 return false;
 151             }
 152             res = Analysis.execute( p1, "A.2.1.1", "." );
 153             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A" ) ) {
 154                 return false;
 155             }
 156             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.2.1.2" ) ) {
 157                 return false;
 158             }
 159             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A" ) ) {
 160                 return false;
 161             }
 162             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 17 ) {
 163                 return false;
 164             }
 165             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 166                 return false;
 167             }
 168             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 169                 return false;
 170             }
 171             res = Analysis.execute( p1, "A.2.1.2", "." );
 172             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A" ) ) {
 173                 return false;
 174             }
 175             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.2.1.1" ) ) {
 176                 return false;
 177             }
 178             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A" ) ) {
 179                 return false;
 180             }
 181             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 17 ) {
 182                 return false;
 183             }
 184             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 185                 return false;
 186             }
 187             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 188                 return false;
 189             }
 190             res = Analysis.execute( p1, "A.3.1.1", "." );
 191             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A.3" ) ) {
 192                 return false;
 193             }
 194             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.3.1.2" ) ) {
 195                 return false;
 196             }
 197             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A.3.2.1" ) ) {
 198                 return false;
 199             }
 200             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 2 ) {
 201                 return false;
 202             }
 203             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 204                 return false;
 205             }
 206             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 207                 return false;
 208             }
 209             res = Analysis.execute( p1, "A.3.1.2", "." );
 210             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A.3" ) ) {
 211                 return false;
 212             }
 213             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.3.1.1" ) ) {
 214                 return false;
 215             }
 216             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A.3.2.1" ) ) {
 217                 return false;
 218             }
 219             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 2 ) {
 220                 return false;
 221             }
 222             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 223                 return false;
 224             }
 225             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 226                 return false;
 227             }
 228             res = Analysis.execute( p1, "A.3.2.1", "." );
 229             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A.3" ) ) {
 230                 return false;
 231             }
 232             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.3.1" ) ) {
 233                 return false;
 234             }
 235             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A.3.3.1" ) ) {
 236                 return false;
 237             }
 238             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 3 ) {
 239                 return false;
 240             }
 241             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 242                 return false;
 243             }
 244             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 245                 return false;
 246             }
 247             res = Analysis.execute( p1, "A.3.3.1", "." );
 248             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A" ) ) {
 249                 return false;
 250             }
 251             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.3" ) ) {
 252                 return false;
 253             }
 254             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A" ) ) {
 255                 return false;
 256             }
 257             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 10 ) {
 258                 return false;
 259             }
 260             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 261                 return false;
 262             }
 263             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 264                 return false;
 265             }
 266             res = Analysis.execute( p1, "A.4.1.1", "." );
 267             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A.4.1" ) ) {
 268                 return false;
 269             }
 270             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.4.1.1.a" ) ) {
 271                 return false;
 272             }
 273             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A.4.1.2" ) ) {
 274                 return false;
 275             }
 276             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 3 ) {
 277                 return false;
 278             }
 279             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 280                 return false;
 281             }
 282             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 283                 return false;
 284             }
 285             res = Analysis.execute( p1, "A.4.1.1.a", "." );
 286             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A.4.1" ) ) {
 287                 return false;
 288             }
 289             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.4.1.1" ) ) {
 290                 return false;
 291             }
 292             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A.4.1.2" ) ) {
 293                 return false;
 294             }
 295             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 3 ) {
 296                 return false;
 297             }
 298             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 299                 return false;
 300             }
 301             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 302                 return false;
 303             }
 304             res = Analysis.execute( p1, "A.4.1.2", "." );
 305             res = Analysis.execute( p1, "A.4.1.2.a", "." );
 306             res = Analysis.execute( p1, "A.5.1.1", "." );
 307             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A" ) ) {
 308                 return false;
 309             }
 310             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.5.1.2" ) ) {
 311                 return false;
 312             }
 313             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A" ) ) {
