help/help/html/features/uniprotqueryfields.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>UniProtKB query fields</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>UniProtKB query fields</strong>
  29   </p>
  30   <p>
  31     Supported query fields for searching specific data in UniProtKB (see
  32     also <a href="uniprotsequencefetcher.html#text-search">query
  33       syntax</a>).
  34   </p>
  35
  36   <table border="1" width="95%">
  37     <tr>
  38       <th>Field</th>
  39       <th>Example</th>
  40       <th>Description</th>
  41     </tr>
  42     <tr>
  43       <td>accession</td>
  44       <td><code>accession:P62988</code></td>
  45       <td>Lists all entries with the primary or secondary accession
  46         number P62988.</td>
  47     </tr>
  48     <tr>
  49       <td>active</td>
  50       <td><code>active:no </code></td>
  51       <td>Lists all obsolete entries.</td>
  52     </tr>
  53     <tr>
  54       <td>annotation</td>
  55       <td><code>
  56           annotation:(type:non-positional) <br />
  57           annotation:(type:positional) <br /> annotation:(type:mod_res
  58           "Pyrrolidone carboxylic acid" evidence:experimental)
  59         </code></td>
  60       <td>Lists all entries with:
  61         <ul>
  62           <li>any general annotation (comments [CC])</li>
  63           <li>any sequence annotation (features [FT])</li>
  64           <li>at least one amino acid modified with a Pyrrolidone
  65             carboxylic acid group</li>
  66         </ul>
  67       </td>
  68     </tr>
  69     <tr>
  70       <td>author</td>
  71       <td><code> author:ashburner </code></td>
  72       <td>Lists all entries with at least one reference co-authored
  73         by Michael Ashburner.</td>
  74     </tr>
  75     <tr>
  76       <td>cdantigen</td>
  77       <td><code> cdantigen:CD233 </code></td>
  78       <td>Lists all entries whose cluster of differentiation number
  79         is CD233.</td>
  80     </tr>
  81     <tr>
  82       <td>citation</td>
  83       <td><code>
  84           citation:("intracellular structural proteins") <br />
  85           citation:(author:ashburner journal:nature) citation:9169874
  86         </code></td>
  87       <td>Lists all entries with a literature citation:
  88         <ul>
  89           <li>containing the phrase "intracellular structural
  90             proteins" in either title or abstract</li>
  91           <li>co-authored by Michael Ashburner and published in
  92             Nature</li>
  93           <li>with the PubMed identifier 9169874</li>
  94         </ul>
  95       </td>
  96     </tr>
  97     <tr>
  98       <td>cluster</td>
  99       <td><code> cluster:UniRef90_A5YMT3 </code></td>
 100       <td>Lists all entries in the UniRef 90% identity cluster
 101         whose representative sequence is UniProtKB entry A5YMT3.</td>
 102     </tr>
 103     <tr>
 104       <td>count</td>
 105       <td><code>
 106           annotation:(type:transmem count:5)<br />
 107           annotation:(type:transmem count:[5 TO *])<br />
 108           annotation:(type:cofactor count:[3 TO *])
 109         </code></td>
 110       <td>Lists all entries with:
 111         <ul>
 112           <li>exactly 5 transmembrane regions</li>
 113           <li>5 or more transmembrane regions</li>
 114           <li>3 or more Cofactor comments</li>
 115         </ul>
 116       </td>
 117     </tr>
 118     <tr>
 119       <td>created</td>
 120       <td><code>
 121           created:[20121001 TO *]<br /> reviewed:yes AND
 122           created:[current TO *]
