help/help/html/features/mmcif.html

   1 <!DOCTYPE html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <html>
  23 <head>
  24 <meta charset="UTF-8">
  25 <title>mmCIF File Format</title>
  26 </head>
  27 <body>
  28   <strong>What is mmCIF ?</strong>
  29   <br />mmCIF stands for 'macro-molecular Crystallographic Information
  30   File'. This format was developed by the PDB consortium and the
  31   International Union of Crystallography (IUCr), based on
  32   Crystallographic Information File (CIF), a format used for describing
  33   the structures of small molecules.
  34   <br />mmCIF became the recommended format for the exchange of
  35   biomacromolecular structures in 2014.
  36   <p>
  37     <strong>mmCIF and Jalview</strong> <br />Since Jalview 2.10, mmCIF
  38     is used for structures downloaded from the PDB. This means:
  39   </p>
  40   <ol>
  41     <li>Jalview can use the mmCIF to read structures that are too
  42       large to be represented by a single PDB file. (ie, with more than
  43       >62 chains and/or 99999 ATOM records).</li>
  44     <li>Jalview users will have access to the richer annotation
  45       provided by PDBx/mmCIF files.</li>
  46     <li>There may be slight differences between sequences
  47       containing modified residues for structures downloaded in mmCIF
  48       format. This is because mmCIF differs from the PDB format in the
  49       way it describes non-standard sequence data.</li>
  50   </ol>
  51
  52   <em>Support for importing 3D structure data from flat file and
  53     EMBL-PDBe as mmCIF was added in Jalview 2.10</em>
  54 </body>
  55 </html>