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   1 <html>
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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Annotation Colouring</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong> Annotation Colouring </strong>
  29   </p>
  30   <p>Jalview allows the columns of an alignment to be coloured using
  31     any numerical annotation rows added to that alignment.</p>
  32   Select &quot;Colour&quot;
  33   <strong>&#8594;</strong> &quot;.. by Annotation&quot; to bring up the
  34   Colour by Annotation settings window.
  35   <br>
  36   <br>
  37   <div align="center">
  38     <img src="annotationColourSetting.gif" width="471" height="256">
  39   </div>
  40   <ul>
  41     <li>Select which annotation to base the colouring scheme on
  42       using the top left selection box. Sequence associated alignment
  43       annotation are shown with the seuqence's name appended.<br />If
  44       the <strong>Per-sequence only</strong> tick box is not greyed out,
  45       then ticking it will limit the list of available annotation rows
  46       to just the labels for those that are sequence associated.
  47       Annotation rows on each sequence with the same label (e.g.
  48       T-COFFEE scores and <a href="../webServices/proteinDisorder.html">protein
  49         disorder predictions</a>) will then be used to colour its
  50       corresponding positions in the alignment.<br /> <em>Per-sequence
  51         associated annotation colouring is currently only available in
  52         the Desktop.</em>
  53     </li>
  54     <li>If the &quot;Use Original Colours&quot; box is selected,
  55       the colouring scheme will use the colouring scheme present on the
  56       alignment before the Annotation Colour Settings window was
  57       displayed. <br /> <em><strong>Please Note:</strong> If no
  58         colour scheme was applied previously, then the colours for lines
  59         and labels at each position in the annotation row will be used,
  60         for secondary structure symbols and graphs, this may be black by
  61         default, so your alignment will be coloured black.</em>
  62     </li>
  63     <li><em>Secondary structure annotation colouring</em><br />By
  64       default, Jalview will employ the helix or sheet colours to shade
  65       sequences and columns by available secondary structure annotation
  66       tracks. In the case of RNA, each structure is processed to
  67       identify distinct RNA helices and rendered in the same way as the
  68       <a href="rnahelicesColouring.html">RNA Helices shading scheme</a>.
  69       <em>Structure based sequence shading was added in Jalview
  70         2.8.2</em></li>
  71     <li>The colour scheme can display a colour gradient from a
  72       colour representing the minimum value in the selected annotation
  73       to a colour representing the maximum value in the selected
  74       annotation. Use the &quot;Min Colour&quot; and &quot;Max
  75       Colour&quot; to set the colour gradient range.
  76       <ul>
  77         <li>Press the &quot;Defaults&quot; button to reset the
  78           minimum and maximum colours to their default settings (these
  79           are configured in the applet's parameters or the <a
  80           href="../features/preferences.html">application's
  81             user preferences</a>.).<br /> <em>Default min and max
  82             colours were introduced in Jalview 2.7</em>
  83       </ul>
  84     </li>
  85
  86     <li>Select whether to colour the alignment above or below an
  87       adjustable threshold with the selection box center left of the
  88       window.</li>
  89     <li>Change the threshold value with the slider, or enter the
  90       exact value in the text box.</li>
  91     <li>Select the &quot;Threshold is Min/Max&quot; checkbox to
  92       assign colours using the thresholded range's minimum and maximum
  93       values, otherwise the scale will be defined by the range of values
  94       in the annotation row.</li>
  95   </ul>
  96   <p align="center">
  97     <img src="annotationColours.gif" width="582" height="464">
  98   </p>
  99 </body>
 100 </html>