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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Hidden Regions</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Hidden Regions</strong>
  28   </p>
  29   <p>Use the keyboard key &quot;H&quot; to hide / reveal selected
  30     columns and sequences. To hide / reveal only selected sequences, use
  31     &quot;Shift H&quot;, to hide / reveal only selected columns, use
  32     &quot;Control H&quot;. You can also use &quot;Shift&quot; and
  33     &quot;Control&quot; together to hide everything but the currently
  34     selected region.</p>
  35   <p>
  36     <strong><em>Hiding Sequences</em></strong><br> To hide selected
  37     sequences in an alignment, use the <strong>&quot;View -&gt;
  38       Hide -&gt; Selected Sequences&quot;</strong> menu item or simply select <strong>&quot;Hide
  39       Sequences&quot;</strong> from the Popup menu after a right click on the
  40     sequence Ids.
  41   </p>
  42   <p>Hidden sequences will not be used in any calculations, editing
  43     or web service alignments performed on visible sequences.</p>
  44   <p>
  45     <strong><em>Hidden Sequences Representatives</em></strong><br>
  46     A more advanced hide involves a right-mouse click on a sequence,
  47     then selecting <strong>&quot;SequenceID -&gt; Represent
  48       Group with SequenceId&quot;</strong>. Using this method of hiding
  49     sequences, any edits performed on the visible group representative
  50     will be propagated to all the sequences in that group. <br> The
  51     hidden representative sequences will not be used in any calculations
  52     or web service alignments (<em>nb. this may change in the
  53       future</em>).
  54   <p>
  55     <strong><em>Hidden Sequence Representatives and
  56         Multiple Views</em></strong><br> <em>A word of warning: hidden
  57       representative sequence groups are (still) only partly implemented
  58       in the Jalview 2.5 release, and we hope to deal with the following
  59       issues in the future.</em><br> Currently, represented hidden
  60     groups are only made correctly if there is just one alignment view.
  61     When multiple views on an alignment exist, then the represented
  62     group will be displayed correctly in the view in which it was made,
  63     but in other views, both representative and hidden sequences will be
  64     visible, but will behave as if they are grouped. <br> Hidden
  65     representatives are propagated correctly to a new view if they exist
  66     in the current view. However, if the represented sequences are
  67     revealed in any one view, then in all other views they will simply
  68     be marked as hidden, and their association with the representative
  69     sequence will be lost.<br>
  70   </blockquote>
  71   </p>
  72   <p>
  73     <strong><em>Hiding Columns</em></strong><br> To hide selected
  74     columns in an alignment, use the <strong>&quot;View -&gt;
  75       Hide -&gt; Selected Columns&quot;</strong> menu item, or right click within
  76     a region of selected columns in the scale above the alignment (only
  77     available in non wrapped mode) and select <strong>&quot;Hide
  78       Columns&quot;</strong>.
  79   </p>
  80   <p>When an alignment view contains hidden columns, certain
  81     constraints apply:
  82   <ul>
  83     <li>Editing the alignment is bound by the hidden columns, <em>i.e.</em>
  84       you cannot move residues across a hidden column boundary.
  85     </li>
  86     <li><strong><a href="../calculations/tree.html">Tree</a></strong>,
  87       <strong><a href="../calculations/pairwise.html">pairwise
  88           alignment</a></strong> and <strong><a
  89         href="../calculations/pca.html">PCA</a></strong> calculations will
  90       only be performed using the <em>visible</em> parts of the
  91       alignment.</li>
  92     <li><a href="../webServices/msaclient.html">Multiple
  93         Sequence Alignments</a> are performed locally on on each visible
  94       chunk of the input, and concatenated with the hidden regions to
  95       form the final result.
  96       </p></li>
  97   </ul>
  98   <p>
  99     <strong>Column Separability</strong><br> Calculations where
 100     hidden columns are excluded, and a single analysis performed on the
 101     result, are termed <em>column-separable</em>. The simple Tree and
 102     PCA calculations are column separable because essentially the same
 103     results would be obtained if the excluded hidden columns were
 104     replaced by gaps as the input to the calculation.
 105   </p>
 106   <p>Multiple Sequence alignment and secondary structure prediction
 107     are both non-column-separable, and so the exclusion of hidden
 108     regions leads to only 'locally optimal' results - sometimes
 109     different to that obtained when using the full alignment.</p>
 110   <p>&nbsp;</p>
 111   <p>&nbsp;</p>
 112   <p>&nbsp;</p>
 113 </body>
 114 </html>