help/help/html/features/chimera.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>The Chimera PDB Viewer</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>The Chimera Viewer</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Since Jalview 2.8.2, <a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/">Chimera</a>
  31     (http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/) can be used for viewing
  32     structures opened via the <a href="structurechooser.html"><strong>&quot;View
  33         Structure Data..&quot;</strong> dialog</a>.
  34   </p>
  35   <p>
  36     You can set a default choice of Jmol or Chimera structure viewer in
  37     <a href="preferences.html#structure"> Preferences</a>. You can also
  38     optionally specify the path to the Chimera program here (if it
  39     differs from the standard paths searched by Jalview).<br /> <strong>Please
  40       make sure your version of Chimera is up to date. Jalview requires
  41       at least Chimera version 1.11.1</strong>
  42   </p>
  43   <p>
  44     If you save your Jalview session as a project file, the state of any
  45     open Chimera windows will also be saved, and can be reopened by
  46     loading the project file on any machine with Chimera installed. <em>Since
  47       Jalview 2.9.</em>
  48   <p>
  49     <a name="align"><strong>Superposing structures based on
  50         their aligned sequences</strong></a><br> If several structures are
  51     available on the alignment, you may add additional structures to an
  52     existing Chimera view by selecting their entry in the appropriate
  53     pop-up menu. Jalview will ask you if you wish to add the structure
  54     to the existing alignment, and if you do, it will import and
  55     superimpose the new PDB file using the corresponding positions from
  56     the alignment. If the alignment is subsequently edited, you can use
  57     the <a href="#sAlign"><em>Chimera&#8594;Align</em></a> menu option
  58     from the menu bar of the structure view window to superpose the
  59     structures using the updated alignment.<br>
  60   </p>
  61   <p>
  62     <strong>Chimera Controls</strong><br> The structure is by
  63     default rendered as a ribbon diagram. Moving the mouse over the
  64     structure brings up tooltips giving the residue name, PDB residue
  65     number and chain code ([RES]Num:Chain). Moving the mouse over an
  66     associated residue in an alignment window highlights the associated
  67     atoms in the displayed structures. When residues are selected in the
  68     Chimera window, they are highlighted on the alignment.
  69   <p>For comprehensive details of Chimera's commands, refer to the
  70     tool's Help menu.</p>
  71   <p>
  72     <strong>Selecting residues in Jalview from Chimera</strong><br />
  73     When a selection is highlighted in a Jalview window, use the
  74     <em>Select&#8594;Select Highlighted Region</em> or press <em>B</em>
  75     to add the mapped positions to the alignment window's column
  76     selection.<br /> <em>Hint: Use your machine's 'switch
  77       application' key combination (Alt-Tab on Windows and Linux,
  78       Cmd-Tab on OSX) to quickly switch between UCSF Chimera and Jalview
  79       before pressing 'B' to select highlighted regions.</em>
  80   </p>
  81   <p>
  82     Basic screen operations (see <a
  83       href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/mouse.html">Chimera
  84       help</a> at
  85     http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/mouse.html
  86     for full details).
  87   <table border="1">
  88     <tr>
  89       <td><strong>Action</strong></td>
  90       <td><strong>Windows</strong></td>
  91       <td><strong>Unix</strong></td>
  92       <td><strong>Mac/OSX</strong></td>
  93     </tr>
  94     <tr>
  95       <td>Rotate View</td>
  96       <td>Left Click and Drag</td>
  97       <td>Left Click and Drag</td>
  98       <td>Left Click and Drag</td>
  99     </tr>
 100     <tr>
 101       <td>Zoom</td>
 102       <td>Right Click<br> drag mouse up or down
 103       </td>
 104       <td>Right Click<br>drag mouse up or down
 105       </td>
 106       <td>cmd or Right + Click and drag mouse up or down, <br>or
 107         use mouse scroll button
 108       </td>
 109     </tr>
 110     <tr>
 111       <td>Move Origin</td>
 112       <td>Middle Button + Drag</td>
 113       <td>Middle Button and drag</td>
 114       <td>alt + Click<br> and drag
 115       </td>
 116     </tr>
 117     <tr>
 118       <td>Select Residues</td>
 119       <td>Ctrl + Click (and drag to select a region)</td>
 120       <td>Ctrl + Click (and drag)</td>
 121       <td>Ctrl + Click (and drag)</td>
 122     </tr>
 123   </table>
 124   </p>
 125   <p>
 126     <strong>Jalview Controls</strong>
 127   <p>The Jalview Chimera View window has up to five menus:</p>
 128   <ul>
 129     <li><Strong>File<br>
 130     </strong>
 131       <ul>
 132         <li><strong>View Mapping<br>
 133         </strong><em> Opens a text window showing the alignment between the
 134             residues corresponding to alpha-carbon atoms in the PDB
 135             structure and the residues in the associated sequence.</em></li>
 136       </ul></li>
 137     <li><strong>View</strong>
 138       <ul>
 139         <li><strong>Show Chains<br>
 140         </strong><em>Select which of the PDB file's chains (if more than
 141             one) are to be displayed.</em></li>
 142         <li><strong>Colour by ..<br></strong><em>Submenu
 143             allowing specific alignment views to be selected for
 144             colouring associated chains in the structure display. This
 145             menu contains all the alignment views associated with the
 146             structure view, with those used to colour the view indicated
 147             by ticks. Addditionally, it contains the following menu
 148             entries:</em>
 149           <ul>
 150             <li><strong>Select many views<br></strong><em>When
 151                 this option is enabled, selecting an alignment view adds
 152                 it to the set used to colour the structures. Use this
 153                 when colouring structures related to a number of
 154                 alignments involving different domains or chains which
 155                 are shown in the same structure view.</em></li>
 156             <li><strong>Select all views<br></strong><em>This
 157                 is only enabled when </em><strong>Select many views</strong><em>
 158                 is also enabled, and will add all associated views to
 159                 the set used to colour the structure display.</em></li>
 160             <li><strong>Invert selection<br></strong><em>This
 161                 is only enabled when </em><strong>Select many views</strong><em>
 162                 is also enabled, and will replace the current set of
 163                 views with any remaining views not currently used to
 164                 colour the structure display.</em></li>
 165           </ul></li>
 166       </ul>
 167     <li><strong>Colours<br>
 168     </strong>
 169       <ul>
 170         <li><strong>By Sequence<br>
 171         </strong><em> Colours each residue in the structure with the colour
 172             of its corresponding residue in the associated sequence as
 173             rendered in the associated alignment views, including any
 174             UniProt sequence features or region colourings.<br />Pick
 175             which of the associated alignment views are used to colour
 176             the structures using the <strong>View&#8594;Colour
 177               by ..</strong> sub menu.
