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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  17  *
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Key Strokes</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Key Strokes</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Jalview has two distinct modes of keyboard operation - in 'Normal'
  31     mode, single keystrokes (including those shown next to menu items)
  32     provide short cuts to common commands. In <a
  33       href="features/cursorMode.html">'Cursor'</a> mode (enabled by
  34     <em>F2</em>), some of these are disabled and more complex 'Compound
  35     Keystrokes' can be entered to perform precise navigation, selection
  36     and editing operations.
  37   </p>
  38   <table border="1">
  39     <tr>
  40       <td><strong>Key</strong></td>
  41       <td><strong>Which Mode</strong></td>
  42       <td><strong>Action</strong></td>
  43     </tr>
  44     <!--<tr>
  45 <td><strong>Escape</strong></td><td>Both</td>
  46 <td>The Panic button.</td></tr>
  47 <tr> -->
  48     <tr>
  49       <td><strong> Escape</strong></td>
  50       <td>Normal</td>
  51       <td>Clears the current selection region, highlighted columns
  52         and highlghted residues.</td>
  53     </tr>
  54     <tr>
  55       <td><strong>Escape</strong></td>
  56       <td>Cursor</td>
  57       <td>As in normal mode, but also cancels any partially entered
  58         commands</td>
  59     </tr>
  60     <tr>
  61       <td><strong><em>F1</em></strong></td>
  62       <td>Both</td>
  63       <td>Show Help Documentation</td>
  64     </tr>
  65     <tr>
  66       <td><strong><em>F2</em></strong></td>
  67       <td></td>
  68       <td>Toggle Cursor mode on / off</td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td><strong>Control 'Z'</strong></td>
  72       <td>Both</td>
  73       <td>Undoes the last sequence edit</td>
  74     </tr>
  75     <tr>
  76       <td><strong>Control 'Y'</strong></td>
  77       <td>Both</td>
  78       <td>Redo the last sequence edit undone.</td>
  79     </tr>
  80     <tr>
  81       <td><strong>Up Arrow</strong></td>
  82       <td>Normal</td>
  83       <td>Moves selected sequence(s) up the alignment</td>
  84     </tr>
  85     <tr>
  86       <td><strong>Down Arrow</strong></td>
  87       <td>Normal</td>
  88       <td>Moves selected sequence(s) down the alignment.</td>
  89     </tr>
  90     <tr>
  91       <td><strong>Left Arrow</strong></td>
  92       <td>Normal</td>
  93       <td>Slides selected sequence(s) left. Press Alt key to slide
  94         in cursor mode</td>
  95     </tr>
  96     <tr>
  97       <td><strong>Right Arrow</strong></td>
  98       <td>Normal</td>
  99       <td>Slides selected sequence(s) right. Press Alt key to slide
 100         in cursor mode</td>
 101     </tr>
 102     <tr>
 103       <td><strong>Cursor Keys<br> (Arrow Keys)
 104       </strong></td>
 105       <td>Cursor</td>
 106       <td>Move cursor around alignment.<br /> Press SHIFT to move
 107         cursor from an aligned region to next gap, or to the next
 108         aligned region when at a gap.
