forester/java/src/org/forester/evoinference/distance/Sarray.java

   1
   2 package org.forester.evoinference.distance;
   3
   4 import java.text.DecimalFormat;
   5 import java.util.ArrayList;
   6 import java.util.List;
   7 import java.util.Map.Entry;
   8 import java.util.Set;
   9 import java.util.SortedMap;
  10 import java.util.TreeMap;
  11
  12 import org.forester.evoinference.matrix.distance.BasicSymmetricalDistanceMatrix;
  13
  14 public final class Sarray {
  15
  16     public final static int                       FACTOR = 1000000;
  17     private final static boolean                  DEBUG  = true;
  18     private final List<SortedMap<Integer, int[]>> _data;
  19
  20     public Sarray() {
  21         _data = new ArrayList<SortedMap<Integer, int[]>>();
  22     }
  23
  24     final public void addPairing( final double key, final int value, final int j ) {
  25         addPairing( ( int ) ( FACTOR * key ), value, getS( j ) );
  26     }
  27
  28     final public void addPairing( final int key, final int value, final int j ) {
  29         addPairing( key, value, getS( j ) );
  30     }
  31
  32     final public SortedMap<Integer, int[]> getS( final int j ) {
  33         return _data.get( j );
  34     }
  35
  36     final public int[] getValues( final int key, final int j ) {
  37         return getS( j ).get( key );
  38     }
  39
  40     final public void initialize( final BasicSymmetricalDistanceMatrix d ) {
  41         for( int j = 0; j < d.getSize(); ++j ) {
  42             final TreeMap<Integer, int[]> map = new TreeMap<Integer, int[]>();
  43             _data.add( map );
  44             for( int i = 0; i < j; ++i ) {
  45                 addPairing( ( int ) ( FACTOR * d.getValues()[ i ][ j ] ), i, map );
  46             }
  47         }
  48         //System.out.println( toString() );
  49     }
  50
  51     final public void initialize( final int size ) {
  52         for( int j = 0; j < size; ++j ) {
  53             final TreeMap<Integer, int[]> map = new TreeMap<Integer, int[]>();
  54             _data.add( map );
  55         }
  56     }
  57
  58     final public void removePairing( final double key, final int value, final int j ) {
  59         removePairing( ( int ) ( key * FACTOR ), value, j );
  60     }
  61
  62     final public void removePairing( final int key, final int value, final int j ) {
  63         final SortedMap<Integer, int[]> m = _data.get( j );
  64         final int[] x = m.get( key );
  65         if ( x == null ) {
  66             System.out.println();
  67             System.out
  68             .println( "________________________________________________________________________________________" );
  69             System.out.println( toString() );
  70             throw new IllegalArgumentException( "key " + key + " (->" + value + ") does not exist for row " + j );
  71         }
  72         if ( x.length == 1 ) {
  73             m.remove( key );
  74         }
  75         else {
  76             final int[] xnew = new int[ x.length - 1 ];
  77             int xc = 0;
  78             for( int i = 0; ++i < x.length; ++i ) {
  79                 final int xv = x[ i ];
  80                 if ( xv != value ) {
  81                     xnew[ xc++ ] = xv;
  82                 }
  83             }
  84             m.put( key, xnew );
  85         }
  86     }
  87
  88     final public int size() {
  89         return _data.size();
  90     }
  91
  92     // Slow, only for testing
  93     @SuppressWarnings( "unchecked")
  94     final public Set<Integer>[] toArray( final int j ) {
  95         return _data.get( j ).values().toArray( new Set[ _data.get( j ).size() ] );
  96     }
  97
  98     @Override
  99     final public String toString() {
 100         final DecimalFormat df = new DecimalFormat( "0.000000" );
 101         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
 102         for( int j = 0; j < size(); ++j ) {
 103             sb.append( j );
 104             sb.append( ": " );
 105             for( final Entry<Integer, int[]> entry : getSentrySet( j ) ) {
 106                 final double key = entry.getKey();
 107                 final int[] values = entry.getValue();
 108                 sb.append( df.format( key / FACTOR ) + "->" );
 109                 boolean first = true;
 110                 for( final int v : values ) {
 111                     if ( !first ) {
 112                         sb.append( "," );
 113                     }
 114                     first = false;
 115                     sb.append( v );
 116                 }
 117                 sb.append( "  " );
 118             }
 119             sb.append( "\n" );
 120         }
 121         return sb.toString();
 122     }
 123
 124     final Set<Entry<Integer, int[]>> getSentrySet( final int j ) {
 125         return getS( j ).entrySet();
 126     }
 127
 128     final private static void addPairing( final int key, final int value, final SortedMap<Integer, int[]> m ) {
 129         if ( !m.containsKey( key ) ) {
 130             final int[] x = new int[ 1 ];
 131             x[ 0 ] = value;
 132             m.put( key, x );
 133         }
 134         else {
 135             final int[] x = new int[ m.get( key ).length + 1 ];
 136             for( int i = 0; i < ( x.length - 1 ); i++ ) {
 137                 x[ i ] = m.get( key )[ i ];
 138             }
 139             x[ x.length - 1 ] = value;
 140             m.put( key, x );
 141         }
 142     }
 143 }