help/help/html/features/ensemblsequencefetcher.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Fetching ENSEMBL Data in Jalview</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26
  27   <strong>Fetching ENSEMBL Data in Jalview</strong>
  28   <br /> Jalview Version 2.10 (October 2016) introduced support to
  29   retrieve annotated transcripts, peptides and genomic contigs from
  30   <a href="http://www.ensembl.org">ENSEMBL</a>.
  31   <br />
  32   <img src="selectfetchdb.gif" align="right" width="480" height="204"
  33     alt="Database selection dialog with Ensembl sequence source tooltip">
  34
  35   <p>Two types of ENSEMBL source are provided. ENSEMBL queries the
  36     main ENSEMBL warehouse containing data for higher eukaryotes, and
  37     EnsemblGenomes, which queries Ensembl Pathogens, and other
  38     warehouses.</p>
  39   <p>
  40     <strong>General Use</strong><br /> If you have a set of Ensembl
  41     gene or transcript IDs, then you can retrieve them <em>via</em> the
  42     sequence fetcher dialog opened after selecting the most appropriate
  43     source (either 'ENSEMBL', or Ensembl Genomes). However, Jalview's
  44     Ensembl client has a couple of additional capabilities:
  45   </p>
  46   <p>
  47     <strong>Retrieving aligned transcripts for a genomic ID</strong>
  48   </p>
  49   <p>If a single genomic identifier is entered in the Ensembl
  50     fetcher, Jalview will return all transcripts and products for the
  51     locus, and display them in a split view - complete with sequence
  52     variant annotation.</p>
  53   <p>
  54     <strong>Retrieving orthologs for a gene ID</strong>
  55   </p>
  56   <p>
  57     If a gene ID is entered (e.g. fox1), Jalview will resolve Ensembl
  58     genomic identifiers for a predefined set of taxa (Mouse, Rat, Human,
  59     Yeast in Jalview 2.10).<br />
  60   </p>
  61   <p>
  62     <strong><a name="ensemblannotation">Ensembl Sequence
  63         Features</a></strong><br /> Jalview 2.10 includes support for the
  64     visualisation and transfer genomic and transcriptomic sequence
  65     features onto protein product sequences. Retrieval of a genomic
  66     locus results in a set of transcripts that are annotated with
  67     nucleotide variant information and exonic regions. By default,
  68     intronic regions will be hidden.
  69   </p>
  70   <p>
  71     <strong><a name="variantvis">Variant information on
  72         Protein Products</a></strong><br />Jalview can translate genomic variant
  73     annotation into protein sequence variant codes for variants
  74     intersecting coding regions of a gene. To see this in action, use
  75     the <strong>Calculate&#8594;Show cross-references</strong> menu to
  76     view protein product sequences for the currently displayed (or
  77     selected) sequences. The same menu allows you to recover Ensembl
  78     exon, transcript and variant information when viewing UniProt
  79     sequences.
  80   </p>
  81   <p>
  82     <strong>Viewing more information about variant annotation</strong><br />
  83     Variants are highlighted as red sequence features on the protein
  84     sequence, with each one reporting all protein sequence variants
  85     observed at that position as a result of the genomic variants.
  86     Right-clicking a variant allows you to open the Ensembl Variants web
  87     page for each variant, via the <strong>Link</strong> submenu.
  88   </p>
  89   <p>
  90     <strong>Work in Progress !</strong><br />In the next few releases,
  91     we hope to improve and extend Jalview's support for working with
  92     Ensembl. If you have any problems, questions or suggestions then
  93     please get in contact with us via the Jalview discussion list.
  94   </p>
  95 </body>
  96 </html>