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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>The Tree Viewing Window</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>The Tree Viewing Window</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     The tree viewing window is opened when a tree has been <a
  31       href="tree.html">calculated from an alignment</a>, or
  32     imported via a file or web service. It includes <a href="#menus">menus</a>
  33     for controlling layout and file and figure creation, and enables
  34     various selection and colouring operations on the associated
  35     sequences in the alignment.
  36   </p>
  37   <p>
  38     <strong><em>Selecting Sequence Leaf Nodes</em></strong><br>
  39     Selecting sequence IDs at the leaves of the tree selects the
  40     corresponding sequences in the original alignment. These selections
  41     are also reflected in any other analysis windows associated with the
  42     alignment, such as another tree viewer.
  43   </p>
  44   <p>
  45     <strong><em><a name="partitioning">Grouping sequences by partitioning</a> the
  46         tree at a particular distance</em></strong><br> Clicking anywhere along
  47     the extent of the tree (but not on a leaf or internal node) defines
  48     a tree 'partition', by cutting every branch of the tree spanning the
  49     depth where the mouse-click occurred. Groups are created containing
  50     sequences at the leaves of each connected sub tree. These groups are
  51     each given a different colour, which are reflected in other windows
  52     in the same way as if the sequence IDs were selected, and can be
  53     edited in the same way as user defined sequence groups.
  54   </p>
  55   <p>
  56     Tree partitions are useful for comparing clusters produced by
  57     different methods and measures. They are also an effective way of
  58     identifying specific patterns of conservation and mutation
  59     corresponding to the overall phylogenetic structure, when combined
  60     with the <a href="../colourSchemes/conservation.html">conservation
  61       based colour scheme</a>.To distinguish parts of the alignment assigned
  62     to different groups, you may also enable the Sequence ID colour
  63     scheme via the <a href="../menus/alwcolour.html">Alignment
  64       window's Colours menu</a> (<em>Since 2.11</em>).
  65   </p>
  66   <p>
  67     <strong><em>Selecting Subtrees and changing the branch
  68         order and subtree group colour</em></strong><br> Moving the mouse over an
  69     internal node of the tree will highlight it. You can then :
  70   <ul>
  71     <li>Click the highlighted node to select all the sequences in
  72       that branch.
  73     <li>Double-click the highlighted node to rearrange the tree
  74       diagram by inverting the branch ordering at that node.
  75     <li>Right-click to open the 'Select Sub-Tree Colour' dialog
  76       box, to pick a new colour for the sub-tree and associated
  77       sequences.
  78   </ul>
  79   </p>
  80   <p>
  81     <strong><a name="menus"> File Menu</a></strong>
  82   </p>
  83   <p>This menu allows the displayed tree to be saved as a Newick
  84     tree file (Save&#8594;Newick File), printed or exported as an image
  85     (PNG) or Postscript file. Finally, data used to calculate the tree
  86     can be retrieved with the 'Input Data...' entry.</p>
  87   <p>
  88     <strong>View Menu</strong>
  89   </p>
  90   <p>When the tree viewer is opened, it displays all the annotation
  91     associated with a tree. Trees calculated by Jalview have branch
  92     lengths, which correspond to the distance measure used to construct
  93     the tree. Tree imported from outside may also contain bootstrap
  94     information, and additional leaves from sequences not present in the
  95     associated alignment.</p>
  96   <p>The view menu mostly contains options controlling the way a
  97     tree is rendered and labeled:
  98   <ul>
  99     <li><strong>Fit to Window</strong>
 100       <p>The tree layout will be scaled to fit in the display
 101         window. You may need to reduce the font size to minimise the
 102         leaf label overlap when this option is selected.</p></li>
 103     <li><strong>Font Size ...</strong><em>n</em>
 104       <p>
 105         Brings up a dialog box to set the font size for the leaf names.
 106         <em>n</em> is the current font size.
 107       </p></li>
 108     <li><strong>Show Distances</strong>
 109       <p>Labels each branch or leaf with its associated branch
 110         length.</p></li>
 111     <li><strong>Show Bootstrap values</strong>
 112       <p>Labels each branch or leaf with its associated bootstrap
 113         value.</p></li>
 114     <li><strong>Mark unlinked leaves</strong>
 115       <p>Toggles the display of a '*' at the beginning of a leaf
 116         label to indicate that there is no sequence corresponding to
 117         that leaf in the associated alignment.</p></li>
 118     <li><strong>Sort Alignment By Tree</strong>
 119       <p>
 120         Sorts any associated alignment views using the current tree. (<em>Only
 121           available in the Jalview Desktop</em>)
 122       </p></li>
 123     <li><strong>Associate Leaves with ...</strong>
 124       <p>
 125         Only visible when there are <a
 126           href="../features/multipleViews.html">multiple
 127           views</a> of the same alignment to show and edit which alignment
 128         views are associated with the leaves of the displayed tree.
 129       </p>
 130   </ul>
 131   </p>
 132 </body>
 133 </html>