help/help/html/features/splitView.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Split Frame Views</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Split Frame Views</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Jalview provides a special viewing mode to show Coding DNA (cDNA)
  31     and protein product alignments as a split view, with cDNA above and
  32     protein below. The two alignments are linked, allowing editing and
  33     analysis to be performed at both the peptide and nucleotide level.
  34     Linked protein alignments also have an additional <strong>cDNA
  35       Consensus</strong> annotation row, showing the distribution of codons at
  36     each column of the protein alignment.
  37   </p>
  38   <p>
  39     Split Frame views can be <a href="#opensplit">created in a
  40       number of ways</a>. In the Jalview Desktop, Split Frame views are
  41     saved in Jalview Projects, like any other alignment view.
  42   </p>
  43   <p><strong><a name="virtualfeats">Virtual Sequence Features</a></strong>
  44   </p>
  45   <p>Since Jalview 2.11.1, sequence features displayed in either CDS
  46     or Protein can be shown as 'Virtual Features' mapped onto the other
  47     view. Features describing non-synonymous genomic sequence variation
  48     in coding regions are dynamically translated when shown in the
  49     protein view.</p>
  50   <p>The display of virtual features and whether they are rendered
  51     below or above features local to the aligned sequences is controlled
  52     by a check box shown in the view's Sequence Feature Settings dialog
  53     box. For convenience, Protein and CDS feature settings for a linked
  54     CDS/Protein view are shown as tabs in a single dialog box, allowing
  55     easy access to display and filter settings for each view.</p>
  56   <p>
  57     <img width="631" align="center"
  58       alt="Linked CDS and Protein Feature Settings showing Virtual Feature checkbox"
  59       src="linkedfeatsettings.png" /> <em>CDS and Protein feature
  60       settings tabs and corresponding views showing 'Virtual Features'
  61       from each view overlaid on the other (created with Jalview 2.11.1.0).</em>
  62   </p>
  63   <p>
  64     When virtual features are enabled, they are also shown on any linked
  65     3D structure views when 'Colour by Sequence' is enabled, and
  66     exported as GFF and Jalview Features files (mapped to their
  67     associated virtual coordinates). Both the original and the mapped
  68     locations are also included in <a href="seqfeaturereport.html">Sequence
  69       Feature Reports</a>.
  70   </p>
  71   <p>
  72     <strong>Operations supported in Split Frame Mode</strong>
  73   </p>
  74   <p>Split Frame views allow the following:
  75   <ul>
  76     <li>Mouseover or scrolling of either alignment is followed by
  77       the other (unless you turn off <strong><a
  78         href="../menus/alwview.html">"View&#8594;Automatic
  79           Scrolling"</a></strong>)
  80     </li>
  81     <li>On selecting rows, columns or regions in one alignment, the
  82       corresponding selection is made in the other</li>
  83     <li>Sequence ordering in one alignment (using the cursor, or <strong><a
  84         href="../calculations/sorting.html">"Calculate&#8594;Sort")</a></strong>
  85       is also applied to the other
  86     </li>
  87     <li>Editing (gap insertion / deletion) in the protein alignment
  88       is reflected in the cDNA (but not vice versa)</li>
  89     <li>Any trees imported or created with <strong><a
  90         href="../calculations/tree.html">"Calculate Tree"</a></strong> on
  91       one of the views allow both cDNA and Protein views to be grouped,
  92       coloured or sorted.
