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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Sorting Sequences</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Sorting Sequences</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Any group of selected sequences may be reordered by pressing the up
  31     or down arrow keys. The whole alignment may also be reordered by the
  32     use of the functions in the Sort menu (<strong>Calculate&#8594;Sort</strong>):
  33   </p>
  34   <ul>
  35     <li><p>
  36         <strong>Sort by ID</strong>
  37       </p>
  38       <p>Orders the sequences by the alphanumeric (0-9A-Za-z)
  39         precedence of their names.</p>
  40       <p></li>
  41     <li><p>
  42         <strong>Sort by Group</strong>
  43       </p>
  44       <p>Places sequences in the same group adjacent to each other.</p>
  45       <p></li>
  46     <li><p>
  47         <strong>Sort by Pairwise Identity</strong>
  48       </p>
  49       <p>Sorts sequences in the selection or alignment according to percent identity with respect to the first sequence in the view.</p>
  50       <p></li>
  51     <li><p>
  52         <strong>Sort by Tree Order</strong>
  53       </p>
  54       <p>
  55         The leaf ordering of a particular phylogenetic tree is used to
  56         order the sequences corresponding to those leaves in the
  57         alignment.<br> If a tree has been calculated from or
  58         associated with the current alignment, its name will appear in
  59         the submenu <strong>Sort&#8594;By Tree Order</strong>.
  60       </p>
  61       <p></li>
  62     <li><p>
  63         <strong>Sort by alignment ordering</strong>
  64       </p>
  65       <p>
  66         Multiple alignment methods often order the sequences in their
  67         alignments by some measure of sequence identity.<br> If the
  68         current alignment has been generated by one of Jalview's
  69         alignment web services, the alignment ordering can be recovered
  70         by its corresponding entry in the Sort menu.
  71       </p></li>
  72     <li><p>
  73         <strong>Sort by Score</strong>
  74       </p>
  75       <p>
  76         This menu appears if the alignment contains any <a
  77           href="../features/annotationsFormat.html">sequence
  78           associated alignment annotation</a> with associated score values.
  79         Each entry is the label for a distinct group of sequence
  80         associated annotation scores which can be used for sorting.
  81       </p>
  82   </ul>
  83   <p>
  84     <strong>Sorting according to sequence features</strong><br />
  85     Additional sort operations for alignments containing sequence
  86     features are provided in the <strong><a
  87       href="../features/featuresettings.html#sortbyfeature">Feature
  88         Settings</a></strong> dialog, opened via <strong>View&#8594;Feature
  89       Settings...</strong>
  90   <p>
  91     <strong>Reversing the Order</strong>
  92   </p>
  93   <p>Selecting any item from the Sort menu will sort sequences in an
  94     ascending order according to the property defining the sort. If the
  95     same sort is re-applied, the sequences will be sorted in the inverse
  96     order. In both cases, for sequences which are equivalent under the
  97     sort operation, their order will be preserved (since version 2.10).
  98     In the case of trees and alignment orderings, Jalview will remember
  99     your last choice for sorting the alignment and only apply the
 100     inverse ordering if you select the same tree or alignment ordering
 101     item again.</p>
 102
 103 </body>
 104 </html>