help/help/html/features/overview.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Overview Window</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>View&#8594;Overview window</strong>
  28   </p>
  29   <p>Select the overview window menu item to get a navigable image
  30     of the whole alignment. By default, gaps are shown as dark grey, in
  31     the overview (since 2.10.2b1).</p>
  32   <p>The red box indicates the currently viewed region of the
  33     alignment, this may be moved by clicking and dragging with the
  34     mouse.</p>
  35   <p>Click anywhere else in the overview to centre the view on that
  36     position</p>
  37   <p></p>
  38   <p>
  39     <strong>Hiding hidden regions in the overview</strong>
  40   </p>
  41   <p>
  42     Hidden sequences and columns are by default shown as dark-grey rows
  43     and columns in the overview. Hidden regions can also be omitted
  44     entirely (to make the Overview 'WYSIWIG') by <strong>Right-clicking</strong>
  45     (or CMD-Clicking) to open the overview's popup menu.<br /> <br />
  46     <em>The option to include/exclude hidden regions in the
  47       overview was introduced in Jalview 2.10.2</em>.
  48
  49   <p>
  50     <img src="overview.png" width="800" height="196" alt="1hdc.pfam example alignment">
  51   </p>
  52   <p>&nbsp;</p>
  53   <em>Previous to 2.10.2b1, gaps were white, and sequences shown as
  54     dark grey unless coloured.</em>
  55 </body>
  56 </html>