help/help/html/io/fileformats.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Alignment Fileformats</title>
  24 <style type="text/css">
  25 <!--
  26 td {
  27         text-align: center;
  28 }
  29 -->
  30 </style>
  31 </head>
  32 <body>
  33
  34   <p>
  35     <strong>Alignment File Formats</strong>
  36   <p>Jalview understands a wide range of sequence alignment formats.
  37     In order to determine which format has been used for an alignment,
  38     Jalview tries to detect some text or formatting unique to one of the
  39     formats:</p>
  40   <table width="100%" border="1">
  41     <tr>
  42       <td width="17%">Format</td>
  43       <td width="60%">Unique File Feature</td>
  44       <td width="23%">File Extension</td>
  45     <tr>
  46       <td width="17%">FASTA</td>
  47       <td width="60%">&gt;SequenceName<br> THISISASEQUENCE<br></td>
  48       <td width="23%">.fa, .fasta</td>
  49     </tr>
  50     <tr>
  51       <td width="17%">MSF</td>
  52       <td width="60%">!! AA_MULTIPLE_ALIGNMENT 1.0<br> <em>..</em><br>
  53         //<br></td>
  54       <td width="23%">.msf</td>
  55     </tr>
  56     <tr>
  57       <td width="17%">CLUSTALW</td>
  58       <td width="60%">CLUSTAL</td>
  59       <td width="23%">.aln</td>
  60     </tr>
  61     <tr>
  62       <td width="17%">PILEUP</td>
  63       <td width="60%">PileUp</td>
  64       <td width="23%"></td>
  65     </tr>
  66     <tr>
  67       <td width="17%">PIR</td>
  68       <td width="60%">&gt;P1;</td>
  69       <td width="23%">.pir</td>
  70     </tr>
  71     <tr>
  72       <td width="17%">BLC</td>
  73       <td width="60%">&gt;Seq1<br> &gt;Seq2
  74       </td>
  75       <td width="23%">.blc</td>
  76     </tr>
  77     <tr>
  78       <td width="17%">PFAM</td>
  79       <td width="60%">SequenceName THISISASEQUENCE</td>
  80       <td width="23%">.pfam</td>
  81     </tr>
  82     <tr>
  83       <td width="17%">Stockholm</td>
  84       <td width="60%"># STOCKHOLM VersionNumber<br> <em>...</em><br>//
  85       </td>
  86       <td width="23%">.stk, .sto</td>
  87     </tr>
  88     <tr>
  89       <td width="17%">Phylip</td>
  90       <td width="60%">Line starts with two numbers separated by
  91         white space<br> <em>...</em><br>//
  92       </td>
  93       <td width="23%">.phy</td>
  94     </tr>
  95     <tr>
  96       <td width="17%">EMBL</td>
  97       <td width="60%">Line starts with ID, followed by a space, and
  98         is followed by a 7 character identifier terminated with a
  99         semicolon.</td>
 100       <td width="23%">.txt</td>
 101     </tr>
 102     <tr>
 103       <td width="17%">GenBank</td>
 104       <td width="60%">Line starts with LOCUS
 105       </td>
 106       <td width="23%">.gb,.gbk</td>
 107     </tr>
 108     <tr>
 109       <td width="17%">JSON</td>
 110       <td width="60%">Data starts with '{' <br>Data ends with
 111         '}' <br> <br>See <a
 112         href="../features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a> for more
 113         infomation about the Jalview JSON format <br></td>
 114       <td width="23%">.json</td>
 115     </tr>
 116
 117   </table>
 118   <p>
 119     The file extensions are used to associate Jalview alignment icons
 120     with alignment files: <img src="file.png" width=12 height=12>
 121   </p>
 122 </body>
 123 </html>