help/help/html/colourSchemes/abovePID.html

   1 <html>
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Above PID Colours</title>
  24 <style type="text/css">
  25 <!--
  26 td {
  27         text-align: center;
  28 }
  29 -->
  30 </style>
  31 </head>
  32
  33 <body>
  34   <p>
  35     <strong>Colouring above a percentage identity threshold</strong>
  36   </p>
  37   <p>Selecting this option causes the colour scheme to be applied to
  38     only those residues that occur in that column at least a certain
  39     percentage of the time. For instance, selecting the threshold to be
  40     100 will only colour those columns with 100% identity, and selecting 50 will shade residues appearing in least 50% of the rows (or sequences) in each column.</p>
  41    <p>The percentage calculation may include or exclude gaps in the column, depending on the option selected for the <a href="../calculations/consensus.html">consensus calculation</a>.</p>
  42    <p>With a threshold of 0, colouring is unchanged.</p>
  43 </body>
  44 </html>