 314                 return false;
 315             }
 316             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 10 ) {
 317                 return false;
 318             }
 319             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 320                 return false;
 321             }
 322             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 323                 return false;
 324             }
 325             res = Analysis.execute( p1, "A.5.1.2", "." );
 326             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A" ) ) {
 327                 return false;
 328             }
 329             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.5.1.1" ) ) {
 330                 return false;
 331             }
 332             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A" ) ) {
 333                 return false;
 334             }
 335             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 10 ) {
 336                 return false;
 337             }
 338             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 339                 return false;
 340             }
 341             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 342                 return false;
 343             }
 344             res = Analysis.execute( p1, "A.6.3.12", "." );
 345             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A" ) ) {
 346                 return false;
 347             }
 348             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A" ) ) {
 349                 return false;
 350             }
 351             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A" ) ) {
 352                 return false;
 353             }
 354             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 17 ) {
 355                 return false;
 356             }
 357             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 358                 return false;
 359             }
 360             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 361                 return false;
 362             }
 363             res = Analysis.execute( p1, "B.1.1.1", "." );
 364             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "" ) ) {
 365                 return false;
 366             }
 367             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "B.1.234.3" ) ) {
 368                 return false;
 369             }
 370             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "" ) ) {
 371                 return false;
 372             }
 373             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 25 ) {
 374                 return false;
 375             }
 376             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 377                 return false;
 378             }
 379             if ( res.getWarnings().size() != 2 ) {
 380                 return false;
 381             }
 382             res = Analysis.execute( p1, "B.1.234.3", "." );
 383             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "" ) ) {
 384                 return false;
 385             }
 386             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "B.1.1.1" ) ) {
 387                 return false;
 388             }
 389             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "" ) ) {
 390                 return false;
 391             }
 392             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 25 ) {
 393                 return false;
 394             }
 395             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 396                 return false;
 397             }
 398             if ( res.getWarnings().size() != 2 ) {
 399                 return false;
 400             }
 401             res = Analysis.execute( p1, "C.1.1.1", "." );
 402             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "C.1" ) ) {
 403                 return false;
 404             }
 405             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "C.1.1.2" ) ) {
 406                 return false;
 407             }
 408             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "C.1.2.1" ) ) {
 409                 return false;
 410             }
 411             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 2 ) {
 412                 return false;
 413             }
 414             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 415                 return false;
 416             }
 417             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 418                 return false;
 419             }
 420             res = Analysis.execute( p1, "C.1.1.2", "." );
 421             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "C.1" ) ) {
 422                 return false;
 423             }
 424             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "C.1.1.1" ) ) {
 425                 return false;
 426             }
 427             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "C.1.2.1" ) ) {
 428                 return false;
 429             }
 430             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 2 ) {
 431                 return false;
 432             }
 433             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 434                 return false;
 435             }
 436             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 437                 return false;
 438             }
 439             res = Analysis.execute( p1, "C.1.2.1", "." );
 440             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "C" ) ) {
 441                 return false;
 442             }
 443             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "C.1.1" ) ) {
 444                 return false;
 445             }
 446             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "C.2.1" ) ) {
 447                 return false;
 448             }
 449             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 3 ) {
 450                 return false;
 451             }
 452             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 453                 return false;
 454             }
 455             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 456                 return false;
 457             }
 458             res = Analysis.execute( p1, "C.2.1", "." );
 459             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "C" ) ) {
 460                 return false;
 461             }
 462             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "C.1" ) ) {
 463                 return false;
 464             }
 465             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "C.3" ) ) {
 466                 return false;
 467             }
 468             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 4 ) {
 469                 return false;
 470             }
 471             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 472                 return false;
 473             }
 474             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 475                 return false;
 476             }
 477             res = Analysis.execute( p1, "C.3", "." );
 478             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "" ) ) {
 479                 return false;
 480             }