  93     </li>
  94     <li>To allow for the different widths in cDNA and Protein
  95       alignments, the <strong><a href="../menus/alwformat.html">"Format&#8594;Font"</a></strong>
  96       menu option has an option 'Scale protein residues to codons'. This
  97       option will make each protein residue the same width as a DNA
  98       codon (so the alignments 'line up' vertically).</li>
  99     <li><a name="mirror" />The 'Use same font for cDNA and peptide'
 100       checkbox, when enabled, ensures that font or font-size changes in
 101       either the cDNA or Protein alignment will also be mirrored. (<em>Added
 102         in 2.10.2</em>)</li>
 103     <li><strong>"View&#8594;Protein"</strong> (in the cDNA panel)
 104       or <strong>"View&#8594;Nucleotide"</strong> (in the protein panel)
 105       allows you to show or hide one or other of the linked alignment
 106       panels.</li>
 107     <li>Panel heights are adjusted by dragging the divider between
 108       them using the mouse</li>
 109     <li><a href="../menus/alwview.html"><strong>"View&#8594;New
 110           View / Expand Views / Gather Views"</strong></a> behave as for a normal
 111       alignment window, but always create new views as Split Frames</li>
 112   </ul>
 113   <p>
 114     An alignment annotation row on the protein alignment shows the <strong><a
 115       href="../calculations/consensus.html">cDNA consensus</a></strong> for
 116     each peptide column.<br /> This consensus may reveal variation in
 117     nucleotides coding for conserved protein residues.
 118   </p>
 119
 120   <a name="opensplit" />
 121   <p>
 122     <strong>Opening a Split Frame View</strong>
 123   </p>
 124   <p>A Split Frame View can be opened in one of the following ways:</p>
 125   <p>
 126     <strong><em>Add Sequences</em></strong>
 127   </p>
 128   <p>
 129     If you add (coding) DNA sequences to an open peptide alignment, or
 130     vice versa, <em>and</em> at least one DNA sequence translates to one
 131     of the peptide sequences, then the option to open in a split window
 132     is offered. The DNA may include start and/or stop codons, but no
 133     non-coding (intron) sequence.<br> If more than one cDNA variant
 134     is present in the alignment, Jalview will first try to match these
 135     to protein sequences based on any retrieved cross-references, and
 136     failing that, pairwise as they are ordered in the alignments.
 137   <p>This option is available in Jalview Desktop (when adding
 138     sequences by any supported method), and Jalview applet (adding from
 139     textbox). The additional options below apply to Jalview Desktop
 140     only.</p>
 141
 142   <p>
 143     <strong><em>Translate as cDNA</em></strong>
 144   </p>
 145   <p>
 146     Menu option <strong><a href="../menus/alwcalculate.html">"Calculate&#8594;Translate
 147         as cDNA"</a></strong> is available for a nucleotide alignment. Selecting this
 148     option shows the DNA and its calculated protein product in a Split
 149     Frame view.
 150   </p>
 151
 152   <p>
 153     <strong><em>Get Cross-References</em></strong>
 154   </p>
 155   <p>
 156     Menu option <strong><a href="../menus/alwcalculate.html">"Calculate&#8594;Get
 157         Cross-References"</a></strong> is available for fetched sequences which have
 158     cross-references to other databases. On selecting protein
 159     cross-references (for a cDNA alignment), or DNA xrefs (for peptide),
 160     a Split Frame view is opened showing cDNA and peptide.
 161   </p>
 162
 163   <p>
 164     <strong><em>Realign a Split View</em></strong>
 165   </p>
 166   <p>If you invoke a web service to realign either half of a Split
 167     Frame, then the resulting realignment is displayed in a new Split
 168     Frame.</p>
 169   <ul>
 170     <li>the alignment you chose to realign (for example, peptide)
 171       is displayed as aligned by the external web service</li>
 172     <li>Jalview reconstructs the alignment of its complement (in
 173       this case, cDNA) by inserting gaps in the corresponding positions</li>
 174   </ul>
 175   <p>
 176     <a name="reconalignment" /><strong>Reconstructed
 177       Alignments</strong>
 178   </p>
 179   <p>
 180     Reconstructed alignments are typically <em>not</em> the same as the
 181     alignment produced by aligning the complement sequence set directly
 182     with the external service. However, in the case of protein
 183     alignments, a reconstructed cDNA alignment is often more reliable
 184     than one calculated without coding information. Reconstructed cDNA
 185     alignments are also more informative than the original protein
 186     alignment when calculating phylogenetic trees or performing other
 187     kinds of molecular evolution analysis.
 188   </p>
 189   <p>
 190     <em>Split Frame Views were introduced in Jalview 2.9</em>
 191   </p>
 192 </body>
 193 </html>