help/help/html/features/biojsmsa.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  *Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  *Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  *This file is part of Jalview.
   7  *
   8  *Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  *modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  *as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  *of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  *Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  *WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  *of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  *PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  *You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  *along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  *The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21 -->
  22 <title>BioJS MSA Viewer Export</title>
  23 <body>
  24   <p>
  25     <strong>Exporting Alignments for viewing with the BioJS MSA
  26       Viewer</strong>
  27   </p>
  28   <p>
  29     Since Jalview 2.9, HTML files can be generated from an alignment
  30     within the Jalview desktop application that show the alignment in an
  31     interactive viewer called 'BioJS-MSA'. These pages embed Jalview's
  32     alignment data as <a href="bioJsonFormat.html">BioJSON</a>, which
  33     can be imported back into Jalview, and also interpreted by the BioJS
  34     MSA viewer. The BioJS MSA Viewer is a full-featured JavaScript based
  35     multiple sequence alignment visualisation system created by a
  36     community of biological data visualisation developers, and is
  37     developed independently of Jalview.
  38   </p>
  39   <p>
  40     To find out more about the BioJS MSA Viewer, please go to <a
  41       href="http://msa.biojs.net/">http://msa.biojs.net/</a>.
  42   </p>
  43
  44   <p>
  45     <strong>Making sure your BioJS MSA export uses the latest
  46       BioJS MSA Viewer</strong>
  47   </p>
  48   <p>In order to allow Jalview to export data with the latest
  49     version of the MSA viewer, the Jalview Desktop will download
  50     templates for HTML export from our public GitHub Repository.
  51     Normally, this should happen without you needing to do anything, but
  52     if you do encounter problems, then please get in contact via the
  53     jalview-discuss mailing list, or file a bug report.</p>
  54   <p>Templates are downloaded to a directory called
  55     '.biojs_templates' in your user's home storage space (e.g.
  56     ~/.biojs_templates).</p>
  57 </body>
  58 </html>