help/help/html/keys.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Key Strokes</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Key Strokes</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Jalview has two distinct modes of keyboard operation - in 'Normal'
  31     mode, single keystrokes (including those shown next to menu items)
  32     provide short cuts to common commands. In <a
  33       href="features/cursorMode.html">'Cursor'</a> mode (enabled by
  34     <em>F2</em>), some of these are disabled and more complex 'Compound
  35     Keystrokes' can be entered to perform precise navigation, selection
  36     and editing operations.
  37   </p>
  38   <table border="1">
  39     <tr>
  40       <td><strong>Key</strong></td>
  41       <td><strong>Which Mode</strong></td>
  42       <td><strong>Action</strong></td>
  43     </tr>
  44     <!--<tr>
  45 <td><strong>Escape</strong></td><td>Both</td>
  46 <td>The Panic button.</td></tr>
  47 <tr> -->
  48     <tr>
  49       <td><strong> Escape</strong></td>
  50       <td>Normal</td>
  51       <td>Clears the current selection region, highlighted columns
  52         and highlghted residues.</td>
  53     </tr>
  54     <tr>
  55       <td><strong>Escape</strong></td>
  56       <td>Cursor</td>
  57       <td>As in normal mode, but also cancels any partially entered
  58         commands</td>
  59     </tr>
  60     <tr>
  61       <td><strong><em>F1</em></strong></td>
  62       <td>Both</td>
  63       <td>Show Help Documentation</td>
  64     </tr>
  65     <tr>
  66       <td><strong><em>F2</em></strong></td>
  67       <td></td>
  68       <td>Toggle Cursor mode on / off</td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td><strong>Control 'Z'</strong></td>
  72       <td>Both</td>
  73       <td>Undoes the last sequence edit</td>
  74     </tr>
  75     <tr>
  76       <td><strong>Control 'Y'</strong></td>
  77       <td>Both</td>
  78       <td>Redo the last sequence edit undone.</td>
  79     </tr>
  80     <tr>
  81       <td><strong>Up Arrow</strong></td>
  82       <td>Both</td>
  83       <td>Moves selected sequence(s) up the alignment.<br />In
  84         Cursor mode press Alt key to move selection or sequence under
  85         cursor.
  86       </td>
  87     </tr>
  88     <tr>
  89       <td><strong>Down Arrow</strong></td>
  90       <td>Both</td>
  91       <td>Moves selected sequence(s) down the alignment.<br />In
  92         Cursor mode press Alt key to move selection or sequence under
  93         cursor.
  94       </td>
  95     </tr>
  96     <tr>
  97       <td><strong>Left Arrow</strong></td>
  98       <td>Normal</td>
  99       <td>Slides selected sequence(s) left. Press Alt key to slide
 100         in cursor mode</td>
 101     </tr>
 102     <tr>
 103       <td><strong>Right Arrow</strong></td>
 104       <td>Normal</td>
 105       <td>Slides selected sequence(s) right. Press Alt key to slide
 106         in cursor mode</td>
 107     </tr>
 108     <tr>
 109       <td><strong>Cursor Keys<br> (Arrow Keys)
 110       </strong></td>
 111       <td>Cursor</td>
 112       <td>Move cursor around alignment.<br /> Press SHIFT to move
 113         cursor from an aligned region to next gap, or to the next
 114         aligned region when at a gap.