 109       </td>
 110     </tr>
 111     <tr>
 112       <td><strong>Page Up</strong></td>
 113       <td>Both</td>
 114       <td>Scroll up the alignment view</td>
 115     </tr>
 116     <tr>
 117       <td><strong>Page Down</strong></td>
 118       <td>Both</td>
 119       <td>Scroll down the alignment view</td>
 120     </tr>
 121     <tr>
 122       <td><strong>Control 'A'</strong></td>
 123       <td>Both</td>
 124       <td>Selects all sequences in the alignment</td>
 125     </tr>
 126     <tr>
 127       <td><strong>Control 'I'</strong></td>
 128       <td>Both</td>
 129       <td>Invert sequence selection.</td>
 130     </tr>
 131     <tr>
 132       <td><strong>Control Alt 'I'</strong></td>
 133       <td>Both</td>
 134       <td>Invert column selection.</td>
 135     </tr>
 136     <tr>
 137       <td><strong>Control 'C'</strong></td>
 138       <td>Both</td>
 139       <td>Copies the selected region into the clipboard as a Fasta
 140         format file<br> <em>nb. not available in applet, as no
 141           clipboard is available</em>
 142       </td>
 143     </tr>
 144     <tr>
 145       <td><strong>Control 'V'</strong></td>
 146       <td>Both</td>
 147       <td>Paste the contents of the clipboard to the current
 148         alignment window. (Alignment Window->Edit->Paste->Add to this
 149         Alignment)<br> <em>nb. if the paste is from a Jalview
 150           alignment, any sequence and alignment annotations will also be
 151           copied over.</em>
 152       </td>
 153     </tr>
 154     <tr>
 155       <td><strong>Control Shift 'V'</strong></td>
 156       <td>Both</td>
 157       <td>Paste the contents of the clipboard to a new alignment
 158         window. (Alignment Window->Edit->Paste->To New Alignment)</td>
 159     </tr>
 160     <tr>
 161       <td><strong>Control 'X'</strong></td>
 162       <td>Both</td>
 163       <td>Cuts the (fully) selected sequences from the alignment. <!-- not yet in this version
 164 This will not happen if only some
 165 columns are selected, you should use the <a href="features/hiddenRegions.html">Hide Regions feature</a> instead.-->
 166       </td>
 167     </tr>
 168     <tr>
 169       <td><strong>Control 'F'</strong></td>
 170       <td>Both</td>
 171       <td>Launches the search window</td>
 172     </tr>
 173     <tr><td><strong>B</strong></td>
 174       <td>Both</td>
 175       <td>Add highlighted columns to current column selection</td>
 176     </tr>
 177     <tr><td><strong>Alt 'B'</strong></td>
 178       <td>Both</td>
 179       <td>Add all but the currently highlighted columns to current selection</td>
 180     </tr>
 181     <tr><td><strong>Control 'B'</strong></td>
 182       <td>Both</td>
 183       <td>Toggle the column selection marks for the currently highlighted
 184           columns (or all others if Alt is also pressed)</td>
 185     </tr>
 186     <tr>
 187       <td><strong>H</strong></td>
 188       <td>Both</td>
 189       <td>Hides / Reveals selected columns and sequences</td>
 190     </tr>
 191     <tr>
 192       <td><strong>Control 'H'</strong></td>
 193       <td>Both</td>
 194       <td>Hides / Reveals selected columns</td>
 195     </tr>
 196     <tr>
 197       <td><strong>Shift 'H'</strong></td>
 198       <td>Both</td>
 199       <td>Hides / Reveals selected sequences</td>
 200     </tr>
 201     <tr>
 202       <td><strong>Control + Shift 'H'</strong></td>
 203       <td>Both</td>
 204       <td>Hides everything but the current selection</td>
 205     </tr>
 206     <tr>
 207       <td><strong>Control 'O'</strong></td>
 208       <td>Both</td>
 209       <td>Input new alignment from file</td>
 210     </tr>
 211     <tr>
 212       <td><strong>Control 'S'</strong></td>
 213       <td>Both</td>
 214       <td>Save alignment with current filename and format</td>
 215     </tr>
 216     <tr>
 217       <td><strong>Control Shift 'S'</strong></td>
 218       <td>Both</td>
 219       <td>Save alignment as a new file or with a different format</td>
 220     </tr>
 221     <tr>
 222       <td><strong>Control 'P'</strong></td>
 223       <td>Both</td>
 224       <td>Opens the print dialog box to print the current view</td>
 225     </tr>
 226     <tr>
 227       <td><strong>Control 'W'</strong></td>
 228       <td>Both</td>
 229       <td>Closes the current view or the current alignment</td>
 230     </tr>
 231     <tr>
 232       <td><strong>Backspace</strong></td>
 233       <td>Normal</td>
 234       <td>Delete the currently selected rows or columns from the
