forester/java/src/org/forester/evoinference/matrix/distance/DistanceMatrix.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.evoinference.matrix.distance;
  27
  28 public interface DistanceMatrix {
  29
  30     public String getIdentifier( int i );
  31
  32     public int getIndex( String identifier );
  33
  34     public int getSize();
  35
  36     public double getValue( int col, int row );
  37
  38     public void setIdentifier( int i, final String identifier );
  39
  40     public void setValue( int col, int row, double distance );
  41
  42     public StringBuffer toStringBuffer( Format format );
  43
  44     public static enum Format {
  45         PHYLIP
  46     }
  47 }