 115       </td>
 116     </tr>
 117     <tr>
 118       <td><strong>Page Up</strong></td>
 119       <td>Both</td>
 120       <td>Scroll up the alignment view</td>
 121     </tr>
 122     <tr>
 123       <td><strong>Page Down</strong></td>
 124       <td>Both</td>
 125       <td>Scroll down the alignment view</td>
 126     </tr>
 127     <tr>
 128       <td><strong>Control 'A'</strong></td>
 129       <td>Both</td>
 130       <td>Selects all sequences in the alignment</td>
 131     </tr>
 132     <tr>
 133       <td><strong>Control 'I'</strong></td>
 134       <td>Both</td>
 135       <td>Invert sequence selection.</td>
 136     </tr>
 137     <tr>
 138       <td><strong>Control Alt 'I'</strong></td>
 139       <td>Both</td>
 140       <td>Invert column selection.</td>
 141     </tr>
 142     <tr>
 143       <td><strong>Control 'C'</strong></td>
 144       <td>Both</td>
 145       <td>Copies the selected region into the clipboard as a Fasta
 146         format file<br> <em>nb. not available in applet, as no
 147           clipboard is available</em>
 148       </td>
 149     </tr>
 150     <tr>
 151       <td><strong>Control 'V'</strong></td>
 152       <td>Both</td>
 153       <td>Paste the contents of the clipboard to the current
 154         alignment window. (Alignment Window->Edit->Paste->Add to this
 155         Alignment)<br> <em>nb. if the paste is from a Jalview
 156           alignment, any sequence and alignment annotations will also be
 157           copied over.</em>
 158       </td>
 159     </tr>
 160     <tr>
 161       <td><strong>Control Shift 'V'</strong></td>
 162       <td>Both</td>
 163       <td>Paste the contents of the clipboard to a new alignment
 164         window. (Alignment Window->Edit->Paste->To New Alignment)</td>
 165     </tr>
 166     <tr>
 167       <td><strong>Control 'X'</strong></td>
 168       <td>Both</td>
 169       <td>Cuts the (fully) selected sequences from the alignment. <!-- not yet in this version
 170 This will not happen if only some
 171 columns are selected, you should use the <a href="features/hiddenRegions.html">Hide Regions feature</a> instead.-->
 172       </td>
 173     </tr>
 174     <tr>
 175       <td><strong>Control 'F'</strong></td>
 176       <td>Both</td>
 177       <td>Launches the search window</td>
 178     </tr>
 179     <tr><td><strong>B</strong></td>
 180       <td>Both</td>
 181       <td>Add highlighted columns to current column selection</td>
 182     </tr>
 183     <tr><td><strong>Alt 'B'</strong></td>
 184       <td>Both</td>
 185       <td>Add all but the currently highlighted columns to current selection</td>
 186     </tr>
 187     <tr><td><strong>Control 'B'</strong></td>
 188       <td>Both</td>
 189       <td>Toggle the column selection marks for the currently highlighted
 190           columns (or all others if Alt is also pressed)</td>
 191     </tr>
 192     <tr>
 193       <td><strong>H</strong></td>
 194       <td>Both</td>
 195       <td>Hides / Reveals selected columns and sequences</td>
 196     </tr>
 197     <tr>
 198       <td><strong>Control 'H'</strong></td>
 199       <td>Both</td>
 200       <td>Hides / Reveals selected columns</td>
 201     </tr>
 202     <tr>
 203       <td><strong>Shift 'H'</strong></td>
 204       <td>Both</td>
 205       <td>Hides / Reveals selected sequences</td>
 206     </tr>
 207     <tr>
 208       <td><strong>Control + Shift 'H'</strong></td>
 209       <td>Both</td>
 210       <td>Hides everything but the current selection</td>
 211     </tr>
 212     <tr>
 213       <td><strong>Control 'O'</strong></td>
 214       <td>Both</td>
 215       <td>Input new alignment from file</td>
 216     </tr>
 217     <tr>
 218       <td><strong>Control 'S'</strong></td>
 219       <td>Both</td>
 220       <td>Save alignment with current filename and format</td>
 221     </tr>
 222     <tr>
 223       <td><strong>Control Shift 'S'</strong></td>
 224       <td>Both</td>
 225       <td>Save alignment as a new file or with a different format</td>
 226     </tr>
 227     <tr>
 228       <td><strong>Control 'P'</strong></td>
 229       <td>Both</td>
 230       <td>Opens the print dialog box to print the current view</td>
 231     </tr>
 232     <tr>
 233       <td><strong>Control 'W'</strong></td>
 234       <td>Both</td>
 235       <td>Closes the current view or the current alignment</td>
 236     </tr>
 237     <tr>
 238       <td><strong>Backspace</strong></td>
 239       <td>Normal</td>
 240       <td>Delete the currently selected rows or columns from the
