help/help/html/io/modellerpir.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Modeller PIR Format IO</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Modeller PIR Format IO</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     The homology modelling program, <a
  31       href="http://salilab.org/modeller/">Modeller</a> uses a
  32     special form of the PIR format where information about sequence
  33     numbering and chain codes are written into the 'description' line
  34     between the PIR protein tag and the protein alignment entry:
  35   </p>
  36   <pre>&gt;P1;Q93Z60_ARATH
  37 sequence:Q93Z60_ARATH:1:.:118:.:.
  38 ----MASTALSSAIVSTSFLRRQQTPISLRSLPFANT-QSLFGLKS-STARGGRVTAMATYKVKFITPEGEQ
  39 EVECEEDVYVLDAAEEAGLDLPYSCRAGSCSSCAGKVVSGSIDQSD------QSFLD-D-------------
  40 ---------------------*
  41 &gt;P1;PDB|1FER|_
  42 structureX:1FER:1:.:105:.:.
  43 ----------------------------------------------------AFVVTDNCIKCKY---TDCV
  44 EV-CPVDCFY----EGPNFLVIHPDECIDCALCEPECPAQAIFSEDEVPEDMQEFIQLNAELAEVWPNITEK
  45 KDPLPDAEDWDGVKGKLQHLE*
  46 </pre>
  47   <p>Jalview will attempt to parse any PIR entries conforming to the
  48     Modeller/PIR format, in order to extract the sequence start and end
  49     numbering and (possibly) a PDB file reference. The description line
  50     information is always stored in the sequence description string - so
  51     no information is lost if this parsing process fails.</p>
  52   <p>
  53     The 'Modeller Output' flag in the 'Output' tab of the Jalview <a
  54       href="../features/preferences.html">Preferences dialog
  55       box</a> controls whether Jalview will also output MODELLER style PIR
  56     files. In this case, any existing 'non-modeller PIR' header
  57     information in the description string of an alignment is appended to
  58     an automatically generated modeller description line for that
  59     sequence.
  60   </p>
  61   <p>The general format used for generating the Modeller/PIR
  62     sequence description line is shown below :
  63   <pre>&gt;P1;<em>Primary_Sequence_ID</em>
  64 <em>sequence or structureX</em>:<em>pdb-reference if
  65   available</em>:<em>start residue</em>:<em>start chain code</em>:<em>end
  66   residue</em>:<em>end chain code</em>:. <em>description text</em>
  67   </pre>
  68   The first field is either sequence or structureX, depending upon the
  69   presence of a PDB database ID for the sequence. If the protein has no
  70   PDB reference, then the chain code is not specified, unless one
  71   already existed when the sequence was imported into Jalview.
  72 </body>
  73 </html>