 123         </code></td>
 124       <td>Lists all entries created since October 1st 2012.<br />
 125         Lists all new UniProtKB/Swiss-Prot entries in the last release.
 126       </td>
 127     </tr>
 128     <tr>
 129       <td>database</td>
 130       <td><code>
 131           database:(type:pfam) <br /> database:(type:pdb 1aut)
 132         </code></td>
 133       <td>Lists all entries with:
 134         <ul>
 135           <li>a cross-reference to the Pfam database</li>
 136           <li>a cross-reference to the PDB database entry 1aut</li>
 137         </ul>
 138
 139       </td>
 140     </tr>
 141     <tr>
 142       <td>domain</td>
 143       <td><code> domain:VWFA </code></td>
 144       <td>Lists all entries with a Von Willebrand factor type A
 145         domain described in the 'Family and Domains' section.</td>
 146     </tr>
 147     <tr>
 148       <td>ec</td>
 149       <td><code> ec:3.2.1.23 </code></td>
 150       <td>Lists all beta-galactosidases.</td>
 151     </tr>
 152     <tr>
 153       <td>evidence</td>
 154       <td><code>
 155           annotation:(type:signal evidence:ECO_0000269)<br />
 156           (type:mod_res phosphoserine evidence:ECO_0000269)<br />
 157           annotation:(type:function AND evidence:ECO_0000255)
 158         </code></td>
 159       <td>Lists all entries with:
 160         <ul>
 161           <li>a signal sequence whose positions have been
 162             experimentally proven</li>
 163           <li>experimentally proven phosphoserine sites</li>
 164           <li>a function manually asserted according to rules</li>
 165         </ul>
 166       </td>
 167     </tr>
 168     <tr>
 169       <td>family</td>
 170       <td><code> family:serpin </code></td>
 171       <td>Lists all entries belonging to the Serpin family of
 172         proteins.</td>
 173     </tr>
 174     <tr>
 175       <td>fragment</td>
 176       <td><code> fragment:yes </code></td>
 177       <td>Lists all entries with an incomplete sequence.</td>
 178     </tr>
 179
 180     <tr>
 181       <td>gene</td>
 182       <td><code> gene:HSPC233 </code></td>
 183       <td>Lists all entries for proteins encoded by gene HSPC233.</td>
 184     </tr>
 185     <tr>
 186       <td>go</td>
 187       <td><code>
 188           go:cytoskeleton <br /> go:0015629
 189         </code></td>
 190       <td>Lists all entries associated with:
 191         <ul>
 192           <li>a GO term containing the word "cytoskeleton"</li>
 193           <li>the GO term Actin cytoskeleton and any subclasses</li>
 194         </ul>
 195       </td>
 196     </tr>
 197     <tr>
 198       <td>host</td>
 199       <td><code>
 200           host:mouse <br /> host:10090 <br /> host:40674
 201         </code></td>
 202       <td>Lists all entries for viruses infecting:
 203         <ul>
 204           <li>organisms with a name containing the word "mouse"</li>
 205           <li>Mus musculus (Mouse)</li>
 206           <li>all mammals (all taxa classified under the taxonomy
 207             node for Mammalia)</li>
 208         </ul>
 209       </td>
 210     </tr>
 211     <tr>
 212       <td>id</td>
 213       <td><code>id:P00750</code></td>
 214       <td>Returns the entry with the primary accession number
 215         P00750.</td>
 216     </tr>
 217     <tr>
 218       <td>inn</td>
 219       <td><code> inn:Anakinra </code></td>
 220       <td>Lists all entries whose "International Nonproprietary
 221         Name" is Anakinra.</td>
 222     </tr>
 223     <tr>
 224       <td>interactor</td>
 225       <td><code> interactor:P00520 </code></td>
 226       <td>Lists all entries describing interactions with the
 227         protein described by entry P00520.</td>
 228     </tr>
 229     <tr>
 230       <td>keyword</td>
 231       <td><code> keyword:toxin </code></td>
 232       <td>Lists all entries associated with the keyword Toxin.</td>
 233     </tr>
 234     <tr>
 235       <td>length</td>
 236       <td><code> length:[500 TO 700] </code></td>
 237       <td>Lists all entries describing sequences of length between
 238         500 and 700 residues.</td>
 239     </tr>
 240     <tr>
 241       <td>lineage</td>
 242       <td />
 243       <td>This field is a synonym for the field <code>taxonomy</code>.
 244       </td>
 245     </tr>
 246     <tr>
 247       <td>mass</td>
 248       <td><code> mass:[500000 TO *] </code></td>
 249       <td>Lists all entries describing sequences with a mass of at
 250         least 500,000 Da.</td>
 251     </tr>
 252     <tr>
 253       <td>method</td>
 254       <td><code>
 255           method:maldi <br /> method:xray
 256         </code></td>
 257       <td>Lists all entries for proteins identified by:
 258         matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI),
 259         crystallography (X-Ray). The <code>method</code> field searches
 260         names of physico-chemical identification methods in the
 261         'Biophysicochemical properties' subsection of the 'Function'
 262         section, the 'Publications' and 'Cross-references' sections.
 263       </td>
 264     </tr>
 265     <tr>
 266       <td>mnemonic</td>
 267       <td><code> mnemonic:ATP6_HUMAN </code></td>
 268       <td>Lists all entries with entry name (ID) ATP6_HUMAN.