 241         alignment.</td>
 242     </tr>
 243     <tr>
 244       <td><strong>Control 'L'</strong></td>
 245       <td>Left</td>
 246       <td>Remove columns to left of left-most column marker.</td>
 247     </tr>
 248     <tr>
 249       <td><strong>Control 'R'</strong></td>
 250       <td>Both</td>
 251       <td>Remove columns to right of right-most column marker.</td>
 252     </tr>
 253     <tr>
 254       <td><strong>Control 'E'</strong></td>
 255       <td>Both</td>
 256       <td>Remove gapped columns</td>
 257     </tr>
 258     <tr>
 259       <td><strong>Control Shift 'E'</strong></td>
 260       <td>Both</td>
 261       <td>Remove all gaps</td>
 262     </tr>
 263     <tr>
 264       <td><strong>Control 'D'</strong></td>
 265       <td>Both</td>
 266       <td>Open the 'Remove redundancy' Dialog box.</td>
 267     </tr>
 268     <tr>
 269       <td><strong></strong></td>
 270       <td>Normal</td>
 271       <td></td>
 272     </tr>
 273   </table>
 274   <p>The compound commands available in the Cursor mode are
 275     summarised below. Single letter commands can be prefixed by digits
 276     to specify a repetition number, and some more complex commands take
 277     one or more numeric parameters (prefixing the command key and
 278     separated by commas).</p>
 279   <table border=1>
 280     <tr>
 281       <td><strong>Compound Command</strong></td>
 282       <td>Mode</td>
 283       <td>Action (and parameter description)</td>
 284     </tr>
 285     <tr>
 286       <td><strong>0-9</strong></td>
 287       <td>Cursor</td>
 288       <td>Begin entering a numeric parameter (<strong><em>p</em></strong>)
 289         or repetition number for a cursor movement or edit command.
 290       </td>
 291     </tr>
 292     <tr>
 293       <td><strong>,</strong></td>
 294       <td>Cursor</td>
 295       <td>Separates one or more numeric parameters (<em>e.g. <strong>p1</strong>,<strong>p2</strong></em>)
 296         for a command.
 297       </td>
 298     </tr>
 299     <tr>
 300       <td><strong><strong><em>p1</em></strong>,<strong><em>p2</em></strong><br>Return</strong></td>
 301       <td>Cursor</td>
 302       <td>Move cursor to a particular column (<strong><em>p1</em></strong>)
 303         and row (<strong><em>p2</em></strong>) in the alignment.<br>
 304         <em>e.g. '5,6&lt;Return&gt;' moves the cursor to the 5th
 305           column in the 6th sequence.</em></td>
 306     </tr>
 307     <tr>
 308       <td><strong><em>p</em>S</strong></td>
 309       <td>Cursor</td>
 310       <td>Jump to the <strong><em>p</em></strong>'th sequence in
 311         the alignment.
 312       </td>
 313     </tr>
 314     <tr>
 315       <td><strong><em>p</em>P</strong></td>
 316       <td>Cursor</td>
 317       <td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th amino acid in
 318         current sequence.
 319       </td>
 320     </tr>
 321     <tr>
 322       <td><strong><em>p</em>C</strong></td>
 323       <td>Cursor</td>
 324       <td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th column in the
 325         alignment.
 326       </td>
 327     </tr>
 328     <tr>
 329       <td><strong>Q</strong></td>
 330       <td>Cursor</td>
 331       <td>Marks the top left corner of the selection area</td>
 332     </tr>
 333     <tr>
 334       <td><strong>M</strong></td>
 335       <td>Cursor</td>
 336       <td>Marks the bottom right corner of the selection area</td>
 337     </tr>
 338     <tr>
 339       <td><strong><em>[p]</em><br>Space</strong></td>
 340       <td>Cursor</td>
 341       <td>Inserts one (or optionally <strong><em>p</em></strong>)
 342         gaps at the current position.<br> <em>Hold down
 343           Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td>
 344     </tr>
 345     <tr>
 346       <td><strong><em>[p]</em><br>Delete<br></strong></td>
 347       <td>Cursor</td>
 348       <td>Removes one (or optionally <strong><em>p</em></strong>)
 349         gaps at the cursor position.<br> <em>Hold down Control
 350           or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td>
 351     </tr>
 352     <tr>
 353       <td><strong><em>[p]</em><br>Backspace<br></strong></td>
 354       <td>Cursor</td>
 355       <td>Removes one (or optionally <strong><em>p</em></strong>)
 356         gaps at the cursor position.<br> <em>Hold down Control
 357           or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td>
 358     </tr>
 359   </table>
 360   <p>&nbsp;</p>
 361   <p>&nbsp;</p>
 362 </body>
 363 </html>