 481             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "C" ) ) {
 482                 return false;
 483             }
 484             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "QE.1.1.1.2.1" ) ) {
 485                 return false;
 486             }
 487             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 5 ) {
 488                 return false;
 489             }
 490             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 491                 return false;
 492             }
 493             if ( res.getWarnings().size() != 1 ) {
 494                 return false;
 495             }
 496             res = Analysis.execute( p1, "QE.1.1.1.2.1", "." );
 497             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "" ) ) {
 498                 return false;
 499             }
 500             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "C" ) ) {
 501                 return false;
 502             }
 503             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "" ) ) {
 504                 return false;
 505             }
 506             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 25 ) {
 507                 return false;
 508             }
 509             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 510                 return false;
 511             }
 512             if ( res.getWarnings().size() != 2 ) {
 513                 return false;
 514             }
 515         }
 516         catch ( final Exception e ) {
 517             e.printStackTrace( System.out );
 518             return false;
 519         }
 520         return true;
 521     }
 522
 523     private static boolean testCladeAnalysis2() {
 524         try {
 525             final File intreefile1 = new File( PATH_TO_TEST_DATA + "clade_analysis_test_2.xml" );
 526             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 527             final PhylogenyParser pp = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( intreefile1, true );
 528             final Phylogeny p1 = factory.create( intreefile1, pp )[ 0 ];
 529             Result res = Analysis.execute( p1, "6_DQ278891", null );
 530             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "6_" ) ) {
 531                 return false;
 532             }
 533             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "6_DQ278893" ) ) {
 534                 return false;
 535             }
 536             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "6_JX183550" ) ) {
 537                 return false;
 538             }
 539             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 2 ) {
 540                 return false;
 541             }
 542             if ( res.getTreeSize() != 219 ) {
 543                 return false;
 544             }
 545             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 546                 return false;
 547             }
 548             res = Analysis.execute( p1, "6xa_EU408330", null );
 549             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "6xa_EU40833" ) ) {
 550                 return false;
 551             }
 552             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "6xa_EU408331" ) ) {
 553                 return false;
 554             }
 555             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "6xa_EU408332" ) ) {
 556                 return false;
 557             }
 558             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 2 ) {
 559                 return false;
 560             }
 561             if ( res.getTreeSize() != 219 ) {
 562                 return false;
 563             }
 564             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 565                 return false;
 566             }
 567             res = Analysis.execute( p1, "7a_EF108306", null );
 568             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "" ) ) {
 569                 return false;
 570             }
 571             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "2" ) ) {
 572                 return false;
 573             }
 574             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "" ) ) {
 575                 return false;
 576             }
 577             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 219 ) {
 578                 return false;
 579             }
 580             if ( res.getTreeSize() != 219 ) {
 581                 return false;
 582             }
 583             if ( res.getWarnings().size() != 2 ) {
 584                 return false;
 585             }
 586         }
 587         catch ( final Exception e ) {
 588             e.printStackTrace( System.out );
 589             return false;
 590         }
 591         return true;
 592     }
 593
 594     private static boolean testCladeAnalysis3() {
 595         try {
 596           final Result2 res1 = new Result2();
 597           res1.addGreatestCommonPrefix( "A.1.1", 0.3 );
 598           res1.addGreatestCommonPrefix( "A.1.2", 0.3 );
 599           res1.addGreatestCommonPrefix( "A.1.3", 0.3 );
 600           res1.addGreatestCommonPrefix( "B.1", 0.1 );
 601
 602           List<String> x = ForesterUtil.spliIntoPrefixes( "A.1.2.3.4", "." );
 603          // System.out.println( x );
 604           x =ForesterUtil.spliIntoPrefixes( "A", "." );
 605          // System.out.println( x );
 606
 607
 608           res1.analyzeGreatestCommonPrefixes( "." );
 609
 610           final Result2 res2 = new Result2();
 611           res2.addGreatestCommonPrefix( "A.1.1.1", 0.1 );
 612           res2.addGreatestCommonPrefix( "A.1", 0.7 );
 613           res2.addGreatestCommonPrefix( "A.1.2", 0.1 );
 614           res2.addGreatestCommonPrefix( "B.1", 0.1 );
 615           res2.analyzeGreatestCommonPrefixes( "." );
 616
 617           final Result2 res3 = new Result2();
 618           res3.addGreatestCommonPrefix( "A.1.1.1", 0.7 );
 619           res3.addGreatestCommonPrefix( "A.1", 0.1 );
 620           res3.addGreatestCommonPrefix( "A.1.2", 0.1 );
 621           res3.addGreatestCommonPrefix( "B.1", 0.1 );
 622           res3.analyzeGreatestCommonPrefixes( "." );
 623
 624
 625           final Result2 res4 = new Result2();
 626           res4.addGreatestCommonPrefix( "A.1.1.1.1", 0.35);
 627           res4.addGreatestCommonPrefix( "A.1.1.1.2", 0.35 );
 628           res4.addGreatestCommonPrefix( "A.1", 0.1 );
 629           res4.addGreatestCommonPrefix( "A.1.2", 0.1 );
 630           res4.addGreatestCommonPrefix( "B.1", 0.1 );
 631           res4.analyzeGreatestCommonPrefixes( "." );
 632
 633           final Result2 res5 = new Result2();
 634           res5.addGreatestCommonPrefix( "A.1.1.1.1", 0.2);
 635           res5.addGreatestCommonPrefix( "C.2.3", 0.2 );
 636           res5.addGreatestCommonPrefix( "A.1.5", 0.1 );
 637           res5.addGreatestCommonPrefix( "A.3.1.4", 0.2 );
 638           res5.addGreatestCommonPrefix( "B.1.1", 0.2 );
 639           res5.addGreatestCommonPrefix( "B.1.2", 0.09 );
 640           res5.addGreatestCommonPrefix( "D.1.1.1.1", 0.01 );
 641           res5.analyzeGreatestCommonPrefixes( "." );
 642         }
 643         catch ( final Exception e ) {
 644             e.printStackTrace( System.out );
 645             return false;
 646         }
 647         return true;
 648     }
 649 }