 269         Searches also obsolete entry names.</td>
 270     </tr>
 271     <tr>
 272       <td>modified</td>
 273       <td><code>
 274           modified:[20120101 TO 20120301]<br /> reviewed:yes AND
 275           modified:[current TO *]
 276         </code></td>
 277       <td>Lists all entries that were last modified between January
 278         and March 2012.<br /> Lists all UniProtKB/Swiss-Prot entries
 279         modified in the last release.
 280       </td>
 281     </tr>
 282     <tr>
 283       <td>name</td>
 284       <td><code> name:"prion protein" </code></td>
 285       <td>Lists all entries for prion proteins.</td>
 286     </tr>
 287     <tr>
 288       <td>organelle</td>
 289       <td><code> organelle:Mitochondrion </code></td>
 290       <td>Lists all entries for proteins encoded by a gene of the
 291         mitochondrial chromosome.</td>
 292     </tr>
 293     <tr>
 294       <td>organism</td>
 295       <td><code>
 296           organism:"Ovis aries" <br /> organism:9940 <br />
 297           organism:sheep <br />
 298         </code></td>
 299       <td>Lists all entries for proteins expressed in sheep (first
 300         2 examples) and organisms whose name contains the term "sheep".
 301       </td>
 302     </tr>
 303
 304     <tr>
 305       <td>plasmid</td>
 306       <td><code> plasmid:ColE1 </code></td>
 307       <td>Lists all entries for proteins encoded by a gene of
 308         plasmid ColE1.</td>
 309     </tr>
 310     <tr>
 311       <td>proteome</td>
 312       <td><code> proteome:UP000005640 </code></td>
 313       <td>Lists all entries from the human proteome.</td>
 314     </tr>
 315     <tr>
 316       <td>proteomecomponent</td>
 317       <td><code> proteomecomponent:"chromosome 1" and
 318           organism:9606 </code></td>
 319       <td>Lists all entries from the human chromosome 1.</td>
 320     </tr>
 321     <tr>
 322       <td>replaces</td>
 323       <td><code> replaces:P02023 </code></td>
 324       <td>Lists all entries that were created from a merge with
 325         entry P02023.</td>
 326     </tr>
 327     <tr>
 328       <td>reviewed</td>
 329       <td><code> reviewed:yes </code></td>
 330       <td>Lists all UniProtKB/Swiss-Prot entries.</td>
 331     </tr>
 332     <tr>
 333       <td>scope</td>
 334       <td><code> scope:mutagenesis </code></td>
 335       <td>Lists all entries containing a reference that was used to
 336         gather information about mutagenesis.</td>
 337     </tr>
 338     <tr>
 339       <td>sequence</td>
 340       <td><code> sequence:P05067-9 </code></td>
 341       <td>Lists all entries containing a link to isoform 9 of the
 342         sequence described in entry P05067. Allows searching by specific
 343         sequence identifier.</td>
 344     </tr>
 345     <tr>
 346       <td>sequence_modified</td>
 347       <td><code>
 348           sequence_modified:[20120101 TO 20120301]<br /> reviewed:yes
 349           AND sequence_modified:[current TO *]
 350         </code></td>
 351       <td>Lists all entries whose sequences were last modified
 352         between January and March 2012.<br /> Lists all
 353         UniProtKB/Swiss-Prot entries whose sequences were modified in
 354         the last release.
 355       </td>
 356     </tr>
 357     <tr>
 358       <td>source</td>
 359       <td><code> source:intact </code></td>
 360       <td>Lists all entries containing a GO term whose annotation
 361         source is the IntAct database.</td>
 362     </tr>
 363     <tr>
 364       <td>strain</td>
 365       <td><code> strain:wistar </code></td>
 366       <td>Lists all entries containing a reference relevant to
 367         strain wistar.</td>
 368     </tr>
 369     <tr>
 370       <td>taxonomy</td>
 371       <td><code> taxonomy:40674 </code></td>
 372       <td>Lists all entries for proteins expressed in Mammals. This
 373         field is used to retrieve entries for all organisms classified
 374         below a given taxonomic node taxonomy classification).</td>
 375     </tr>
 376     <tr>
 377       <td>tissue</td>
 378       <td><code> tissue:liver </code></td>
 379       <td>Lists all entries containing a reference describing the
 380         protein sequence obtained from a clone isolated from liver.</td>
 381     </tr>
 382     <tr>
 383       <td>web</td>
 384       <td><code> web:wikipedia </code></td>
 385       <td>Lists all entries for proteins that are described in
 386         Wikipedia.</td>
 387     </tr>
 388   </table>
 389
 390 </body>
 391 </html>