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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Sequence feature colour schemes</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>Sequence feature colour schemes</strong>
  29   </p>
  30   <p>
  31     Jalview can visualize annotation present on parts of a sequence by
  32     overlaying colours according to the annotation present at each
  33     position. It allows features to be colored either according to type,
  34     or for a particular type, according to an individual feature's
  35     associated label or score. The <a href="featuresettings.html">Feature
  36       Settings dialog box</a> controls the order and display of each
  37     sequence annotation type, and also allows the colour scheme used for
  38     the the feature to be changed <em>via</em> the 'Graduated Colour'
  39     option in the sequence feature pop-up menu (obtained by
  40     right-clicking on a sequence feature).
  41   </p>
  42
  43   <center>
  44     <img src="featurecoloursettings.gif"><br />Graduated feature
  45     colour scheme settings dialog box</img>
  46   </center>
  47   <p>The Graduated Feature Colour dialog box has the following
  48     controls:
  49   <ul>
  50     <li><em>Colour by Label</em> - when checked this derives a
  51       colour for each feature based on the label text.</li>
  52     <li><em>Min and Max Color boxes</em> - Click on these boxes to
  53       set the minimum and maximum colours used to shade features by
  54       their associated score.</li>
  55     <li><em>Threshold type combo box</em> - Allows features to be
  56       hidden features if their score is below or above a given
  57       threshold.<br /> <em>Set the threshold using the slider or
  58         type it in to the text box. The threshold cannot be set outside
  59         the available range of feature scores.</em></li>
  60     <li><em>Threshold is Min/Max</em> - When checked, the threshold
  61       will be used as the upper or lower limit when shading the features
  62       according to their score using the Min and Max colour.</li>
  63   </ul>
  64   </p>
  65   <p>
  66     <strong>Icon styles for graduated feature styles</strong><br />
  67   <p>
  68     When a graduated colourscheme is applied to a feature, it is
  69     indicated in the feature settings or amend feature dialog box by the
  70     following types of icon:<br />
  71   <center>
  72     <table width="50%" border="1">
  73       <tr>
  74         <td><strong>Type of Colouring</strong></td>
  75         <td><strong>Icon</strong></td>
  76       </tr>
  77       <tr>
  78         <td><em>Graduated colour by Feature Score</em></td>
  79         <td><img src="fcsminmax.gif" /></td>
  80       </tr>
  81       <tr>
  82         <td><em>Graduated colour thresholded (less than) by
  83             feature Score</em></td>
  84         <td><img src="fcsltthan.gif" /></td>
  85       </tr>
  86       <tr>
  87         <td><em>Graduated colour thresholded (greater than) by
  88             feature Score</em></td>
  89         <td><img src="fcsgtthan.gif" /></td>
  90       </tr>
  91       <tr>
  92         <td><em>Colour by Feature Label (may also be
  93             thresholded)</em></td>
  94         <td><img src="fcsntlabel.gif" /></td>
  95       </tr>
  96       <tr>
  97         <td align="center" colspan="2"><em> <strong>The
  98               current threshold is given in the icon's tooltip.</strong>
  99         </em></td>
 100       </tr>
 101     </table>
 102   </center>
 103   </p>
 104   <em>Graduated feature colours were introduced in Jalview 2.5</em>
 105 </body>
 106 </html>