 178         </em><br> Residues which only exist in the PDB structure are
 179           coloured white if they are insertions (relative to the
 180           associated sequence in the alignment) and grey if they are N
 181           or C terminal flanks outside the region mapped to the
 182           alignment window's sequence.</em></li>
 183         <li><strong>By Chain<br>
 184         </strong><em>Uses the Chimera 'rainbow chain' command to apply a
 185             different colour to each chain.</em></li>
 186         <li><strong>Charge &amp; Cysteine<br>
 187         </strong><em> Highlights cysteines in yellow, anionic (Aspartic Acid
 188             or Glutamic Acid) residues in red, and cationic (Lysine or
 189             Arginine) residues in blue.</em></li>
 190         <li><strong>Colour with Chimera<br></strong><em>Defers
 191             any colouring operations to Chimera. Select this if you want
 192             to use the Chimera scripting interface or menu to modify the
 193             view directly.</em></li>
 194         <li><strong>Standard and User Defined Jalview
 195             colourschemes.<br>
 196         </strong><em>The remaining entries apply the colourschemes available
 197             from the standard and user defined <a
 198             href="../colourSchemes/index.html">amino acid
 199               colours</a>.
 200         </em></li>
 201       </ul></li>
 202     <li><strong>Chimera<br>
 203     </strong><em>This pulldown menu is only displayed if there are multiple
 204         structures shown in the Chimera window, and Jalview can also
 205         locate at least two of the structures in the currently
 206         associated alignment view.</em>
 207       <ul>
 208         <li><strong><a name="sAlign">Align</a> <br> </strong><em>
 209             When selected, the associated alignment will be used to
 210             superimpose all the structures in the view onto the first
 211             structure in the alignment. The regions used to calculate
 212             the superposition will be highlighted using the 'Cartoon'
 213             rendering style, and the remaining data shown as a chain
 214             trace.<br />
 215           <br />
 216         </em></li>
 217         <li><a name="annotxfer"><strong>Write Jalview
 218               features</strong></a><br /> <em>Selecting this option will create
 219             new residue attributes for any features currently visible in
 220             the associated alignment views, allowing those positions to
 221             be selected and analysed with via Chimera's 'Render by
 222             Attribute' tool (found in the Tools submenu called Structure
 223             Analysis).<br /> <br />If you use this option, please
 224             remember to select the <em>Refresh Menus</em> option in
 225             Chimera's Render by Attribute dialog box in order to see the
 226             attributes derived from Jalview sequence features.
 227         </em></li>
 228         <li><strong>Fetch Chimera Attributes</strong><br /> <em>This
 229             submenu lists available Chimera residue attributes that can
 230             be imported as Jalview features on associated sequences.<br />This
 231             is particularly useful for transferring quantitative
 232             positional annotation. For example, structure similarity for
 233             an alignment can be visualised by transferring the local
 234             RMSD attributes generated by Chimera's Match->Align tool
 235             onto aligned sequences and displayed with a <a
 236             href="featureschemes.html">Graduated feature colour
 237               scheme</a>. </li>
 238       </ul></li>
 239     <li><strong>Help<br>
 240     </strong>
 241       <ul>
 242         <li><strong>Chimera Help<br>
 243         </strong><em>Access the Chimera Help documentation in a new browser
 244             window.</em></li>
 245       </ul></li>
 246   </ul>
 247   <p>
 248     <strong>Chimera and Windows Firewall</strong>
 249   </p>
 250   Jalview and Chimera communicate using Chimera's
 251   <a
 252     href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/ContributedSoftware/restserver/restserver.html">REST
 253     service</a>
 254   (http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/ContributedSoftware/restserver/restserver.html).
 255   <br> Technically this requires both Chimera and Jalview to open
 256   ports on the local network, and this may be blocked by Windows
 257   Firewall with a warning message such as
 258   <br /> "Windows Firewall has blocked some features of this program"
 259   (where the program may be jp2launcher.exe for Jalview Webstart, or
 260   java.exe or javaw.exe for the InstallAnywhere version).
 261   <br /> To allow Jalview and Chimera to interact, you may need to add
 262   permission for the program to communicate over the network. This can
 263   be done from the warning dialogue, or in Control Panel, Firewall
 264   settings.
 265 </body>
 266 </html>