 235         alignment.</td>
 236     </tr>
 237     <tr>
 238       <td><strong>Control 'L'</strong></td>
 239       <td>Left</td>
 240       <td>Remove columns to left of left-most column marker.</td>
 241     </tr>
 242     <tr>
 243       <td><strong>Control 'R'</strong></td>
 244       <td>Both</td>
 245       <td>Remove columns to right of right-most column marker.</td>
 246     </tr>
 247     <tr>
 248       <td><strong>Control 'E'</strong></td>
 249       <td>Both</td>
 250       <td>Remove gapped columns</td>
 251     </tr>
 252     <tr>
 253       <td><strong>Control Shift 'E'</strong></td>
 254       <td>Both</td>
 255       <td>Remove all gaps</td>
 256     </tr>
 257     <tr>
 258       <td><strong>Control 'D'</strong></td>
 259       <td>Both</td>
 260       <td>Open the 'Remove redundancy' Dialog box.</td>
 261     </tr>
 262     <tr>
 263       <td><strong></strong></td>
 264       <td>Normal</td>
 265       <td></td>
 266     </tr>
 267   </table>
 268   <p>The compound commands available in the Cursor mode are
 269     summarised below. Single letter commands can be prefixed by digits
 270     to specify a repetition number, and some more complex commands take
 271     one or more numeric parameters (prefixing the command key and
 272     separated by commas).</p>
 273   <table border=1>
 274     <tr>
 275       <td><strong>Compound Command</strong></td>
 276       <td>Mode</td>
 277       <td>Action (and parameter description)</td>
 278     </tr>
 279     <tr>
 280       <td><strong>0-9</strong></td>
 281       <td>Cursor</td>
 282       <td>Begin entering a numeric parameter (<strong><em>p</em></strong>)
 283         or repetition number for a cursor movement or edit command.
 284       </td>
 285     </tr>
 286     <tr>
 287       <td><strong>,</strong></td>
 288       <td>Cursor</td>
 289       <td>Separates one or more numeric parameters (<em>e.g. <strong>p1</strong>,<strong>p2</strong></em>)
 290         for a command.
 291       </td>
 292     </tr>
 293     <tr>
 294       <td><strong><strong><em>p1</em></strong>,<strong><em>p2</em></strong><br>Return</strong></td>
 295       <td>Cursor</td>
 296       <td>Move cursor to a particular column (<strong><em>p1</em></strong>)
 297         and row (<strong><em>p2</em></strong>) in the alignment.<br>
 298         <em>e.g. '5,6&lt;Return&gt;' moves the cursor to the 5th
 299           column in the 6th sequence.</em></td>
 300     </tr>
 301     <tr>
 302       <td><strong><em>p</em>S</strong></td>
 303       <td>Cursor</td>
 304       <td>Jump to the <strong><em>p</em></strong>'th sequence in
 305         the alignment.
 306       </td>
 307     </tr>
 308     <tr>
 309       <td><strong><em>p</em>P</strong></td>
 310       <td>Cursor</td>
 311       <td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th amino acid in
 312         current sequence.
 313       </td>
 314     </tr>
 315     <tr>
 316       <td><strong><em>p</em>C</strong></td>
 317       <td>Cursor</td>
 318       <td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th column in the
 319         alignment.
 320       </td>
 321     </tr>
 322     <tr>
 323       <td><strong>Q</strong></td>
 324       <td>Cursor</td>
 325       <td>Marks the top left corner of the selection area</td>
 326     </tr>
 327     <tr>
 328       <td><strong>M</strong></td>
 329       <td>Cursor</td>
 330       <td>Marks the bottom right corner of the selection area</td>
 331     </tr>
 332     <tr>
 333       <td><strong><em>[p]</em><br>Space</strong></td>
 334       <td>Cursor</td>
 335       <td>Inserts one (or optionally <strong><em>p</em></strong>)
 336         gaps at the current position.<br> <em>Hold down
 337           Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td>
 338     </tr>
 339     <tr>
 340       <td><strong><em>[p]</em><br>Delete<br></strong></td>
 341       <td>Cursor</td>
 342       <td>Removes one (or optionally <strong><em>p</em></strong>)
 343         gaps at the cursor position.<br> <em>Hold down Control
 344           or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td>
 345     </tr>
 346     <tr>
 347       <td><strong><em>[p]</em><br>Backspace<br></strong></td>
 348       <td>Cursor</td>
 349       <td>Removes one (or optionally <strong><em>p</em></strong>)
 350         gaps at the cursor position.<br> <em>Hold down Control
 351           or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td>
 352     </tr>
 353   </table>
 354   <p>&nbsp;</p>
 355   <p>&nbsp;</p>
 356 </body>
 357 </html>